{:fr}
Nous recherchons un chercheur à un stade précoce (ESR) spécialisé dans l’utilisation de la technique d’imagerie moléculaire par hybridation in situ par fluorescence (FISH) pour élucider le rôle du microbiome dans différentes maladies non transmissibles induites par l’inflammation. Ce projet ESR fait partie du consortium GROWTH, un réseau de formation innovant Marie-Sklodowska Curie (European Industrial Doctorates).
À propos de MoKi Analytics
MoKi Analytics GmbH est une entreprise jeune et innovante, née de la Charité – Hôpital universitaire de Berlin en 2017. Nous proposons des produits haut de gamme et des services d’experts pour la détection de micro-organismes dans des échantillons cliniques. Nous nous concentrons sur des méthodes d’imagerie innovantes à l’interface de la biologie moléculaire, de l’histologie et de la pathologie. Parmi d’autres services dédiés à la recherche de pointe sur le microbiome, MoKi Analytics propose une combinaison unique de la technique microscopique d’hybridation in situ par fluorescence (FISH) avec le séquençage de nouvelle génération (NGS). Les locaux de MoKi Analytics sont affiliés étroitement à l’hôpital universitaire de la Charité (Berlin), mettant l’accent sur l’atmosphère ouverte et collaborative de notre entreprise. L’équipe MoKi Analytics est composée de scientifiques et techniciens médicaux et biologiques.
À PROPOS DE LA CROISSANCE
Le consortium GROWTH, financé par la Commission européenne (2019-2023), est constitué pour former une nouvelle génération de chercheurs travaillant sur de nouvelles perspectives pathologiques, des diagnostics de biomarqueurs et des interventions nutritionnelles personnalisées pour l’insuffisance intestinale chez les nouveau-nés et les prématurés. Des partenaires académiques et industriels, couvrant diverses disciplines allant de la recherche fondamentale à la pédiatrie clinique et à la chimie analytique en passant par les applications organoïdes et intestinales, se sont associés au sein de l’UE:
– DSCN Research BV (Pays-Bas)
– Hôpital universitaire de Bonn (Allemagne)
– Imperial College London (Royaume-Uni)
– Academic Medical Center (Pays-Bas)
– Cherry Biotech (France)
– VU Medical Center (Pays-Bas)
– MoKi Analytics (Allemagne)
GROWTH est un programme européen de doctorat industriel qui exige que les doctorants passent au moins 50% de leur temps (18 mois) dans le secteur non universitaire.
URL du site Web de CROISSANCE: http://www.growth-horizon2020.eu/
À propos du projet ESR
Le doctorant sera inscrit à la Charité – University Hospital Graduate School et supervisé par un superviseur académique et non académique, exposant également le candidat au secteur académique et non académique. Le superviseur académique sera PD Dr. Annette Moter.
L’ESR réalisera des études microscopiques moléculaires pour comprendre le rôle des communautés microbiennes et mycobiotiques dans un contexte spatial. FISH en combinaison avec une amplification d’ARNr 16S et une analyse de séquence (Sanger et NGS) sera utilisé pour analyser les communautés microbiennes dans des échantillons in vitro, des échantillons de modèles in vivo et des échantillons cliniques ex vivo en mettant l’accent sur le tractus gastro-intestinal. Les données préliminaires suggèrent: 1) les anastomoses intestinales sont associées à des communautés microbiennes spécifiques, 2) la visualisation du microbiote et du mycobiota pourrait jouer un rôle clé dans l’interprétation des résultats du NGS. Par conséquent, l’imagerie par FISH en combinaison avec le séquençage doit être établie pour le tractus gastro-intestinal.
COLLABORATEURS DE CE PROJET ESR:
– Academic Medical Center (Amsterdam, Pays-Bas)
– Hôpital universitaire de Bonn (Bonn, Allemagne)
Détachements
Pendant les 36 mois du projet ESR, le candidat aura l’occasion de passer:
– 7 mois à l’hôpital universitaire de Bonn (Bonn, Allemagne) pour générer des données sur le micro- et le mycobiota par microscopie et séquençage NGS dans le tissu anastomotique humain et souris à différents stades de guérison. – 11 mois à l’Academic Medical Center (AMC, Amsterdam, Pays-Bas) pour acquérir des compétences et utiliser des pipelines analytiques de bioinformatique et de calcul de données 16S et ITS ainsi que des analyses de corrélation de tous les résultats générés pendant le projet.
