Histórico de Puestos

Description

Que ce soit en médecine, écologie, évolution, bioinformatique ou mêmes d'autres champs disciplinaires s'intéressant à l'étude du vivant, le point de départ est dans de nombreux cas le matériel génétique des espèces étudiées. Depuis le début des années 2000 et la montée en puissance des technologies de séquençage, de nombreux génomes de référence pour diverses espèces ont été publiés. Ces génomes se présentent sous la forme de textes, généralement sur l'alphabet {A,C,G,T,N}. La baisse des coûts de séquençage et l'amélioration des techniques permet aujourd'hui le séquençage de plusieurs individus d'une même espèce. Pour pouvoir étudier l'ensemble des génomes d'une même espèce, ils sont amalgamés dans une structure dite graphe de variation ou graphe de pangénome ayant pour objectif de factoriser les parties communes. Les individus diffèrent par des variations ponctuelles (de type SNPs) qui peuvent être détectées sans avoir besoin de séquencer complètement l’individu et des variations structurales, comme les inversions ou les duplications, qui impacte une plus grande portion du génomes, et sont difficilement détectable sans le génome complet. L'exploration de cette structure de pangénome et la recherche de variations structurales va donc permettre d'accéder à la variabilité intra-spécifique et de répondre à des questions scientifiques restées jusque là peu explorées. De nombreux outils de construction de graphes de pangénomes et d'exploration voient le jour mais aucun à ce jour ne fait consensus. Par ailleurs, la majorité sont encore lents et/ou imprécis. Il n'y a pas à l'heure actuelle de définition commune de ce que doit-être un pangénome. L'objectif de cette thèse est dans un premier temps de spécifier formellement la structure de graphe de pangénome que nous souhaitons et les variations structurales que l'on peut y modéliser. Il faudra ensuite mettre au point des algorithmes performant pour construire ces graphes de pangénomes et y rechercher les variations. Ces algorithmes seront testés à la fois sur des données simulées et des données réelles. Dans l'équipe d'accueil, un jeu de données de 250 individus de Pseudogymnoascus destructans est en cours de séquençage. C'est une espèce de champignon pathogène dont la taille de génome est de l'ordre de 40Mb et qui présente de nombreuses variations structurales entre individus, c’est donc un candidat approprié pour tester nos méthodes. Par ailleurs, il est important de garder à l’esprit que les données sur lesquelles nous devrons appliquer nos méthodes ne vont cesser de croître et que des algorithmes performants à la fois en espace mémoire et temps de calcul sont nécessaires. À terme, tous les outils utilisés en routine dans les analyses bioinformatiques sur les génomes de référence linéaire (l’alignement en particulier) devront pouvoir prendre en entrée des pangénomes de type graphe, cela ouvre de beaux challenges algorithmiques en perspectives.

Compétences requises

Le ou la candidate devra avoir de solides compétences méthodologiques et la volonté d'implémenter ses algorithmes. En particulier, le ou la candidate devra être à l'aise en algorithmique du texte et connaitre la théorie des graphes. Une connaissance des problématiques bioinformatiques liées au séquençage (pour l'obtention des données), à l'alignement de séquences et à l'évolution en général est requise.

Bibliographie

[1] Joel Armstrong et al. 'Progressive Cactus is a multiple-genome aligner for the thousand-genome era'. In : Nature 587.7833 (nov. 2020). Number : 7833 Publisher : Nature Publishing Group, p. 246-251. issn : 1476-4687. doi : 10 . 1038 / s41586 - 020 - 2871 - y. [2] Erik Garrison et al. Building pangenome graphs. Pages : 2023.04.05.535718 Section : New Results. 6 avr. 2023. doi : 10.1101/2023.04.05.535718 [3] GitHub - GFA-spec/GFA-spec : Graphical Fragment Assembly (GFA) Format Specification. url : https://github.com/GFA-spec/GFA-spec [4] Glenn Hickey et al. 'Pangenome graph construction from genome alignments with Minigraph-Cactus'. In : Nature Biotechnology (10 mai 2023). Publisher : Nature Publishing Group, p. 1-11. issn : 1546-1696. doi : 10.1038/s41587- 023- 01793- w. [5] New strategies to improve minimap2 alignment accuracy. In : Bioinformatics 37.23 (7 déc. 2021), p. 4572-4574. issn : 1367-4803. doi : 10.1093/bioinformatics/btab705. [6] The Computational Pan-Genomics Consortium. Computational pan-genomics: status, promises and challenges. Brief Bioinform. 1 janv 2018;19(1):118‐35. [7] Zekic, T., Holley, G., Stoye, J. (2018). Pan-Genome Storage and Analysis Techniques. In: Setubal, J., Stoye, J., Stadler, P. (eds) Comparative Genomics. Methods in Molecular Biology, vol 1704. Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7463-4_2 [8] Heng Li, Xiaowen Feng et Chong Chu. 'The design and construction of reference pangenome graphs with minigraph'. In : Genome Biology 21.1 (déc. 2020). Number : 1 Publisher : BioMed Central, p. 1-19. issn : 1474-760X. doi : 10 . 1186 / s13059 - 020 - 02168 - z. [9] Benedict Paten et al. 'Cactus : Algorithms for genome multiple sequence alignment'. In : Genome Research 21.9 (sept. 2011), p. 1512-1528. issn : 1088-9051. doi : 10.1101/gr.123356.111.

Mots clés

Algorithmique, Graphes, Bioinformatique, Pangénome, Optimisation

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisC1 (autonome)

Niveau d'anglais requisC1 (autonome)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Madame Sèverine BERARD

Contact

Madame Sèverine BERARD

 04 67 14 32 61

 Severine.Berard@umontpellier.fr

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Description Que ce soit en médecine, écologie, évolution, bioinformatique ou mêmes d’autres champs disciplinaires s’intéressant à l’étude du vivant, le point de départ est da...View more

About the Project

The Multiscale Modeling of Materials and Machine Learning Laboratory (M4L Lab: https://www.m4l-lab.com/) at Villanova University is looking for one Ph.D. student to work on interdisciplinary research topics that involve Computational Mechanics and Machine Learning. The positions start as early as Fall 2024. Evaluations will begin immediately until the positions are filled.

The main goal of the PhD project is to create and validate computational models to predict materials behavior across multiple spatial and temporal scales. In particular, we are interested in accelerating the discovery of high-entropy alloys and bio-inspired materials with superior properties by applying and developing different data-driven and physically-based approaches.

Qualifications​:

·      Master's degree in Computer Science, Mechanical Engineering, Materials Science and Engineering, Physics, or related disciplines.

·      Active Learning, Bayesian Machine Learning, Scientific Machine Learning, Projection-based model reduction

·      Prior experience with High-Performance Computing is desirable but not required

·      Prior experience in numerical modeling with FEM (ABAQUS, ANSYS) is desirable but not required.

·      Willingness and motivation to work in a highly interdisciplinary field.

 

Offer:

- Fully funded PhD tuition with a 12-month salary, $500 start-up grant, and health insurance.

-      Support to obtain the visa required to study in the United States, if needed.

