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Le Joint Genome Institute de Berkeley Lab ( https://jgi.doe.gov/ ) a une ouverture pour un chercheur à terme pour rejoindre le groupe des technologies de séquençage. Le chercheur scientifique développera et optimisera des méthodes unicellulaires (scRNA-seq, scATAC-seq) pour un large éventail d’espèces végétales et effectuera une analyse informatique pour élucider les fondements moléculaires de la régulation génique d’importants caractères bioénergétiques des cultures. Le chercheur cherchera à intégrer d’autres ensembles de données génomiques et épigénomiques fonctionnelles pertinentes ( DAP -seq, HiC, modifications d’histones, méthylation de l’ ADN ) pour élucider pleinement les interactions complexes sous-jacentes à la régulation des gènes.
Le candidat retenu développera des approches génomiques comparatives pour révéler une régulation génétique conservée et nouvelle et des réseaux de gènes sous-jacents à des caractères végétaux importants. Le scientifique collaborera avec d’autres scientifiques de la JGI pour établir des approches de laboratoire et d’analyse normalisées pour l’ ARN monocellulaire -seq et ATAC -seq, et la transcriptomique spatiale à partager avec la communauté scientifique plus large. Le chercheur scientifique devra préparer des plans expérimentaux détaillés, des rapports à présenter à l’intérieur et à l’extérieur de l’ IGJet contribuer / diriger des publications scientifiques. Pour ce faire, le chercheur devra travailler de manière indépendante et interagir avec une équipe multidisciplinaire de biologistes, de bio-informaticiens, d’experts en automatisation de laboratoire, d’informaticiens et de développeurs de logiciels. À mesure que ce rôle se développera, ce poste gérera le personnel de recherche et technique.
Ce que vous allez faire : • Développer des méthodes de préparation des tissus, des protoplastes, du nucléaire et de la chromatine pour un large éventail d’espèces végétales et fongiques pour une application dans des tests monocellulaires (scRNA-seq, scATAC-seq, transcriptomique spatiale). • Développer des pipelines de calcul pour l’analyse des transcriptomes cellulaires uniques des plantes et des champignons (scRNA-seq) et de la chromatine ouverte (scATAC-seq). • Innover des approches d’analyse génomique comparative pour les transcriptomes unicellulaires et la chromatine ouverte, ainsi que l’intégration avec d’autres ensembles de données génomiques et épigénomiques pertinents ( DAP-seq, ChIP-seq, HiC). L’objectif est d’identifier les réseaux de régulation des gènes conservés et spécifiques à la branche. • Appliquer des concepts scientifiques, techniques et / ou techniques en biologie moléculaire et en technologies de séquençage de nouvelle génération pour développer de nouvelles approches génomiques fonctionnelles. • Identifier les logiciels et progiciels de calcul appropriés, développer des pipelines de calcul et appliquer une analyse statistique appropriée pour interpréter les résultats de nouvelles approches de génomique fonctionnelle. • Travailler avec des groupes informatiques pour l’analyse des données et fournir une contribution scientifique pour le développement d’un nouveau logiciel d’analyse. • Rester à la pointe de la recherche dans le domaine grâce à des études de la littérature actuelle et à la participation régulière aux séminaires, conférences et réunions pertinents. • Interagir avec les microbes, les champignons, les plantes, la métagénomique de JGI, et d’autres programmes scientifiques pour fournir un soutien scientifique et technique. • Collaborer avecLes utilisateurs de séquençage de la communauté JGI et les centres de recherche sur la bioénergie pour répondre aux besoins de recherche spécifiques. • Travailler avec le bureau de gestion de projet JGI pour fournir un soutien et des conseils sur divers projets de recherche scientifique. • Assister, présenter et représenter le JGI à des réunions, ateliers et sociétés clés. • Identifier et mettre en œuvre des partenariats avec des fournisseurs clés et / ou des laboratoires universitaires. • Tenir des registres détaillés et exacts et élaborer des procédures opérationnelles normalisées (SOP). • Publier dans des revues à comité de lecture; contribuer aux articles et rapports de recherche scientifique.
Responsabilités supplémentaires au besoin : • Superviser l’équipe et planifier, diriger et attribuer le travail aux membres de l’équipe pour des initiatives et projets complexes et de grande envergure, y compris la conception, le développement et la mise en œuvre d’approches de biologie moléculaire et d’applications pour l’amélioration de la technologie de séquençage globale. • Travailler avec des groupes du département Production et Informatique de JGI pour optimiser les processus. • Fournir une assistance et des conseils aux post-doctorants.
Ce qui est requis : • 5 ans d’expérience dans le séquençage à haut débit, la génomique et / ou d’autres programmes biologiques au-delà du diplôme habituel le plus élevé dans les sciences de la vie, la bioinformatique, la biotechnologie ou d’autres domaines pertinents. • Expérience avérée de l’analyse d’ensembles de données de séquençage de nouvelle génération avec une expérience avérée dans ce domaine reflétée dans des publications récentes ou en attente. • Expérience démontrée avec Python, PERL , R ou des langages de programmation similaires. • Expérience démontrée avec Unix / Linux, y compris le travail sur la ligne de commande, la création de scripts Bash et l’installation de programmes et de packages. • Connaissance et compréhension substantielles des outils bioinformatiques pour l’analyse de scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq / DAP-seq, regroupement des caractéristiques génomiques HiC, analyse du réseau de régulation des gènes, phylogénie et génomique comparative. • Capacité à mener de manière indépendante des recherches de haute qualité avec créativité. • Expertise technique dans le séquençage de nouvelle génération à haut débit et soutien des techniques de biologie moléculaire et de la technologie de laboratoire. • Expertise en isolement de protoplastes / sphéroplastes végétaux et fongiques, noyaux et chromatine intacte, et préparation de bibliothèques de séquençage génomique et épigénomique (scRNA-seq, scATAC-seq, DAP-seq, ChIP-seq). • Expertise en génomique computationnelle. • Aptitude avérée à diriger une équipe scientifique pendant la conception, la mise en œuvre et le suivi de la réalisation des objectifs du projet. • Capacité à établir des priorités et à travailler efficacement avec diverses équipes techniques, scientifiques et opérationnelles. • Solides compétences analytiques et organisationnelles. • Excellentes compétences en communication interpersonnelle, orale et écrite. • Capacité à travailler de manière autonome et au sein d’une équipe diversifiée. • Un engagement et une capacité démontrée à effectuer des recherches collaboratives dans un environnement d’équipe.
