Poste postdoctoral de 24 mois : Enquête sur l’épidémiologie génétique du réservoir de Plasmodium Falciparum en Afrique de l’Ouest sahélienne (financé par Amidex)

PROFIL CHERCHEUR :  Postdoc / R2 : Docteurs 
DOMAINE(S) DE RECHERCHE1 : Sciences Biologiques, Sciences Médicales, Informatique
SOUS-DOMAINE OU DISCIPLINES DE RECHERCHE PRINCIPAL1 : Epidémiologie Génétique, Epidémiologie, Bioinformatique, Intelligence Artificielle

DESCRIPTION DE L’EMPLOI / DE L’OFFRE 
La transmission du paludisme persiste en Afrique de l’Ouest sahélienne et réaugmente depuis 2020. La transmission du parasite Plasmodium falciparum se produit principalement pendant la saison humide, entre juillet et novembre, et est largement absente de la saison sèche et chaude. Caractériser la diversité génétique de P. falciparum est essentiel pour comprendre la dynamique de transmission du parasite et répondre aux questions suivantes : Quels individus jouent le rôle de réservoirs pendant la saison sèche ? Qui transmet le parasite ? Quel est l’impact des mouvements de population sur la transmission ? Quel est l’impact des mesures de lutte contre le paludisme (telles que les moustiquaires et la chimioprophylaxie) sur la population parasitaire ? Les réponses seront cruciales pour l’éradication de la maladie.

Dans ce contexte, nous avons mené en 2021-2022 une étude de cohorte d’un an dans le district de Kédougou, au Sénégal (600 participants dans 4 villages), et dans les districts de Kati et Tombouctou, au Mali (300 participants dans 2 villages chacun). Notre objectif était de caractériser les parasites infectant les participants asymptomatiques aux différentes saisons (saison sèche, début et fin de la saison de forte transmission), et de surveiller la survenue d’épisodes cliniques. Nous avons collaboré avec MalariaGEN du Wellcome Sanger Institute pour coder à barres plus de 600 épisodes cliniques de paludisme à falciparum diagnostiqués par des postes de santé ou des agents de santé communautaires et avons détecté 952 infections à P. falciparum par qPCR, actuellement en cours de codage à barres.

Ce projet vise à analyser la structure génétique des populations de Plasmodium falciparum , afin d’éclairer la transmission inter-individuelle et communautaire à l’échelle locale (ménage, village) avec une approche transdisciplinaire intégrant épidémiologie génétique, géo-épidémiologie et intelligence artificielle.

Les principaux objectifs sont :

1. analyser les relations entre les génotypes de Plasmodium provoquant des symptômes et ceux détectés chez des porteurs asymptomatiques
2. identifier les groupes d’individus infectés par la même lignée parasitaire et identifier les chaînes de transmission
3. pour établir si la distance génétique entre des paires d’échantillons (telle que mesurée par Fst  ou IBD) est déterminée par la distance géographique, le temps entre deux échantillons ou obéit à des modèles plus complexes.

Après avoir obtenu la distance génétique et les clusters de parasites dans les lignées en collaboration avec l’équipe d’Antoine Claessens au LPHI Montpellier, le postdoc analysera la diversité génétique et les facteurs associés, puis exploitera les méthodes d’IA pour prédire la distance génétique et le clustering des lignées entre des paires d’échantillons en utilisant des méthodes supervisées et non supervisées. .

En parallèle, nous recrutons actuellement une cohorte beaucoup plus importante dans la même zone au Sénégal, pour analyser l’impact de l’administration massive de médicaments sur l’hôte et le parasite. Les données de génotypage seront disponibles en 2026, et ce poste sera prolongé de 2 ans supplémentaires (financement déjà disponible sur subvention ANR).   