How to apply

Interested candidates are invited to email Dr. David Cereceda () with their latest CV, a statement describing their research experience and interests, B.S. and M.S. transcripts, and the contact information for 3 references, all as email attachments in PDF format. This and any other specific inquiries should be addressed with “#Name: Ph.D. applicant-Fall-2024 - FindAPhD” in the subject line. Interested candidates are encouraged to submit these materials to Dr. David Cereceda before submitting the online application at Villanova University.

 

About the Principal Investigator

Dr. David Cereceda is an Assistant Professor in the Department of Mechanical Engineering at Villanova University. Before joining Villanova, Dr. David Cereceda was a Postdoctoral Fellow with Prof. Lori Graham-Brady at Johns Hopkins University, within the Hopkins Extreme Materials Institute. His research at Hopkins is aimed at understanding the dynamic fragmentation of brittle materials under extreme loading conditions. Dr. David Cereceda received his Ph.D. in Nuclear Engineering from Polytechnic University of Madrid in 2015, under the guidance of Prof. Jaime Marian and Prof. José Manuel Perlado. His Ph.D. research, performed at Lawrence Livermore National Laboratory and University of California Los Angeles, was focused on the multiscale modeling of body-centered cubic metals like tungsten from atomistic to engineering scales. His current research focuses on facilitating the discovery, development, and deployment of next-generation structural and bio-inspired materials by creating and validating computational models that leverage physics-based and data-driven techniques.

Research website: https://www.m4l-lab.com/

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

About the Project The Multiscale Modeling of Materials and Machine Learning Laboratory (M4L Lab: https://www.m4l-lab.com/) at Villanova University is looking for one Ph.D. student to work on interdis...View more

About the Project

Part of the €2 million UKRI-guaranteed ERC grant PETRARCH: Pinpointing Earth-system Thresholds for Anoxia with New Reconstructions of the Cretaceous Hothouse.

Lead Institution: University of Bristol, School of Earth Sciences

Lead Supervisor: Dr Michael Henehan, School of Earth Sciences, University of Bristol Co-supervisors: Prof. Rich Pancost, School of Earth Sciences, University of Bristol; Dr. Fanny Monteiro, School of Geographical Sciences, University of Bristol; Prof. Brian Huber, Smithsonian Institution

Project Enquiries: 

PETRARCH Project Background

Oxygen levels in Earth’s oceans are dropping fast due to anthropogenic nutrient and CO2 release, and the consequences of this for marine ecosystems are difficult to predict with current models. The Cretaceous Period (66- 145 million years ago) witnessed numerous extreme ocean anoxic events (OAEs) that are thought to have been caused by pulses of volcanic CO2 and potentially nutrient release. Knowing the exact mechanisms by which volcanism triggered global ocean anoxia would provide vital empirical information about potential future tipping points in our Earth system. Currently, however, our constraints on climate, atmospheric CO2 and carbon cycling in the Cretaceous are qualitative at best, preventing OAEs from being useful analogues. The PETRARCH project aims to rectify this, by combining both new and proven geochemical proxy reconstructions with cutting-edge Earth system modelling.

Project Aims and Methods:

This PhD project fits into the wider PETRARCH project (www.petrarch-project.science) by looking at how CO2 fluctuated in the run-up to and over Cretaceous OAEs. It will also contrast these with events that saw only localised anoxia, and events where volcanic carbon injection is well-documented, but there was no discernible anoxia. Through each event the project will investigate the role of changing behaviour of the oceans’ biological pump, through reconstructions of changing vertical water column pH profiles. To do this, the student will analyse the boron isotope composition of fossil foraminifera and radiolarians. Our aim is to work out what the key interacting factors were to have caused volcanic CO2 injection and warming to spiral into global periods of marine anoxia. In particular, this studentship will look at the possible role of ocean acidification, marine extinction, pelagic ecosystem function change and shallowing of water-column organic carbon remineralisation. The student will work alongside another student currently reconstructing the Cretaceous atmospheric CO2 and ocean pH baseline upon which these events were superimposed. In addition, the student will work closely with a dedicated PostDoc modeller who will implement their findings into the cGENIE global biogeochemical model. As well as boron isotopes in foraminifera, the student will be able to capitalise on ongoing research also taking place within PETRARCH to establish radiolarians as a new archive of ocean pH, thereby implementing cutting-edge methodology. Trace element measurements made alongside these boron isotope measurements will also allow us to reconstruct ocean temperature and major ion chemistry changes over the OAEs. This work will use International Ocean Discovery Program (IODP) marine drill core samples from all round the Earth’s oceans, and will avail of the state-of-the-art analytical facilities housed within the Bristol Isotope Group (BIG) lab, as well as dedicated sediment washing and micropalaeontology labs.

Candidate requirements

The School of Earth Sciences is a hub of interdisciplinary research; as such, we are open to intellectually diverse applicants, and welcome new perspectives. Prior knowledge of relevant subject areas like micropalaeontology, (palaeo)climate science, or geochemistry could therefore be helpful, but are not a fixed prerequisite per se. Similarly, we welcome and encourage student applications from minoritized and marginalised backgrounds, and value a diverse research environment.

Project partners

This project will be part of a team of two PhD students, two PostDocs and one technician funded through the PETRARCH project. It will be based at the University of Bristol’s School of Earth Sciences, which is ranked 2nd in the UK in the Research Excellence Framework 2021, with 100% of research output being rated as rated as ‘world leading’ or ‘internationally excellent’. Outside of the School, it will involve frequent interaction and exchange of ideas with collaborators in the School of Geographical Sciences and the School of Chemistry. Collaborators outside Bristol include scientists in the US, Italy and Germany, meaning the student will immediately be linked into an international network of scientists.

Training

Within the PETRARCH project, there will be ample opportunities for travel and associated training. Funds for international conferences and summer school attendance have been allocated. Analytically, the student will be trained in foraminiferal taxonomy, boron isotope analysis via MC-ICPMS and trace element analysis via ICPMS. Training in cGENIE Earth System modelling from co-supervisor Fanny Monteiro may also possible. There will also be ample opportunity to develop teaching and mentoring skills through engagement in training our talented undergraduates, should the student wish to do so.

Useful links

To apply see links at: http://www.bristol.ac.uk/earthsciences/courses/postgraduate/

Please note: Emailing a CV or cover letter will not constitute an application for the role - applications must be submitted through the official admissions portal. If you are applying for this programme, you need to select PhD Geology as the programme choice when completing your online application form. This pdf is sufficient to upload as a project description.

For information on the School of Earth Sciences: http://www.bristol.ac.uk/earthsciences

For information on PETRARCH: www.petrarch-project.science

The application deadline is Friday the 12th April. Online interviews will take place soon after. The preferred start date will be mid-September 2024 but the funding of the project allows some flexibility. Financial support by way of stipend is offered for four years at standard UKRI rates. This project is open to international and UK applicants alike.

