Bourse de Doctorat en écologie microbienne marine à l’Université d’Amsterdam, Pays-Bas

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Faculté des sciences – Institut de dynamique de la biodiversité et des écosystèmes

Nous, l‘  Institut pour la dynamique de la biodiversité et des écosystèmes (IBED) , invitons les candidats à un doctorat en écologie microbienne marine au Département d’écologie des eauxdouces et marines. Notre institut est l’un des huit instituts de recherche de la faculté des sciences de l’université d’Amsterdam. IBED couvre un large éventail de matières en écologie, sciences de la terre et sciences de l’environnement, y compris la recherche fondamentale et appliquée.

En tant que candidat au doctorat, vous travaillerez au Département d’écologie des eaux douces et marines (FAME) , dirigé par le professeur Jef Huisman. Nos études scientifiques visent à mieux comprendre les écosystèmes aquatiques à tous les niveaux, des gènes au changement climatique, en utilisant une approche véritablement multidisciplinaire. Le projet sera supervisé par le Dr Susanne Wilken et vise à étudier les modes de vie prédateurs dans le phytoplancton marin et leur rôle dans les réseaux alimentaires microbiens des océans.

Nous réaliserons le projet en étroite collaboration avec le professeur Corina Brussaard de l’Institut royal néerlandais de recherche sur la mer (NIOZ). Le Département de microbiologie et biogéochimie marines (MMB) de NIOZ étudie les communautés microbiennes dans tous les types d’environnements marins, des estuaires aux grands fonds marins. En utilisant des approches de terrain et expérimentales, la diversité, la physiologie et l’activité du phytoplancton eucaryote, des procaryotes et des virus sont étudiées dans divers contextes environnementaux marins.

Description du projet

Modes de vie prédateurs dans le phytoplancton marin

La prédation des microbes est traditionnellement supposée être effectuée par des organismes hétérotrophes. Cependant, de nombreuses espèces marines de phytoplancton se nourrissent également d’autres microbes, combinant ainsi les modes de vie des plantes et des animaux. Les interactions subcellulaires entre la photosynthèse et l’hétérotrophie au sein de ces organismes mixotrophes restent mal comprises, mais risquent d’avoir de graves conséquences sur le flux biogéochimique des éléments dans l’océan. Ce projet vise à identifier les facteurs environnementaux contrôlant la prédation microbienne par les eucaryotes photosynthétiques dans l’océan et à les relier aux processus moléculaires sous-jacents caractérisant les stratégies nutritionnelles mixotropes.

Dans ce projet, des expériences de laboratoire avec des mixotrophes marins représentatifs de différentes stratégies nutritionnelles seront réalisées et combinées avec le travail de terrain dans deux environnements marins contrastés, la Méditerranée et le sud de la mer du Nord. Les signatures transcriptomiques de stratégies nutritionnelles sélectionnées seront identifiées dans des expériences de chimiothérapie. Celles-ci éclaireront l’interprétation des méta-transcriptomes ciblés provenant de communautés microbiennes naturelles, à partir desquelles les prédateurs microbiens seront identifiés par le sondage des isotopes stables d’ARN.

Si vous êtes le candidat sélectionné, vous serez basé à l’IBED à Amsterdam où vous présenterez votre thèse. Vous effectuerez des travaux sur le terrain à NIOZ sur Texel et à l’Institut de recherche marine de Barcelone (ICM-CSIC).

Exigences

• Maîtrise en écologie microbienne, écologie aquatique, biologie marine, océanographie biologique ou dans un domaine connexe;
• expérience de la culture de micro-organismes;
• expérience des techniques moléculaires, de préférence génomique / transcriptomique;
• expérience du travail de terrain;
• une expérience des analyses bioinformatiques est souhaitée;
• aptitude à travailler dans une équipe de recherche multidisciplinaire;
• excellentes compétences de communication en anglais.

Informations complémentaires

Pour toute question concernant cette vacance jusqu’au 5 septembre 2018:

• Dr Susanne Wilken
  T: +31 (0) 20 525 7070

Rendez-vous

Le poste commencera à l’hiver 2018. L’engagement à temps plein sera temporaire pour une période maximale de quatre ans (18 mois plus 30 mois après une évaluation positive) et devrait mener à une thèse (thèse de doctorat). Nous élaborerons un plan éducatif comprenant la participation à des cours et à des réunions (internationales). Vous devez également aider à enseigner aux étudiants de premier cycle. Le salaire mensuel brut à plein temps se situera entre 2 266 € la première année et 2 897 € la dernière année, selon les échelles salariales néerlandaises pour les doctorants. La convention collective de travail pour les universités néerlandaises est applicable. Le salaire annuel sera augmenté de 8% pour les vacances et de 8,3% pour les primes de fin d’année.

Demande d’emploi

L’UvA est un employeur offrant l’égalité des chances. Nous célébrons la diversité et nous nous engageons à créer un environnement inclusif pour tous les employés. Nous apprécions l’esprit de recherche et d’endurance, fournissons l’espace nécessaire pour continuer à poser des questions et chérir une atmosphère diversifiée de curiosité et de créativité.

Vous pouvez envoyer votre demande au plus tard le 15 septembre 2018 en utilisant le lien ci-dessous. Veuillez indiquer le numéro de poste vacant 18-464 dans le champ objet.

Votre candidature doit inclure:

• une lettre de motivation (max 1 page);
• un CV détaillé comprenant une liste de publications et
• les noms et adresses de contact de deux références à partir desquelles des informations sur le candidat peuvent être obtenues.

Veuillez combiner tous ces éléments dans un seul fichier PDF de taille gérable. Les interviews, éventuellement via Skype, seront programmées pour le 15 octobre 2018. # LI-DNP

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