Bourse de doctorat en diversité et évolution des grappes de gènes biosynthétiques bactériens au Centre des métabolites secondaires microbiens, CeMiSt

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Nous offrons une bourse de doctorat au Département de biotechnologie et de biomédecine ( DTU Bioengineering) de l’Université technique du Danemark. Le projet de thèse fait partie du Centre des métabolites secondaires microbiens, CeMiSt et sera mené dans le groupe Interactions bactériennes et évolution dirigée par le professeur Ákos T. Kovács au DTU Bioengineering et dans le groupe Natural Products Genome Mining dirigé par Tilmann Weber au DTU Biosoutenir.

CeMiSt est un centre d’excellence financé par la Fondation nationale danoise pour la recherche. Le Centre a démarré en 2018 et fonctionnera pendant six ans avec une option de prolongation de quatre ans. Le Centre est basé à l’Université technique du Danemark et hébergé par le Département de biotechnologie et de biomédecine ( DTUbio-ingénierie). Trois départements DTU et 10 professeurs seniors participent au Centre et plus de 15 doctorants et post-doctorants sont embauchés. Le but de CeMiSt est de démêler le rôle biologique des métabolites secondaires microbiens dans les communautés microbiologiques naturelles. Le Centre est dirigé par le professeur Lone Gram.

Nous recherchons un candidat pour étudier la diversité de la production bactérienne de métabolites secondaires en utilisant l’analyse du génome et le séquençage du métagénome. Vous serez impliqué dans un projet de doctorat amusant sur l’analyse bioinformatique des séquences du génome, avec de solides connexions internationales, un environnement scientifique productif et un bon équilibre travail-vie personnelle.

Responsabilités et qualifications
Votre projet de doctorat contribuera à notre compréhension de la diversité et des changements évolutifs des groupes de gènes liés à la production microbienne de métabolites secondaires (MS). Vous effectuerez une analyse bioinformatique des génomes séquencés en interne et accessibles au public du genre Bacillus , en plus des données de métagénome enrichies. De plus, vous déterminerez la phylogénie du génome dans le genre Bacillus pour déterminer les taux de renouvellement et d’évolution des groupes de gènes biosynthétiques.

Votre expérience dans les domaines de la biologie computationnelle ou évolutive sera un avantage, notamment :

• • Expérience de travail avec de grands ensembles de données de séquençage
  • Connaissance de l’analyse de séquences du génome et/ou du métagénome et des stratégies d’assemblage
  • Expérience en R ou de préférence Python
  • Connaissance de l’analyse du taux d’évolution et de la théorie de l’évolution

Des connaissances préalables sur la biosynthèse des métabolites secondaires microbiens et une expérience de l’ extraction d’ ADN sont avantageuses ou la volonté d’apprendre est requise. Vous pouvez collaborer avec des scientifiques en chimie des produits naturels pour élucider les structures des composés clés associés aux groupes de gènes biosynthétiques.

Date de début prévue : décembre 2021 ou peu après.

Vous devez être titulaire d’un master en deux ans (120 points ECTS ) en biologie moléculaire, biologie, ingénierie ou d’un diplôme similaire avec un niveau académique équivalent à un master en deux ans.

Approbation et inscription
La bourse pour le doctorat est soumise à l’approbation académique et le candidat sera inscrit dans l’un des programmes menant à un diplôme général du DTU.. Pour plus d’informations sur nos conditions d’inscription et la planification générale du programme d’études de doctorat, veuillez consulter le Guide du doctorat DTU .

Évaluation
L’évaluation des candidats sera effectuée par le professeur Ákos T. Kovács et le professeur Tilmann Weber.

Nous offrons
DTU est une université technique de premier plan mondialement reconnue pour l’excellence de sa recherche, de son enseignement, de son innovation et de ses conseils scientifiques. Nous offrons un travail enrichissant et stimulant dans un environnement international. Nous visons l’excellence académique dans un environnement caractérisé par le respect collégial et une liberté académique tempérée par la responsabilité.

Salaire et conditions de nomination
La nomination sera basée sur la convention collective avec la Confédération danoise des associations professionnelles. L’indemnité sera convenue avec le syndicat concerné. La période d’emploi est de 3 ans.

Vous pouvez en savoir plus sur les cheminements de carrière chez DTU ici .