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

About the Project Part of the €2 million UKRI-guaranteed ERC grant PETRARCH: Pinpointing Earth-system Thresholds for Anoxia with New Reconstructions of the Cretaceous Hothouse. Lead Institution: U...View more

About the Project

The research group of Dr. Katja Zieske invites applications for a PhD position (f/m/d) for the project Biophotonic Characterization of Living matter from the Bottom-Up with one of the following specializations
  • Cell-Free Reconstitution of purified proteins at Lipid Membranes
  • Biophotonic characterization of biological samples
  • Development of lab-on-chip systems to investigate biological systems assembled from the bottom-up
About us: The Zieske group is an independent research group at the Max Planck Institute for the Science of Light. We are an interdisciplinary research team with projects in the area of biophysics and synthetic biology. Our research group is dedicated to exploring two fundamental questions: (1)  Emergence of Spatial and Temporal Patterns in Multicellular Systems: How do spatial and temporal patterns arise in multicellular systems through cellular interactions and interplay between cells and their extracellular environment? Employing a bottom-up approach, our interest lies in mimicking and reconstructing multicellular structures from the scratch. (2) Control and Emergence of Spatial Patterns and Forces at Lipid Membrane Interfaces?  How can spatial patterns and forces be orchestrated and controlled at lipid membrane interfaces? Our methodology involves synthetic lipid membranes, purified proteins and optical technologies to reconstitute and understand mechanisms governing membrane protein organization. PhD students will conduct and analyze experiments, write scientific publications and present research results at scientific meetings. Access to the following technologies is available:
  • Confocal microscopy and epifluorescence microscopy
  • Photopatterning device
  • Optical tables for custom build optical tweezers and iScat setup
  • Wet lab for biological sample preparation
  • Cell culture bench
  • Instruments for protein purification (e.g. chromatography system)
  • Diverse model membrane systems (e.g. supported lipid membranes, giant unilamellar vesicles, phase separating membranes)
  • Microfluidic technologies (Pressure system to operate microfluidic devices, access to Cleanroom for micro- and nanofabrication, https://mpl.mpg.de/research-at-mpl/technology-development-service-units/tdsu-micro-nanostructuring)
Currently, we are looking for a highly motivated PhD student with experience in protein science, biophysics, biophotonics, microscopy lab-on-chip systems or collective cell assembly. The successful candidates will conduct an interdisciplinary research program and support one of the two main research directions of the Zieske group. This position offers you the opportunity of unravelling fundamental rules of complex biological organization on the scale of protein assemblies or cellular assemblies. The project duration for PhD students is 3 years. The working language is English. Qualification of PhD applicants: The successful candidate has a background in biochemistry, biology, bioengineering, biophysics, biophotonics or microscopy or a related field and obtained his/her master degree within the last 2 years with good grades (or is about to obtain a master degree in 2024). We seeking proactive team members who possess a strong scientific aptitude and the ability to effectively articulate their interest in specific scientific research areas through a compelling motivation letter. Applicants should demonstrate a strong interest in interdisciplinary research, particularly at the intersection of quantitative science, life science and microscopy. Moreover, candidates are expected to have hands-on experience in experimental wet lab work. The ability to take responsibility over an independent project is a crucial aspect of this position, reflecting the capacity for autonomy and project management. International experience or mobility, coupled with relevant research experience gained through internships or thesis work would be considered advantageous. We welcome candidates who are not only driven by academic curiosity but also possess the skills and initiative to contribute actively to our collaborative research environment. Experimental experience in one or several of the following areas would be advantageous:
  • Membrane protein purification or protein engineering
  • Light-switchable proteins / Optogenetics
  • Lipid membrane models (e.g. GUVs or supported lipid membranes)
  • Microscopy or single molecule spectroscopy of biological objects and quantitative analysis
  • Single molecule tracking experiments and data analysis
  • Clean room experience and fabrication of lab-on-chip devices
  • Multicellular structures (e.g. angiogenesis, collective cell behavior, multicellular structure formation)
Interested in joining our team? Submit your application to  . The application material should include: 1) your preferred research area(s) 2) motivation letter 3) CV 4) university certificates and academic records 5) short abstracts of Bachelor and Master thesis 6) Highschool certificate or comparable certificate which qualifies you for entering university (if available) 7) 2 letters of recommendation (please ask your reviewers to directly send them as pdf files to ) 8) proof of proficiency in English (if available) The Max Planck Society strives to ensure a workplace that embraces diversity and provides equal opportunities irrespective of gender, nationality or disabilities of the applicants. Furthermore, the Max Planck Society is committed to increasing the number of individuals with disabilities in its workforce and therefore encourages applications from such qualified individuals.

References

https://mpl.mpg.de/research-at-mpl/independent-research-groups/zieske

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

About the Project The research group of Dr. Katja Zieske invites applications for a PhD position (f/m/d) for the project Biophotonic Characterization of Living matter from the Bottom-Up with one of th...View more

Description

La nature de la matière noire cosmologique reste un mystère. Elle pourrait être composée de particules exotiques hors modèle standard des particules élémentaires (axions, WIMPs, etc.), voire même de trous noirs primordiaux. Cependant, ces différents scénarios se traduisent généralement par des propriétés de structuration aux petites échelles différentes, ce qui pourrait permettre soit de les identifier, soit de les exclure. Les caractéristiques des plus petites structures de matière noire possiblement formées dépendent à la fois de la nature de la matière noire et du spectre des fluctuations primordiales dont l'origine supposée repose sur l'inflation cosmique (acception moderne du big bang, ou de ses phases précoces). Elles peuvent être plus ou moins compactes, avec des masses potentiellement aussi faibles que celles d'astéroïdes (distribuées sur des volumes plus ou moins grands). Ces structures auto-gravitantes seraient de fait des objets massifs mais n'émettant aucune lumière. Ces corps peuplant théoriquement les galaxies pourraient être à l'origine de perturbations dans les positions et vitesses des astres galactiques (étoiles, planètes, ..., pulsars), et être à l'origine d'événements de microlentilles gravitationnelles par transit entre ces astres et l'observateur. Les moyens modernes que représentent l'astrométrie de précision (satellite Gaia) et la mesure à haute précision du 'temps céleste' via des réseaux de pulsars (ePTA, Nanograv, etc.) ouvrent une fenêtre inédite sur la recherche de ces structures de matière noire aux petites échelles. Cette thèse a pour objet d'étudier la capacité de ces moyens modernes à observer, voire à exclure l'existence de ces structures, et donc de nous renseigner à la fois sur l'origine et la nature de la matière noire, ainsi que sur les propriétés des fluctuations primordiales aux petites échelles. Ce sujet se situe à l'interface de la cosmologie, de la physique des astroparticules, et de la dynamique gravitationnelle. Il conviendra en effet de relier les scénarios de matière noire et d'inflation aux propriétés macroscopiques des structures de matière noire aux plus petites échelles, et de déterminer leurs effets individuels ou collectifs sur les observables mentionnées ci-dessus. Il s'agit d'un travail théorique exploratoire, où le calcul analytique et numérique sera l'outil principal. Il conviendra d'avoir un fort appétit pour la compréhension, voire l'élaboration, de modèles théoriques et leur confrontation aux observations.