Le postdoc rejoindra le groupe « Géoépidémiologie et santé globale » (GeoEpi) du SESSTIM, dirigé par le Pr Jean Gaudart. Le groupe développe une expertise en épidémiologie et en géographie sanitaire du paludisme et d’autres maladies infectieuses, allant de l’enquête sur la transmission à l’évaluation des interventions. Pour ce projet hautement interdisciplinaire, le postdoc travaillera avec le Dr Jordi Landier (GeoEpi) en étroite interaction avec le groupe SESSTIM AI dirigé par le Dr R Ureña, et avec des experts en génomique, parasitologie et bioinformatique de Plasmodium du groupe Dr A Claessens (LPHI, Montpellier ). Centre de recherche et de formation sur le paludisme de Bamako au Mali (Pr A Djimde, Pr I Sagara) ainsi que l’IRD Dakar (Dr EH Ba) et l’Université de Thiès (Pr JL Ndiaye).

Visites fréquentes de collaboration à l’UMR LPHI, équipe GATAC, Université de Montpellier, 34000 Montpellier, France

TYPE DE CONTRAT :  TEMPORAIRE / STATUT DE L’EMPLOI :  TEMPS PLEIN / HEURES PAR SEMAINE :  35h DATE
LIMITE DE CANDIDATURE :  31/05/2024 23:59 
DATE DE DEBUT ENVISAGEE :  01/09/2024
DURÉE ENVISAGÉE : 24 mois
EMPLOI NON FINANCÉ PAR UN CADRE DE RECHERCHE DE L’UE PROGRAMME

LIEU(S) DE TRAVAIL :  UMR SESSTIM, équipe QuanTIM, Faculté des Sciences Médicales et Paramédicales de la Timone, 25-27 Bd Jean Moulin, 13005 Marseille, France

CE QUE NOUS OFFRONS:

• Salaire statutaire du postdoc déterminé par Aix Marseille Université – environ 2 082,39 euros par mois après impôts
• Une prolongation de deux ans d’une subvention ANR déjà acquise.
• Un environnement dynamique avec une expertise en épidémiologie, biologie moléculaire et génétique des populations, avec de multiples collaborations internationales.

Informations complémentaires : Le Centre Euraxess d’Aix-Marseille Université informe les professeurs, chercheurs, postdoctorants et doctorants étrangers invités sur les démarches administratives à entreprendre avant leur arrivée à AMU et les différentes formalités pratiques à accomplir une fois en France : visas et conditions d’entrée. , assurances, aide à la recherche d’un logement, accompagnement à l’ouverture d’un compte bancaire, etc. Plus d’informations sur  le portail AMU EURAXESS

QUALIFICATIONS, DOMAINES DE RECHERCHE REQUIS, NIVEAU DE FORMATION REQUIS, COMPÉTENCES PROFESSIONNELLES, AUTRES EXIGENCES DE RECHERCHE 
Doctorat en : épidémiologie génétique, bioinformatique, biostatistique, intelligence artificielle ou santé publique avec un accent sur les méthodes quantitatives
Forte connaissance de l’apprentissage automatique et de la programmation Python et/ou R
Forte intérêt pour la recherche appliquée/opérationnelle et l’interdisciplinarité
Maîtrise de la rédaction scientifique requise
Connaissances de base en : santé publique, maladies infectieuses, biologie et/ou épidémiologie spatiale

Compétences générales :  Travail en équipe, Pensée analytique et critique, Capacité à travailler dans un contexte multiculturel/multilingue 

Langues : Anglais (C1 et plus), Français (A2 et plus)

DOCUMENTS DE CANDIDATURE DEMANDÉS, CRITÈRES D’ÉLIGIBILITÉ, PROCESSUS DE SÉLECTION
CV (mettant en évidence jusqu’à 5 publications principales)
Lettre de motivation
Adresse e-mail de deux anciens employeurs disposés à fournir une référence. 

COMMENT POSTULER 
E-mail : jordi.landier@ird.fr, antoine.claessens@umontpellier.fr, raquel.urena@univ-amu.fr, xavier.sau@univ-amu.fr