Description

Le bois est un matériau utilisé depuis toujours pour des applications nombreuses et diversifiées, que ce soit pour constituer les structures de bâtiments dans le domaine de la construction, pour concevoir des pièces technologiques ou encore pour fabriquer des instruments de musique, des œuvres d’art ou mêmes des ruches. Le bois est un matériau hygroscopique. Les variations de sa teneur en eau entraînent des variations dimensionnelles importantes, notamment dans les directions transverses aux fibres. Lorsque ces déformations s’expriment librement, elles sont réversibles. On peut alors mesurer les coefficients de retraits et gonflements du bois, dans les directions principales d’anisotropie du matériau. Lorsqu’elles sont empêchées ou partiellement empêchées, un couplage apparaît entre chargement mécanique et variations de teneur en eau, on parle alors de phénomènes mécanosorptifs. On peut dans ce cas mesurer les efforts engendrés lors de variations dimensionnelles empêchées. Ces phénomènes peuvent être irréversibles, et augmentent lors de cycles de variations d’humidité sur une pièce de bois chargée mécaniquement. Ces phénomènes sont à l’origine de déformations permanentes des structures en bois sur de longues durées ou de jeux dans les assemblages structurels observés lors de variations d’humidité, ou encore à l’origine des fissures apparaissant dans les panneaux peints en bois du patrimoine, fortement contraints par des renforts au dos, et subissant de nombreuses variations d’humidité. Mieux connaître et quantifier ces phénomènes est important pour améliorer et optimiser l’utilisation des bois dans leur environnement hygroscopique, l’objectif étant à terme de pouvoir les modéliser pour les prédire, et mieux les prendre en compte afin d’éviter des situations parfois pathologiques. Les modèles développés seront notamment confrontés à des mesures expérimentales menées sur des structures du patrimoine culturel ayant subi des siècles de cycles de variations hygrothermiques.

Compétences requises

Nous recherchons pour ce projet doctoral un.e candidat.e avec un profil généraliste (Master ou École d'Ingénieurs, Master Sciences du bois) ayant de bonnes connaissances en comportement mécanique des matériaux, en caractérisation expérimentale et en modélisation numérique. Le profil du candidat recherché est résumé ci-dessous : - Formation en mécanique des matériaux avec une forte sensibilité expérimentale, - Connaissances de base en mécanique des milieux continus. Idéalement connaissance de la mécanique du bois, - Connaissances élémentaires en programmation (idéalement Python), - Capacité à interagir avec tous les membres du projet - Aptitudes dans la rédaction de rapports (et de publications) en français et en anglais.

Bibliographie

- Jullien D., Dupré J.C., Gauvin C., Uzielli L., Hesser F., Riparbelli L., Mazzanti P., Gril J, Tournillon G., Amoroso D., Hazael Massieux P., Stepanoff P., Bousvarou M. (2023) Hygromechanical behaviour of a 16th century painted wooden panel: in-situ experiments to quantify the mechanical effect of the frame and the cradle. Journal of Cultural Heritage, 64:266-274, DOI 10.1016/j.culher.2023.10.011 - Riparbelli L., Dionisi-Vici P., Mazzanti P., Brémand F., Dupré J.C., Fioravanti M., Giacomo G., Helfer T., Hesser F., Jullien D., Mandron P., Ravaud E., Togni M., Uzielli L., Badel E., Gril J. (2023) Coupling numerical and experimental methods to characterise the mechanical behaviour of the Mona Lisa: a method to enhance the conservation of panel paintings, Journal of Cultural Heritage, 62:376-386, DOI 10.1016/j.culher.2023.06.013 - Patrick Perré, Romain Rémond, Giana Almeida, Pedro Augusto & Ian Turner (2023): State-of-the-art in the mechanistic modeling of the drying of solids: A review of 40 years of progress and perspectives, Drying Technology, DOI: 10.1080/07373937.2022.2159974 - Alkadri, A., Jullien, D., Arnould, O., Rosenkrantz, E., Langbour, P., Hovasse, L., & Gril, J. (2020). Hygromechanical properties of grenadilla wood (Dalbergia melanoxylon). Wood Science and Technology, 54(5), 1269-1297. DOI 10.1007/s00226-020-01215-z - Dupré J.C., Jullien D., Uzielli L., Hesser F., Riparbelli L., Gauvin C., Mazzanti P., Gril J., Tournillon G., Amoroso D., Massieux P., Stépanoff P., Bousvarou M. (2020). Experimental study of the hygromechanical behaviour of a historic painting on wooden panel: devices and measurement techniques. Journal of Cultural Heritage, 46 :165-175, DOI: 10.1016/j.culher.2020.09.003 - Dupleix, A., Jullien, D., Maïzi, P. M., & Schatz, B. (2019). Practices, knowledge and expectations of beekeepers and beehive suppliers regarding the wood material used for building beehives in the South of France. Journal of Rural Studies. DOI 10.1016/j.jrurstud.2020.04.005 - Mazzanti, P., Colmars, J., Gril, J. et al. A hygro-mechanical analysis of poplar wood along the tangential direction by restrained swelling test. Wood Sci Technol 48, 673–687 (2014). https://doi.org/10.1007/s00226-014-0633-4

Mots clés

bois, hygromécanique, retrait-gonflement, anisotropie, expérimentation, simulation

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisAucun

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Madame Delphine JULLIEN

Contact

Madame Delphine JULLIEN

 04 67 14 34 31

 delphine.jullien@umontpellier.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description Le bois est un matériau utilisé depuis toujours pour des applications nombreuses et diversifiées, que ce soit pour constituer les structures de bâtiments dans le domaine de la construc...View more

Description

Les matériaux magnétiques jouent un rôle important dans les technologies de stockage de l'information, les appareils de communication, la spintronique, l'informatique quantique et les équipements médicaux. Les exigences pour ces applications incluent l'évolutivité et la haute densité, ce qui signifie nécessairement une petite taille, un stockage ou un transfert de données plus rapide, des signaux de sortie plus élevés, une faible consommation d'énergie, un faible coût et un contrôle reproductible des états magnétiques. Le projet de doctorat est une étude fondamentale qui vise à créer des aimants moléculaires 1D ou 2D avancés en confinant les aimants moléculaires simples (SMM) dans des nanostructures (NS) 1D ou 2D, conduisant à des aimants à chaîne unique (SCM@NS) qui présentent un meilleur contrôle. et propriétés magnétiques adressables. Les NS, tels que les nanotubes de carbone ou de nitrure de bore (CNT), le graphène à quelques couches ou les TMD, agissent comme des nano-conteneurs chimiquement et thermiquement inertes pour réaliser des arrangements moléculaires qui ne sont pas possibles dans l'espace libre et pour contrôler les phénomènes de coopération afin de favoriser de fortes inter et échange intramoléculaire et anisotropie magnétique. La conductivité électrique accordable de NS rendra en outre les SCM électriquement accessibles grâce à la magnétoconductance. Les travaux de doctorat proposés visent un magnétisme moléculaire mieux contrôlé et adressable en confinant les SMM à l'intérieur des NS (Figure 1) qui présentent diverses propriétés chimiques (chimiquement inertes, fragments actifs et fonctionnels rédox) et propriétés physiques (lacunes optiques, conduction électrique et magnétisme). . Notre groupe, spécialisé dans les études sur les nanostructures carbonées, s'est récemment intéressé au confinement d'espèces telles que les molécules d'iode, de quaterthiophène ou de phtalocyanine. Les propriétés physiques sont principalement étudiées par spectroscopies Raman et photoluminescence. À partir des mesures Raman, le transfert de charge du colorant confiné vers le nanotube peut être mis en évidence. Les expériences de photoluminescence peuvent démontrer des changements sur les propriétés d'émission après encapsulation. L'objectif principal de cette thèse est l'étude des propriétés physiques principalement par spectroscopies Raman et photoluminescence des différentes molécules confinées dans des nanotubes de carbone simple paroi. Il s'agit notamment d'étudier les propriétés structurales, optiques, électroniques et magnétiques, tant à l'échelle macroscopique qu'à l'échelle individuelle. Des expérimentations sur des installations à grande échelle (ILL, Grenoble, France) sont possibles.

Compétences requises

Ce projet est adapté à un étudiant ayant une expérience solide en photonique, optique ou physique fondamentale. La connaissance préalable de la science des nanotubes de carbone n'est pas nécessaire. La thèse implique un travail expérimental substantiel pour la préparation des échantillons et l'utilisation de la configuration optique de l'espace libre, de sorte que les compétences pour le travail expérimental sont obligatoires. Un bon goût pour la recherche interdisciplinaire et l'apprentissage de nouvelles choses est également essentiel.

Bibliographie

(1) Chorro, M.; Kané, G.; Alvarez, L.; Cambedouzou, J.; Paineau, E.; Rossberg, A.; Kociak, M.; Aznar, R.; Pascarelli, S.; Launois, P.; Bantignies, J. L. 1D-Confinement of Polyiodides inside Single-Wall Carbon Nanotubes. Carbon 2013, 52, 100–108. https://doi.org/10.1016/j.carbon.2012.09.010. (2) Alvarez, L.; Almadori, Y.; Arenal, R.; Babaa, R.; Michel, T.; Le Parc, R.; Bantignies, J.-L.; Jousselme, B.; Palacin, S.; Hermet, P.; Sauvajol, J.-L. Charge Transfer Evidence between Carbon Nanotubes and Encapsulated Conjugated Oligomers. The Journal of Physical Chemistry C 2011, 115 (24), 11898–11905. https://doi.org/10.1021/jp1121678. (3) Almadori, Y.; Alvarez, L.; Le Parc, R.; Aznar, R.; Fossard, F.; Loiseau, A.; Jousselme, B.; Campidelli, S.; Hermet, P.; Belhboub, A.; Rahmani, A.; Saito, T.; Bantignies, J.-L. Chromophore Ordering by Confinement into Carbon Nanotubes. The Journal of Physical Chemistry C 2014, 118 (33), 19462–19468. https://doi.org/10.1021/jp505804d. (4) Alencar, R. S.; Aguiar, A. L.; Ferreira, R. S.; Chambard, R.; Jousselme, B.; Bantignies, J.-L.; Weigel, C.; Clément, S.; Aznar, R.; Machon, D.; Souza Filho, A. G.; San-Miguel, A.; Alvarez, L. Raman Resonance Tuning of Quaterthiophene in Filled Carbon Nanotubes at High Pressures. Carbon 2021, 173, 163–173. https://doi.org/10.1016/j.carbon.2020.10.083. (5) Alvarez, L.; Fall, F.; Belhboub, A.; Le Parc, R.; Almadori, Y.; Arenal, R.; Aznar, R.; Dieudonné-George, P.; Hermet, P.; Rahmani, A.; Jousselme, B.; Campidelli, S.; Cambedouzou, J.; Saito, T.; Bantignies, J.-L. One-Dimensional Molecular Crystal of Phthalocyanine Confined into Single-Walled Carbon Nanotubes. The Journal of Physical Chemistry C 2015, 119 (9), 5203–5210. https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.5b00168.

