Bourse postdoctorale : biologie computationnelle spatiale et unicellulaire pour l’oncologie de précision

L’EMBL est le laboratoire phare de l’Europe pour les sciences de la vie – une organisation intergouvernementale avec plus de 110 groupes de recherche indépendants et équipes de service couvrant le spectre de la biologie moléculaire. Elle opère sur six sites à Heidelberg (siège social), Barcelone, Cambridge, Grenoble, Hambourg et Rome. Notre mission est d’effectuer de la recherche fondamentale en biologie moléculaire; former des scientifiques, des étudiants et des visiteurs à tous les niveaux ; offrir des services vitaux aux scientifiques des secteurs public et privé des États membres ; développer de nouveaux instruments et méthodes; et s’engager activement dans le transfert de technologie.

À propos du projet:  La redirection des lymphocytes T autologues par des anticorps bispécifiques (BsAb) est un principe thérapeutique important pour traiter les lymphomes à cellules B. Les réponses au traitement diffèrent fortement entre les patients. Il existe un besoin médical urgent pour une meilleure compréhension des mécanismes de résistance, des biomarqueurs pour la prédiction de la réponse et des cibles combinatoires pour l’amélioration de la réponse. Les facteurs intrinsèques de la tumeur, par exemple les altérations génétiques et épigénétiques, et les facteurs extrinsèques, par exemple la composition et l’état fonctionnel du microenvironnement des ganglions lymphatiques, sont d’intérêt.

Nous appliquons des tests omiques et spatiaux à résolution unicellulaire modernes (y compris CITE-Seq et immunohistochimie hautement multiplexée) pour caractériser les tumeurs et leurs microenvironnements dans le cadre d’une étude clinique prospective de patients traités avec des BsAbs. Ce travail se déroule dans le cadre du projet Transcan-3 Anticorps bispécifiques dans le lymphome : profilage microenvironnemental pour prédire la réponse au traitement et découvrir les mécanismes de résistance immunogène (BIALYMP). Cette collaboration internationale combine des groupes de recherche biotechnologique et informatique avec des oncologues cliniques et est coordonnée par Wolfgang Huber (EMBL).

Nous recherchons un biologiste informaticien / bioinformaticien qui combinera la recherche de découverte biologique axée sur les données, le développement de méthodes informatiques ou statistiques requises, ainsi que la gestion centrale et l’analyse intégrative des données de recherche. Le poste offre d’excellentes opportunités pour compléter vos compétences existantes par de nouvelles, développer votre profil de recherche en biologie computationnelle et en biomédecine, et apporter une réelle contribution à l’amélioration des résultats pour les patients.

À propos de l’équipe :Le groupe de recherche de Wolfgang Huber à l’EMBL développe des méthodes d’analyse de données statistiques et d’apprentissage automatique pour les biotechnologies modernes, les applique à la découverte biologique et biomédicale et les traduit en outils réutilisables en s’engageant dans des communautés de logiciels open source. L’équipe interdisciplinaire et internationale entretient de solides collaborations avec des chercheurs en cancérologie et en biologie du développement. Ils utilisent des données expérimentales de pointe pour découvrir et comprendre les processus biologiques et développer de nouvelles applications biomédicales.

Ton rôle

Vous participerez au projet global BIALYMP et façonnerez votre propre profil de recherche dans un ou plusieurs des domaines suivants. La configuration du projet permet une certaine flexibilité dans la répartition des responsabilités en fonction des qualifications et des intérêts.

• Analyse et découverte de données :
• Développez des workflows d’analyse de données de bout en bout à l’aide des écosystèmes logiciels R/Bioconductor et/ou Python pour la bioinformatique, les statistiques et l’apprentissage automatique.
• Découvrez de nouvelles informations passionnantes à partir des données, souvent en collaboration avec des experts du domaine biomédical.
• Développement de méthodes et benchmark :
• Testez et comparez l’analyse des données unicellulaires et les méthodes statistiques existantes.
• Améliorez les méthodes selon vos besoins ou développez de nouvelles approches.
• Gestion des données : mettre en place des espaces de stockage de données partagés et une gestion des métadonnées qui prennent en charge le travail collaboratif, les analyses et la visualisation de grande puissance, ainsi que les pratiques scientifiques ouvertes telles que les données FAIR et la publication de logiciels parallèlement aux « articles » scientifiques.

Vous pourriez aussi avoir

Une formation en science des données biologiques, êtes enthousiaste à l’idée de faire ou de contribuer à des découvertes biologiques, vous êtes intéressé par la science interdisciplinaire, aimez le travail collaboratif et aimez communiquer des concepts et des résultats à d’autres scientifiques dans différents domaines de recherche.

** Vous ne répondez pas à toutes les exigences ? Nous nous engageons à créer un lieu de travail diversifié, inclusif et authentique, donc si vous êtes enthousiasmé par ce rôle mais que votre expérience passée ne correspond pas parfaitement à toutes les qualifications de la description de poste, nous vous encourageons à postuler quand même.

Que voulez-vous savoir d’autre

Nous sommes le laboratoire de recherche phare d’Europe pour les sciences de la vie – une organisation intergouvernementale effectuant des recherches scientifiques dans des disciplines telles que la biologie moléculaire, la physique, la chimie et l’informatique. Nous sommes un laboratoire international, innovant et interdisciplinaire avec plus de 1900 employés de nombreux pays, opérant sur six sites, à Heidelberg (siège), Barcelone, Hinxton près de Cambridge, Hambourg, Grenoble et Rome.

Notre mission est d’offrir des services vitaux dans la formation de scientifiques, d’étudiants et de visiteurs à tous les niveaux ; développer de nouveaux instruments et méthodes dans les sciences de la vie et s’engager activement dans des activités de transfert de technologie, et intégrer la recherche européenne dans le domaine des sciences de la vie. La langue de travail de l’institut est l’anglais.

Le contrat initial est d’une durée de trois ans avec possibilité de prolongation à durée déterminée

L’EMBL est signataire de DORA. Découvrez comment nous mettons en œuvre les meilleures pratiques en matière d’évaluation de la recherche dans nos processus de recrutement ici .

Si vous avez des questions avant de postuler pour ce poste, veuillez contacter Wolfgang Huber (wolfgang.huber@embl.org).

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Pour toute question ou problème concernant le processus de candidature, veuillez contacter recrutement@embl.org