Compétences requises

Formation de haut niveau en physique théorique (hautes énergies, cosmologie, gravitation) Aisance dans le calcul analytique et semi-analytique Travail encadré en autonomie Capacité à rendre compte des résultats obtenus (écrit et oral) Persévérance et confiance

Bibliographie

https://theses.fr/2021MONTS037 https://inspirehep.net/literature/1666374 https://inspirehep.net/literature/1837141

Mots clés

Matière noire, cosmologie, astroparticules, dynamique grativationnelle, relativité générale, formation des structures

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisB2 (intermédiaire)

Niveau d'anglais requisB2 (intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Monsieur Julien LAVALLE

Contact

Monsieur Julien LAVALLE

 0467143961

 lavalle@in2p3.fr

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Description La nature de la matière noire cosmologique reste un mystère. Elle pourrait être composée de particules exotiques hors modèle standard des particules élémentaires (axions, WIMPs, etc...View more

Description

La compréhension de la réponse des matériaux mous à une contrainte mécanique est d'une importance capitale, tant sur le plan fondamental que dans les applications. Très souvent, la réponse mécanique du matériau est dictée par ses interactions avec les surfaces. Pour surmonter ce problème et sonder les propriétés intrinsèques des matériaux, nous produirons des billes sphériques uniques de gel et de verre colloïdaux de taille millimétrique. Les gels et les verres sont basés sur des particules colloïdales de taille typique 10 nm - 1 micron. Les gels consistent en une structure homogène de réseau poreux et les verres en un empilement dense de particules. Notre objectif est de rationaliser le comportement des billes soumises à une compression mécanique, et en particulier de comprendre comment elles cèdent. Nous voulons étudier l'interaction complexe entre l'écoulement du liquide dans les pores (la poroélasticité), la plasticité et la rupture de la structure. Nous espérons élucider les mécanismes physiques qui déterminent si une bille de gel ou de verre cède de manière fragile (abrupte) ou ductile (progressive). Nous utiliserons une approche multi-échelle qui combine des mesures mécaniques sous compression, de l'analyse d'images et de la diffusion de lumière résolue dans le temps et l'espace. Nous explorerons plusieurs stratégies pour produire des billes uniques de gels colloïdaux et de verres colloïdaux dont la ténacité et la fragilité sont ajustables. Nous construirons un dispositif optique pour mesurer avec une résolution spatiale et temporelle les réarrangements microscopiques des colloïdes dans la bille pendant la compression. Nous mesurerons en même temps la réponse mécanique de la bille soumise à une contrainte de compression et imagerons le comportement global de la bille. Cette thèse s'inscrit dans la thématique très active actuellement de compréhension des transitions fragile-ductile dans les matériaux désordonnés.

Compétences requises

Master en physique, physico-chimie ou science des matériaux Des compétences en matière molle, en physique des polymères, en physique des suspensions colloïdales et/ou en rhéologie et/ou diffusion de la lumière et/ou encode Python sont un plus.

Bibliographie

Publications récentes des encadrants sur le comportement de gels et verres mous sous contrainte: 1) A unified state diagram for the yielding transition of soft colloids S. Aime, D. Truzzolillo, D. Pine, L. Ramos, and L. Cipelletti, Nature Physics, 1-7 (2023) 2) Enhanced microscopic dynamics in mucus gels under a mechanical load in the linear viscoelastic regime D. Larobina, A. Pommella, A.-M. Philippe, M. Y. Nagazi, and L. Cipelletti, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118, e2103995118 (2021) 3) Microscopic precursors of failure in soft matter L. Cipelletti, K. Martens, and L. Ramos, Soft Matter 16, 82-93 (2020) 4) Role of Normal Stress in the Creep Dynamics and Failure of a Biopolymer Gel A. Pommella, L. Cipelletti, and L. Ramos, Physical Review Letters 125, 268006 (2020) 5) Microscopic dynamics and failure precursors of a gel under mechanical load S. Aime, L. Ramos, and L. Cipelletti, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 115, 3587 (2018) Thèse récente en lien directe avec le sujet Matteo Milani, PhD thesis, Université de Montpellier (2023). Jammed colloidal systems confined in drops and beads.

Mots clés

colloïde, rhéologie, gel, diffusion de la lumière, verre, fracture

Offre financée

Type de financement
Contrat Doctoral

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisB2 (intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Madame Laurence RAMOS

Contact

Madame Laurence RAMOS

 04 67 14 42 84

 laurence.ramos@umontpellier.fr

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Description La compréhension de la réponse des matériaux mous à une contrainte mécanique est d’une importance capitale, tant sur le plan fondamental que dans les applications. Très souvent...View more

Description

Des technologies émergentes dans le domaine des sources à rayons X et des détecteurs permettent d’imaginer de nouveaux systèmes en rupture pour l’imagerie 3D. En tomographie conventionnelle, un détecteur de grande surface acquiert des images d’un objet exposé aux rayons X issus d’une source ponctuelle. Les nouvelles générations de scanners médicaux intègrent par ailleurs des détecteurs semi-conducteurs spectrométriques permettant un gain réel en terme de qualité d’image. La thèse proposée consiste à changer de paradigme en concevant un système qui associe une multitude de sources à rayons X distribuées à un détecteur spectrométrique de petite taille. Ce type de géométrie inversée est innovante en terme d’architectures systèmes et permet de relâcher la contrainte sur la dimension du capteur ainsi que de réduire certains artéfacts. Le travail de thèse s’articulera autour de la conception et simulation de nouveaux systèmes en géométrie inverse et du développement d’algorithmes de reconstruction associés. Ces algorithmes, basés sur des méthodes proximales et pouvant intégrer des réseaux de neurones, devront tirer profit de la richesse de l’information fournie par le détecteur spectrométrique en condition d’acquisition parcimonieuse. Le doctorant s’appuiera sur les outils de simulation et de reconstruction développés au sein du laboratoire et bénéficiera aussi de moyens expérimentaux permettant de valider les développements. Il évoluera au sein d’un laboratoire pluridisciplinaire avec une longue expérience en conception de détecteurs spectrométriques et dimensionnement de systèmes à rayons X. Des échanges avec des équipes externes au CEA, notamment des radiologues, permettra d’alimenter les recherches en y intégrant un besoin final.

Compétences requises

Le candidat devra être titulaire d’un diplôme d’ingénieur et/ou Master dans un des domaines suivants : traitement du signal et d’image, mathématiques appliquées, physique et posséder des bases dans tous ces domaines. La maitrise de langages de programmation (C, python) est nécessaire.

Bibliographie

F. Jolivet, J. Lesaint, C. Fournier, M. Garcin, A. Brambilla, A proximal operator for spectral CT and an application to a one-step method (2020) IEEE Transactions on Radiation and Plasma Medical Sciences, doi: 10.1109/TRPMS.2020.3015598. Jolivet, F., Fournier, C., Brambilla, A. A fast gradient-based algorithm for image reconstruction in inverse geometry CT architecture with sparse distributed sources (2019) Proceedings of SPIE - The International Society for Optical Engineering, 11072, art. no. 110721N Jolivet, F., Fournier, C., Tabary, J., Zdeborova, L., C., Brambilla, A (2019) Reconstruction itérative en tomographie à rayons X pour une géométrie inverse avec sources distribuées XXVIIème coloque GRETSI, Aug 2019, Lille, France.