Mots clés

nanotubes, magnétisme, nanostructures 1D &2D, spectroscopie, optique

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisAucun

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Monsieur Laurent ALVAREZ

Contact

Monsieur Laurent ALVAREZ

 04-67-14-35-41

 laurent.alvarez@umontpellier.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description Les matériaux magnétiques jouent un rôle important dans les technologies de stockage de l’information, les appareils de communication, la spintronique, l’informatique quanti...View more

Description

La protéine caroténoïde orange (OCP) est une protéine photoactive impliquée dans la photoprotection des cyanobactéries. Récemment, un mécanisme de photoactivation a été proposé, dans lequel l'état S2 initialement excité produit plusieurs états excités caractérisés par des durées de vie distinctes (ICT, S1, S*), mais aucune confirmation structurale n’a pu être apportée à ce jour. Un seul de ces états excités est le précurseur de l'état biologiquement actif de l’OCP, formé à l’échelle de la seconde. Afin de comprendre le mode d’action de l’OCP, nous proposons de la « filmer en pleine action », grâce à la cristallographie résolue en temps. Spécifiquement, nous proposons de caractériser les structures des états intermédiaires formés de l’échelle de la femtoseconde à la milliseconde, en réalisant une expérience de cristallographie résolue en temps ultra-courts. Cette expérience rééquerrera l’utilisation d’un laser à électrons libres (XFEL). Parallèlement, nous utiliserons la nouvelle ligne de lumière ID29 de l’ESRF, dédiée à la cristallographie résolue en temps, pour déterminer les structures des états intermédiaires se formant ultérieurement, de l'échelle de la milliseconde à la seconde. Notre projet de biologie structurale intégrée permettra de visualiser les changements conformationnels subis par l’OCP lors de sa photoactivation, de l'échelle photochimique (centaines de femtosecondes) à l'échelle photobiologique (secondes). Il ouvrira ainsi la voie à une compréhension détaillée du mécanisme de photoactivation et à l’exploitation de l’OCP en optogénétique ou comme « fusible moléculaire » dans les systèmes photosynthétiques biomimétiques.

Compétences requises

Nous chercherons à recruter un candidat ayant un intérêt marqué pour, et une formation solide en biologie structurale, ce qui facilitera l’acquisition des savoirs requis. Sa tâche principale consistera à déterminer la structure des différents intermédiaires réactionnels de l'OCP en utilisant à la fois la cristallographie conventionnelle (basée sur l'oscillation) et la cristallographie sérielle résolue en temps (TR), telle qu’implémentée dans les synchrotrons (TR-SSX) et les lasers à électrons libres à rayons X (XFEL ; TR-SFX). Le protocole de purification de l'OCP et ses conditions de cristallisation (pour former soit des macrocristaux adaptés à la cristallographie conventionnelle, soit des microcristaux adaptés à la cristallographie sérielle) étant déjà connus et utilisés dans notre laboratoire (Andreeva et al., 2022, Biophys J ; Wilson et al., 2022, BBA Bioenergetics), le candidat sera en mesure de procéder aux expériences de caractérisation spectroscopique et de piégeage d’intermédiaires par trempe rapide dès les premiers mois de la thèse. Ces données seront essentielles pour obtenir les temps de faisceau synchrotron et XFEL nécessaires à la conduite de nos expériences de TR-SSX et TR-SFX, respectivement. Nous envisageons que les premières collectes de données TR-SSX aient lieu dès la seconde moitié de la première année, et que la collecte de données TR-SFX se déroule au cours de la deuxième année de la thèse de doctorat (et au pire au cours de la première moitié de la troisième année). Après chaque collecte de données, l'étudiant.e traitera les données et déterminera la (les) structure(s) associée(s) en utilisant les méthodes d'extrapolation développées au laboratoire (De Zitter et al., 2022, Commun. Biol.). Elle/il construira le meilleur modèle décrivant les étapes de la réaction dans le processus d'extinction de l'OCP et testera les hypothèses mécanistes en générant des mutants OCP. Enfin, l'étudiant.e rédigera les résultats de ses études dans des publications de recherche. La/le candidat.e sera encouragé.e à commencer la thèse par une étude bibliographique et à suivre la littérature au cours du projet. Cela permettra non seulement de prendre des décisions correctes tout au long du projet, mais aussi de faciliter la rédaction des articles et de la thèse.

Bibliographie

Recent key publications of the IBS DYNAMOP group : Barends TRM et al., 2024 Nature, 626, 905-911 Tetreau et al., 2022, Nature Commun, 13:4376 Sorigue et al., 2021, Science, 372: eabd5687 Tetreau et al., 2020, Nature Commun, 11:1153 Nass-Kovacs et al., 2019, Nature Commun, 10:3177 Coquelle et al., 2018, Nature Chem, 10, 31-37. Tayeb-Fligelman et al., 2017, Science, 355:831-833. Colletier et al., 2016, Nature, 539:43-47.

Mots clés

cristallographie résolue en temps, protéine carotenoid orange, quenching d'énergie, optogénétique

Offre boursier / non financée

Réservée aux pays suivants

Pays

Mexique (Conacyt)

Si vous êtes une institution d'accueil française, vous trouverez plus d'information sur ce programme à cette page

Dates

Date limite de candidature 31/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisB1 (pré-intermédiaire)

Niveau d'anglais requisB2 (intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable du programme

Monsieur Jacques Philippe COLLETIER

Contact

Monsieur Jacques Philippe COLLETIER

 0457428515

 colletier@ibs.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description La protéine caroténoïde orange (OCP) est une protéine photoactive impliquée dans la photoprotection des cyanobactéries. Récemment, un mécanisme de photoactivation a été proposé,...View more

Description

La sécrétion biliaire est une fonction essentielle du foie, nécessaire à la digestion des graisses alimentaires et l’élimination de xénobiotiques et de métabolites endogènes. Cette fonction dépend majoritairement de l’activité de transporteurs ABC (ATP-Binding Cassette) localisés au niveau de la membrane canaliculaire des hépatocytes parmi lesquels les transporteurs ABCB4, ABCB11 et ABCG5/G8 qui permettent la sécrétion respective de phospholipides, de sels biliaires et de cholestérol dans la bile. Ces trois composants de la bile forment des micelles mixtes dans l’environnement aqueux de la bile, ce qui évite la formation de calculs de cholestérol ainsi que l’action détergente des sels biliaires libres. Des variations génétiques de ces transporteurs ABC sont associées à des maladies cholestatiques rares, les formes les plus sévères de ces maladies étant les cholestases intrahépatiques familiales progressives (PFIC) de type 2 (défauts d’ABCB11) et 3 (défauts d’ABCB4) qui touchent principalement les enfants durant les premiers mois de vie. Le traitement en première intention pour les pathologies liées à des déficits fonctionnels d’ABCB4 ou d’ABCB11 est basé sur l’administration d’acide ursodésoxycholique (UDCA), un acide biliaire peu hydrophobe permettant d’améliorer notamment la condition de patients atteints de formes légères de ces maladies cholestatiques. Néanmoins, ce traitement n’est pas (ou pas suffisamment) efficace chez les patients atteints des formes les plus sévères de ces maladies, qui nécessitent le plus souvent une transplantation hépatique. Dans ce contexte de besoin médical non satisfait et en se focalisant plus particulièrement sur le transporteur ABCB4, le projet proposé ici vise à : i) caractériser les déficits moléculaires et/ou cellulaires liés aux variations génétiques d’ABCB4 identifiée chez les patients ; ii) identifier et caractériser des petites molécules d’intérêt thérapeutique corrigeant les défauts moléculaires d’ABCB4 précédemment mis en évidence, à des stades précliniques (modèles cellulaires et murins). Les mutations identifiées chez les patients seront reproduites dans nos modèles cellulaires et analysées par des approches classiques de biologie moléculaire et cellulaire (microscopie, immunoblot, tests fonctionnels) afin de caractériser le déficit de ces variants (expression, trafic intracellulaire, fonction, stabilité). Concernant la pharmacothérapie ciblée, des petites molécules candidates seront testées afin d’analyser leur capacité à restaurer les déficits de ces variants. Les molécules testées seront principalement issues de stratégies de repositionnement (molécules validées dans le cadre d’autres approches/maladies) et de chimie médicinale (optimisation des molécules pour les rendre plus efficaces et moins toxiques), et incluent notamment des modulateurs d’ABCC7/CFTR (le canal chlorure muté dans la mucoviscidose) ainsi que d’autres molécules déjà identifiées par le laboratoire d’accueil. La capacité de restauration des molécules candidates sera analysée dans des modèles cellulaires adaptés et maîtrisés au sein du laboratoire d’accueil. Les meilleures molécules pourront être optimisées chimiquement afin d’augmenter le rapport bénéfice/toxicité par des approches de chimie médicinale. Parallèlement, des approches collaboratives in silico de chimie computationnelle nous guideront vers le choix des molécules les plus pertinentes, notamment par des analyses prédictives de docking moléculaire. Enfin, les meilleurs candidats médicaments pourront être validés dans un modèle de souris mimant la pathologie humaine. A terme, ce projet de recherche translationnelle devrait permettre d’identifier de nouvelles molécules en tant qu’alternative à la transplantation hépatique. Le cas échéant, l’utilisation des candidats médicaments nouvellement identifiés pourra être élargie à d’autres pathologies impliquant d’autres transporteurs ABC, notamment ABCB11, le transporteur canaliculaire de sels biliaires.

Compétences requises

La/le candidat(e) devra avoir au moins une première expérience en laboratoire et être capable de travailler de manière autonome tout en respectant les règles de vie et de sécurité au laboratoire. Elle/il devra avoir des connaissances liées au projet tant sur le plan théorique (physiopathologie de la sécrétion biliaire, pharmacothérapie ciblée) que le plan pratique (culture cellulaire et transfection, biologie moléculaire, biochimie, SDS-PAGE et immunoblot, immunofluorescence, microscopie optique conventionnelle et confocale). De plus, la/le candidat(e) sera amené(e) à travailler avec des modèles animaux (souris). Des connaissances et de l’expérience en expérimentation animale seraient donc un plus. Par ailleurs, le maniement de l’outil informatique (a minima les outils Internet et Microsoft office) ainsi qu’une bonne maîtrise de l’anglais (lu, parlé et écrit) sont des prérequis indispensables.

