Chercheur postdoctoral en métagénomique computationnelle – Berkeley, CA, États-Unis

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Chercheur postdoctoral en métagénomique computationnelle – 90866

Organisation: JG-Joint Genome Institute

La division du Joint Genome Institute ( JGI , https://jgi.doe.gov/ ) du Lawrence Berkeley National Lab ( LBNL , https://www.lbl.gov/ ) a une ouverture pour un chercheur postdoctoral en biologie computationnelle pour rejoindre l’équipe.

Dans ce rôle passionnant, vous dirigerez des analyses comparatives d’ensembles de données multi-omiques pour aborder des questions concernant la diversité génomique microbienne et virale, l’activité métabolique des populations clés dans les microbiomes d’intérêt et les interactions virus: hôte dans l’environnement. Ce travail sera mené en collaboration avec les utilisateurs de JGI et IMG , et se concentrera en particulier sur les séries chronologiques et / ou les métagénomes et métatranscriptomes appariés à partir d’écosystèmes modèles de sol et d’eau douce, tels que le LTER des lacs tempérés du Nord., Le bassin hydrographique de la rivière East et les sites de Green Butte. Les tâches supplémentaires comprendront des activités de recherche et développement telles que le test et le dépannage de nouvelles approches de métagénomique comparative. La charge de travail prévue sera à 100% de calcul, et ce poste relèvera du directeur adjoint du programme scientifique du métagénomome de JGI .

Que vas tu faire:

• Extraire et annoter les génomes microbiens et viraux des métagénomes à l’aide de pipelines standard.
• Effectuer une analyse taxinomique et fonctionnelle des MAG microbiennes et virales à travers les données métagénomiques (séries chronologiques).
• Effectuer une analyse éco-évolutive des populations microbiennes et virales à partir d’ensembles de données multi’omiques appariés.
• Coordonner avec les utilisateurs et les collaborateurs de JGI / IMG pour intégrer l’analyse multi’omique avec d’autres études en cours sur le (s) même (s) site (s) d’échantillonnage.
• Générez des rapports détaillés et des packages de données avec une documentation complète.
• Assister aux réunions de groupe et présenter des rapports d’étape et des résultats scientifiques.
• Résumer les résultats de recherche et publier dans des revues à comité de lecture; contribuer aux articles et rapports de recherche scientifique.
• Surveillez la littérature récente pour les approches nouvellement développées en métagénomique de séries chronologiques / multi’omique appariée et testez ces nouvelles approches si nécessaire.
• Identifiez les étapes qui pourraient être automatisées et concevez les pipelines correspondants pour l’analyse multi’omique.

Responsabilités supplémentaires au besoin:

• Contribuer aux activités du programme de métagénome, y compris par exemple les examens techniques des propositions des utilisateurs.
• Gardez un cahier de laboratoire précis et détaillé et des feuilles de calcul de suivi.
• Diriger, encadrer et former des étudiants diplômés, du personnel technique et d’autres membres du groupe au besoin.

Ce qui est requis:

• doctorat en biologie, biologie moléculaire, microbiologie, écologie ou dans un domaine connexe.
• Expertise en métagénomique environnementale, génomique microbienne et génomique virale.
• Familiarité avec les outils d’analyse de séquence courants, y compris le regroupement du génome, les recherches d’homologie à distance telles que HMMER et HHSearch, la reconstruction phylogénétique, etc.
• Excellentes compétences en résolution de problèmes et en prise de décision avec la capacité de dépanner les processus de calcul et de fournir une interprétation biologique significative des données “ omiques ”.
• Compétences efficaces en matière d’organisation et de tenue de registres avec la capacité d’organiser et de présenter des rapports d’analyse aux utilisateurs et au personnel de JGI .
• Excellentes compétences en communication écrite avec une expérience démontrée dans la préparation de publications de recherche.

Qualifications souhaitées supplémentaires:

• Connaissance du système IMG et IMG / MER .
• Connaissance des standards (méta) génomiques tels que les listes de contrôle MIMAG et MIUViG du Genomic Standard Consortium .
• Expérience avec des analyses métatranscriptomiques / métagénomiques appariées.
• Expérience de l’analyse de données à grande échelle (par exemple, analyse intégrée de plus de 100 ensembles de données).
• Expérience de l’établissement de collaborations efficaces et de l’interaction avec des membres des communautés scientifiques, instrumentales et informatiques.

