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Comprendre comment un œuf fécondé se développe en un organisme multicellulaire complexe est l’un des sujets les plus fascinants de la biologie. Le défi actuel est de comprendre comment les gènes fonctionnent dans le cadre des réseaux de régulation génique (GRN) qui contrôlent la prolifération et la structuration des cellules progénitrices et souches au cours du développement embryonnaire. Notre groupe utilise le bourgeon de membre de souris comme paradigme pour étudier les mécanismes transcriptionnels et épigénétiques contrôlant l’expression des gènes au cours de l’organogenèse. Pour ce faire, nous combinons l’analyse génétique, moléculaire et cellulaire avec la bioinformatique et la biologie computationnelle (http://www.devgenbasel.com). Ces études nous permettent de mieux comprendre les GRN qui assurent la robustesse du développement embryonnaire et d’étudier les changements moléculaires sous-jacents à la diversification évolutive du développement des membres.
Le candidat retenu rejoindra nos projets de recherche en cours financés par le SNF et interagira étroitement avec les expérimentateurs du groupe. Cela devrait générer des synergies importantes, ce qui augmente les chances de recherche et de publications innovantes (voir ci-dessous). En particulier, le boursier postdoctoral en bioinformatique sera impliqué dans de nouvelles études dès la conception de l’étude en collaboration avec les scientifiques du laboratoire humide. Pour étudier les interactions entre les facteurs de transcription qui contrôlent l’expression des réseaux de gènes cibles partagés, nous mettons en place la spectrométrie de masse d’immunoprécipitation rapide de la protéine endogène (RIME) pour les principaux facteurs de transcription marqués par des épitopes. Cela nécessitera l’établissement de normes et d’un pipeline bioinformatique en étroite collaboration avec les expérimentateurs.
Un deuxième axe principal de notre recherche est l’analyse comparative de pointe d’ensembles de données omiques à grande échelle tels que l’ARN-seq total et unicellulaire généré à partir de bourgeons de membres de souris et d’autres espèces. Pour mieux comprendre la régulation transcriptionnelle différentielle, l’analyse ARN-seq est combinée à la structure de la chromatine et à l’analyse des marqueurs épigénétiques à l’aide de ChIP-seq, capture-HiC, ATAC-seq total et unicellulaire et des ensembles de données disponibles provenant d’autres ressources. Cela nous permettra de mieux comprendre la robustesse des systèmes et la plasticité sous-jacente à la diversification et est complémentaire aux études de protéomique. Enfin, le bioinformaticien est l’interlocuteur du groupe avec le Pôle Départemental de Bioinformatique. Il/elle supervise également le stockage des données et les hubs de projets du groupe au SciCore Center de l’Université de Bâle (http://scicore.unibas.ch/).
http://scicore.unibas.ch/
Nous recherchons un candidat très motivé avec un doctorat en bioinformatique/biologie computationnelle ou dans un domaine étroitement lié qui considère notre groupe comme une excellente opportunité pour une recherche innovante et prête à l’emploi. Il/elle a de l’expérience dans l’analyse d’ensembles de données omiques, d’excellentes connaissances statistiques et des compétences en programmation dans l’écriture de code personnalisé (en utilisant par exemple R/Bioconductor ; Phyton et/ou C). De plus, le candidat retenu doit avoir déjà publié et avoir l’ambition de créer des synergies avec des expérimentateurs et de développer ses propres idées dans le cadre de la recherche du groupe.
Un environnement de recherche stimulant au sein d’une équipe de recherche de renommée internationale du Département de biomédecine de l’Université de Bâle avec des antécédents de recherche innovante intégrant la bioinformatique et les approches informatiques : Lopez-Rios et al. 2014, Nature 511 , 46-51 ; Reinhardt et al. 2019, Développement 146 , dev173328 ; Malkmus et al. 2021, Nature Comm 12, 5557 ; Jhanwar et al. 2021, Nature Comm 12, 5685. Le poste offre également d’excellentes opportunités de développement de carrière pour atteindre l’indépendance scientifique. L’Université de Bâle est un employeur garantissant l’égalité des chances qui offre des salaires compétitifs et un environnement de travail très attractif.
Procédure de candidature et informations complémentaires
Pour toute demande informelle, veuillez contacter le Prof. Rolf Zeller (rolf.zeller@unibas.ch) et/ou le PD Dr. Aimée Zuniga (aimee.zuniga@unibas.ch). Les candidats doivent télécharger une lettre de motivation et des intérêts de recherche, un CV avec la liste complète des publications, les notes de master et de doctorat et les noms et adresses de trois arbitres dans un seul fichier PDF en utilisant le lien suivant ci-dessous. Les premiers entretiens Skype commencent dès la réception des candidatures et se poursuivent jusqu’à ce que le poste soit pourvu. Postulez maintenant mais dans tous les cas avant le 10 janvier 2022.
