Stage post-doctoral de 2 ans – Inhibition de la conjugaison bactérienne pour contrôler la propagation de l’antibiorésistance

Les gènes de résistance aux antibiotiques se propagent par transferts horizontaux de gènes, principalement par conjugaison bactérienne. Il est important de noter que plusieurs souches Gram+ multirésistantes sont apparues récemment, entraînant de graves menaces pour la santé publique. Ce projet s’inscrit dans un travail de recherche plus large visant à décrypter les mécanismes moléculaires de la conjugaison Gram+, et à ouvrir de nouvelles voies pour la contrôler. En particulier, nous nous concentrons sur les étapes de traitement de l’ADN de la conjugaison bactérienne orchestrée par les enzymes relaxases codées par les ICE.

Des études antérieures ont fourni des informations biochimiques et structurelles sur les relaxases MOBT (Soler et al , 2019, Laroussi et al , 2022), une famille d’enzymes répandue chez les Firmicutes mais mal caractérisée jusqu’à présent. Le site actif catalytique d’une protéine MOBT, nommée RelSt3, a été étudié. Grâce à notre consortium multidisciplinaire de laboratoires de l’Université de Lorraine, une première molécule inhibitrice prometteuse a été identifiée, qui inhibe en partie l’activité endonucléase de RelSt3. Cependant, cette molécule doit être optimisée en raison de sa faible solubilité et de sa forte toxicité cellulaire.

Avec ce projet, nous prévoyons d’obtenir des données expérimentales 3D par cristallographie aux rayons X et d’utiliser ces données 3D pour optimiser cette molécule inhibitrice actuelle, et peut-être pour trouver de nouvelles molécules qui pourraient mieux s’adapter au site actif de RelSt3. Nous étendrons également notre étude à d’autres relaxases éloignées de RelSt3. Cela permettrait de faire des comparaisons entre ces relaxases, en ce qui concerne leur spécificité vis-à-vis des différentes molécules inhibitrices trouvées pour inhiber avec succès RelSt3.

Cadre du laboratoire 

Le chercheur recruté travaillera dans deux laboratoires voisins situés à la faculté des sciences de l’Université de Lorraine, Nancy, France. Les constructions génétiques, l’expression et la purification des protéines et les tests enzymatiques (y compris les tests d’inhibition) auront lieu dans le laboratoire DynAMic, supervisé par le Dr Nicolas Soler. La cristallogenèse et la détermination de la structure aux rayons X des complexes protéine/inhibiteur seront effectuées dans le laboratoire CRM2, sous la direction du Dr Frédérique Favier. Les deux laboratoires possèdent ou ont accès à tout l’équipement requis pour le clonage moléculaire, la purification des protéines, l’analyse biophysique ( p.dichroïsme circulaire, SEC-MALS), cristallogenèse et détermination de la structure aux rayons X. Ce travail impliquera également l’équipe COSSBA de l’institut ICBMS de Lyon, qui nous fournira les composés chimiques inhibiteurs.

Termes et mandat

Ce stage post-doctoral est d’une durée de 2 ans. Le contrat est réservé aux docteurs en biochimie des protéines/biologie structurale ayant soutenu leur thèse moins de 3 ans avant le début du contrat. La date de début cible est le 1er octobre 2023, avec une certaine flexibilité sur la date de début exacte. Le salaire brut sera, selon expérience, compris entre 2700 et 2900 euros par mois.

Profil du candidat – Comment postuler 

Nous recherchons un chercheur expérimenté, motivé et dynamique. Le candidat doit avoir une solide expérience en biochimie des protéines et en méthodes de biocristallographie. Le candidat doit contribuer à la fois expérimentalement et intellectuellement à la réalisation et au développement du projet. Le candidat doit maîtriser l’anglais tant à l’écrit qu’à l’oral.

Les candidats doivent envoyer leur candidature complète au Dr Soler ( nicolas.soler@univ-lorraine.fr ) et au Dr Favier ( frederique.favier@univ-lorraine.fr ) : CV complet comprenant la liste des publications, et au moins 1 référent de contact, couverture lettre. La date limite de candidature est le 1er juillet 2023. Les candidats seront sélectionnés pour un entretien au cours duquel ils devront démontrer leur motivation et leur adéquation au poste proposé.