Mots clés

Imagerie rayons X, Tomographie, Optimisation systèmes, Modélisation

Offre boursier / non financée

Ouvert à tous les pays

Dates

Date limite de candidature 31/07/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisAucun

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Site web

Responsable

Monsieur Andréa BRAMBILLA

Contact

Monsieur Andréa BRAMBILLA

 04 38 78 38 29

 andrea.brambilla@cea.fr

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Description Des technologies émergentes dans le domaine des sources à rayons X et des détecteurs permettent d’imaginer de nouveaux systèmes en rupture pour l’imagerie 3D. En tomographie conventi...View more

Description

Toute lumière a une structure, mais ce n'est que récemment que le recherche visant à la contrôler dans tous ses degrés de liberté et ses dimensions ou observables (espace 3D |k> , temps |z>, polarisation du champ |E>) est apparue, alimentant des avancées fondamentales et des applications. Malgré le développement intensif des concepts et des instruments, pendant longtemps, la science de l'optique et des Hyperfréquences fonctionnait avec un ensemble plutôt limité de modèles de champ traditionnels. Cependant, l'impression générale est que l'optique et les hyperfréquences traitent – presque exclusivement - avec des ondes planes, des rayons, des sources ponctuelles et des fronts d'onde lisses. La situation a changé récemment lorsque les idées de « lumière structurée » ont occupé des positions de premier plan dans la recherche. Avec le développement rapide des technologies associées (nanotechnologies), la nécessité de la formation et de l'étude des champs électromagnétiques avec des inhomogénéités ou singularités de l'amplitude, de la phase, de la polarisation et d'autres paramètres, sont devenues évidentes. La génération directe et contrôlée d’états de photon cohérents puissants dans le spectre proche-IR et GHz-THz présentant une structuration 3D spatio-temporelle |k> |z> et de l’état de polarisation du champ |E>, représente un défi physique et technologique à l’heure actuelle. De telles sources photoniques au sens large du spectre à capacité d’intégration couvrent un large panel d’intérêts fondamental, et applicatif sociétal : capteurs de vitesse de co-dimension 2D pour l’avionique, LIDAR/RADAR, télécoms de haute dimensionnalité à haut débit, spectroscopie, microscopie sub-diffraction et pinces optiques pour la biophysique, spintronic, physique quantique… Parmi les verrous qui limitent les potentielles applications de ces ondes électromagnétiques (EM) dans le domaine optique et Hyper (GHz-THz), le développement de sources cohérentes fonctionnelles – accordables sur les observables - à multiples peignes de fréquences à bas coût et performantes reste un challenge à part entière. L’extension de ces propriétés de structuration du champ EM dans le domaine hyperfréquence GHz-THz pour applications systèmes, relève actuellement du défi technologique et physique avec une forte demande sociétale. En effet ce projet répond à des enjeux qui relèvent de la souveraineté nationale (PEPR Electronique) sur le plan de la défense, de l'aéronautique, du spatial et des communications. Il s'inscrit, en outre, directement dans les révolutions numérique et quantique tout en s'attachant à apporter des réponses à la réduction des dépenses énergétiques. Les peignes de fréquence optique désignent des champs lumineux constitués d'une série discrète de composants spectraux (ou couleurs) uniformément espacés qui maintiennent une cohérence élevée sur toute la bande passante avec un bruit ultra-faible. De tels peignes ont trouvé des applications dans divers domaines, notamment la spectroscopie optique de haute précision, la génération de formes d'onde optiques arbitraires et les communications optiques cohérentes ultra-large bande. Les verrous clefs à franchir et les expertises à développer sont principalement centrés sur deux composants optoélectroniques tous deux basés sur les nanotechnologies à semi-conducteurs III-V : nouvelle source photonique laser proche-IR structurée 3D émettant de multiples peignes de fréquences GHz cohérents au sein du même composant laser (système multiplexés spatialement, à structures spatiales non-linéaires); photo-mélangeur opto-hyper structuré 3D de basé sur une antenne photoconductrice plasmonique. Ce travail s’attaque à des domaines de recherche et d’applications à l’état de l’art, afin de se positionner an tant que leader à l’échelle internationale (PEPR Electronique; ANRs SPATIOTERA, PICOTE, KOGIT Internationale; collaborations C2N RENATECH, IEMN, INPHYNI, LP2N, UCLA US, Univ. Southampton UK, Univ. Munster DE, UIB ES, INRAE).

Compétences requises

Master 2 dans les domaines de la physique, électronique, optique, laser, matériaux ou tout autre domaine associé. Les candidats devront présenter un fort intérêt pour la physique des matériaux à semi-conducteurs et des nanotechnologies associées, en physique des lasers et en optique ondulatoire et non-linéaire, ainsi que des compétences en science expérimentale. Compte tenu du large domaine de compétences adressé par ce sujet, la capacité à travailler en équipe et l'esprit d'initiative sont essentiels.

Bibliographie

[1] N. Vigne et al., États originaux de la lumière par structuration 3D de l’émission D’un laser à Métasurface », Photoniques, July 2021, DOI: 10.1051/photon/202110946. N. Vigne, « 3D Structured coherent light state emitted by a self imaging laser cavity based on semiconductor VECSEL technology. », thèse de Doctorat 2022, Electronique, www.theses.fr/2022UMONS077 [2] MS Seghilani, M Myara, M Sellahi, L Legratiet, I Sagnes, G Beaudoin, P. Lalanne, A. Garnache.” Vortex Laser based on III-V semiconductor metasurface: direct generation of coherent Laguerre-Gauss modes carrying controlled orbital angular momentum”, Scientific Reports, 6 (2016) 38156 [3] S. Blin, R. Paquet, M. Myara, B. Chomet, L. Legratiet, M. Sellahi, G.Beaudoin, I. Sagnes, G. Ducournau, P. Latzel, J-F. Lampin, A. Garnache, “Coherent and Tunable THz Emission Driven by an integrated III–V Semiconductor Laser”, IEEE Journ. Select. Topics In Quant. Elect., 23 (2017), pp.1500511 [patent1] A. Garnache, M. Seghilani, M. Myara, M. Sellahi, I. Sagnes, L. Legratiet, P. Lalanne, “Laser device with a beam carrying controlled orbital angular momentum”, WO 2016096893 A1 (2016) [patent2] Arnaud Garnache, Mikhael Myara, Stéphane Blin, Isabelle Sagnes, Grégoire Beaudoin, et al.. Dual-frequency vertical-external-cavity surface-emitting laser device for THz generation and method for generating THz. United States, Patent n° : US 10,141,718 B2. (2018) [4] M. Sellahi, M. Myara, G. Beaudoin, I. Sagnes, and A. Garnache, “Highly coherent modeless broadband semiconductor laser”, Optics Letters, 40 (2015), pp. 4301-4304 [5] A Bartolo, TG Seidel, N Vigne, A Garnache, G Beaudoin, I Sagnes, M Giudici, J Javaloyes, SV Gurevich, M Marconi, “Manipulation of temporal localized structures in a vertical external-cavity surface-emitting laser with optical feedback”, Optics Letters, 46, (2021), pp 1109-1112. “Spatio-temporally reconfigurable light in degenerate laser cavities”, Optica 2023. https://doi.org/10.1364/PRJ.495892 [6] N. Vigne, A. Bartolo, G. Beaudoin, K. Pantzas, M. Marconi, et al.. « Spatially Localized Structures in a Self-Imaging Semiconductor Laser Cavity: Diffraction and Complex Non-linearity Management ». 2023 Conference on Lasers and Electro−Optics Europe & European Quantum Electronics Conference (CLEO/Europe−EQEC). DOI: 10.1109/CLEO/Europe-EQEC57999.2023.10232525 [7] Chomet Baptiste, Blin Stéphane, Beaudoin Grégoire, Pantzas Konstantinos, Sagnes Isabelle, Denet Stéphane, Garnache Arnaud, « Spontaneous mode locking of a multimode semiconductor laser under continuous wave operation », Frontiers in Photonics, 4 (2023) DOI=10.3389/fphot.2023.1160251. Chomet Baptiste, Nathan Vigne, Beaudoin Grégoire, Pantzas Konstantinos, Blin Stéphane , Sagnes Isabelle, Denet Stéphane, Garnache Arnaud, « Non-linear dynamics of multimode semiconductor lasers: dispersion based phase instability and route to single frequency operation », Optics Letters 48 (2023) https://doi.org/10.1364/OL.482138 [8] S. Blin, “THz photonics: focus on THz wave generation using structured laser light & THz amplitude modulation driven by laser excitation”, Invited talk JNOG 2023. https://www.sfoptique.org/pages/sfo/colloques-de-la-sfo/jnog-lyon-2023/jnog-2023-soumission.html