Bibliographie

Articles originaux : - Lakli M*, Dumont J*, Vauthier V, Charton J, Crespi V, Banet M, Riahi Y, Ben Saad A, Mareux E, Lapalus M, Gonzales E, Jacquemin E, Di Meo F, Deprez B, Leroux F§, Falguières T§. (*,§ equal contributions). Identification of new correctors for traffic-defective ABCB4 variants by a high-content screening approach. Submitted. - Gonzales E, Gardin A, Almes M, Darmellah-Remil A, Seguin H, Mussini C, Franchi-Abella S, Duché M, Ackermann O, Thébaut A, Habes D, Hermeziu B, Lapalus M, Falguières T, Combal JP, Benichou B, Valero S, Davit-Spraul A, Jacquemin E. Outcomes of 38 patients with PFIC3: Impact of genotype and of response to ursodeoxycholic acid therapy. JHEP Reports. 2023. 5(10):100844. - Mareux E, Lapalus M, Ben Saad A, Zelli R, Lakli M, Riahi Y, Almes M, Banet M, Callebaut I, Decout JL, Falguières T†, Jacquemin E†, Gonzales E† (†equal contributions). In vitro rescue of the bile acid transport function of ABCB11 variants by CFTR potentiators. Int J Mol Sci. 2022. 23(18), 10758. - Bruneau A, Delaunay JL, Durand-Schneider AM, Vauthier V, Ben Saad A, Aoudjehane L, El Mourabit H, Morichon R, Falguières T, Gautheron J, Housset C, Aït-Slimane T. MRCK-alpha and its effector myosin II regulatory light chain bind ABCB4 and regulate its membrane expression. Cells. 2022. 11(4):617. - Mareux E, Lapalus M, Ben-Saad A, Callebaut I, Falguières T, Gonzales E, Jacquemin E. In vitro functional rescue by ivacaftor of an ABCB11 variant involved in PFIC2 and intrahepatic cholestasis of pregnancy. Orphanet J Rare Dis. 2021. 16(1):484. - Ben Saad A, Vauthier V, Lapalus M, Mareux E, Bennana E, Durand-Schneider AM, Bruneau A, Delaunay JL, Gonzales E, Housset C, Aït-Slimane T, Guillonneau F, Jacquemin E, Falguières T. RAB10 interacts with ABCB4 and regulates its intracellular traffic. Int J Mol Sci. 2021. 22(13):7087. - Ben Saad A, Vauthier V, Tóth Á, Janaszkiewicz A, Durand-Schneider AM, Bruneau A, Delaunay JL, Lapalus M, Mareux E, Garcin I, Gonzales E, Housset C, Aït-Slimane T, Jacquemin E, Di Meo F, Falguières T. Effect of CFTR correctors on the traffic and the function of intracellularly retained ABCB4 variants. Liver international. 2021. 41(6):1344-1357. - Mareux E*, Lapalus M*, Amzal R, Almes M, Aït-Slimane T, Delaunay JL, Adnot P, Collado-Hilly M, Davit-Spraul A, Falguières T, Callebaut I, Gonzales E#, Jacquemin E#. Functional rescue of an ABCB11 mutant by ivacaftor: a new targeted pharmacotherapy approach in bile salt export pump deficiency (*,# equal contributions). Liver international. 2020. 40(8):1917-25. - Vauthier V, Ben Saad A, Elie J, Oumata N, Durand-Schneider AM, Bruneau A, Delaunay JL, Housset C, Aït-Slimane T, Meijer L, Falguières T. Structural analogues of roscovitine rescue the intracellular traffic and the function of ER-retained ABCB4 variants in cell models. Scientific Reports. 2019. 9(1):6653. Articles de revue : - Lakli M*, Onnée M*, Carrez T*, Becq F§, Falguières T§, Fanen P§ (*,§ equal contributions). ATP-binding cassette (ABC) transporters: from frequent to rare monogenic diseases. Submitted. - Ben Saad A*, Bruneau A*, Mareux E*, Lapalus M, Delaunay JL, Gonzales E, Jacquemin E, Aït-Slimane T#, Falguières T#. Molecular regulation of canalicular ABC transporters (*,# equal contributions). Int J Mol Sci. 2021. 22(4):2113. - Vauthier V, Housset C, Falguières T. Targeted pharmacotherapies for defective ABC transporters. Biochem Pharmacol. 2017. 136 :1-11. - Falguières T, Aït-Slimane T, Housset C, Maurice M. ABCB4: Insights from pathobiology into therapy. Clin Res Hepatol Gastroenterol. 2014. 38(5):557-63.

Mots clés

Sécrétion biliaire, Transporteurs ABC, Pharmacothérapie ciblée, Biologie cellulaire, Modèles cellulaires, Modèles animaux

Offre boursier / non financée

Ouvert à tous les pays

Dates

Date limite de candidature 03/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisB1 (pré-intermédiaire)

Niveau d'anglais requisB2 (intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Site web

Responsable

Monsieur Thomas FALGUIERES

Contact

Monsieur Thomas FALGUIERES

 +33169156294

 thomas.falguieres@inserm.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description La sécrétion biliaire est une fonction essentielle du foie, nécessaire à la digestion des graisses alimentaires et l’élimination de xénobiotiques et de métabolites endogènes. Cett...View more

Description

Il s'agit d'une thèse, dans la continuité de mes travaux précédents ('Des fantômes dans la voix. Une hypothèse neuropsychanalytique sur la structure de l'inconscient', A. Bazan, Liber, 2007). La dernière thèse doctorale soutenue sous ma direction (Olyff, 2023), a montré que les personnes tout-venant résolvent des rébus sans le savoir. C'est important car cela démontre expérimentalement que le monde nous environnant évoque, dans l'esprit des sujets, leurs fragments de langage associés, le plus souvent leurs noms. Ce qui est important dans cette démonstration c'est que cet effet inductif sur l'esprit de l'environnement se fait sans que le langage soit convoqué. L'arbre évoque le mot 'arbre' (et 'tronc' et 'feuilles' et...) même sans qu'il n'y ait personne d'autre présent dans la scène hormis le sujet et sans que le sujet n'en prenne conscience. Cette évocation peut bien sûr être très discrète en amplitude, mais elle doit néanmoins être supposée. Ceci apporte une nuance au paradigme hégémonique qui règne en sciences cognitives, qui est le dit paradigme 'visuosémantique' de e.a. Kosslyn : le monde nous environnant par son image évoque sa signification et ses associations significatives et le langage est un élément non-obiligatoirement activé, qui peut l'être néanmoins, mais comme une sorte d'extra, et le plus souvent quand il est explicitement convoqué (quand il y a, par exemple, au moins deux humains dans la scène). Notre recherche (Olyff et Bazan, 2023) démontre qu'il faut au moins apporter une nuance à ce paradigme. Ainsi, le monde de l'humain est aussi structuré linguistiquement, par le biais de sa structure phonémique, et ceci de façon irrépressible. C'est la première supposition qui permet d'étayer la proposition, exclusive à la psychanalyse Freudolacanienne, que le monde environnant peut avoir un effet mental sur l'esprit, non par sa sémantique mais par sa structure linguistique ou phonémique. Ainsi, si M. E, dans le cas de Freud, a une crise d'angoisse en essayant d'attraper un coléoptère noir ('Käfer' en Allemand), c'est aussi parce que 'Käfer' a un effet sur l'esprit de M. E, un effet puissant par son versant ambigu, 'Que faire?'. Construire un étayage expérimental peut se profiler comme une pièce maitresse, qui fait pivot dans un nombre de basculements épistémologiques et éthiques (en bref, la réfutabilité de la psychanalyse, la nécessité de la psychanalyse, l'irrationalité irréductible de la condition humaine et la détéléologisation de la psychologie). Cependant la thèse de la Dr. Olyff n'a pu mettre en évidence qu'une petite taille d'effet (5-10%). Dans la continuité de ses travaux, il s'agit de reprendre le même paradigme expérimental, qui est un paradigme d'amorçage avec des couples d'images, mais de mesurer deux paramètres qui sont supposés plus proximal de l'événement mental : le mouvement des yeux par eye-tracking d'une part et l'évènement neuronal par EEG (frequency tagging) de l'autre. La recherche doctorale cherchera a réaliser ces deux lignes de recherche. En ce qui concerne la partie eye-tracking un accord du comité éthique est déjà acquis et le paradigme expérimental est réalisé et tourne, avec une première récolte de données en cours. La partie frequency tagging est a mettre en route. Dans le souci de m'assurer de bons candidats à préparer pour le concours des contrats doctoraux en mai et en juin à l'Université de Lorraine à Nancy, je me permets de lancer l'annonce. Si ce sujet peut vous passionner, si vous vous sentez l'âme, l'enthousiasme et l'élan pour vous engager, tout en ayant une grande éthique de travail et de bons résultats académique, merci de me contacter. Parmi les candidats, une sélection se fera de mon côté, d'abord sur dossier et lettre de motivation et sur audition ensuite. Je me garde la prérogative de sélectionner le candidat qui me semble le plus coller au cahier des charges du contrat. Ce candidat sélectionné devra, dans un deuxième temps, passer l'examen doctoral de l'UL.

Compétences requises

-passion, intelligence, application, assiduité, autonomie, droiture -Master en Psychologie ou discipline connexe (science du langage, sciences cognitives, ...) -bon parcours académique (profil d'excellence) -passion pour la recherche fondamentale, les questions théoriques fondamentales -champs d'expertises qui seront mobilisés durant la thèse : psychanalyse, psycholinguistique, neuropsychologie, psychologie expérimentale, traitement des données

