Deux postes de Scientifique/Ingénieur de Recherche en Transcriptomique Spatiale, France

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L’établissement Spatial-Cell-ID de Lyon recherche du personnel hautement qualifié pour les postes suivants :

• • un bioinformaticien/biologiste computationnel spécialisé en transcriptomique spatiale. Le candidat retenu dirigera le développement de méthodes et de pipelines pour analyser les données biologiques générées.
  • un biophysicien/bioingénieur spécialisé en instrumentation pour la transcriptomique spatiale ciblée. Le candidat retenu mettra en place une plateforme d’imagerie multi-utilisateurs dédiée à la transcriptomique spatiale sur plusieurs types d’échantillons biologiques.

Spatial-Cell-ID est une nouvelle plateforme nationale de transcriptomique spatiale financée par l’initiative d’excellence française «EquipEx+» et dirigée par l’Ecole Normale Supérieure de Lyon ( ENSL). Il vise à étudier l’identité cellulaire et son hétérogénéité spatiale au sein de tissus, d’organes ou de systèmes biologiques dans des contextes normaux et pathologiques, à travers les développements très récents de la transcriptomique spatiale. Les technologies de transcriptomique spatiale ont été élues « Méthode de l’année 2020 » par la revue Nature Methods et révolutionnent actuellement notre capacité à étudier des systèmes biologiques complexes. Spatial-Cell-ID propose des équipements nationaux de transcriptomique spatiale qui intègrent des technologies d’imagerie, de séquençage et d’analyse de données qui, en synergie, permettront d’accéder au transcriptome de n’importe quelle cellule unique dans son environnement spatio-temporel natif. Il héberge une sélection compréhensible de technologies, y compris la transcriptomique unicellulaire (10x Genomics), la transcriptomique spatiale non ciblée (par exemple, Slide-seq),MERFISH ), associant les plateformes technologiques de pointe de l’Université de Lyon. Le pôle d’analyse des données de Spatial-Cell-ID sera situé à l’Ecole Normale Supérieure de Lyon.

L’employeur : L’Ecole Normale Supérieure de Lyon est un établissement d’enseignement supérieur public français d’élite qui forme des professeurs, des chercheurs, des hauts fonctionnaires ainsi que des dirigeants d’entreprise et politiques. Elle est un symbole de la méritocratie républicaine française et elle reste aujourd’hui engagée à diffuser le savoir au plus large public et à promouvoir l’égalité des chances. L’ ENSL regroupe plusieurs laboratoires à la pointe de la science et travaillant dans différents domaines de la biologie, des mathématiques, de la physique et des sciences humaines.

Bioinformaticien/biologiste computationnel : Le candidat désigné coordonnera le pôle d’analyse de données de Spatial-Cell-ID et assistera les utilisateurs dans l’analyse de leurs données unicellulaires et spatiales. Elle/il travaillera à l’ ENS de Lyon et collaborera étroitement avec des biologistes et des bioinformaticiens pour mettre en place des pipelines d’analyse de données et développer de nouvelles procédures selon les besoins. Il/elle communiquera les résultats, coordonnera les transferts de compétences entre les laboratoires et fournira une formation aux membres du projet au besoin. Il/elle disposera de moyens de calcul étendus (postes de travail, Centre de Calcul Haute Performance de l’ ENS de Lyon) et bénéficiera du soutien de la communauté bioinformatique au sein de Spatial-Cell-ID.

Profil:

• • doctorat ou expérience équivalente en sciences quantitatives (Bioinformatique, Biologie computationnelle, etc.).
  • Bonne connaissance d’un ou plusieurs langages de programmation/script (p. ex. Python, R, bash).
  • Expérience en analyse de données omiques, idéalement dans le contexte des technologies unicellulaires et spatiales.
  • Expérience ou aptitude à maîtriser rapidement les techniques suivantes : transcriptomique spatiale non ciblée (ex. Visium, Slide-Seq), transcriptomique spatiale ciblée (ex. MERFISH ),
  • analyse d’images, méthodes d’apprentissage automatique pour l’analyse de données biologiques.
  • Excellentes capacités de communication et de collaboration. L’anglais est la langue de travail.

Date de début souhaitée : Entre octobre 2021 et janvier 2022.

Durée du contrat : 3 ans, renouvelable. Le poste peut déboucher sur un poste permanent.

Salaire : Rémunération selon expérience (de 2000 euros/mois pour un junior à 3000 euros/mois pour un ingénieur de recherche senior).

Instructions pour les candidats: Les candidatures doivent inclure un CV, une lettre de motivation et les coordonnées de 3 références à envoyer à Yad Ghavi-Helm ( yad.ghavi-helm@ens-lyon.fr ). Veuillez utiliser l’objet de l’e-mail « ID de cellule spatiale ». Pour plus d’informations, veuillez contacter la même adresse. Les candidatures seront étudiées lors de la soumission.

Biophysicien/bioingénieur : Le candidat retenu construira la plateforme d’imagerie pour la transcriptomique spatiale ciblée de Spatial-Cell-ID. Il concevra, mettra en place et interfacera les différentes parties du

expérimentation : contrôles microfluidiques, imagerie confocale super-résolution et système d’acquisition. Une fois la configuration expérimentale en cours d’exécution, il/elle assistera les nouveaux utilisateurs et les formera en cas de besoin. L’ingénieur recruté travaillera à l’ ENS de Lyon et collaborera étroitement avec des biologistes, des microscopistes et des biophysiciens, qui l’assisteront dans les différents aspects de ce projet hautement interdisciplinaire.

Profil:

• • Une maîtrise ou un diplôme d’ingénieur en biophysique/bioingénierie/biologie est requis.
  • Fort intérêt pour l’instrumentation, si possible avec expérience en programmation visuelle et en codage pour l’interfaçage.
  • Expérience ou aptitude à maîtriser rapidement les différentes étapes des expériences de transcriptomique spatiale : conception de sondes, expériences smFISH, acquisition et analyse d’images.
  • Excellentes capacités de communication et de collaboration. L’anglais est la langue de travail.
  • Une expérience en imagerie de systèmes biologiques et/ou microfluidique est un plus.

Date de début souhaitée : janvier 2022

Durée du contrat : 3 ans.

Salaire : Rémunération selon expérience (de 2000 euros/mois pour un junior à 3000 euros/mois pour un ingénieur de recherche senior).

Instructions pour les candidats: Les candidatures doivent inclure un CV, une lettre de motivation et les coordonnées de 3 références à envoyer à Jonathan Enriquez ( jonathan.enriquez@ens-lyon.fr ) et Sigolene Lecuyer ( sigolene.lecuyer@ens-lyon.fr ) ). Veuillez utiliser l’objet de l’e-mail « ID de cellule spatiale ». Pour plus d’informations, veuillez contacter les mêmes adresses. Les candidatures seront étudiées lors de la soumission.