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Dernière date de candidature 31 janv. 2022 00:00
Département GE35 – Département de médecine interne et de pédiatrie
Contrat à durée limitée
Diplôme Msc. en génie des biosciences, biotechnologie, biochimie, sciences (bio)médicales, sciences pharmaceutiques, bioinformatique, biologie computationnelle ou apparenté
Taux d’occupation 100%
Type de poste Personnel de recherche
Description de l’emploi
À propos du HIV Cure Research Center :
Le HIV Cure Research Center (HCRC) dirigé par le prof. Linos Vandekerckhove est niché dans le département de médecine interne et de pédiatrie de l’hôpital universitaire de Gand. L’objectif principal du centre de recherche est de soutenir et d’effectuer des recherches liées au réservoir du VIH et à la guérison du VIH. Le HCRC repose sur trois piliers importants. Premièrement, le groupe effectue des recherches fondamentales sur l’établissement et l’entretien des réservoirs du VIH. Deuxièmement, nous affinons et concevons de nouveaux tests pour surveiller les réservoirs du VIH chez les patients et troisièmement, nous développons de nouvelles approches pour éradiquer les réservoirs du VIH et concevons et réalisons des essais cliniques pour soutenir davantage la recherche d’un remède contre le VIH.
Description du projet:
Le principal obstacle à la guérison du VIH-1 est l’établissement d’un réservoir latent persistant qui n’est pas affecté par le traitement actuel du VIH-1. Ce réservoir a un impact variable sur l’inflammation en cours et l’activation immunitaire chez les personnes vivant avec le VIH-1. Bien que le réservoir ne contienne qu’une petite fraction de provirus intacts capables de se répliquer, ces provirus provoquent un rebond viral à l’arrêt du traitement, ce qui explique la nécessité d’un traitement à vie. Les mécanismes sous-jacents qui contribuent à l’établissement et au maintien de ces réservoirs varient parmi les personnes vivant avec le VIH-1 et ne sont pas complètement compris.
Questions de recherche:
La taille et l’activité du réservoir viral varient parmi les personnes vivant avec le VIH-1, ce qui entraîne plusieurs « phénotypes extrêmes » allant des personnes contrôlant naturellement le virus sans traitement aux personnes qui présentent une progression plus rapide de la maladie. Par conséquent, comprendre les moteurs de ces différences entre ces groupes donnera plus de perspicacité dans l’établissement et l’entretien de ces réservoirs.
Par conséquent, nous aborderons les questions suivantes :
1. Comment la taille et l’activité du réservoir diffèrent-elles dans une cohorte de 2000 personnes vivant avec le VIH-1 et identifier les personnes ayant des réservoirs très élevés/faibles et une charge immunitaire (phénotype extrême).
2. Quels processus biologiques, caractéristiques des patients et corrélats de l’hôte (omiques) sont associés à ces phénotypes cliniques extrêmes du VIH-1 ?
3. Rechercher des facteurs/corrélats dépendants de l’hôte de la taille et de l’activité du réservoir en corrélant plusieurs ensembles de données omiques (RNAseq, profilage des cytokines) à ces mesures de réservoir.
4. Évaluation des séquences intactes pleine longueur et des sites d’intégration et lien avec les ensembles de données intégrés.
Méthodologie:
Des échantillons de plasma et des cellules mononucléées de sang périphérique isolées du sang total sont utilisés pour évaluer la taille et l’activité du réservoir du VIH-1 chez 2000 patients (dans le cadre d’un projet de génomique fonctionnelle humaine, collecté à Radboud UMC Nijmegen, Erasmus MC Rotterdam, OLVG Amsterdam et ETZ Tilbourg). Le réservoir du VIH-1 est ensuite quantifié à l’aide de techniques numériques basées sur la PCR qui mesurent les transcrits d’ADN et d’ARN du VIH-1 totaux/intacts. De plus, des flux de travail basés sur le séquençage sont mis en œuvre pour déterminer le tropisme et le sous-type viral. Le plasma est utilisé pour effectuer des dosages d’ARN du VIH de faible niveau ou une séquence d’ARN du VIH circulant. À la fin, toutes les données sont intégrées à divers ensembles de données omiques (par exemple, profils de cytokines et informations sur le transcriptome) pour identifier les déterminants dépendants de l’hôte, comme cela avait été fait auparavant sur une cohorte limitée de patients.
Profil de l’emploi
- Vous êtes titulaire d’un master en ingénierie des biosciences, biotechnologie, biochimie, sciences (bio)médicales, sciences pharmaceutiques, bioinformatique, biologie computationnelle ou apparenté
- grand intérêt pour la recherche sur le VIH avec une volonté d’apprendre et d’adopter une variété de nouvelles techniques.
- une expérience pratique de R ou d’autres langages de programmation est un atout
- une expérience avec les techniques basées sur la PCR et le séquençage est un plus
- Vous êtes une personne très motivée et axée sur les résultats.
- Vous avez de solides compétences en résolution de problèmes.
- Vous êtes un joueur d’équipe flexible avec la capacité de travailler de manière autonome.
- Vous avez de bonnes compétences en communication et en rédaction (anglais).
comment s’inscrire
Pour plus d’informations ou pour postuler (inclure une lettre de motivation et un curriculum vitae avec les résultats de l’étude), veuillez contacter Prof. Dr. Linos Vandekerckhove ( linos.vandekerckhove@ugent.be ), Prof. Dr. Sarah Gerlo ( sarah.gerlo@ugent.be ) ) et Dr Evy Blomme (en cc; evy.blomme@ugent.be ).