Bibliographie

Bazan, A. (2007). Des fantômes dans la voix. Une hypothèse neuropsychanalytique sur la structure de l’inconscient. Collection Voix Psychanalytiques. Editions Liber, Montréal 90. Bittencourt, J., Velasques, B., Teixeira-Silmar, B., Luis, F., Nardi-Antonio., E., Budde-Henning, C-M., Piedade, R., & Ribeiro, P. (2013). Saccadic eye movement applications for psychiatric disorders. Neuropsychiatric Disease and Treatment, 9, 393-1409. Chabal, S., & Marian, V. (2015). Speakers of different languages process the visual world differently. Journal of Experimental Psychology, General, 144(3), 539-550. doi: 10.1037/xge0000075. Findlay, J-M. (2009). Saccadic eye movement programming: sensory and attentional factors. Psychological Research, 73, 127-135. Freud, S. (1900/2003). L’interprétation des rêves. Dans : A. Bourguignon, P. Cotet, & J. Laplanche (Eds. & Trad.), Sigmund Freud : Œuvres Complètes (Vol. IV). Paris, PUF. Freud, S. (1901/1953). Psychopathologie de la vie quotidienne. Trad. S. Jankélévitch, Paris, Payot. Grünbaum, A. (1993). La psychanalyse à l'épreuve. Éditions de l’Éclat. Humphreys, K. R., Boyd, C. H. & Watter, S. (2010). Phonological facilitation from pictures in a word association task: Evidence for routine cascaded processing in spoken word production. Quarterly Journal of Experimental Psychology, 63(12), 2289 ‐ 2296. https://doi.org/10.1080/17470218.2010.509802. Lacan, J. (1957/1999). L’instance de la lettre dans l’inconscient ou la raison depuis Freud. Dans : Écrits. Paris, Seuil. Loughland, C. M., Williams, L. M., & Gordon, E. (2002). Schizophrenia and affective disorder show different visual scanning behavior for faces: A trait versus state-based distinction? Biological Psychiatry, 52, 338-348. Magnuson, J. S. (2019). Fixations in the visual world paradigm: where, when, why? Journal of Cultural Cognitive Science, 3(2), 113-139. Morsella, E., & Miozzo, M. (2002). Evidence for a cascade model of lexical access in speech production. Journal of Experimental Psychology, Learning, Memory & Cognition, 28(3), 555-563. doi: 10.1037//0278-7393.28.3.555. Norcia, A. M., Appelbaum, L. G., Ales, J. M., Cottereau, B. R., & Rossion, B. (2015). The steady-state visual evoked potential in vision research: A review. Journal of vision (Charlottesville, Va.), 15(6), 4 4. https://doi.org/10.1167/15.6.4 Olyff, G., & Bazan, A. (2023). People solve rebuses unwittingly – both forward and backward: Empirical evidence for the mental effectiveness of the signifier. Frontiers in Human Neuroscience, 16. DOI=10.3389/fnhum.2022.965183 Padroni, S., Demily, C., Franck, N., Bocéréan, C., Hoffmann, C. & Musiol, M. (2016). Ajustement comportemental et mouvements de saccades oculaires dans la schizophrénie. L’Evolution Psychiatrique, 81/2, 365-379. Rogers, A.G. (2007). The unsayable: the hidden language of trauma. New York: Ballantine Books Rossion, B. (2020). Biomarkers of Face Perception in Autism Spectrum Disorder: Time to Shift to Fast Periodic Visual Stimulation With Electroencephalography? Biological psychiatry : cognitive neuroscience and neuroimaging, 5(3), 258 260. https://doi.org/10.1016/j.bpsc.2020.01.008 Salvan, C. (2012). Le geste à peau. Dans : Les mots d'esprit. Études 2012/6 (Tome 416), pp. 803- 813. Éditions S.E.R. Zwitserlood, P., Bölte, J., Hofmann, R., Meier, C. C., & Dobel, C. (2018). Seeing for speaking: Semantic and lexical information provided by briefly presented, naturalistic action scenes. Plos one, 13(4), e0194762.

Mots clés

signifiant, psychanalyse, psychologie expérimentale, eye tracking, EEG, neuropsyhanalyse

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 30/04/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisC1 (autonome)

Niveau d'anglais requisB1 (pré-intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Site web

Responsable

Madame Ariane BAZAN

Contact

Madame Ariane BAZAN

 06/07/16/92/09

 ariane.bazan@univ-lorraine.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description Il s’agit d’une thèse, dans la continuité de mes travaux précédents (‚Des fantômes dans la voix. Une hypothèse neuropsychanalytique sur la structure de l’inco...View more

Description

Que ce soit en médecine, écologie, évolution, bioinformatique ou mêmes d'autres champs disciplinaires s'intéressant à l'étude du vivant, le point de départ est dans de nombreux cas le matériel génétique des espèces étudiées. Depuis le début des années 2000 et la montée en puissance des technologies de séquençage, de nombreux génomes de référence pour diverses espèces ont été publiés. Ces génomes se présentent sous la forme de textes, généralement sur l'alphabet {A,C,G,T,N}. La baisse des coûts de séquençage et l'amélioration des techniques permet aujourd'hui le séquençage de plusieurs individus d'une même espèce. Pour pouvoir étudier l'ensemble des génomes d'une même espèce, ils sont amalgamés dans une structure dite graphe de variation ou graphe de pangénome ayant pour objectif de factoriser les parties communes. Les individus diffèrent par des variations ponctuelles (de type SNPs) qui peuvent être détectées sans avoir besoin de séquencer complètement l’individu et des variations structurales, comme les inversions ou les duplications, qui impacte une plus grande portion du génomes, et sont difficilement détectable sans le génome complet. L'exploration de cette structure de pangénome et la recherche de variations structurales va donc permettre d'accéder à la variabilité intra-spécifique et de répondre à des questions scientifiques restées jusque là peu explorées. De nombreux outils de construction de graphes de pangénomes et d'exploration voient le jour mais aucun à ce jour ne fait consensus. Par ailleurs, la majorité sont encore lents et/ou imprécis. Il n'y a pas à l'heure actuelle de définition commune de ce que doit-être un pangénome. L'objectif de cette thèse est dans un premier temps de spécifier formellement la structure de graphe de pangénome que nous souhaitons et les variations structurales que l'on peut y modéliser. Il faudra ensuite mettre au point des algorithmes performant pour construire ces graphes de pangénomes et y rechercher les variations. Ces algorithmes seront testés à la fois sur des données simulées et des données réelles. Dans l'équipe d'accueil, un jeu de données de 250 individus de Pseudogymnoascus destructans est en cours de séquençage. C'est une espèce de champignon pathogène dont la taille de génome est de l'ordre de 40Mb et qui présente de nombreuses variations structurales entre individus, c’est donc un candidat approprié pour tester nos méthodes. Par ailleurs, il est important de garder à l’esprit que les données sur lesquelles nous devrons appliquer nos méthodes ne vont cesser de croître et que des algorithmes performants à la fois en espace mémoire et temps de calcul sont nécessaires. À terme, tous les outils utilisés en routine dans les analyses bioinformatiques sur les génomes de référence linéaire (l’alignement en particulier) devront pouvoir prendre en entrée des pangénomes de type graphe, cela ouvre de beaux challenges algorithmiques en perspectives.

Compétences requises

Le ou la candidate devra avoir de solides compétences méthodologiques et la volonté d'implémenter ses algorithmes. En particulier, le ou la candidate devra être à l'aise en algorithmique du texte et connaitre la théorie des graphes. Une connaissance des problématiques bioinformatiques liées au séquençage (pour l'obtention des données), à l'alignement de séquences et à l'évolution en général est requise.

Bibliographie

[1] Joel Armstrong et al. 'Progressive Cactus is a multiple-genome aligner for the thousand-genome era'. In : Nature 587.7833 (nov. 2020). Number : 7833 Publisher : Nature Publishing Group, p. 246-251. issn : 1476-4687. doi : 10 . 1038 / s41586 - 020 - 2871 - y. [2] Erik Garrison et al. Building pangenome graphs. Pages : 2023.04.05.535718 Section : New Results. 6 avr. 2023. doi : 10.1101/2023.04.05.535718 [3] GitHub - GFA-spec/GFA-spec : Graphical Fragment Assembly (GFA) Format Specification. url : https://github.com/GFA-spec/GFA-spec [4] Glenn Hickey et al. 'Pangenome graph construction from genome alignments with Minigraph-Cactus'. In : Nature Biotechnology (10 mai 2023). Publisher : Nature Publishing Group, p. 1-11. issn : 1546-1696. doi : 10.1038/s41587- 023- 01793- w. [5] New strategies to improve minimap2 alignment accuracy. In : Bioinformatics 37.23 (7 déc. 2021), p. 4572-4574. issn : 1367-4803. doi : 10.1093/bioinformatics/btab705. [6] The Computational Pan-Genomics Consortium. Computational pan-genomics: status, promises and challenges. Brief Bioinform. 1 janv 2018;19(1):118‐35. [7] Zekic, T., Holley, G., Stoye, J. (2018). Pan-Genome Storage and Analysis Techniques. In: Setubal, J., Stoye, J., Stadler, P. (eds) Comparative Genomics. Methods in Molecular Biology, vol 1704. Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7463-4_2 [8] Heng Li, Xiaowen Feng et Chong Chu. 'The design and construction of reference pangenome graphs with minigraph'. In : Genome Biology 21.1 (déc. 2020). Number : 1 Publisher : BioMed Central, p. 1-19. issn : 1474-760X. doi : 10 . 1186 / s13059 - 020 - 02168 - z. [9] Benedict Paten et al. 'Cactus : Algorithms for genome multiple sequence alignment'. In : Genome Research 21.9 (sept. 2011), p. 1512-1528. issn : 1088-9051. doi : 10.1101/gr.123356.111.

Mots clés

Algorithmique, Graphes, Bioinformatique, Pangénome, Optimisation

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisC1 (autonome)

Niveau d'anglais requisC1 (autonome)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Madame Sèverine BERARD

Contact

Madame Sèverine BERARD

 04 67 14 32 61

 Severine.Berard@umontpellier.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description Que ce soit en médecine, écologie, évolution, bioinformatique ou mêmes d’autres champs disciplinaires s’intéressant à l’étude du vivant, le point de départ est da...View more

About the Project

The Multiscale Modeling of Materials and Machine Learning Laboratory (M4L Lab: https://www.m4l-lab.com/) at Villanova University is looking for one Ph.D. student to work on interdisciplinary research topics that involve Computational Mechanics and Machine Learning. The positions start as early as Fall 2024. Evaluations will begin immediately until the positions are filled.

The main goal of the PhD project is to create and validate computational models to predict materials behavior across multiple spatial and temporal scales. In particular, we are interested in accelerating the discovery of high-entropy alloys and bio-inspired materials with superior properties by applying and developing different data-driven and physically-based approaches.

Qualifications​:

·      Master's degree in Computer Science, Mechanical Engineering, Materials Science and Engineering, Physics, or related disciplines.

·      Active Learning, Bayesian Machine Learning, Scientific Machine Learning, Projection-based model reduction

·      Prior experience with High-Performance Computing is desirable but not required

·      Prior experience in numerical modeling with FEM (ABAQUS, ANSYS) is desirable but not required.

·      Willingness and motivation to work in a highly interdisciplinary field.

 

Offer:

- Fully funded PhD tuition with a 12-month salary, $500 start-up grant, and health insurance.

-      Support to obtain the visa required to study in the United States, if needed.

How to apply

Interested candidates are invited to email Dr. David Cereceda () with their latest CV, a statement describing their research experience and interests, B.S. and M.S. transcripts, and the contact information for 3 references, all as email attachments in PDF format. This and any other specific inquiries should be addressed with “#Name: Ph.D. applicant-Fall-2024 - FindAPhD” in the subject line. Interested candidates are encouraged to submit these materials to Dr. David Cereceda before submitting the online application at Villanova University.

