Chef de projet d’annotation génomique Ensembl

Royaume-Uni
Publié il y a 12 mois

Ensembl est à la recherche d’un chef de projet talentueux et motivé pour gérer nos activités d’annotation de milliers de génomes à travers l’arbre de vie eucaryote.

Ensembl ( http://www.ensembl.org/ ) est l’une des principales ressources génomiques à grande échelle au monde. Nous sommes à la pointe de l’annotation des gènes, travaillant dans le cadre de grands projets de séquençage du génome tels que le projet Darwin Tree of Life (DToL) et le Vertebrate Genomes Project ( VGP ) pour annoter des centaines (et finalement plusieurs milliers) de génomes.

Vous dirigerez l’équipe Genebuild, qui est chargée de développer des pipelines et des flux de travail précis et évolutifs pour annoter les génomes eucaryotes avec des structures de transcription et d’autres caractéristiques géniques. Les activités et l’expertise de l’équipe couvrent le développement de logiciels, l’apprentissage automatique, le calcul à grande échelle, le big data, les workflows de pipeline, l’automatisation et l’engagement communautaire. Vous travaillerez à fournir des annotations pour une variété de communautés et de collaborateurs, y compris de grands projets de consortium tels que DToL et VGP . Vous rejoindrez également l’équipe de direction d’Ensembl et travaillerez en étroite collaboration avec eux pour développer la prochaine génération de données et de services d’Ensembl, leaders mondiaux.

Ensembl Genebuild fait partie de l’équipe d’annotation eucaryote (dirigée par Kevin Howe), qui fait elle-même partie d’un groupe de ressources plus large qui comprend Ensembl (dirigé par Paul Flicek). Vous rapporterez directement au coordinateur de l’annotation des vertébrés (Fergal Martin). EMBLEBI fait partie du Laboratoire européen de biologie moléculaire ( EMBL ) et est le premier fournisseur européen de services d’information aux chercheurs en biologie dans les universités et l’industrie.

Ton rôle

Vous serez responsable du leadership opérationnel des activités d’annotation de gènes à haut débit dans Ensembl. Sous la supervision immédiate du coordinateur de l’annotation des vertébrés, vous dirigerez l’expansion des ressources d’annotation des gènes d’Ensembl vers plusieurs milliers de génomes, en mettant l’accent sur le développement de pipelines évolutifs pour l’annotation des gènes eucaryotes. Vous allez également:

    • Gérer et encadrer une équipe 7-9 bioinformaticiens / développeurs
    • Gérer le travail de développement et de production de l’équipe pour les versions Ensembl
    • S’engager avec les communautés et autres équipes Ensembl pour développer des affichages et des API efficaces pour les données d’annotation des gènes
    • Rédiger des rapports et des articles décrivant les ressources d’annotation des gènes Ensembl
  • Restez à jour avec les recherches actuelles sur les données primaires connexes, les outils et les méthodes de recherche de gènes

Tu as

Vous détiendrez idéalement un doctorat ou équivalent en biologie moléculaire, bioinformatique ou dans un domaine connexe avec une expérience démontrée en annotation de gènes. Les candidats ayant une maîtrise et une expérience appropriée seront également pris en considération. Vous aurez en outre:

    • Connaissance approfondie des concepts et méthodes d’annotation génique
    • Expérience de l’utilisation de bases de données relationnelles pour les données biologiques
    • Connaissance des algorithmes d’alignement de séquences multiples
    • Expérience dans la conception et le déploiement de pipelines d’analyse complexes sur un cluster HPC
  • Maîtrise d’au moins un langage de programmation (par exemple Perl ou Python)

Vous aurez d’excellentes compétences en communication verbale et écrite pour diriger un projet où les biologistes et les informaticiens travaillent en étroite collaboration. Vous serez également très organisé afin de respecter les délais, rapports et procédures réguliers à travers le projet Ensembl plus large.

Vous pourriez aussi avoir

Le candidat idéal pourrait également avoir les éléments suivants:

    • Expérience avec les principes et techniques formels de gestion de projet
    • Expérience de travail avec un cycle de version
    • Expérience de travail avec la plateforme Ensembl
    • Expertise spécifique en Perl et MySQL
  • Expérience de travail dans de grands projets collaboratifs de génomique

Pourquoi nous rejoindre

À EMBLEBI , nous aidons les scientifiques à réaliser le potentiel des «mégadonnées» en biologie en leur permettant d’exploiter des informations complexes pour faire des découvertes qui profitent à l’humanité.

Travailler pour EMBLEBI vous donne la possibilité d’appliquer vos compétences et votre énergie pour le plus grand bien.

En tant que membre du Laboratoire européen de biologie moléculaire ( EMBL ), nous sommes une organisation intergouvernementale à but non lucratif financée par 27 États membres et deux États membres associés.

Nous sommes situés sur le Wellcome Genome Campus près de Cambridge au Royaume-Uni, et nos 850 employés sont des ingénieurs, techniciens, scientifiques et autres professionnels du monde entier.

L’EMBL est un employeur inclusif et offrant des chances égales, offrant des conditions et des avantages attractifs appropriés à un organisme de recherche international. Le programme de rémunération comprend un salaire compétitif, un régime de retraite complet et une assurance maladie, des avantages éducatifs et autres avantages familiaux, le cas échéant, ainsi qu’un soutien financier pour la relocalisation et l’installation. Pour plus d’informations sur la rémunération et les avantages sociaux, cliquez ici

Nous avons une culture informelle, un environnement de travail international et d’excellentes opportunités de développement professionnel, mais l’une des choses vraiment étonnantes à notre sujet est la concentration de l’expertise technique et scientifique – quelque chose que vous ne trouverez probablement nulle part ailleurs.

Si vous avez déjà visité le campus, vous aurez fait l’expérience directe de notre atmosphère amicale, collégiale et solidaire, située dans la magnifique campagne du Cambridgeshire. Notre personnel bénéficie également d’excellentes installations sportives, dont une salle de sport, une navette gratuite, une pépinière sur place, des cafés et un restaurant et une bibliothèque.

Que voulez-vous savoir d’autre

Pour voir une copie de la description complète du poste, veuillez cliquer ici.

Pour postuler, veuillez soumettre une lettre de motivation et un CV via notre système en ligne. Les candidatures sont les bienvenues de toutes les nationalités et cela continuera après le Brexit. Pour plus d’informations, veuillez consulter notre site Web. Les informations sur les visas seront discutées plus en profondeur avec les candidats sélectionnés pour un entretien.

Contrat de 3 ans pour un membre du personnel renouvelable jusqu’à 9 ans de service

EMBLEBI s’engage à atteindre l’équilibre entre les sexes et encourage fortement les candidatures féminines, actuellement sous-représentées à tous les niveaux.

La nomination sera basée uniquement sur le mérite.

Les candidatures seront fermées à 23h00 GMT à la date indiquée ci-dessus.

Caractéristiques de l'emploi

Catégorie emploiEnseignement et recherche scientifique

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