Le groupe Steinmetz de l’ EMBL Heidelberg est à la recherche d’un boursier ambitieux en informatique

Le groupe Steinmetz de l’ EMBL Heidelberg est à la recherche d’un boursier ambitieux en informatique (postdoctorant ou chercheur, selon le niveau d’expérience) intéressé par le développement de nouveaux outils informatiques pour explorer des ensembles de données de séquençage à grande échelle passionnants de différentes modalités cellulaires et applications biologiques. Nous offrons des opportunités uniques pour développer nos propres idées en utilisant une multitude de types de données générées quotidiennement dans notre laboratoire. Notre intérêt se concentre mais ne se limite pas aux domaines suivants :

• intégrer des données provenant de différentes modalités unicellulaires (génomes, transcriptomes, phénotypes) pour comprendre la base génétique de maladies complexes

• explorer le séquençage à lecture longue des génomes et des transcriptomes d’organismes synthétiques et développer des outils informatiques pour comprendre la structure et l’évolution des génomes

• développer de nouveaux outils pour analyser les données de séquençage à lecture longue et à lecture courte avec une spécificité d’isoforme de systèmes complexes de modèles de maladies in vitro et in vivo

• analyser les données d’ensembles de données Perturb-seq/ TAP -seq à grande échelle en développant de nouveaux outils de calcul pour l’inférence causale et en tirant parti de la puissance de l’IA/ML

Notre laboratoire travaille sur des organismes et des systèmes modèles, notamment des levures, des cellules humaines, des modèles de culture cellulaire 3D complexes et des modèles animaux. Nous travaillons également avec des organismes synthétiques, tels que le premier eucaryote entièrement synthétique au monde, Saccharomyces cerevisiae 2.0, qui dispose d’un système de recombinaison pangénomique à la demande conçu dans son génome, pour découvrir les principes de la conception du génome dans un contexte évolutif. Notre laboratoire compte à la fois des laboratoires humides et des scientifiques en informatique, et travaille dans le cadre de collaborations de longue date avec des laboratoires informatiques de premier plan, tels que Wolfgang Huber et Oliver Stegle.

Ton rôle

• Diriger les travaux de calcul au sein d’une équipe comprenant un ou plusieurs post-doctorants ou doctorants expérimentaux expérimentés

• Travailler en étroite collaboration avec des scientifiques expérimentaux

• Traiter et analyser les données d’expériences de séquençage à haut débit

• Développer, publier et maintenir des logiciels bioinformatiques

• Se tenir au courant des dernières méthodes de génération, d’intégration et d’analyse de données omiques • Développer des outils informatiques pour de nouvelles techniques et technologies expérimentales avec des partenaires académiques et industriels

• Présenter les travaux en cours et les résultats en interne et lors de conférences

Vous avez

Le ou les candidats retenus seront très motivés, créatifs et capables de mener un projet scientifique à toutes les étapes, de la conception expérimentale à la préparation du manuscrit. Nous recherchons spécifiquement des penseurs indépendants, capables de façonner un projet en développant leurs propres idées. Conditions:

• Doctorat en informatique, statistiques et/ou mathématiques

• Une expérience de travail en génétique, en biologie synthétique ou dans un domaine connexe est obligatoire.

• Maîtrise des langages de script, par exemple R ou Python

• Expérience avec les systèmes de gestion de flux de travail (par exemple, Snakemake) et les environnements de cluster informatique haute performance (par exemple , SLURM )

• Une expérience antérieure dans l’analyse de données à partir de technologies de séquençage à lecture longue est souhaitée mais pas obligatoire

• Excellentes compétences en communication en anglais

Si cela vous ressemble, veuillez contacter Lars Steinmetz par e-mail ( larsms@embl.de ) avec votre CV et une brève introduction sur vous-même, vos intérêts de recherche et votre motivation pour rejoindre notre laboratoire.

Pourquoi nous rejoindre

L’EMBL est un employeur inclusif offrant l’égalité des chances offrant des conditions et des avantages attractifs adaptés à une organisation de recherche internationale avec un environnement de travail très collégial et familial. Le package de rémunération comprend un salaire compétitif, un régime de retraite complet, des avantages sociaux médicaux, éducatifs et autres, et la disponibilité d’une excellente garderie sur le campus.

Que voulez-vous savoir d’autre

Nous sommes le laboratoire de recherche phare d’Europe pour les sciences de la vie – une organisation intergouvernementale effectuant des recherches scientifiques dans des disciplines telles que la biologie moléculaire, la physique, la chimie et l’informatique. Nous sommes un laboratoire international, innovant et interdisciplinaire avec environ 1900 employés de nombreux pays, opérant sur six sites, à Heidelberg (siège), Barcelone, Hinxton près de Cambridge, Hambourg, Grenoble et Rome. Notre mission est d’offrir des services vitaux dans la formation de scientifiques, d’étudiants et de visiteurs à tous les niveaux ; développer de nouveaux instruments et méthodes dans les sciences de la vie et s’engager activement dans des activités de transfert de technologie, et intégrer la recherche européenne dans le domaine des sciences de la vie. Veuillez noter que les nominations sur des contrats à durée déterminée peuvent être renouvelées, selon les circonstances au moment de l’examen.