{:}{:en}
We are looking for an Early Stage Researcher (ESR) with a focus on using the molecular imaging technique fluorescence in situ hybridization (FISH) to elucidate the role of the microbiome in different non-communicable inflammation-driven diseases. This ESR project is part of the GROWTH consortium, a Marie-Sklodowska Curie Innovative Training Network (European Industrial Doctorates).
About MoKi Analytics
MoKi Analytics GmbH is a young and innovative company, started from the Charité – University Hospital Berlin in 2017. We offer high-end products and expert services for the detection of microorganisms in clinical samples. Our focus are innovative imaging methods at the interface of molecular biology, histology and pathology. Among other services dedicated to cutting-edge microbiome research, MoKi Analytics delivers a unique combination of the microscopic technique fluorescence in situ hybridization (FISH) with Next Generation Sequencing (NGS). MoKi Analytics premises are affiliated closely to the Charité- University Hospital (Berlin) emphasizing the open and collaborative atmosphere in our company. The MoKi Analytics team consists of medical and biological scientists and technicians.
About GROWTH
The GROWTH consortium, funded by the European Commission (2019-2023), is made up to train a new generation of researchers working on new pathological insights, biomarker diagnostics and personalized nutritional interventions for intestinal failure in neonates and preterm infants. Academic and industry partners, covering various disciplines ranging from fundamental research to clinical paediatrics and analytical chemistry to organoid and gut-on-chip applications, have teamed up in the EU:
– DSCN Research BV (The Netherlands)
– University Hospital Bonn (Germany)
– Imperial College London (United Kingdom)
– Academic Medical Center (The Netherlands)
– Cherry Biotech (France)
– VU Medical Center (The Netherlands)
– MoKi Analytics (Germany)
GROWTH is a European Industrial Doctorate programme that requires PhD students to spend at least 50% of their time (18 months) in the non-academic sector.
GROWTH website url: http://www.growth-horizon2020.eu/
About the ESR Project
The PhD student will be enrolled in the Charité – University Hospital Graduate School and supervised by an academic and non-academic supervisor, equally exposing the candidate to the academic and non-academic sector. Academic supervisor will be PD Dr. Annette Moter.
The ESR will perform molecular microscopic studies to understand the role of microbial and mycobiota communities in a spatial context. FISH in combination with 16S rRNA amplification and sequence analysis (Sanger and NGS) will be employed to analyze microbial communities in in vitro samples, samples from in vivo models and ex vivo clinical samples with focus on the gastro-intestinal tract. Preliminary data suggest: 1) gut anastomoses are associated with specific microbial communities, 2) visualization of microbiota and mycobiota might play a key role in the interpretation of NGS results. Therefore, imaging by FISH in combination with sequencing needs to be established for the gastro-intestinal tract.
COLLABORATORS IN THIS ESR PROJECT:
– Academic Medical Center (Amsterdam, The Netherlands)
– University Hospital Bonn (Bonn, Germany)
Secondments
During the 36 months of the ESR project, the candidate will have the opportunity to spend:
– 7 months at the University Hospital Bonn (Bonn, Germany) to generate data on micro- and mycobiota by microscopy and NGS sequencing in human and mouse anastomotic tissue in different stages of healing. – 11 months at Academic Medical Center (AMC, Amsterdam, The Netherlands) to acquire skills in and use of analytical pipelines of 16S and ITS data bioinformatics and computing as well as correlation analyes of all results generated during the project.
{:}
Les données soumises dans le formulaire de candidature seront utilisées à des fins de recrutement uniquement et partagées par les membres du consortium GROWTH. Les données seront conservées en toute sécurité chez DSCN Research BV (coordinateur réseau de GROWTH) et partagées par un stockage cloud sécurisé. Les données doivent être conservées pendant un maximum de quatre ans (la durée de vie du projet). De plus amples informations peuvent être collectées auprès des instituts susmentionnés. Les candidats peuvent demander la suppression de leurs données en contactant info@growth-horizon2020.eu .