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La Novo Nordisk Foundation for Biosustainability ( DTU Biosustain) de l’Université technique du Danemark est à la recherche de doctorants très motivés et intéressés par les approches informatiques de la biologie des systèmes microbiens à des fins de conception de souches.
Nous cherchons à pourvoir quatre postes dans la nouvelle «Unité de reconstruction microbienne», dirigée par le PDG de DTU Biosustain , le professeur Bernhard Palsson et le CSOProf. Lars Keld Nielsen. Les reconstructions sont des collections de connaissances spécifiques à un organisme, telles que l’ensemble de toutes les réactions métaboliques qui ont lieu dans un organisme ou l’ensemble de toutes les structures protéiques déterminées expérimentalement. Ces reconstructions sont des ressources inestimables pour la conception rationnelle de souches microbiennes pour une multitude d’applications, mais leur disponibilité en dehors des organismes modèles est limitée.
Dans l’unité de reconstruction microbienne, nous développons de nouvelles reconstructions spécifiques à des organismes, des outils de calcul et des bases de données pour permettre le développement de souches microbiennes dans des organismes non modèles pour plusieurs applications, y compris la production de petites molécules, la production de composés bioactifs et les aliments microbiens. L’équipe travaille sur une gamme d’organismes, y compris des organismes de fermentation tels que Lactobacillus et Streptomyces, et des organismes C1 tels que les acétogènes, les méthanotrophes et les cyanobactéries.
Développement de modèles à l’échelle du génome
Vous travaillerez au sein d’une équipe interdisciplinaire se concentrant sur un groupe d’organismes, par exemple, les acétogènes, pour développer un ensemble hautement organisé de reconstructions des organismes individuels. Cela implique de travailler avec un certain nombre de sources de données volumineuses (par exemple, les génomes, les transcriptomes, les microréseaux phénotypiques), les bases de données existantes et une gamme de pipelines d’annotations existants. Le produit final est une reconstruction de haute qualité qui capture toutes les informations codifiables sur l’organisme et les rend disponibles pour la modélisation informatique. Vous utiliserez ces modèles pour explorer le potentiel inhérent des organismes ainsi que le potentiel de conception rationnelle.
Votre rôle sera principalement de réaliser des modélisations informatiques, de rédiger des publications scientifiques et de prendre 30 ECTSpoints des cours de doctorat pertinents requis dans les programmes de doctorat danois.
Master de deux ans (120 points ECTS ) ou équivalent en bio-ingénierie, biologie computationnelle ou bioinformatique
Nous recherchons des candidats titulaires d’un master de deux ans (120 points ECTS ) ou équivalent dans une discipline pertinente. Vous aurez de l’expérience en modélisation informatique pour les systèmes métaboliques avec une connaissance approfondie de la biochimie métabolique. Vous aurez également des compétences intermédiaires en programmation Python, idéalement avec une certaine expérience de l’interfaçage de bases de données et des scripts R.
La collaboration fait partie intégrante de ce projet et nous nous attendons à ce que vous puissiez démontrer vos antécédents pour collaborer avec succès avec vos pairs. Dans le même temps, la reconstruction exige des périodes de travail minutieux individuel et il est important que vous tiriez également satisfaction de ce mode de travail.
Approbation et inscription
La bourse pour le doctorat est soumise à l’approbation académique, et le candidat sera inscrit à l’un des programmes de diplôme général du DTU . Pour plus d’informations sur nos conditions d’inscription et la planification générale du programme d’études de doctorat, veuillez consulter le guide du doctorat DTU .
Informations complémentaires
Si vous souhaitez obtenir des informations supplémentaires sur le poste, veuillez contacter le professeur Bernhard Palsson à palsson@eng.ucsd.edu ou le professeur Lars Keld Nielsen à lars.nielsen@uq.edu.au . Vous pouvez en savoir plus sur DTU Biosustain sur www.biosustain.dtu.dk .
Salaire et conditions d’emploi
La période d’emploi est de trois ans. La nomination sera basée sur la convention collective avec la Confédération danoise des associations professionnelles. L’allocation sera convenue avec le syndicat concerné.
Procédure de candidature
Veuillez soumettre votre candidature en ligne au plus tard le 9 décembre 2020 (heure du Danemark) .
Postulez sur http://www.career.dtu.dk/
Les demandes doivent être soumises en un seul fichier PDF contenant tous les documents à prendre en considération. Pour postuler, veuillez ouvrir le lien «Postuler en ligne», remplir le formulaire de candidature en ligne et joindre tous vos documents en anglais dans un seul fichier PDF . Le dossier doit inclure:
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- Une lettre motivant la candidature (lettre de motivation)
- Curriculum vitae
- Relevés de notes et diplôme BSc / MSc
- Feuille Excel avec traduction des notes au système de notation danois (voir les lignes directrices et la feuille de calcul Excel ici )
Les candidats peuvent postuler avant d’obtenir leur master mais ne peuvent pas commencer avant de l’avoir reçu.
Les candidatures et les pièces jointes reçues après la date limite ne seront pas prises en considération.
Tous les candidats intéressés sans distinction d’âge, de sexe, de race, de handicap, de religion ou d’origine ethnique sont encouragés à postuler.