Qualifications souhaitées supplémentaires : • Doctorat en sciences de la vie, bioinformatique, biotechnologie ou autre domaine pertinent. • Expérience postdoctorale. • Expérience en biologie végétale.
L’affectation restera ouverte jusqu’à ce que le poste soit pourvu, mais pour un examen approfondi, veuillez postuler avant la fermeture des bureaux le 25 août 2020.
Remarques : • Il s’agit d’un engagement à temps plein d’une durée d’un an avec possibilité de prolongation ou de conversion en engagement de carrière en fonction d’un rendement professionnel satisfaisant, de la disponibilité continue des fonds et des besoins opérationnels continus. • MF, exonéré (payé mensuellement) de la rémunération des heures supplémentaires. • Ce poste peut faire l’objet d’une vérification des antécédents. Toute condamnation sera évaluée pour déterminer si elle est directement liée aux responsabilités et aux exigences du poste. Avoir des antécédents de condamnation ne disqualifiera pas automatiquement un candidat d’être considéré pour un emploi. • Les travaux seront principalement exécutés au: Lawrence Berkeley National Lab, 1 Cyclotron Road, Berkeley, Californie.
Comment postuler Postulez directement en ligne à http://50.73.55.13/counter.php?id=184169 et suivez les instructions en ligne pour terminer le processus de candidature.
En savoir plus sur nous : JGI & Berkeley Lab: une vue pour alimenter une science innovante dans l’intérêt public Ils disent que tout est une question de localisation et Berkeley Lab a tout pour plaire : une vue sur la baie de San Francisco, des brises fraîches et une science multidisciplinaire de classe mondiale à l’intérieur un écosystème de recherche diversifié et respectueux de 5 000 personnes. Il y a près de 90 ans, Ernest Orlando Lawrence, l’inventeur du cyclotron, a réuni des physiciens, biologistes, ingénieurs et mathématiciens à Berkeley au-dessus du campus de l’Université de Californie pour relever les défis scientifiques les plus urgents. Aujourd’hui, après avoir remporté 13 prix Nobel, Berkeley Lab a maintenu et développé cette tradition de science d’équipe ouverte et interdisciplinaire, illustrée par la façon dont le US Department of Energy Joint Genome Institute ( JGI) aborde les défis énergétiques et environnementaux les plus urgents en utilisant des approches de science intégrative du génome. JGI s’installe dans le nouveau bâtiment de pointe de la génomique intégrative ( IGB ) avec la base de connaissances du département américain de la biologie des systèmes énergétiques (KBase) pour repousser les frontières de l’énergie et des sciences environnementales en partenariat avec la communauté mondiale des des chercheurs. Allez-vous vous joindre à nous et être un élément essentiel de nos prochaines découvertes révolutionnaires?
Berkeley Lab ( LBNL , http://www.lbl.gov/ ) relève les défis scientifiques les plus urgents au monde en faisant progresser l’énergie durable, en protégeant la santé humaine, en créant de nouveaux matériaux et en révélant l’origine et le destin de l’univers. Fondé en 1931, l’expertise scientifique de Berkeley Lab a été récompensée par 13 prix Nobel. L’Université de Californie gère Berkeley Lab pour le bureau des sciences du département américain de l’énergie.
Travailler chez Berkeley Lab offre de nombreuses récompenses, notamment un programme de rémunération compétitif, d’excellents programmes de santé et de bien-être, un programme de retraite sans pareil et des opportunités de développement exceptionnelles. Pour afficher des informations sur les nombreuses récompenses offertes au Berkeley Lab, cliquez ici ( https://hr.lbl.gov/ ).
Egalité des chances en matière d’emploi: Berkeley Lab est un employeur offrant l’égalité des chances et l’action positive. Tous les candidats qualifiés recevront une considération pour l’emploi sans égard à la race, la couleur, la religion, le sexe, l’orientation sexuelle, l’identité de genre, l’origine nationale, le handicap, l’âge ou le statut d’ancien combattant protégé. Berkeley Lab est en conformité avec la disposition de non-discrimination de transparence salariale sous 41 CFR 60-1.4 ( https://www.dol.gov/ofccp/PayTransparencyNondiscrimination.html ). Cliquez ici ( https://www.dol.gov/ofccp/regs/compliance/posters/ofccpost.htm ) pour voir l’affiche: «L’égalité des chances en matière d’emploi est la loi».
Lawrence Berkeley National Laboratory encourage les candidatures de femmes, de minorités, d’anciens combattants et d’autres groupes sous-représentés envisageant actuellement des carrières dans la recherche scientifique.
