Deux post-doctorants: Développer des méthodes GWAS, avec un accent sur la prédiction de traits complexes

Danemark
Publié il y a 11 mois

L’Université d’Aarhus recrute deux post-doctorants de 2 ans en génétique statistique basés au Center for Quantitative Genetics and Genomics ( QGG ). La date de début provisoire est le 1er novembre 2020.

Les postes
Le superviseur principal sera moi-même (Doug Speed, QGG ), avec la co-supervision des Drs Bjarni J Vilhjalmsson ( NCRR ) et Søren Østergaard (Département de médecine clinique). Vous trouverez ci-dessous les deux principaux objectifs des postes, mais les projets spécifiques seront décidés en fonction des intérêts et de l’expérience des candidats retenus.

1 – Analyse d’héritabilité des données de l’étude d’association pangénomique ( GWAS ).
J’ai créé le progiciel LDAKqui contient une variété de méthodes pour analyser les données GWAS . Il s’agit notamment d’outils pour estimer l’ héritabilité SNP , les enrichissements d’héritabilité et les corrélations génétiques et pour effectuer des tests d’association à base de SNP et de gène unique. Chacune de ces méthodes commence par le modèle mixte linéaire. Les projets possibles incluent l’extension de ces méthodes ou le développement de nouvelles versions (par exemple, les adapter pour s’adapter à différents types de données, les généraliser à plusieurs phénotypes ou créer des versions qui ne nécessitent que des statistiques sommaires). L’objectif principal sera les méthodes pour les données humaines (par exemple, UK Biobank), mais il y a aussi la possibilité de travailler avec des animaux et des plantes.

2 – Utiliser l’intelligence artificielle pour améliorer la prédiction génétique de traits complexes
Ce travail fera partie d’un projet visant à déterminer si les méthodes d’intelligence artificielle peuvent être appliquées aux données génétiques afin d’améliorer la prédiction de traits complexes. Comme décrit dans la description du projet «De nombreuses maladies complexes sont hautement héréditaires (par exemple, la schizophrénie, la dépression majeure, l’AVC ischémique et la maladie d’Alzheimer ont toutes une héritabilité entre 40 et 80%), et il devrait donc être possible de prédire avec précision quels individus les développeront basé sur des informations génétiques. Cependant, ce n’est pas le cas actuellement. Pour les maladies les plus complexes, les meilleurs modèles de prédiction ont une précision inférieure à un cinquième du maximum théorique. Afin de faire avancer le domaine de la médecine personnalisée, nous adapterons des outils de traitement du langage naturel ( PNL), une branche de l’intelligence artificielle, à utiliser avec des données génétiques. »

Références pertinentes
1 Speed ​​et al. Réévaluation de l’ héritabilité SNP dans des traits humains complexes (Nature Genetics, 2017)
2 Speed ​​and Balding. SumHer estime mieux l’ héritabilité SNP de caractères complexes (Nature Genetics, 2019)
3 Speed ​​et al. Évaluation et amélioration des modèles d’héritabilité à l’aide de statistiques de synthèse (Nature Genetics, 2020)

Superviseurs et supervision
Je me spécialise dans le développement de méthodes statistiques pour l’analyse de données GWAS à grande échelle . J’ai publié le logiciel LDAKqui contient des outils pour détecter les variantes causales, construire des modèles de prédiction et mieux comprendre l’architecture génétique, en utilisant à la fois des données individuelles et des statistiques sommaires (voir www.ldak.org pour plus de détails).

Je crois que lors d’une analyse statistique, il est très important de comprendre ce que fait l’analyse. De plus, si vous comprenez une analyse, cela augmente les chances que vous puissiez trouver des moyens d’améliorer l’analyse ou de transférer les idées vers d’autres problèmes. En général, je n’utilise que des logiciels que je pourrais en théorie coder moi-même (je dis en théorie, car ce serait très inefficace de toujours faire mon propre logiciel). Par conséquent, je tiens à ce que les personnes que je supervise comprennent également les analyses qu’elles effectuent, et je suis heureuse si elles passent du temps à essayer de comprendre les méthodes (j’essaierai également d’aider à expliquer les méthodes, là où je peux).

Bjarni J Vilhjalmsson s’intéresse au développement et à l’application de méthodes statistiques qui intègrent des dossiers de santé et de grands ensembles de données génétiques pour étudier l’étiologie des maladies et des troubles psychiatriques. Cela comprend l’inférence causale, l’analyse de l’héritabilité, le GWAS , ainsi que les scores de risque polygénique.

Søren Dinesen Østergaard est un médecin spécialisé dans la recherche psychiatrique. Il s’intéresse particulièrement à la psychiatrie translationnelle et à l’idée que les études devraient couvrir tout le chemin de la découverte en laboratoire, du laboratoire au chevet du patient, du chevet aux applications cliniques, et des applications cliniques aux soins de santé et à la santé mondiale.