Mots clés

semiconductor laser, nanotechnologie III-V, optique non linéraire, THz, peignes de fréquence, agroenvironnement

Offre financée

Pays

Mexique (Conacyt)

Si vous êtes une institution d'accueil française, vous trouverez plus d'information sur ce programme à cette page

Dates

Date limite de candidature 12/05/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisB1 (pré-intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable du programme

Monsieur Arnaud GARNACHE

Contact

Monsieur Arnaud GARNACHE

 04.67.14.34.76

 arnaud.garnache-creuillot@umontpellier.fr

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Description Toute lumière a une structure, mais ce n’est que récemment que le recherche visant à la contrôler dans tous ses degrés de liberté et ses dimensions ou observables (espace 3D |k...View more

Description

Le mélanome échappe au contrôle immunitaire, mais les bases de cette subversion ne sont pas encore entièrement élucidées. Comme le métabolisme contrôle l’orientation fonctionnelle des cellules immunitaires, la reprogrammation métabolique des cellules dendritiques (DCs) et des cellules effectrices par les tumeurs constitue une voie de subversion immune et d’évasion tumorale. L’objectif de ce projet est d’explorer les caractéristiques métaboliques des sous-types de DCs (cDC2s, cDC1s, pDCs) et des cellules effectrices (cellules NK, Tγδ, Tconv) dans le mélanome, en cellule unique en utilisant la technologie SCENITH (Single-Cell ENergetIc metabolism by profiling Translation inHibition) basée sur la cytométrie de flux. Nos objectifs sont : 1/ décrire le profil métabolique des sous-types de DCs et des cellules effectrices circulantes et infiltrant les tumeurs des patients atteints de mélanome et sa pertinence clinique, 2/ évaluer si les profils métaboliques sont liés aux caractéristiques immunologiques des cellules (statut d’activation, points de contrôle immunitaire (ICP), fonctionnalité, secrétome), 3/ explorer si les cellules tumorales ou leurs motifs glycans peuvent moduler directement le métabolisme des cellules immunes, et 4/ moduler le métabolisme pour tenter de reverser la subversion des cellules immunes et restaurer leurs fonctions. Cette étude sera réalisée sur des échantillons sanguins et tumoraux de patients atteints de mélanome ainsi que sur des échantillons sanguins de donneurs sains, en utilisant la cytométrie de flux multiparamétrique combinée à des dosages ProcartaPlex® et des analyses RNAseq. Les résultats ouvriront la voie au développement de stratégies thérapeutiques innovantes basées sur un ajustement approprié des voies métaboliques pour épargner les cellules immunitaires du détournement par les tumeurs et restaurer les réponses anti-tumorales, améliorant ainsi le succès des thérapies actuelles.

Compétences requises

● Titulaire d’un master M2R en Immunologie / Immuno-pathologie ● Le candidat devra avoir de très bonnes connaissances en immunologie, immunopathologie et oncologie. ● Maîtrise des techniques de culture cellulaire et de cytométrie en flux multiparamétrique ● Maîtrise des logiciels PRISM, DIVA, CYTOBANK et R

Bibliographie

1. Shevchenko I, Bazhin AV. Metabolic Checkpoints: Novel Avenues for Immunotherapy of Cancer. Front Immunol. 2018;9:1816. 2. Kareva I, Hahnfeldt P. The emerging 'hallmarks' of metabolic reprogramming and immune evasion: distinct or linked? Cancer Res. 2013;73(9):2737-42. 3. Leone RD, Powell JD. Metabolism of immune cells in cancer. Nature reviews Cancer. 2020;20(9):516-31. 4. Le Bourgeois T, Strauss L, Aksoylar HI, Daneshmandi S, Seth P, Patsoukis N, et al. Targeting T Cell Metabolism for Improvement of Cancer Immunotherapy. Front Oncol. 2018;8:237. 5. Hargadon KM. Tumor-altered dendritic cell function: implications for anti-tumor immunity. Frontiers in immunology. 2013;4:192. 6. Hargadon KM. Tumor microenvironmental influences on dendritic cell and T cell function: A focus on clinically relevant immunologic and metabolic checkpoints. Clin Transl Med. 2020;10(1):374-411. 7. RodrIguez E, Schetters STT, van Kooyk Y. The tumour glyco-code as a novel immune checkpoint for immunotherapy. Nature reviews Immunology. 2018;18(3):204-11. 8. Arguello RJ, Combes AJ, Char R, Gigan JP, Baaziz AI, Bousiquot E, et al. SCENITH: A Flow Cytometry-Based Method to Functionally Profile Energy Metabolism with Single-Cell Resolution. Cell Metab. 2020;32(6):1063-75 e7. 9. Sosa Cuevas E, Roubinet B, Mouret S, Thépaut M, de Fraipont F, Charles J, Fieschi F, Landemarre L, Chaperot L, Aspord C. The melanoma tumor glyco-code impacts human dendritic cells’ functionality and dictates clinical outcomes. Front Immunol 14:11204342023, 2023 10. Sosa Cuevas E, Valladeau-Guilemond J, Mouret S, Roubinet B, de Fraipont F, Landemarre L, Charles J, Bendriss-Vermare N, Chaperot L, Aspord C. Unique CLR expression patterns on circulating and tumor-infiltrating DC subsets correlated with clinical outcome in melanoma patients. Front Immunol. 13:1040600, 2022 11. Girard P, Sosa Cuevas E, Ponsard B, Mouret S, Gil H, Col E, De Fraipont F, Sturm N, Charles J, Manches O, Chaperot L, Aspord C. Dysfunctional BTN3A together with deregulated immune checkpoints and type I/II IFN dictate defective interplay between pDCs and γδ T cells in melanoma patients, which impacts clinical outcomes. Clin Transl Immunol. 10(11):e1329, 2021 12. Sosa Cuevas E, Ouaguia L, Mouret S, Charles J, de Fraipont F, Manches O, Valladeau-Guilemond J, Bendriss-Vermare N, Chaperot L, Aspord C. BDCA1+ cDC2s, BDCA2+ pDCs, and BDCA3+ cDC1s reveal distinct pathophysiologic features and impact on clinical outcomes in melanoma patients. Clin Trans Immunol. 9(11):e1190, 2020 13. Girard P, Ponsard B, Charles J, Chaperot L, Aspord C. Potent bidirectional cross-talk between plasmacytoid dendritic cells and γδT cells through BTN3A, type I/II IFNs and immune checkpoints Front Immunol. 11:861, 2020 14. Girard P, Charles J, Cluzel C, Degeorges E, Manches O, Plumas J, De Fraipont F, Leccia MT, Mouret S, Chaperot L, Aspord C. The features of circulating and tumor-infiltrating γδT cells in melanoma patients display critical perturbations with prognostic impact on clinical outcome. OncoImmunol. 8(8):1601483, 2019 15. Aspord C, Leccia MT, Charles J, Plumas J. Melanoma hijacks plasmacytoid dendritic cells to promote its own progression. OncoImmunol. 3:e27402, 2014 16. Aspord C, Leccia MT, Charles J, Plumas J. Plasmacytoid dendritic cells support melanoma progression by promoting Th2 and regulatory immune responses through OX40L and ICOSL. Cancer Immunol Res. 1(6):402-415, 2013

