10 postes de doctorat entièrement financés par l’UE – Antennes photosynthétiques dans un microscope informatique

Un réseau doctoral Actions Marie Skłodowska-Curie financé par l’Union européenne
Date de début : janvier 2024

La photosynthèse repose sur la récolte de la lumière du soleil et sur la transformation de l’énergie solaire en énergie chimique pour soutenir presque toute la vie sur terre. Une meilleure compréhension au niveau moléculaire de la photosynthèse, et en particulier du processus de collecte de la lumière, revêt une importance capitale.

Dans ce réseau doctoral, nous visons à former une nouvelle génération de scientifiques informatiques capables de traiter des problèmes complexes et interdisciplinaires tels que la récolte de lumière au niveau moléculaire à l’aide d’outils théoriques et informatiques. La nature interdisciplinaire du problème nécessite une connaissance combinée de la biologie, de la chimie, de la physique et de l’informatique afin de combiner des approches de pointe telles que les simulations de dynamique moléculaire, la chimie quantique, la spectroscopie théorique et l’apprentissage automatique dans des schémas multi-échelles.

Cette entreprise commune est une opportunité unique dans la recherche mais surtout aussi dans la formation de jeunes scientifiques au travail en équipe interdisciplinaire, à la formation aux méthodes et au calcul haute performance en milieu académique comme non académique.

Partenaires du réseau

Les bénéficiaires

• Université des constructeurs, Brême, Allemagne
  Coordinateur et scientifique responsable : Prof. Ulrich Kleinekathöfer
• Université de Patras, Grèce
  Vice-coordinateur et scientifique responsable : Prof. Vangelis Daskalakis
• Université de Pise, Italie
  Scientifique responsable : Prof. Benedetta Mennucci
• Université de Groningen, Pays-Bas
  Scientifique responsable : Prof. Thomas la Cour Jansen
• Université de Vilnius, Lituanie
  Scientifique responsable : Prof. Darius Abramavicius
• ICFO – Institut des Sciences Photoniques, Castelldefels, Espagne
  Scientifique responsable : Prof. Nicoletta Liguori
• Université Johannes Kepler de Linz, Autriche
  Scientifique responsable : Prof. Thomas Renger
• Institut de Technologie de Karlsruhe, Allemagne
  Scientifique responsable : Prof. Marcus Elstner
• Faccts GmbH , Cologne, Allemagne
  Scientifique responsable : Dr Christoph Riplinger
• OneAngstrom SAS , Grenoble, France
  Scientifique responsable : Dr Stéphane Redon

Partenaires associés

• SatAgro Sp. z o.o. z oo , Varsovie, Pologne
  Scientifique responsable : Dr Przemysław Żelazowski
• Universitat Politècnica de Catalunya , Espagne
  Scientifique responsable : Dr. Josep M. Font

Projets de recherche individuels

L’approche scientifique employée dans ce réseau doctoral présente l’avantage de combiner divers aspects de la modélisation informatique pour poursuivre les objectifs scientifiques du projet. Alors que les complexes de collecte de lumière sont de grands systèmes biologiques, les calculs d’état excité déterminent des connaissances détaillées en chimie quantique. La propagation de l’énergie d’excitation et la détermination de spectres non linéaires relèvent davantage du domaine de la (bio)physique. La plupart des calculs sont coûteux en numérique et, avec les techniques d’apprentissage automatique, le développement, l’adaptation et l’optimisation des codes numériques impliqués appartiennent au domaine de l’informatique.

Les méthodes employées exercent une forte complémentarité de telle sorte qu’à la fin, les doctorants acquerront une expertise dans des méthodologies individuelles mais acquerront également les connaissances nécessaires dans une vision holistique de la modélisation informatique, une caractéristique cruciale d’une nouvelle génération de scientifiques informatiques en biologie et biophysique. applications. Les simulations de dynamique moléculaire (Projets 2, 6, 10) alimenteront les méthodologies de la structure quantique et de la dynamique (des excitons) (Projets 1, 3, 8, 9), ces dernières étant nécessaires à la description spectroscopique des complexes captant la lumière (Projets 4, 5, 7). Malgré la complémentarité des méthodologies utilisées, les projets individuels peuvent également être largement indépendants les uns des autres, bien qu’ils ne développent toute leur puissance qu’en combinaison.

