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Un poste post-doctoral (18 mois, extensible) est disponible pour travailler conjointement à l’ImmunoConcept (UMR 5164) et au Centre de Bioinformatique de Bordeaux à Bordeaux (France), sous la supervision du Dr Maya Saleh et du Dr Macha Nikolski. Le projet de recherche consiste à développer des méthodes et à analyser des échantillons humains par séquençage d’ARN unicellulaire pour la cartographie des cellules immunitaires innées associées à la réponse aux immunothérapies et au microbiome fonctionnel lié au contrôle des cancers.
IMMUNOLOGIE du CONCEPT et des EXPÉRIENCES à LA TRADUCTION (ImmunoConcept) CNRS UMR 5164 – Université de Bordeaux, https://www.immuconcept.org/team_member/maya-saleh/ vise à disséquer le rôle du système immunitaire inné et des interactions hôte-microbiome en oncoimmunologie, y compris la réponse des patients aux immunothérapies (efficacité et toxicité se manifestant par des réponses inflammatoires et / ou auto-immunes). ImmunoConcEpT regroupe l’ensemble des forces bordelaises en immunologie et compte 50 membres dont 6 chercheurs CNRS ou INSERM, 4 professeurs d’université, 10 professeurs d’université-praticiens hospitaliers, 4 ingénieurs et 3 assistants administratifs. Les deux axes de recherche au sein de mon équipe seront la cartographie des cellules immunitaires innées associées à la réponse aux immunothérapies et le microbiome fonctionnel lié au contrôle des cancers. En parallèle, nous étudions le métabolome, d’où la nécessité en bioinformatique qui permettent l’analyse et l’intégration de données multi-omiques.
Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB, https://www.cbib.u-bordeaux.fr/en ) est une équipe de recherche en bioinformatique de l’IBGC (UMR 5095) et un cœur de métier qui donne accès à des ressources informatiques performantes, développe méthodologies bioinformatiques et effectue l’analyse des données. Nous apportons aux chercheurs les meilleurs outils pour gérer et comprendre les données biologiques. Nous nous concentrons principalement sur le développement de la bioinformatique pour analyser des ensembles de données acquis à l’aide de technologies omiques à haut débit et proposons des technologies de pointe pour travailler avec des données scientifiques cliniques, translationnelles et de base – de l’acquisition et du stockage à l’analyse et au partage. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre d’innovation fournit une analyse complète de l’ADN, de l’ARN, de la métabolomique et de la protéomique.
Le candidat travaillera au laboratoire ImmunoConcEpT pour concevoir, développer et mettre en œuvre des pipelines RNAseq à cellule unique pour le projet. Ces pipelines seront conçus conjointement par le candidat et l’équipe CBiB, ses modules seront intégrés aux pipelines CBIB existants et mis à la disposition de l’équipe ImmunoConcEpT. Pour ce faire, le candidat participera à leur portabilité sur des serveurs informatiques académiques. Le candidat sera responsable de la conception de la conception expérimentale d’études d’analyse monocellulaire en travaillant régulièrement avec des biologistes de l’équipe ImmunoConcEpT. Il / elle produira les analyses bioinformatiques, réalisées conjointement avec l’équipe CBiB. Le candidat travaillera en tant que membre de l’équipe sous la direction du chef d’équipe de biologie (Dr Maya Saleh, ImmunoConcEpT) et de bioinformatique (Dr Macha Nikolski, CBiB).
Le candidat développera une méthodologie pour intégrer les scRNA-seq, la métabolomique et les ensembles de données du microbiome pour déchiffrer les voies moléculaires et métaboliques, utilisées pour stratifier les patients cancéreux et prédire leur réponse aux immunothérapies. En effet, l’intégration des ensembles de données scRNA-seq avec d’autres données omiques est difficile en raison de multiples aspects tels que, par exemple, les abandons. Ces développements bioinformatiques seront appliqués aux données nouvellement acquises, générées par l’équipe de Maya Saleh (ImmunoConcEpT) pour des cohortes de patients atteints de cancer ou de maladies inflammatoires. La transcriptomique unicellulaire, la métabolomique et le séquençage du microbiome aideront à élucider les mécanismes immunitaires innés en jeu.
En utilisant ces données, le candidat développera une méthodologie pour intégrer ces ensembles de données déjà acquis pour déchiffrer les voies moléculaires et métaboliques , utilisées pour augmenter l’invasion. En effet, en raison des différences de plates-formes expérimentales et de lots d’échantillons biologiques, l’intégration de plusieurs ensembles de données scRNA-seq reste difficile.
COMPÉTENCES NÉCESSAIRES:
- Doctorat en bioinformatique, ingénieur de haut niveau ou équivalent
- Dévoué, proactif et avec une intégration personnelle dans l’équipe
- Bonnes compétences en communication qui permettent des interactions productives avec les biologistes, les cliniciens et les bioinformaticiens (par exemple, discuter des choix de modèles / analyses)
- Les compétences en programmation (R, Python) dans l’environnement Unix sont essentielles
- Méthodologies d’analyse de données telles que ACP, Clustering, t-SNE,…
- Une expérience préalable en analyse de données NGS est essentielle, une expérience en analyse de données sc-RNAseq serait un plus
- Capacité à communiquer en anglais parlé et écrit
- Autonome et rigoureux avec un esprit critique
OFFRE D’EMPLOI:
Il existe plusieurs caractéristiques uniques de cette offre d’emploi:
- 1. Travailler avec des équipes enthousiastes et des laboratoires déjà installés.
- 2. Le CNRS et l’Université de Bordeaux offrent l’accès à des infrastructures de pointe et un salaire compétitif.
- 3. Approches scientifiques fondamentales pour aborder les questions cliniquement pertinentes en collaboration avec les cliniciens.
- 4. Deux équipes amicales internationales.
CONTACTS:
Les lettres de motivation, CV et références peuvent être adressées à Maya Saleh et Macha Nikolski, msaleh@immuconcept.org et macha.nikolski@u-bordeaux.fr .