 

About the Principal Investigator

Dr. David Cereceda is an Assistant Professor in the Department of Mechanical Engineering at Villanova University. Before joining Villanova, Dr. David Cereceda was a Postdoctoral Fellow with Prof. Lori Graham-Brady at Johns Hopkins University, within the Hopkins Extreme Materials Institute. His research at Hopkins is aimed at understanding the dynamic fragmentation of brittle materials under extreme loading conditions. Dr. David Cereceda received his Ph.D. in Nuclear Engineering from Polytechnic University of Madrid in 2015, under the guidance of Prof. Jaime Marian and Prof. José Manuel Perlado. His Ph.D. research, performed at Lawrence Livermore National Laboratory and University of California Los Angeles, was focused on the multiscale modeling of body-centered cubic metals like tungsten from atomistic to engineering scales. His current research focuses on facilitating the discovery, development, and deployment of next-generation structural and bio-inspired materials by creating and validating computational models that leverage physics-based and data-driven techniques.

Research website: https://www.m4l-lab.com/

Job Features

Job CategoryDoctorat

About the Project The Multiscale Modeling of Materials and Machine Learning Laboratory (M4L Lab: https://www.m4l-lab.com/) at Villanova University is looking for one Ph.D. student to work on interdis...View more

About the Project

Part of the €2 million UKRI-guaranteed ERC grant PETRARCH: Pinpointing Earth-system Thresholds for Anoxia with New Reconstructions of the Cretaceous Hothouse.

Lead Institution: University of Bristol, School of Earth Sciences

Lead Supervisor: Dr Michael Henehan, School of Earth Sciences, University of Bristol Co-supervisors: Prof. Rich Pancost, School of Earth Sciences, University of Bristol; Dr. Fanny Monteiro, School of Geographical Sciences, University of Bristol; Prof. Brian Huber, Smithsonian Institution

Project Enquiries: 

PETRARCH Project Background

Oxygen levels in Earth’s oceans are dropping fast due to anthropogenic nutrient and CO2 release, and the consequences of this for marine ecosystems are difficult to predict with current models. The Cretaceous Period (66- 145 million years ago) witnessed numerous extreme ocean anoxic events (OAEs) that are thought to have been caused by pulses of volcanic CO2 and potentially nutrient release. Knowing the exact mechanisms by which volcanism triggered global ocean anoxia would provide vital empirical information about potential future tipping points in our Earth system. Currently, however, our constraints on climate, atmospheric CO2 and carbon cycling in the Cretaceous are qualitative at best, preventing OAEs from being useful analogues. The PETRARCH project aims to rectify this, by combining both new and proven geochemical proxy reconstructions with cutting-edge Earth system modelling.

Project Aims and Methods:

This PhD project fits into the wider PETRARCH project (www.petrarch-project.science) by looking at how CO2 fluctuated in the run-up to and over Cretaceous OAEs. It will also contrast these with events that saw only localised anoxia, and events where volcanic carbon injection is well-documented, but there was no discernible anoxia. Through each event the project will investigate the role of changing behaviour of the oceans’ biological pump, through reconstructions of changing vertical water column pH profiles. To do this, the student will analyse the boron isotope composition of fossil foraminifera and radiolarians. Our aim is to work out what the key interacting factors were to have caused volcanic CO2 injection and warming to spiral into global periods of marine anoxia. In particular, this studentship will look at the possible role of ocean acidification, marine extinction, pelagic ecosystem function change and shallowing of water-column organic carbon remineralisation. The student will work alongside another student currently reconstructing the Cretaceous atmospheric CO2 and ocean pH baseline upon which these events were superimposed. In addition, the student will work closely with a dedicated PostDoc modeller who will implement their findings into the cGENIE global biogeochemical model. As well as boron isotopes in foraminifera, the student will be able to capitalise on ongoing research also taking place within PETRARCH to establish radiolarians as a new archive of ocean pH, thereby implementing cutting-edge methodology. Trace element measurements made alongside these boron isotope measurements will also allow us to reconstruct ocean temperature and major ion chemistry changes over the OAEs. This work will use International Ocean Discovery Program (IODP) marine drill core samples from all round the Earth’s oceans, and will avail of the state-of-the-art analytical facilities housed within the Bristol Isotope Group (BIG) lab, as well as dedicated sediment washing and micropalaeontology labs.

Candidate requirements

The School of Earth Sciences is a hub of interdisciplinary research; as such, we are open to intellectually diverse applicants, and welcome new perspectives. Prior knowledge of relevant subject areas like micropalaeontology, (palaeo)climate science, or geochemistry could therefore be helpful, but are not a fixed prerequisite per se. Similarly, we welcome and encourage student applications from minoritized and marginalised backgrounds, and value a diverse research environment.

Project partners

This project will be part of a team of two PhD students, two PostDocs and one technician funded through the PETRARCH project. It will be based at the University of Bristol’s School of Earth Sciences, which is ranked 2nd in the UK in the Research Excellence Framework 2021, with 100% of research output being rated as rated as ‘world leading’ or ‘internationally excellent’. Outside of the School, it will involve frequent interaction and exchange of ideas with collaborators in the School of Geographical Sciences and the School of Chemistry. Collaborators outside Bristol include scientists in the US, Italy and Germany, meaning the student will immediately be linked into an international network of scientists.

Training

Within the PETRARCH project, there will be ample opportunities for travel and associated training. Funds for international conferences and summer school attendance have been allocated. Analytically, the student will be trained in foraminiferal taxonomy, boron isotope analysis via MC-ICPMS and trace element analysis via ICPMS. Training in cGENIE Earth System modelling from co-supervisor Fanny Monteiro may also possible. There will also be ample opportunity to develop teaching and mentoring skills through engagement in training our talented undergraduates, should the student wish to do so.

Useful links

To apply see links at: http://www.bristol.ac.uk/earthsciences/courses/postgraduate/

Please note: Emailing a CV or cover letter will not constitute an application for the role - applications must be submitted through the official admissions portal. If you are applying for this programme, you need to select PhD Geology as the programme choice when completing your online application form. This pdf is sufficient to upload as a project description.

For information on the School of Earth Sciences: http://www.bristol.ac.uk/earthsciences

For information on PETRARCH: www.petrarch-project.science

The application deadline is Friday the 12th April. Online interviews will take place soon after. The preferred start date will be mid-September 2024 but the funding of the project allows some flexibility. Financial support by way of stipend is offered for four years at standard UKRI rates. This project is open to international and UK applicants alike.

Job Features

Job CategoryDoctorat

About the Project Part of the €2 million UKRI-guaranteed ERC grant PETRARCH: Pinpointing Earth-system Thresholds for Anoxia with New Reconstructions of the Cretaceous Hothouse. Lead Institution: U...View more

About the Project

The research group of Dr. Katja Zieske invites applications for a PhD position (f/m/d) for the project Biophotonic Characterization of Living matter from the Bottom-Up with one of the following specializations
  • Cell-Free Reconstitution of purified proteins at Lipid Membranes
  • Biophotonic characterization of biological samples
  • Development of lab-on-chip systems to investigate biological systems assembled from the bottom-up
About us: The Zieske group is an independent research group at the Max Planck Institute for the Science of Light. We are an interdisciplinary research team with projects in the area of biophysics and synthetic biology. Our research group is dedicated to exploring two fundamental questions: (1)  Emergence of Spatial and Temporal Patterns in Multicellular Systems: How do spatial and temporal patterns arise in multicellular systems through cellular interactions and interplay between cells and their extracellular environment? Employing a bottom-up approach, our interest lies in mimicking and reconstructing multicellular structures from the scratch. (2) Control and Emergence of Spatial Patterns and Forces at Lipid Membrane Interfaces?  How can spatial patterns and forces be orchestrated and controlled at lipid membrane interfaces? Our methodology involves synthetic lipid membranes, purified proteins and optical technologies to reconstitute and understand mechanisms governing membrane protein organization. PhD students will conduct and analyze experiments, write scientific publications and present research results at scientific meetings. Access to the following technologies is available:
  • Confocal microscopy and epifluorescence microscopy
  • Photopatterning device
  • Optical tables for custom build optical tweezers and iScat setup
  • Wet lab for biological sample preparation
  • Cell culture bench
  • Instruments for protein purification (e.g. chromatography system)
  • Diverse model membrane systems (e.g. supported lipid membranes, giant unilamellar vesicles, phase separating membranes)
  • Microfluidic technologies (Pressure system to operate microfluidic devices, access to Cleanroom for micro- and nanofabrication, https://mpl.mpg.de/research-at-mpl/technology-development-service-units/tdsu-micro-nanostructuring)
Currently, we are looking for a highly motivated PhD student with experience in protein science, biophysics, biophotonics, microscopy lab-on-chip systems or collective cell assembly. The successful candidates will conduct an interdisciplinary research program and support one of the two main research directions of the Zieske group. This position offers you the opportunity of unravelling fundamental rules of complex biological organization on the scale of protein assemblies or cellular assemblies. The project duration for PhD students is 3 years. The working language is English. Qualification of PhD applicants: The successful candidate has a background in biochemistry, biology, bioengineering, biophysics, biophotonics or microscopy or a related field and obtained his/her master degree within the last 2 years with good grades (or is about to obtain a master degree in 2024). We seeking proactive team members who possess a strong scientific aptitude and the ability to effectively articulate their interest in specific scientific research areas through a compelling motivation letter. Applicants should demonstrate a strong interest in interdisciplinary research, particularly at the intersection of quantitative science, life science and microscopy. Moreover, candidates are expected to have hands-on experience in experimental wet lab work. The ability to take responsibility over an independent project is a crucial aspect of this position, reflecting the capacity for autonomy and project management. International experience or mobility, coupled with relevant research experience gained through internships or thesis work would be considered advantageous. We welcome candidates who are not only driven by academic curiosity but also possess the skills and initiative to contribute actively to our collaborative research environment. Experimental experience in one or several of the following areas would be advantageous:
  • Membrane protein purification or protein engineering
  • Light-switchable proteins / Optogenetics
  • Lipid membrane models (e.g. GUVs or supported lipid membranes)
  • Microscopy or single molecule spectroscopy of biological objects and quantitative analysis
  • Single molecule tracking experiments and data analysis
  • Clean room experience and fabrication of lab-on-chip devices
  • Multicellular structures (e.g. angiogenesis, collective cell behavior, multicellular structure formation)
Interested in joining our team? Submit your application to  . The application material should include: 1) your preferred research area(s) 2) motivation letter 3) CV 4) university certificates and academic records 5) short abstracts of Bachelor and Master thesis 6) Highschool certificate or comparable certificate which qualifies you for entering university (if available) 7) 2 letters of recommendation (please ask your reviewers to directly send them as pdf files to ) 8) proof of proficiency in English (if available) The Max Planck Society strives to ensure a workplace that embraces diversity and provides equal opportunities irrespective of gender, nationality or disabilities of the applicants. Furthermore, the Max Planck Society is committed to increasing the number of individuals with disabilities in its workforce and therefore encourages applications from such qualified individuals.

