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Le Département de l’évolution humaine de l’Institut Max Planck d’anthropologie évolutionnaire, Leipzig (Allemagne), invite les chercheurs en début de carrière à postuler pour un poste de doctorat qui fait partie du réseau de formation européen «PUSHH: la paléoprotéomique pour déchaîner les études sur l’histoire humaine», financé par le programme de recherche et d’innovation Horizon 2020 de l’Union européenne (convention de subvention n ° 861389). De plus amples informations sur le réseau et ses partenaires internationaux sont disponibles sur le site Internet: www.pushh-etn.eu .
Au Département de l’évolution humaine, la recherche paléoanthropologique est menée dans un environnement multidisciplinaire impliquant des anthropologues biologiques, des archéologues paléolithiques, des archéologues et des géochronologues. De plus amples informations sur le Département sont disponibles sur notre site Web . Le poste ESR s’appuie sur l’expertise existante au sein du département sur l’analyse de la protéomique ancienne pour répondre aux questions pertinentes en paléoanthropologie et en archéologie . En particulier, nous recherchons des candidats très motivés souhaitant combiner la paléoanthropologie, les sciences archéologiques et la zooarchéologie.
Description de l’emploi
Dans le cadre du réseau PUSHH, ESR7 travaillera au développement et à l’application d’une nouvelle approche protéomique pour identifier les espèces biologiques des fragments osseux archéologiques. La paléoanthropologie utilise les empreintes digitales de masse peptidique pour cribler des ensembles d’échantillons englobant des milliers de puces osseuses provenant de grottes connues pour être occupées par des humains anatomiquement modernes, les Néandertaliens et les Denisoviens pour identifier les restes d’hominine et les caractériser davantage par un séquençage paléogénomique profond. Bien qu’elle soit bon marché et robuste, la prise d’empreintes digitales de masse peptidique présente certaines limites claires, car elle utilise généralement des instruments MALDI-TOF-MS qui sont moins sensibles et ont une résolution inférieure par rapport à ce qui est maintenant la technologie de protéomique de pointe, à savoir Orbitrap (commercialisé par l’organisation partenaire Thermo). En outre, L’interprétation des données d’empreintes digitales de masse de peptides est toujours manuelle et en tant que telle fastidieuse et sujette aux erreurs. ESR7 appliquera la même approche basée sur la MS tandem d’acquisition indépendante des données (DIA) et la technologie de séparation ultra-rapide des peptides (~ 8 min / run), développée par l’organisation partenaire EvoSEP, pour cribler les protéomes osseux à faible coût avec la technologie Orbitrap. Les avantages par rapport à la prise d’empreintes digitales de masse peptidique seront représentés par l’acquisition d’un ensemble de données beaucoup plus riche par échantillon, une sensibilité plus élevée, une automatisation plus élevée et la possibilité d’utiliser un logiciel d’identification spectrale standard. En conséquence, l’ESR acquerra des compétences avancées de laboratoire, de protéomique et de bioinformatique pendant la durée du projet. Une partie de cette recherche sera effectuée par un détachement au Centre de recherche sur les protéines, groupe Olsen,
L’ESR aura une grande liberté dans la conception du projet de recherche dans le cadre du réseau PUSHH et le criblage à haut débit des protéomes osseux archéologiques, sous la supervision du professeur Hublin et du Dr Welker . Le poste débute le 1 er septembre pour 36 mois (à temps plein).
Vos tâches clés comprendront:
- Sélection d’échantillons et extraction de protéines anciennes;
- Analyse des données sur les protéines, y compris la quantification des dommages et l’attribution de l’identité des espèces taxonomiques.
- Acquérir une connaissance approfondie de l’acquisition de données de spectrométrie de masse DIA et de la bioinformatique associée.
- Intégration des données paléprotéomiques aux ensembles de données chronologiques, environnementales et zooarchéologiques existants pour les assemblages archéologiques analysés.
Vous devrez terminer une thèse de doctorat pendant la durée du poste.
En raison de la composition du réseau PUSHH, il existe d’importantes possibilités de formation continue et d’échange de connaissances avec d’autres membres du réseau. Cela comprend les activités obligatoires à l’échelle du réseau qui pourraient avoir lieu en dehors de l’Europe. Votre travail se traduira par des articles scientifiques et / ou des chapitres de livres en collaboration avec d’autres ESR et superviseurs PUSHH, et, dans la mesure du possible, des opportunités seront recherchées pour communiquer vos recherches à un large public. La recherche devrait être conforme aux normes scientifiques les plus élevées, telles que définies dans le Code de conduite européen pour l’intégrité de la recherche.