L’affectation restera ouverte jusqu’à ce que le poste soit pourvu, mais pour un examen approfondi, veuillez postuler avant la fermeture des bureaux le 18 septembre 2020.

Remarques: 

• Il s’agit d’une nomination postdoctorale à temps plein d’un an avec possibilité de renouvellement en fonction d’un rendement professionnel satisfaisant, de la disponibilité continue des fonds et des besoins opérationnels continus. Vous devez avoir moins de 4 ans d’expérience postdoctorale rémunérée. Le salaire pour les postes postdoctoraux dépend des années d’expérience postdoctorale.

• MF, exonéré (payé mensuellement) de la rémunération des heures supplémentaires.
• Ce poste est représenté par un syndicat aux fins de négociation collective.
• Le salaire sera prédéterminé en fonction des taux d’échelon postdoctoral.
• Ce poste peut faire l’objet d’une vérification des antécédents. Toute condamnation sera évaluée pour déterminer si elle est directement liée aux responsabilités et aux exigences du poste. Le fait d’avoir des antécédents de condamnation ne disqualifiera pas automatiquement un candidat d’être considéré pour un emploi.
• Les travaux seront principalement exécutés au Lawrence Berkeley National Lab, 1 Cyclotron Road, Berkeley, Californie.

Comment s’inscrire

Postulez directement en ligne à http://50.73.55.13/counter.php?id=186288 et suivez les instructions en ligne pour terminer le processus de candidature.

En savoir plus sur nous:

JGI & Berkeley Lab: une vision pour alimenter une science innovante dans l’intérêt public

Ils disent que tout est question de localisation et Berkeley Lab a tout pour plaire: une vue sur la baie de San Francisco, des brises fraîches et une science multidisciplinaire de classe mondiale au sein d’un écosystème de recherche diversifié et respectueux de 5000 personnes. Il y a près de 90 ans, Ernest Orlando Lawrence, l’inventeur du cyclotron, a réuni des physiciens, biologistes, ingénieurs et mathématiciens à Berkeley au-dessus du campus de l’Université de Californie pour relever les défis scientifiques les plus urgents. Aujourd’hui, après avoir remporté 13 prix Nobel, Berkeley Lab a maintenu et développé cette tradition de science d’équipe ouverte et interdisciplinaire, illustrée par la façon dont le US Department of Energy Joint Genome Institute ( JGI ) relève les défis énergétiques et environnementaux les plus urgents en utilisant des approches de science intégrative du génome. . JGIs’installe dans le nouveau bâtiment de génomique intégrative ( IGB ) à la pointe de la technologie avec la base de connaissances du département américain de l’énergie sur la biologie des systèmes (KBase) pour repousser les frontières de l’énergie et des sciences de l’environnement en partenariat avec la communauté mondiale des chercheurs . Allez-vous vous joindre à nous et être un élément essentiel de nos prochaines découvertes révolutionnaires?

Berkeley Lab ( LBNL , http://www.lbl.gov/ ) relève les défis scientifiques les plus urgents au monde en faisant progresser l’énergie durable, en protégeant la santé humaine, en créant de nouveaux matériaux et en révélant l’origine et le destin de l’univers. Fondé en 1931, l’expertise scientifique de Berkeley Lab a été récompensée par 13 prix Nobel. L’Université de Californie gère Berkeley Lab pour le bureau des sciences du département américain de l’énergie.

Travailler chez Berkeley Lab offre de nombreuses récompenses, notamment un programme de rémunération compétitif, d’excellents programmes de santé et de bien-être, un programme de retraite sans pareil et des opportunités de développement exceptionnelles. Pour afficher des informations sur les nombreuses récompenses offertes au Berkeley Lab, cliquez ici ( https://hr.lbl.gov/ ).

Égalité des chances en matière d’emploi: Berkeley Lab est un employeur offrant l’égalité des chances et l’action positive. Tous les candidats qualifiés recevront une considération pour un emploi sans égard à la race, la couleur, la religion, le sexe, l’orientation sexuelle, l’identité de genre, l’origine nationale, le handicap, l’âge ou le statut d’ancien combattant protégé. Cliquez ici ( https://www.dol.gov/agencies/ofccp/posters ) pour voir l’affiche et le supplément: «L’égalité des chances en matière d’emploi est la loi».