Les exigences de qualification
Un doctorat et une solide expertise en génétique statistique sont essentiels. Les postes impliqueront l’analyse d’ensembles de données génétiques à grande échelle, de sorte que les candidats seraient idéalement familiers avec les logiciels génétiques populaires (par exemple, PLINK ) et au moins un langage de codage (par exemple R). Lors de votre candidature, veuillez fournir une lettre de motivation qui détaille les logiciels statistiques ou les méthodes GWAS que vous connaissez. Ceux-ci peuvent inclure le contrôle de qualité GWAS , la régression linéaire, la régression logistique, l’analyse de survie, les modèles mixtes linéaires, la randomisation mendélienne, les scores de risque polygénique, LDSC , LDPred, REML , BLUP , Haseman Elston, Bolt- LMM , Random Forests, NLP ,BERT , ou tout autre qui pourrait être de quelque manière que ce soit pertinent pour le poste. Pour chaque logiciel / méthode, veuillez indiquer si votre expérience est standard (c.-à-d. Capable d’exécuter une analyse à l’aide d’un logiciel existant) ou experte (c.-à-d. Capable de coder votre propre version).

Centre de génétique et de génomique quantitatives
Le QGG est un centre majeur de recherche et d’enseignement en génétique quantitative et en génomique quantitative (ww.qgg.au.dk/en). Il compte environ 70 employés et chercheurs invités de plus de 15 pays. Il est mondialement connu pour ses recherches en sélection animale et végétale, mais il souhaite désormais se concentrer davantage sur les traits humains. Chercheurs à QGGtravailler en équipe, et le centre aspire à un excellent environnement de travail. Il valorise donc l’auto-leadership, la communication ouverte, le respect de la diversité et le succès dans le mentorat, la supervision et l’enseignement. Le QGG est en train de déménager. Par conséquent, les candidats retenus peuvent choisir entre travailler à Foulum (l’emplacement actuel de QGG ) ou au centre d’Aarhus (son emplacement à partir de la fin de 2021).

Lieu de travail
Le lieu de travail est Høegh-Guldbergs gade 6B, 8000 Aarhus C et la zone d’emploi est l’Université d’Aarhus avec des départements connexes.

Pour plus d’ informations
Si vous avez des questions au sujet des positions, s’il vous plaît communiquer avec Doug Vitesse: doug @ qgg .au.dk .

Procédure de demande
La présélection est utilisée. Cela signifie qu’après la date limite de dépôt des candidatures – et avec l’assistance du président du comité d’évaluation, et du comité de nomination si nécessaire, – le chef de service sélectionne les candidats à évaluer. Tous les candidats seront informés si leur candidature a été envoyée ou non à un comité d’experts pour évaluation. Les candidats sélectionnés seront informés de la composition du comité et chaque candidat aura la possibilité de commenter la partie de l’évaluation qui le concerne. Une fois le processus de recrutement terminé, une lettre finale de rejet est envoyée aux candidats désélectionnés.

Lettre de référence
Si vous souhaitez qu’un référent télécharge une lettre de référence en votre nom, veuillez indiquer ses coordonnées lorsque vous soumettez votre candidature. Nous vous recommandons fortement de conclure un accord avec la personne en question avant de saisir les coordonnées de l’arbitre et de vous assurer que l’arbitre a suffisamment de temps pour rédiger la lettre de recommandation avant la date limite de candidature. Malheureusement, il n’est pas possible de garantir que les lettres de recommandation reçues après la date limite de candidature seront prises en considération.

Formalités et échelle salariale
Sciences techniques fait référence à l’ arrêté ministériel sur la nomination du personnel académique des universités danoises relevant du ministère danois de la science, de la technologie et de l’innovation .

La demande doit être en anglais et inclure un curriculum vitae, un certificat d’études, une liste complète des publications, un énoncé des futurs plans de recherche et des informations sur les activités de recherche, un portfolio d’enseignement et des informations vérifiées sur l’expérience d’enseignement précédente (le cas échéant). Les directives pour les candidats peuvent être trouvées ici.

La nomination se fait conformément à la convention collective de travail entre le ministère danois des Finances et la Confédération danoise des associations professionnelles. De plus amples informations sur les exigences en matière de qualification et le contenu du poste peuvent être trouvées dans le Mémorandum sur la structure des emplois pour le personnel académique des universités danoises .

Le salaire dépend de l’ancienneté comme convenu entre le ministère danois des Finances et la Confédération des associations professionnelles.

Tous les candidats intéressés sont encouragés à postuler, indépendamment de leurs antécédents personnels. Les activités de recherche seront évaluées par rapport au temps réel de recherche. Ainsi, nous encourageons les candidats à spécifier des périodes de congé sans activités de recherche, afin de pouvoir soustraire ces périodes de l’envergure de la carrière scientifique lors de l’évaluation de la productivité scientifique.

L’Université d’Aarhus offre une grande variété de services aux chercheurs internationaux et aux familles qui les accompagnent, y compris un service de réinstallation et des conseils de carrière aux partenaires expatriés. En savoir plus ici . Veuillez trouver plus d’informations sur l’entrée et le travail au Danemarkici .

L’Université d’Aarhus propose également un programme de développement des jeunes chercheurs ciblant le développement de carrière des post-doctorants à l’UA. Vous pouvez en savoir plus ici .

Caractéristiques de l'emploi

Catégorie emploiEnseignement et recherche scientifique

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