12 postes de PhD/Post doc pour la conception et l’ingénierie de cellules synthétiques – Pays-Bas (NL)

La construction d’une cellule synthétique est l’un des plus grands défis scientifiques et technologiques du 21e ^siècle . Dans le cadre d’un vaste programme national néerlandais (EVOLF, https://www.evolf.life ) et d’un réseau européen de doctorat (ComeInCell, https://www.comeincell.org ), nous avons 12 postes de doctorat/postdoctorat disponibles pour les biophysiciens, bioingénieurs, biochimistes et biologistes moléculaires à l’Institut des sciences biomoléculaires et de la biotechnologie de Groningue ( https://www.rug.nl/research/gbb ) de l’Université de Groningue aux Pays-Bas.

Les postes sont disponibles dans cinq groupes de recherche différents pour des recherches informatiques ou expérimentales : (i) pour reconstruire expérimentalement des réseaux de réaction pour l’énergie métabolique et la synthèse de blocs de construction cellulaires ; (ii) pour construire des systèmes synthétiques de type cellulaire pour un fonctionnement et une croissance autonomes, ou (iii) pour développer des modèles informatiques à différents niveaux de complexité pour générer des conceptions de cellules synthétiques.

Postes

Groupe Poolman ( https://membraneenzymology.com )

• Poste 1 : Conception et construction de réseaux réactionnels. Nous intégrerons dans des vésicules de la taille d’une bactérie des modules métaboliques essentiels à la vie. Pour en savoir plus : doi: 10.1038/s41467-024-52085-z
• Poste 2 : Expansion membranaire dans les cellules synthétiques. Nous allons étendre la membrane des systèmes cellulaires en couplant le transport des lipides à la synthèse des lipides et à la régulation du volume. Pour en savoir plus : doi: 10.1021/acssynbio.4c00073
• Poste 3 : Évolution et intégration des modules métaboliques. Nous allons faire évoluer et coupler les réseaux de réaction grâce à la conception du génome, à la sélection, au criblage des performances et à l’IA. Pour en savoir plus : doi.org/10.21203/rs.3.rs-3990950/v1
• Poste 4 : Compartimentation et distribution spatiale des réseaux réactionnels dans les cellules synthétiques. Nous exploiterons les propriétés des condensats biomoléculaires pour améliorer l’efficacité des réseaux réactionnels pour l’approvisionnement en carburant et la synthèse des éléments constitutifs. Pour en savoir plus :doi: 10.1038/s42003-024-06216-3
• Position 5 : Expansion membranaire avec des condensats. Nous combinerons l’expansion active de la membrane avec l’expression de condensats d’ARN synthétiques pour concevoir des événements de restructuration complexes tels que l’engloutissement, l’exocytose, la rupture et/ou la fission de la membrane. Pour en savoir plus : doi: 10.1126/sciadv.abd7697

Groupe Heinemann ( www.heinemannlab.eu )

• Position 6 : Pour équiper les cellules synthétiques en ATP, NADH et acides aminés, nous allons établir une glycolyse synthétique construite de bas en haut dans des vésicules. Nousin vitro– de manière progressive – une voie glycolytique fonctionnelle et l’optimiserons. À cette fin, des analyses spectrométriques de masse de pointe seront utilisées ainsi qu’un modèle mathématique de glycolyse précédemment développé par le groupe.
• Position 7 : Pour équiper les cellules synthétiques d’ATP, de NADH et d’acides aminés, nous allons établir une glycolyse synthétique construite de bas en haut dans des vésicules. Nous allons concevoir un opéron synthétique pour cette voie et l’optimiser parin vivo. De manière progressive, nous construirons cet opéron synthétique sur un plasmide et supprimerons les gènes respectifs sur led’E. coli. Nous utiliserons des stratégies d’évolution et de mutation génétique ciblée pour optimiser la voie exprimée par le plasmide.

Groupe Slotboom (https://membraneenzymology.com)

• Position 8 : Pour équiper les cellules synthétiques de multiples voies métaboliques, des méthodes de reconstitution et d’organisation innovantes sont nécessaires. Nous explorerons les échafaudages protéiques, les compartiments liés et sans membrane, l’ingénierie rationnelle et basée sur l’IA pour obtenir des flux efficaces à travers plusieurs voies dans la même cellule synthétique.https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c00062
• Position 9 : Pour équiper les cellules synthétiques de processus associés à la membrane (tels que le transport de solutés), un mécanisme d’insertion de protéines membranaires est nécessaire. Nous identifierons un mécanisme d’insertion minimal et l’optimiserons pour une insertion efficace de transporteurs fonctionnels, en utilisant des tests biochimiques et biophysiques.doi: 10.1093/synbio/ysae007

Groupe Kamenz (kamenzlab.com)

• Position 10 : Pour qu’une cellule synthétique se divise en continu, la croissance cellulaire et la division cellulaire doivent être étroitement régulées et séparées dans le temps. Nous combinerons la biochimie des protéines, l’évolution dirigée et la modélisation mathématique pour développer un oscillateur synthétique et les modules de contrôle nécessaires pour piloter des cycles périodiques de croissance et de division cellulaire. Pour en savoir plus : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2796343/

Groupe Marrink (cgmartini.nl)

• Position 11 : Modélisation multi-échelle de la division cellulaire, étude de l’interaction entre lipides et protéines pour la conception rationnelle d’une fission efficace de cellules artificielles. Pour en savoir plus : https://doi.org/10.1038/s41467-020-16094-y
• Poste 12 : Simulations de dynamique moléculaire de cellules minimales, axées sur les propriétés et l’organisation de l’enveloppe cellulaire. Pour en savoir plus : https://doi.org/10.3389/fchem.2023.1106495

Exigences

• L’enthousiasme, l’excellence, l’engagement dans la recherche et l’esprit d’équipe sont nos principaux critères de sélection.

• Les formations sont de préférence dans le domaine de la biochimie, de la bio-ingénierie, de la biophysique, de la biologie moléculaire ou comparable.

• Les candidats à un poste de doctorat doivent avoir obtenu un master (ou équivalent). Les candidats postdoctoraux doivent avoir obtenu leur doctorat.

• Excellente maîtrise de la langue anglaise.

Conditions

Chaque poste peut être occupé soit par un doctorant (avec un contrat de quatre ans) soit par un postdoctorant (avec un contrat de trois ans). Les salaires seront proportionnels à l’expérience et comprendront un généreux ensemble d’avantages sociaux. Les dates de début sont flexibles. Cependant, une date de début préférée se situe dans les six premiers mois de 2025.

Comment postuler

Pour postuler à un (ou plusieurs) poste(s), envoyez par courriel un CV comprenant une brève description de votre motivation, de vos intérêts de recherche et de vos réalisations à EVOLF@RUG.NL , et joignez deux lettres de recommandation d’anciens conseillers/professeurs. Les lettres de recommandation peuvent également être envoyées directement par vos anciens conseillers . Veuillez indiquer pour quel(s) poste(s) vous postulez. Date limite de candidature : 1er décembre 2024.