Mots clés

immuno-métabolisme, onco-immunologie, mélanome, immunothérapie, cellules dendritiques (DCs), cellules effectrices (Tconv

Offre financée

Dates

Date limite de candidature 08/04/24

Durée36 mois

Date de démarrage01/10/24

Date de création29/03/24

Langues

Niveau de français requisAucun

Niveau d'anglais requisB1 (pré-intermédiaire)

Divers

Frais de scolarité annuels400 € / an

Responsable

Madame Caroline ASPORD

Contact

Madame Caroline ASPORD

 04 76 42 94 83

 caroline.aspord@efs.sante.fr

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Description Le mélanome échappe au contrôle immunitaire, mais les bases de cette subversion ne sont pas encore entièrement élucidées. Comme le métabolisme contrôle l’orientation fonctionnelle...View more

Le Mans - Pays de la Loire - France
Electroextraction des protéines des microrganismes photosynthétiques/Electroextraction of proteins from photosynthetic microorganisms
  • Biotechnologie
  • Biotechnologie
Microalgues, cyanobactéries, protéines, biotechnologies/Microalgae, cyanobacteria, proteins, biotechnology

Description du sujet

The demand for sustainable protein sources to feed the global population is increasing as the population is anticipated to reach 9.7 billion by 2050. Therefore, a search for alternative proteins sources to meat ones is necessary. A promising alternative is microalgae due to their high protein content while having a reduced environmental impact compared to animals and plant proteins. Beside the challenge constituted by consumer acceptance of these alternative protein production from microalgae still require the development of methods that will enable to improve the extraction of proteins. Conventional protein extraction methods, such as enzymatic hydrolysis and biochemical processes, are laborious, time-consuming, and may require the use of solvents. Extraction methods using physical treatment that are all destructive for the biomass, that needs to be production at each extraction cycle, which is time and energy consuming. Alternative extraction processes, called biocompatible extraction or milking, have been proposd for rendering extraction more friendly from the environmental and economic point of views. In this frame, Justine MARCHAND and Benoît SCHOEFS (team MIMMA) of BiOSSE develop processes aiming at extracting proteins without killing the biomass using different means including biocompatible pulsed electric field (bcPEF). bcPEF are reversible PEF i.e. that keeps cells alive. The thesis would be part of a research programme financed by France2030 and involving several academic and industrial partners. Assumptions and questions: One of the goals of the work has been to understand how microalgae respond to the repeated extraction of a significant proportion of their internal soluble proteins triggered by repetitive bcPEF. The proposed work lies on 5 hypotheses : H1-bcPEF-induced stress is moderate and the microalga recovery is fast; H2- the cellular protein quota (QProt) is reconstituted rapidly and the extraction yield does not vary significantly between 2 extractions; H3-cell division is not severely affected by bcPEF; H4: the composition in terms of types of proteins is constant and the extracted proteins are not damaged between 2 extractions; H5: protein recovery from the extracting medium is efficient. The questions to be answered corrrespond to these 5 hypotheses Q1- what is the level of permeability and the microalgal stress level induced by bcPEF; Q2-how fast is the de novo protein accumulation between 2 bcPEF; Q3-how bcPEF impact cell division rate and Q4-what are the identity and the state of the extracted proteins. The main steps of the thesis and scientific procedure: The main steps are (1) establishing the culture of the different taxa (Arthrospira platensis, Chlorella vulgaris, and Tetraselmis chui) and (2) optimizing the conditions allowing the best protein extraction while preserving cell viability. Using these conditions, the answers to the five groups of questions mentionned above will be obtained: A1-evaluating the level of permeability and the microalgal stress level induced by bcPEF; A2-establishing the kinetics of de novo protein accumulation between 2 bcPEF; A3-evaluating the impact of bcPEF on cell division rate and A4-determining the quality and the identity of the extracted proteins Methodological and technical approaches considered: Axenic culture of photosynthetic microorganisms will be tested: Arthrospira platensis, Chlorella vulgaris, and Tetraselmis chui. The project is organized in 3 WPs: WP1-Electroporation and cell responses after 1 PEF: permeability measurements (flow cytometry, fluorescence microscopy), quantification and identification of the released proteins. The protein analyses will be performed with the help of PROTEOTOUL plateforme, stress level and impact of the protein unbalance on metabolic changes (transcriptomics, proteomics, spectroscopies, oxidative stress measurements) → bcPEF operating conditions and relaxation time for bcPEF treatment, biomass/protein production modelling and small scale cultivation adjustments (nutrients, dilution and lighting) considering the extracted proteins (A1), WP2–Repetitive extraction: morphologic changes, division rate, identification, quantitative and qualitative analyses of the released proteins by mass spectrometry (PROTEOTOUL), viability→ repetitive extraction operating conditions, biomass/protein production modelling and small scale cultivation adjustments (nutrients, dilution and lighting) (A2-A4) Scientific and technical skills required by the candidate: The project is multidisciplinary. Knowledge in algal culture, physiology, biochemistry, biophysics, electroextraction, flow cytometry, bioinformatics will be good point. Autonomy, knowledge of English, mobility