Informations
complémentaires De plus amples informations peuvent être obtenues auprès du professeur Ákos T. Kovács, tél. : +45 4525 2527, atkovacs@dtu.dk

Veuillez ne pas envoyer de candidatures à cette adresse e-mail ; suivez la procédure de candidature et de soumission électronique comme expliqué ci-dessous.

Vous pouvez en savoir plus sur DTU Bioengineering sur http://www.bioengineering.dtu.dk et un podcast DTUprésente le Centre qui est également décrit sur www.cemist.dtu.dk .

Si vous postulez depuis l’étranger, vous pouvez trouver des informations utiles sur le travail au Danemark et au DTU à DTU – Moving to Denmark .

Candidature
Veuillez soumettre votre candidature en ligne au plus tard le 24 septembre 2021 (heure danoise) .

Postulez sur www.career.dtu.dk

Les candidatures doivent être soumises sous la forme d’ un seul fichier PDF contenant tous les documents à prendre en considération. Pour postuler, veuillez ouvrir le lien « Postuler en ligne », remplir le formulaire de candidature en ligne et joindre tous vos documents en anglais dans un seul PDFfichier . Le dossier doit comprendre :

• • Une lettre motivant la candidature (lettre de motivation) – Veuillez fournir les coordonnées de deux références dans votre lettre de motivation.
  • Curriculum vitae
  • Relevés de notes et diplôme BSc/MSc
  • Feuille Excel avec traduction des notes vers le système de notation danois (voir les directives et la feuille de calcul Excel ici )

Vous pouvez postuler avant d’avoir obtenu votre master mais ne pouvez pas commencer avant de l’avoir obtenu.

Tous les candidats intéressés, quels que soient leur âge, leur sexe, leur race, leur handicap, leur religion ou leur origine ethnique, sont encouragés à postuler.

Le Centre des métabolites secondaires microbiensvise à établir quel effet les métabolites secondaires microbiens ont sur d’autres micro-organismes dans leur environnement naturel. Nous les avons traditionnellement perçues comme des « substances de compétition », mais dans les environnements naturels, elles sont rarement produites en quantités d’effet antibiotique. L’hypothèse du Centre est que les métabolites secondaires constituent un réseau de molécules signal qui affectent directement l’expression des gènes, le comportement et le métabolisme des microorganismes et jouent ainsi un rôle déterminant dans la composition et le fonctionnement des communautés microbiologiques. Nous explorerons cela dans une collaboration interdisciplinaire avec l’utilisation de méthodes basées sur des séquences, analytiques-chimiques, moléculaires, bioinformatiques et microbiologiques classiques.

Le Département de Biotechnologie et Biomédecine ( DTUBioingénierie) aborde des défis d’importance sociétale et scientifique dans les domaines de la biotechnologie, de la biomédecine, de la technologie alimentaire et de la santé humaine. Le département est basé à la fois sur la recherche fondamentale et appliquée et utilise des outils issus de la biochimie, de la biophysique, de la chimie, de la biologie cellulaire, de l’immunologie, de l’écologie et de la physiologie microbiennes, de la bioinformatique et de la bio-ingénierie. La recherche est menée dans trois domaines principaux : l’écologie et la physiologie microbiennes, la biotechnologie industrielle et les usines cellulaires, et la biomédecine et la santé. Le département collabore étroitement avec des unités de recherche et des industries nationales et internationales. Le DTU Bioingénierie compte env. 300 salariés dont 2/3 scientifiques. Le département est situé au DTU Lyngby Campus

Technologie pour les personnes
DTU développe la technologie pour les personnes. Grâce à nos programmes internationaux de recherche et d’études d’élite, nous contribuons à créer un monde meilleur et à résoudre les défis mondiaux formulés dans les 17 objectifs de développement durable des Nations Unies. Hans Christian Ørsted a fondé DTU en 1829 avec une vision claire de développer et de créer de la valeur en utilisant la science et l’ingénierie au profit de la société. Cette vision perdure aujourd’hui. DTU compte 12 900 étudiants et 6 000 employés. Nous travaillons dans une atmosphère internationale et avons un environnement de travail inclusif, évolutif et informel. DTU a des campus dans toutes les régions du Danemark et au Groenland, et nous collaborons avec les meilleures universités du monde.