Postdoc / chercheur en bioinformatique et génomique computationnelle Hôpital Brigham and Women – École de médecine de Harvard, Boston, États-Unis

Êtes-vous un passionné d’informatique avec un fort intérêt pour la génomique? Voulez-vous utiliser vos compétences informatiques pour résoudre des maladies humaines ? Au département de neurologie de la Harvard Medical School et du Brigham & Women’s Hospital, nous avons deux postes vacants : stagiaire postdoctoral et chercheur en génomique computationnelle. Les postes vacants sont bien pris en charge par les subventions du NIH et les fonds institutionnels. Le candidat travaillera dans un environnement interdisciplinaire avec des scientifiques de classe mondiale en bioinformatique, neurologie et neurosciences fondamentales.

1. 1. Postdoc en génomique computationnelle : ce poste est financé par une subvention NIH R01 de cinq ans . Nous étudierons les maladies neurodégénératives à l’aide d’un modèle d’organoïde cérébral dérivé d’iPSC et générerons des données multimodales de séries chronologiques de haute dimension sur le transcriptome, la protéomique, l’électrophysiologie des vésicules extracellulaires (VE) et des cellules. Les ARN totaux seront mesurés pour les véhicules électriques en utilisant la dernière méthode que nous avons développée (Chen et al. Nature Methods, 2021). ARN unicellulaire -seq et ATAC-seq sera également effectué pour les organoïdes générés. Pendant ce temps, nous appliquerons une plate-forme de mini-cerveau 3D à haut débit pour capturer les signaux d’électrophysiologie de l’organoïde en temps réel. Des réseaux de régulation génique associés au développement du cerveau et aux maladies neurodégénératives seront dérivés, y compris les nouveaux ARN régulateurs non codants basés sur nos publications récentes (par exemple, Dong et al., Nature Neuroscience, 2018 ; Chen et al. Nature Methods, 2021). Nous recherchons une personne passionnée par les maladies neurologiques et ayant de l’expérience dans l’analyse de données NGS et l’intégration de données multi-omiques. Des compétences en visualisation de données de grande dimension ou en modélisation de données de séries chronologiques sont un plus. Une formation en biologie du développement ou en maladies neurologiques est un plus.
   2. Chercheur scientifique en bioinformatique: Ce poste de chercheur scientifique se verra offrir un salaire et des avantages sociaux compétitifs et devrait fournir un service et un soutien en bioinformatique au corps professoral de la communauté HMS et Brigham. En tant qu’employé à temps plein dans le centre de génomique et de bioinformatique bien financé ( https://bioinformatics.bwh.harvard.edu/service/ ), le candidat travaillera avec le directeur pour développer des pipelines bioinformatiques pour les données NGS (par exemple, en vrac ARNseq tissulaire et unicellulaire, ATAC -seq, WGS / WES , ChIP-seq, Hi-C, etc.), fournissent à la communauté un service d’analyse de données standard et personnalisé et une formation en bioinformatique. Expérience dans le traitement brutLes fichiers FASTQ sont requis. Un codage/débogage fluide dans R, Linux bash et l’un des autres langages (par exemple, Python, Perl, C/C++ ou MATLAB ) est requis. Une expérience dans la construction de flux de travail/pipeline (par exemple, Snakemake, CWL / WDL ), le cloud computing (par exemple, AWS , GCP ), Docker ou Conda est un plus. Les capacités de générer des rapports résumés, de communiquer efficacement avec les scientifiques de laboratoire, une excellente gestion du temps et des attitudes adaptatives aux nouvelles technologies et outils sont des caractéristiques clés d’un candidat idéal.

Autres exigences de la qualification . Nous voulons que vous ayez (1) un article original antérieur publié en tant que premier auteur ; (2) un doctorat ou un doctorat équivalent (de préférence en bioinformatique, informatique ou génétique statistique); (3) expérience de recherche en bioinformatique et analyses de données pangénomiques; (4) de solides compétences quantitatives, de préférence en informatique, en bioinformatique ou en statistiques, sont nécessaires ; (5) compétence en programmation courante dans R & bash & (Python | Perl | C | C++ | MATLAB ); (6) excellent anglais écrit et parlé. Les candidats déterminés à réussir dans une carrière de recherche universitaire sont préférés et de tels cheminements de carrière sont disponibles.

Appliquer . Veuillez soumettre (1) votre CV, (2) une lettre de motivation décrivant votre motivation, vos objectifs, vos forces et vos faiblesses, et (3) les coordonnées de trois références au Dr Xianjun Dong ( xdong@rics.bwh.harvard.edu ) , et cc à notre assistante administrative Sherri Schwaninger à sschwaninger@bwh.harvard.edu .