References

https://mpl.mpg.de/research-at-mpl/independent-research-groups/zieske

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Job CategoryDoctorat

About the Project The research group of Dr. Katja Zieske invites applications for a PhD position (f/m/d) for the project Biophotonic Characterization of Living matter from the Bottom-Up with one of th...View more

Description

La nature de la matière noire cosmologique reste un mystère. Elle pourrait être composée de particules exotiques hors modèle standard des particules élémentaires (axions, WIMPs, etc.), voire même de trous noirs primordiaux. Cependant, ces différents scénarios se traduisent généralement par des propriétés de structuration aux petites échelles différentes, ce qui pourrait permettre soit de les identifier, soit de les exclure. Les caractéristiques des plus petites structures de matière noire possiblement formées dépendent à la fois de la nature de la matière noire et du spectre des fluctuations primordiales dont l'origine supposée repose sur l'inflation cosmique (acception moderne du big bang, ou de ses phases précoces). Elles peuvent être plus ou moins compactes, avec des masses potentiellement aussi faibles que celles d'astéroïdes (distribuées sur des volumes plus ou moins grands). Ces structures auto-gravitantes seraient de fait des objets massifs mais n'émettant aucune lumière. Ces corps peuplant théoriquement les galaxies pourraient être à l'origine de perturbations dans les positions et vitesses des astres galactiques (étoiles, planètes, ..., pulsars), et être à l'origine d'événements de microlentilles gravitationnelles par transit entre ces astres et l'observateur. Les moyens modernes que représentent l'astrométrie de précision (satellite Gaia) et la mesure à haute précision du 'temps céleste' via des réseaux de pulsars (ePTA, Nanograv, etc.) ouvrent une fenêtre inédite sur la recherche de ces structures de matière noire aux petites échelles. Cette thèse a pour objet d'étudier la capacité de ces moyens modernes à observer, voire à exclure l'existence de ces structures, et donc de nous renseigner à la fois sur l'origine et la nature de la matière noire, ainsi que sur les propriétés des fluctuations primordiales aux petites échelles. Ce sujet se situe à l'interface de la cosmologie, de la physique des astroparticules, et de la dynamique gravitationnelle. Il conviendra en effet de relier les scénarios de matière noire et d'inflation aux propriétés macroscopiques des structures de matière noire aux plus petites échelles, et de déterminer leurs effets individuels ou collectifs sur les observables mentionnées ci-dessus. Il s'agit d'un travail théorique exploratoire, où le calcul analytique et numérique sera l'outil principal. Il conviendra d'avoir un fort appétit pour la compréhension, voire l'élaboration, de modèles théoriques et leur confrontation aux observations.

Compétences requises

Formation de haut niveau en physique théorique (hautes énergies, cosmologie, gravitation) Aisance dans le calcul analytique et semi-analytique Travail encadré en autonomie Capacité à rendre compte des résultats obtenus (écrit et oral) Persévérance et confiance

Bibliographie

https://theses.fr/2021MONTS037 https://inspirehep.net/literature/1666374 https://inspirehep.net/literature/1837141

Mots clés

Matière noire, cosmologie, astroparticules, dynamique grativationnelle, relativité générale, formation des structures

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisB2 (intermédiaire)

Niveau d'anglais requisB2 (intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Monsieur Julien LAVALLE

Contact

Monsieur Julien LAVALLE

 0467143961

 lavalle@in2p3.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description La nature de la matière noire cosmologique reste un mystère. Elle pourrait être composée de particules exotiques hors modèle standard des particules élémentaires (axions, WIMPs, etc...View more

Description

La compréhension de la réponse des matériaux mous à une contrainte mécanique est d'une importance capitale, tant sur le plan fondamental que dans les applications. Très souvent, la réponse mécanique du matériau est dictée par ses interactions avec les surfaces. Pour surmonter ce problème et sonder les propriétés intrinsèques des matériaux, nous produirons des billes sphériques uniques de gel et de verre colloïdaux de taille millimétrique. Les gels et les verres sont basés sur des particules colloïdales de taille typique 10 nm - 1 micron. Les gels consistent en une structure homogène de réseau poreux et les verres en un empilement dense de particules. Notre objectif est de rationaliser le comportement des billes soumises à une compression mécanique, et en particulier de comprendre comment elles cèdent. Nous voulons étudier l'interaction complexe entre l'écoulement du liquide dans les pores (la poroélasticité), la plasticité et la rupture de la structure. Nous espérons élucider les mécanismes physiques qui déterminent si une bille de gel ou de verre cède de manière fragile (abrupte) ou ductile (progressive). Nous utiliserons une approche multi-échelle qui combine des mesures mécaniques sous compression, de l'analyse d'images et de la diffusion de lumière résolue dans le temps et l'espace. Nous explorerons plusieurs stratégies pour produire des billes uniques de gels colloïdaux et de verres colloïdaux dont la ténacité et la fragilité sont ajustables. Nous construirons un dispositif optique pour mesurer avec une résolution spatiale et temporelle les réarrangements microscopiques des colloïdes dans la bille pendant la compression. Nous mesurerons en même temps la réponse mécanique de la bille soumise à une contrainte de compression et imagerons le comportement global de la bille. Cette thèse s'inscrit dans la thématique très active actuellement de compréhension des transitions fragile-ductile dans les matériaux désordonnés.

Compétences requises

Master en physique, physico-chimie ou science des matériaux Des compétences en matière molle, en physique des polymères, en physique des suspensions colloïdales et/ou en rhéologie et/ou diffusion de la lumière et/ou encode Python sont un plus.

Bibliographie

Publications récentes des encadrants sur le comportement de gels et verres mous sous contrainte: 1) A unified state diagram for the yielding transition of soft colloids S. Aime, D. Truzzolillo, D. Pine, L. Ramos, and L. Cipelletti, Nature Physics, 1-7 (2023) 2) Enhanced microscopic dynamics in mucus gels under a mechanical load in the linear viscoelastic regime D. Larobina, A. Pommella, A.-M. Philippe, M. Y. Nagazi, and L. Cipelletti, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118, e2103995118 (2021) 3) Microscopic precursors of failure in soft matter L. Cipelletti, K. Martens, and L. Ramos, Soft Matter 16, 82-93 (2020) 4) Role of Normal Stress in the Creep Dynamics and Failure of a Biopolymer Gel A. Pommella, L. Cipelletti, and L. Ramos, Physical Review Letters 125, 268006 (2020) 5) Microscopic dynamics and failure precursors of a gel under mechanical load S. Aime, L. Ramos, and L. Cipelletti, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 115, 3587 (2018) Thèse récente en lien directe avec le sujet Matteo Milani, PhD thesis, Université de Montpellier (2023). Jammed colloidal systems confined in drops and beads.

Mots clés

colloïde, rhéologie, gel, diffusion de la lumière, verre, fracture

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisB2 (intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Madame Laurence RAMOS

Contact

Madame Laurence RAMOS

 04 67 14 42 84

 laurence.ramos@umontpellier.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description La compréhension de la réponse des matériaux mous à une contrainte mécanique est d’une importance capitale, tant sur le plan fondamental que dans les applications. Très souvent...View more

Description

Des technologies émergentes dans le domaine des sources à rayons X et des détecteurs permettent d’imaginer de nouveaux systèmes en rupture pour l’imagerie 3D. En tomographie conventionnelle, un détecteur de grande surface acquiert des images d’un objet exposé aux rayons X issus d’une source ponctuelle. Les nouvelles générations de scanners médicaux intègrent par ailleurs des détecteurs semi-conducteurs spectrométriques permettant un gain réel en terme de qualité d’image. La thèse proposée consiste à changer de paradigme en concevant un système qui associe une multitude de sources à rayons X distribuées à un détecteur spectrométrique de petite taille. Ce type de géométrie inversée est innovante en terme d’architectures systèmes et permet de relâcher la contrainte sur la dimension du capteur ainsi que de réduire certains artéfacts. Le travail de thèse s’articulera autour de la conception et simulation de nouveaux systèmes en géométrie inverse et du développement d’algorithmes de reconstruction associés. Ces algorithmes, basés sur des méthodes proximales et pouvant intégrer des réseaux de neurones, devront tirer profit de la richesse de l’information fournie par le détecteur spectrométrique en condition d’acquisition parcimonieuse. Le doctorant s’appuiera sur les outils de simulation et de reconstruction développés au sein du laboratoire et bénéficiera aussi de moyens expérimentaux permettant de valider les développements. Il évoluera au sein d’un laboratoire pluridisciplinaire avec une longue expérience en conception de détecteurs spectrométriques et dimensionnement de systèmes à rayons X. Des échanges avec des équipes externes au CEA, notamment des radiologues, permettra d’alimenter les recherches en y intégrant un besoin final.

Compétences requises

Le candidat devra être titulaire d’un diplôme d’ingénieur et/ou Master dans un des domaines suivants : traitement du signal et d’image, mathématiques appliquées, physique et posséder des bases dans tous ces domaines. La maitrise de langages de programmation (C, python) est nécessaire.

Bibliographie

F. Jolivet, J. Lesaint, C. Fournier, M. Garcin, A. Brambilla, A proximal operator for spectral CT and an application to a one-step method (2020) IEEE Transactions on Radiation and Plasma Medical Sciences, doi: 10.1109/TRPMS.2020.3015598. Jolivet, F., Fournier, C., Brambilla, A. A fast gradient-based algorithm for image reconstruction in inverse geometry CT architecture with sparse distributed sources (2019) Proceedings of SPIE - The International Society for Optical Engineering, 11072, art. no. 110721N Jolivet, F., Fournier, C., Tabary, J., Zdeborova, L., C., Brambilla, A (2019) Reconstruction itérative en tomographie à rayons X pour une géométrie inverse avec sources distribuées XXVIIème coloque GRETSI, Aug 2019, Lille, France.