• Projet 1 : Transfert d’excitons et NPQ chez les diatomées : une approche multi-échelle utilisant l’apprentissage automatique (Kleinekathöfer, Brême, Allemagne)
• Projet 2 : L’espace configurationnel des protéines de liaison à la fucoxanthine et à la chlorophylle-a/c (FCP) chez les diatomées (Daskalakis, Patras, Grèce)
• Projet 3 : Modélisation multi-échelle du transport d’énergie pour la récupération de la lumière et la trempe non photochimique dans les usines supérieures (Mennucci, Pise, Italie)
• Projet 4 : Signatures spectroscopiques de l’annihilation et de l’extinction des excitons (Jansen, Groningen, Pays-Bas)
• Projet 5 : Développement d’approches de simulation pour la spectroscopie non linéaire de complexes moléculaires (Abramavicius, Vilnius, Lituanie)
• Projet 6 : L’espace configurationnel des complexes LH des plantes supérieures – détection et réponse aux changements de pH (Liguori, Castelldefels, Espagne)
• Projet 7 : États de transfert de charge et états excités supérieurs dans la récolte de lumière (Renger, Linz, Autriche)
• Projet 8 : Dynamique non adiabatique dans les complexes LH avec l’utilisation d’algorithmes de Machine Learning (Elstner, Karlsruhe, Allemagne)
• Projet 9 : Effets environnementaux (chaîne de solvants et de protéines) sur les calculs d’état excité QM de haute précision via QM/MM multi-échelles sur le complexe de récupération de lumière (Faccts, Cologne, Allemagne)
• Projet 10 : Prédiction du pKa pour les résidus du LHC, en présence d’interactions lipidiques-protéine LHC et LHC-caroténoïde (OneAngstrom, Grenoble, France)

Comment postuler aux postes de doctorat ?

10 postes de doctorat entièrement financés par l’UE disponibles !

Compétences/qualifications

• Le doctorant doit être titulaire d’une M.Sc. en (bio)physique, chimie, biologie (moléculaire) ou dans des disciplines connexes.
• Volonté de travailler sur des projets théoriques/informatiques hautement interdisciplinaires.
• La maîtrise de la programmation, par exemple en Python, sera certainement un avantage.
• En fonction du projet sélectionné, une expérience pratique antérieure dans l’exécution de codes de dynamique moléculaire ou de chimie quantique sera fortement appréciée.
• Bonnes compétences en anglais.

Avantages

L’UE apporte un soutien à chaque chercheur recruté sous la forme de

• Salaire mensuel compétitif, indexé sur le coût de la vie dans le pays où seront hébergés les doctorants. Les détails peuvent être discutés pendant le processus de candidature.
• Allocations de mobilité.
• Le cas échéant, allocations familiales, de longue durée et pour besoins spéciaux.

Critère d’éligibilité

Les chercheurs soutenus doivent être doctorants, c’est-à-dire ne pas être déjà titulaires d’un doctorat à la date du recrutement. Les candidats doivent respecter les règles de mobilité : de manière générale, ils ne doivent pas avoir résidé ou exercé leur activité principale (travail, études, etc.) dans le pays de l’organisme qui recrute pendant plus de 12 mois au cours des 36 mois précédant immédiatement leur recrutement. date. Les candidats peuvent être de n’importe quelle nationalité.

Processus de sélection

Toutes les candidatures passent d’abord par le processus en ligne. Les candidats doivent postuler par voie électronique avec leur CV, leur lettre de motivation et leurs relevés de notes dans un seul fichier. Les candidats présélectionnés peuvent être invités à des entretiens en ligne et, s’ils sont sélectionnés, ils devront peut-être déposer une candidature distincte auprès de l’université délivrant le doctorat, selon les exigences de cette université.

Appliquer maintenant

Veuillez remplir le formulaire et envoyer une lettre de motivation, un CV, un diplôme MSc&BSc incl.
Notez les relevés de notes par courrier électronique sous la forme d’un seul fichier PDF (10 Mo maximum) à photocam@constructor.university .

Emplacements

1. Constructeur Université Bremen gGmbH, Brême, Allemagne
2. Université de Patras, Grèce
3. Université de Pise, Italie
4. Université de Groningue, Pays-Bas
5. Université de Vilnius, Lituanie
6. ICFO – Institut des Sciences Photoniques, Espagne
7. Université Johannes Kepler de Linz, Autriche
8. Institut de technologie de Karlsruhe, Allemagne
9. Faccts GmbH, Allemagne
10.  OneAngstrom, Grenoble, France

Détails du projet

Financé par l’Union européenne à travers
le programme : Actions Marie Skłodowska-Curie au sein d’Horizon Europe (HORIZON)
Thème : Réseaux doctoraux (MSCA-DN)
Date de début : 1er janvier 2024
Durée : 4 ans
Convention de subvention ID : 101119442
Budget : 2 589 847 € ,20
Fiche d’information sur l’UE : https://cordis.europa.eu/project/id/101119442

Ce projet a reçu un financement du programme de recherche et d’innovation Horizon Europe de l’Union européenne dans le cadre de la convention de subvention Marie Skłodowska-Curie n° 101119442.