Mots clés

Imagerie rayons X, Tomographie, Optimisation systèmes, Modélisation

Offre boursier / non financée

Ouvert à tous les pays

Dates

Date limite de candidature 31/07/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisAucun

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Site web

Responsable

Monsieur Andréa BRAMBILLA

Contact

Monsieur Andréa BRAMBILLA

 04 38 78 38 29

 andrea.brambilla@cea.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description Des technologies émergentes dans le domaine des sources à rayons X et des détecteurs permettent d’imaginer de nouveaux systèmes en rupture pour l’imagerie 3D. En tomographie conventi...View more

Description

Toute lumière a une structure, mais ce n'est que récemment que le recherche visant à la contrôler dans tous ses degrés de liberté et ses dimensions ou observables (espace 3D |k> , temps |z>, polarisation du champ |E>) est apparue, alimentant des avancées fondamentales et des applications. Malgré le développement intensif des concepts et des instruments, pendant longtemps, la science de l'optique et des Hyperfréquences fonctionnait avec un ensemble plutôt limité de modèles de champ traditionnels. Cependant, l'impression générale est que l'optique et les hyperfréquences traitent – presque exclusivement - avec des ondes planes, des rayons, des sources ponctuelles et des fronts d'onde lisses. La situation a changé récemment lorsque les idées de « lumière structurée » ont occupé des positions de premier plan dans la recherche. Avec le développement rapide des technologies associées (nanotechnologies), la nécessité de la formation et de l'étude des champs électromagnétiques avec des inhomogénéités ou singularités de l'amplitude, de la phase, de la polarisation et d'autres paramètres, sont devenues évidentes. La génération directe et contrôlée d’états de photon cohérents puissants dans le spectre proche-IR et GHz-THz présentant une structuration 3D spatio-temporelle |k> |z> et de l’état de polarisation du champ |E>, représente un défi physique et technologique à l’heure actuelle. De telles sources photoniques au sens large du spectre à capacité d’intégration couvrent un large panel d’intérêts fondamental, et applicatif sociétal : capteurs de vitesse de co-dimension 2D pour l’avionique, LIDAR/RADAR, télécoms de haute dimensionnalité à haut débit, spectroscopie, microscopie sub-diffraction et pinces optiques pour la biophysique, spintronic, physique quantique… Parmi les verrous qui limitent les potentielles applications de ces ondes électromagnétiques (EM) dans le domaine optique et Hyper (GHz-THz), le développement de sources cohérentes fonctionnelles – accordables sur les observables - à multiples peignes de fréquences à bas coût et performantes reste un challenge à part entière. L’extension de ces propriétés de structuration du champ EM dans le domaine hyperfréquence GHz-THz pour applications systèmes, relève actuellement du défi technologique et physique avec une forte demande sociétale. En effet ce projet répond à des enjeux qui relèvent de la souveraineté nationale (PEPR Electronique) sur le plan de la défense, de l'aéronautique, du spatial et des communications. Il s'inscrit, en outre, directement dans les révolutions numérique et quantique tout en s'attachant à apporter des réponses à la réduction des dépenses énergétiques. Les peignes de fréquence optique désignent des champs lumineux constitués d'une série discrète de composants spectraux (ou couleurs) uniformément espacés qui maintiennent une cohérence élevée sur toute la bande passante avec un bruit ultra-faible. De tels peignes ont trouvé des applications dans divers domaines, notamment la spectroscopie optique de haute précision, la génération de formes d'onde optiques arbitraires et les communications optiques cohérentes ultra-large bande. Les verrous clefs à franchir et les expertises à développer sont principalement centrés sur deux composants optoélectroniques tous deux basés sur les nanotechnologies à semi-conducteurs III-V : nouvelle source photonique laser proche-IR structurée 3D émettant de multiples peignes de fréquences GHz cohérents au sein du même composant laser (système multiplexés spatialement, à structures spatiales non-linéaires); photo-mélangeur opto-hyper structuré 3D de basé sur une antenne photoconductrice plasmonique. Ce travail s’attaque à des domaines de recherche et d’applications à l’état de l’art, afin de se positionner an tant que leader à l’échelle internationale (PEPR Electronique; ANRs SPATIOTERA, PICOTE, KOGIT Internationale; collaborations C2N RENATECH, IEMN, INPHYNI, LP2N, UCLA US, Univ. Southampton UK, Univ. Munster DE, UIB ES, INRAE).

Compétences requises

Master 2 dans les domaines de la physique, électronique, optique, laser, matériaux ou tout autre domaine associé. Les candidats devront présenter un fort intérêt pour la physique des matériaux à semi-conducteurs et des nanotechnologies associées, en physique des lasers et en optique ondulatoire et non-linéaire, ainsi que des compétences en science expérimentale. Compte tenu du large domaine de compétences adressé par ce sujet, la capacité à travailler en équipe et l'esprit d'initiative sont essentiels.

Bibliographie

[1] N. Vigne et al., États originaux de la lumière par structuration 3D de l’émission D’un laser à Métasurface », Photoniques, July 2021, DOI: 10.1051/photon/202110946. N. Vigne, « 3D Structured coherent light state emitted by a self imaging laser cavity based on semiconductor VECSEL technology. », thèse de Doctorat 2022, Electronique, www.theses.fr/2022UMONS077 [2] MS Seghilani, M Myara, M Sellahi, L Legratiet, I Sagnes, G Beaudoin, P. Lalanne, A. Garnache.” Vortex Laser based on III-V semiconductor metasurface: direct generation of coherent Laguerre-Gauss modes carrying controlled orbital angular momentum”, Scientific Reports, 6 (2016) 38156 [3] S. Blin, R. Paquet, M. Myara, B. Chomet, L. Legratiet, M. Sellahi, G.Beaudoin, I. Sagnes, G. Ducournau, P. Latzel, J-F. Lampin, A. Garnache, “Coherent and Tunable THz Emission Driven by an integrated III–V Semiconductor Laser”, IEEE Journ. Select. Topics In Quant. Elect., 23 (2017), pp.1500511 [patent1] A. Garnache, M. Seghilani, M. Myara, M. Sellahi, I. Sagnes, L. Legratiet, P. Lalanne, “Laser device with a beam carrying controlled orbital angular momentum”, WO 2016096893 A1 (2016) [patent2] Arnaud Garnache, Mikhael Myara, Stéphane Blin, Isabelle Sagnes, Grégoire Beaudoin, et al.. Dual-frequency vertical-external-cavity surface-emitting laser device for THz generation and method for generating THz. United States, Patent n° : US 10,141,718 B2. (2018) [4] M. Sellahi, M. Myara, G. Beaudoin, I. Sagnes, and A. Garnache, “Highly coherent modeless broadband semiconductor laser”, Optics Letters, 40 (2015), pp. 4301-4304 [5] A Bartolo, TG Seidel, N Vigne, A Garnache, G Beaudoin, I Sagnes, M Giudici, J Javaloyes, SV Gurevich, M Marconi, “Manipulation of temporal localized structures in a vertical external-cavity surface-emitting laser with optical feedback”, Optics Letters, 46, (2021), pp 1109-1112. “Spatio-temporally reconfigurable light in degenerate laser cavities”, Optica 2023. https://doi.org/10.1364/PRJ.495892 [6] N. Vigne, A. Bartolo, G. Beaudoin, K. Pantzas, M. Marconi, et al.. « Spatially Localized Structures in a Self-Imaging Semiconductor Laser Cavity: Diffraction and Complex Non-linearity Management ». 2023 Conference on Lasers and Electro−Optics Europe & European Quantum Electronics Conference (CLEO/Europe−EQEC). DOI: 10.1109/CLEO/Europe-EQEC57999.2023.10232525 [7] Chomet Baptiste, Blin Stéphane, Beaudoin Grégoire, Pantzas Konstantinos, Sagnes Isabelle, Denet Stéphane, Garnache Arnaud, « Spontaneous mode locking of a multimode semiconductor laser under continuous wave operation », Frontiers in Photonics, 4 (2023) DOI=10.3389/fphot.2023.1160251. Chomet Baptiste, Nathan Vigne, Beaudoin Grégoire, Pantzas Konstantinos, Blin Stéphane , Sagnes Isabelle, Denet Stéphane, Garnache Arnaud, « Non-linear dynamics of multimode semiconductor lasers: dispersion based phase instability and route to single frequency operation », Optics Letters 48 (2023) https://doi.org/10.1364/OL.482138 [8] S. Blin, “THz photonics: focus on THz wave generation using structured laser light & THz amplitude modulation driven by laser excitation”, Invited talk JNOG 2023. https://www.sfoptique.org/pages/sfo/colloques-de-la-sfo/jnog-lyon-2023/jnog-2023-soumission.html

Mots clés

semiconductor laser, nanotechnologie III-V, optique non linéraire, THz, peignes de fréquence, agroenvironnement

Offre financée

Pays

Mexique (Conacyt)

Si vous êtes une institution d'accueil française, vous trouverez plus d'information sur ce programme à cette page

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisB1 (pré-intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable du programme

Monsieur Arnaud GARNACHE

Contact

Monsieur Arnaud GARNACHE

 04.67.14.34.76

 arnaud.garnache-creuillot@umontpellier.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description Toute lumière a une structure, mais ce n’est que récemment que le recherche visant à la contrôler dans tous ses degrés de liberté et ses dimensions ou observables (espace 3D |k...View more

Description

Le mélanome échappe au contrôle immunitaire, mais les bases de cette subversion ne sont pas encore entièrement élucidées. Comme le métabolisme contrôle l’orientation fonctionnelle des cellules immunitaires, la reprogrammation métabolique des cellules dendritiques (DCs) et des cellules effectrices par les tumeurs constitue une voie de subversion immune et d’évasion tumorale. L’objectif de ce projet est d’explorer les caractéristiques métaboliques des sous-types de DCs (cDC2s, cDC1s, pDCs) et des cellules effectrices (cellules NK, Tγδ, Tconv) dans le mélanome, en cellule unique en utilisant la technologie SCENITH (Single-Cell ENergetIc metabolism by profiling Translation inHibition) basée sur la cytométrie de flux. Nos objectifs sont : 1/ décrire le profil métabolique des sous-types de DCs et des cellules effectrices circulantes et infiltrant les tumeurs des patients atteints de mélanome et sa pertinence clinique, 2/ évaluer si les profils métaboliques sont liés aux caractéristiques immunologiques des cellules (statut d’activation, points de contrôle immunitaire (ICP), fonctionnalité, secrétome), 3/ explorer si les cellules tumorales ou leurs motifs glycans peuvent moduler directement le métabolisme des cellules immunes, et 4/ moduler le métabolisme pour tenter de reverser la subversion des cellules immunes et restaurer leurs fonctions. Cette étude sera réalisée sur des échantillons sanguins et tumoraux de patients atteints de mélanome ainsi que sur des échantillons sanguins de donneurs sains, en utilisant la cytométrie de flux multiparamétrique combinée à des dosages ProcartaPlex® et des analyses RNAseq. Les résultats ouvriront la voie au développement de stratégies thérapeutiques innovantes basées sur un ajustement approprié des voies métaboliques pour épargner les cellules immunitaires du détournement par les tumeurs et restaurer les réponses anti-tumorales, améliorant ainsi le succès des thérapies actuelles.

Compétences requises

● Titulaire d’un master M2R en Immunologie / Immuno-pathologie ● Le candidat devra avoir de très bonnes connaissances en immunologie, immunopathologie et oncologie. ● Maîtrise des techniques de culture cellulaire et de cytométrie en flux multiparamétrique ● Maîtrise des logiciels PRISM, DIVA, CYTOBANK et R

Bibliographie

1. Shevchenko I, Bazhin AV. Metabolic Checkpoints: Novel Avenues for Immunotherapy of Cancer. Front Immunol. 2018;9:1816. 2. Kareva I, Hahnfeldt P. The emerging 'hallmarks' of metabolic reprogramming and immune evasion: distinct or linked? Cancer Res. 2013;73(9):2737-42. 3. Leone RD, Powell JD. Metabolism of immune cells in cancer. Nature reviews Cancer. 2020;20(9):516-31. 4. Le Bourgeois T, Strauss L, Aksoylar HI, Daneshmandi S, Seth P, Patsoukis N, et al. Targeting T Cell Metabolism for Improvement of Cancer Immunotherapy. Front Oncol. 2018;8:237. 5. Hargadon KM. Tumor-altered dendritic cell function: implications for anti-tumor immunity. Frontiers in immunology. 2013;4:192. 6. Hargadon KM. Tumor microenvironmental influences on dendritic cell and T cell function: A focus on clinically relevant immunologic and metabolic checkpoints. Clin Transl Med. 2020;10(1):374-411. 7. RodrIguez E, Schetters STT, van Kooyk Y. The tumour glyco-code as a novel immune checkpoint for immunotherapy. Nature reviews Immunology. 2018;18(3):204-11. 8. Arguello RJ, Combes AJ, Char R, Gigan JP, Baaziz AI, Bousiquot E, et al. SCENITH: A Flow Cytometry-Based Method to Functionally Profile Energy Metabolism with Single-Cell Resolution. Cell Metab. 2020;32(6):1063-75 e7. 9. Sosa Cuevas E, Roubinet B, Mouret S, Thépaut M, de Fraipont F, Charles J, Fieschi F, Landemarre L, Chaperot L, Aspord C. The melanoma tumor glyco-code impacts human dendritic cells’ functionality and dictates clinical outcomes. Front Immunol 14:11204342023, 2023 10. Sosa Cuevas E, Valladeau-Guilemond J, Mouret S, Roubinet B, de Fraipont F, Landemarre L, Charles J, Bendriss-Vermare N, Chaperot L, Aspord C. Unique CLR expression patterns on circulating and tumor-infiltrating DC subsets correlated with clinical outcome in melanoma patients. Front Immunol. 13:1040600, 2022 11. Girard P, Sosa Cuevas E, Ponsard B, Mouret S, Gil H, Col E, De Fraipont F, Sturm N, Charles J, Manches O, Chaperot L, Aspord C. Dysfunctional BTN3A together with deregulated immune checkpoints and type I/II IFN dictate defective interplay between pDCs and γδ T cells in melanoma patients, which impacts clinical outcomes. Clin Transl Immunol. 10(11):e1329, 2021 12. Sosa Cuevas E, Ouaguia L, Mouret S, Charles J, de Fraipont F, Manches O, Valladeau-Guilemond J, Bendriss-Vermare N, Chaperot L, Aspord C. BDCA1+ cDC2s, BDCA2+ pDCs, and BDCA3+ cDC1s reveal distinct pathophysiologic features and impact on clinical outcomes in melanoma patients. Clin Trans Immunol. 9(11):e1190, 2020 13. Girard P, Ponsard B, Charles J, Chaperot L, Aspord C. Potent bidirectional cross-talk between plasmacytoid dendritic cells and γδT cells through BTN3A, type I/II IFNs and immune checkpoints Front Immunol. 11:861, 2020 14. Girard P, Charles J, Cluzel C, Degeorges E, Manches O, Plumas J, De Fraipont F, Leccia MT, Mouret S, Chaperot L, Aspord C. The features of circulating and tumor-infiltrating γδT cells in melanoma patients display critical perturbations with prognostic impact on clinical outcome. OncoImmunol. 8(8):1601483, 2019 15. Aspord C, Leccia MT, Charles J, Plumas J. Melanoma hijacks plasmacytoid dendritic cells to promote its own progression. OncoImmunol. 3:e27402, 2014 16. Aspord C, Leccia MT, Charles J, Plumas J. Plasmacytoid dendritic cells support melanoma progression by promoting Th2 and regulatory immune responses through OX40L and ICOSL. Cancer Immunol Res. 1(6):402-415, 2013

Mots clés

immuno-métabolisme, onco-immunologie, mélanome, immunothérapie, cellules dendritiques (DCs), cellules effectrices (Tconv

Offre financée

Dates

Date limite de candidature 08/04/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisB1 (pré-intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Madame Caroline ASPORD

Contact

Madame Caroline ASPORD

 04 76 42 94 83

 caroline.aspord@efs.sante.fr

Job Features

Job CategoryDoctorat

Description Le mélanome échappe au contrôle immunitaire, mais les bases de cette subversion ne sont pas encore entièrement élucidées. Comme le métabolisme contrôle l’orientation fonctionnelle...View more

Le Mans - Pays de la Loire - France
Electroextraction des protéines des microrganismes photosynthétiques/Electroextraction of proteins from photosynthetic microorganisms
  • Biotechnologie
  • Biotechnologie
Microalgues, cyanobactéries, protéines, biotechnologies/Microalgae, cyanobacteria, proteins, biotechnology

Description du sujet

The demand for sustainable protein sources to feed the global population is increasing as the population is anticipated to reach 9.7 billion by 2050. Therefore, a search for alternative proteins sources to meat ones is necessary. A promising alternative is microalgae due to their high protein content while having a reduced environmental impact compared to animals and plant proteins. Beside the challenge constituted by consumer acceptance of these alternative protein production from microalgae still require the development of methods that will enable to improve the extraction of proteins. Conventional protein extraction methods, such as enzymatic hydrolysis and biochemical processes, are laborious, time-consuming, and may require the use of solvents. Extraction methods using physical treatment that are all destructive for the biomass, that needs to be production at each extraction cycle, which is time and energy consuming. Alternative extraction processes, called biocompatible extraction or milking, have been proposd for rendering extraction more friendly from the environmental and economic point of views. In this frame, Justine MARCHAND and Benoît SCHOEFS (team MIMMA) of BiOSSE develop processes aiming at extracting proteins without killing the biomass using different means including biocompatible pulsed electric field (bcPEF). bcPEF are reversible PEF i.e. that keeps cells alive. The thesis would be part of a research programme financed by France2030 and involving several academic and industrial partners. Assumptions and questions: One of the goals of the work has been to understand how microalgae respond to the repeated extraction of a significant proportion of their internal soluble proteins triggered by repetitive bcPEF. The proposed work lies on 5 hypotheses : H1-bcPEF-induced stress is moderate and the microalga recovery is fast; H2- the cellular protein quota (QProt) is reconstituted rapidly and the extraction yield does not vary significantly between 2 extractions; H3-cell division is not severely affected by bcPEF; H4: the composition in terms of types of proteins is constant and the extracted proteins are not damaged between 2 extractions; H5: protein recovery from the extracting medium is efficient. The questions to be answered corrrespond to these 5 hypotheses Q1- what is the level of permeability and the microalgal stress level induced by bcPEF; Q2-how fast is the de novo protein accumulation between 2 bcPEF; Q3-how bcPEF impact cell division rate and Q4-what are the identity and the state of the extracted proteins. The main steps of the thesis and scientific procedure: The main steps are (1) establishing the culture of the different taxa (Arthrospira platensis, Chlorella vulgaris, and Tetraselmis chui) and (2) optimizing the conditions allowing the best protein extraction while preserving cell viability. Using these conditions, the answers to the five groups of questions mentionned above will be obtained: A1-evaluating the level of permeability and the microalgal stress level induced by bcPEF; A2-establishing the kinetics of de novo protein accumulation between 2 bcPEF; A3-evaluating the impact of bcPEF on cell division rate and A4-determining the quality and the identity of the extracted proteins Methodological and technical approaches considered: Axenic culture of photosynthetic microorganisms will be tested: Arthrospira platensis, Chlorella vulgaris, and Tetraselmis chui. The project is organized in 3 WPs: WP1-Electroporation and cell responses after 1 PEF: permeability measurements (flow cytometry, fluorescence microscopy), quantification and identification of the released proteins. The protein analyses will be performed with the help of PROTEOTOUL plateforme, stress level and impact of the protein unbalance on metabolic changes (transcriptomics, proteomics, spectroscopies, oxidative stress measurements) → bcPEF operating conditions and relaxation time for bcPEF treatment, biomass/protein production modelling and small scale cultivation adjustments (nutrients, dilution and lighting) considering the extracted proteins (A1), WP2–Repetitive extraction: morphologic changes, division rate, identification, quantitative and qualitative analyses of the released proteins by mass spectrometry (PROTEOTOUL), viability→ repetitive extraction operating conditions, biomass/protein production modelling and small scale cultivation adjustments (nutrients, dilution and lighting) (A2-A4) Scientific and technical skills required by the candidate: The project is multidisciplinary. Knowledge in algal culture, physiology, biochemistry, biophysics, electroextraction, flow cytometry, bioinformatics will be good point. Autonomy, knowledge of English, mobility

Prise de fonction :

02/09/2024

Nature du financement

Contrat doctoral

Précisions sur le financement

38 k€/année (brut chargé) - 38k€/year (gross salary)

Présentation établissement et labo d'accueil

LE MANS UNIVERSITÉ
As part of a new project 'alternative PROteinS : Production, ExtraCTion, dryIng, Ingredients Valorisation, for the improvement of protEins Sustainability in human diet' (PROSPECTIVES) led by the University of Dijon, Le Mans University, is recruiting a PhD student. This multidisciplinary project will contribute to the establishment of biocompatible electroextraction as a new biotechnological tool for the extraction of proteins from microalgae. The PhD work is led by Justine Marchand and Benoît Schoefs. . The doctoral student will be a member of the "Metabolism, bioengineering of molecules and applications of microalgae" (MIMMA) team of the "Mer Molécules Santé" laboratory at Le Mans University. The team is interested in the mechanisms of reorientation of the carbon metabolism of microalgae in response to stress and in applications in the field of blue biotechnology. The 'PROSPECTIVES' program presents both fundamental and applied aspects.

Intitulé du doctorat

Doctorat de Biotechnology/PhD in Biotechnology

Pays d'obtention du doctorat

France

Etablissement délivrant le doctorat

Le Mans Université/Le Mans University

Ecole doctorale

VAAME

Profil du candidat

Les candadates devraient démontrer une exêrience dans les différents domaines Culture de microalgues Biologie moléculaire, biochimie et physiologie des microalgues Autonomie, connaissance de l'anglais, mobilité _______ The candidates sould demonstrate an exêrience in the different fields Microalga culture Molecular biology, biochemistry and physiology of microalgae Autonomy, knowledge of English, mobility
17/05/2024

Job Features

Job CategoryDoctorat

Lieu de travail Le Mans – Pays de la Loire – France Intitulé du sujet Electroextraction des protéines des microrganismes photosynthétiques/Electroextraction of proteins from photosynthe...View more