Prise de fonction :

02/09/2024

Nature du financement

Contrat doctoral

Précisions sur le financement

38 k€/année (brut chargé) - 38k€/year (gross salary)

Présentation établissement et labo d'accueil

LE MANS UNIVERSITÉ
As part of a new project 'alternative PROteinS : Production, ExtraCTion, dryIng, Ingredients Valorisation, for the improvement of protEins Sustainability in human diet' (PROSPECTIVES) led by the University of Dijon, Le Mans University, is recruiting a PhD student. This multidisciplinary project will contribute to the establishment of biocompatible electroextraction as a new biotechnological tool for the extraction of proteins from microalgae. The PhD work is led by Justine Marchand and Benoît Schoefs. . The doctoral student will be a member of the "Metabolism, bioengineering of molecules and applications of microalgae" (MIMMA) team of the "Mer Molécules Santé" laboratory at Le Mans University. The team is interested in the mechanisms of reorientation of the carbon metabolism of microalgae in response to stress and in applications in the field of blue biotechnology. The 'PROSPECTIVES' program presents both fundamental and applied aspects.

Intitulé du doctorat

Doctorat de Biotechnology/PhD in Biotechnology

Pays d'obtention du doctorat

France

Etablissement délivrant le doctorat

Le Mans Université/Le Mans University

Ecole doctorale

VAAME

Profil du candidat

Les candadates devraient démontrer une exêrience dans les différents domaines Culture de microalgues Biologie moléculaire, biochimie et physiologie des microalgues Autonomie, connaissance de l'anglais, mobilité _______ The candidates sould demonstrate an exêrience in the different fields Microalga culture Molecular biology, biochemistry and physiology of microalgae Autonomy, knowledge of English, mobility
17/05/2024

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Lieu de travail Le Mans – Pays de la Loire – France Intitulé du sujet Electroextraction des protéines des microrganismes photosynthétiques/Electroextraction of proteins from photosynthe...View more

(Ouvert aux chercheurs internationaux expérimentés)

Projet de recherche : JUNON : des jumeaux numériques au service des ressources naturelles

Domaines de recherche :  Informatique, IA, données, environnement

CONTEXTE

LE STUDIUM Institut d'Etudes Avancées du Val de Loire recrute un scientifique international expérimenté spécialisé en informatique avec des compétences et une expérience en apprentissage automatique et en intégration de données. Le candidat retenu sera invité à une bourse d'un an pour travailler avec l'équipe de recherche PRISME (PRISME Université d'Orléans/INSA – EA4229) et à rejoindre un grand programme de recherche régional appelé JUNON, lancé en 2022. Le programme vise à construire le numérique jumeaux et de concevoir des services numériques pour améliorer le suivi et la compréhension de l’environnement, pour une meilleure gestion des ressources naturelles. Il met en relation un réseau bien établi de partenaires de recherche régionaux (BRGM, INRAE, CNRS, Universités d'Orléans et Tours) dans divers domaines (sols, eau, atmosphère) et de partenaires non académiques. L’ambition est de placer la recherche environnementale et numérique au cœur de la stratégie régionale d’innovation et d’apporter des données et services utiles à de multiples partenaires socio-économiques. 

En tant que Chercheur rattaché à l'Institut d'études avancées du Val de Loire, il fera partie d'une communauté scientifique et internationale pluridisciplinaire tournée vers l'extérieur et stimulante.

CONTEXTE DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

Le candidat retenu rejoindra l'équipe de recherche PRISME (département IRAus) pour améliorer/soutenir les développements initiaux fixés pour atteindre les objectifs du projet JUNON.

Le département Images, Robotique, Automatisme et Signal (IRAuS) se positionne dans les Sciences Techniques, de l'Information et de la Communication ( https://www.univ-orleans.fr/fr/prisme ).

Au sein de Junon, PRISME collabore avec d'autres laboratoires d'Orléans et de Tours spécialisés en informatique et mathématiques appliquées. D'autres collaborations établies avec des partenaires industriels et des équipes de recherche universitaires seront discutées plus en détail au cours du processus d'entretien.

MISSION DU CHERCHEUR

Le candidat retenu possède une expérience avérée dans les projets de développement Python, d’intégration de données et d’apprentissage automatique impliquant des données hétérogènes. Il/elle devra faire preuve de créativité et produire des travaux et des recherches originaux au cours des 12 mois consécutifs de la bourse.

Le candidat devra travailler à 3 niveaux :

  1. Infrastructure (intégration de données)
  2. Intégration des algorithmes et du protocole de machine learning (voire contribution au développement)
  3. Création d'interfaces intelligentes permettant aux utilisateurs non experts de manipuler ou d'utiliser les différents jumeaux numériques de manière très conviviale.

Cela implique donc pour le candidat :

  • Comprend l'ADN des différents jumeaux en construction pour pouvoir les reformuler en package opérationnel
  • Intervient dans le développement d’un ou plusieurs jumeaux numériques.
  • Participe à certains développements informatiques spécifiques concernant les avancées.

LE STUDIUM  Institut d'Etudes Avancées du Val de Loire 1, rue Dupanloup- 45000 Orléans, France

Tél. 33 (0)2 38 21 14 82 – email :  contact@lestudium-ias.fr

COMPÉTENCES ET EXPÉRIENCE ESSENTIELLES

LE STUDIUM Institut d'Etudes Avancées du Val de Loire recherche à recruter un profil de chercheur senior avec :

  • Expérience significative dans le domaine de l’informatique avec des compétences en apprentissage automatique
  • Ancienneté dans le développement de logiciels complexes
  • Expertise démontrée en projets appliqués et applications fonctionnelles, idéalement dans le domaine environnemental
  • Connaissance et expérience en analyse de jumeaux numériques / systèmes IOT
  • Expertise démontrée dans le développement d’un cadre de bout en bout

CRITÈRE D'ÉLIGIBILITÉ

Les chercheurs candidats :

  • Être en possession d'un doctorat et d'au moins cinq ans d'expérience en recherche équivalente à temps plein après le doctorat
  • Être ressortissant ou résident de longue durée d’un pays autre que la France. Les résidents de longue durée sont des chercheurs ayant effectué une période d'activité de recherche à temps plein d'au moins 5 années consécutives (sans interruption de recherche) dans un pays autre que la France.
  • Respecter la règle de mobilité suivante : les candidats ne doivent pas avoir résidé ou exercé leur activité principale (travail, etc.) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant immédiatement la date limite de candidature.

CONDITIONS D'EMPLOI

Le poste est basé à Orléans, en France et offre  12 mois consécutifs de résidence à un scientifique senior expérimenté résidant actuellement dans un pays autre que la France.

Le candidat retenu sera accueilli dans le programme JUNON, l'équipe de recherche PRISME et la faculté des chercheurs internationaux LE STUDIUM.

Les langues de travail scientifiques sont le français et l'anglais.

Les droits détaillés dans le contrat de travail français comprennent :

  • Un salaire personnel dans le cadre d'un contrat de travail français
  • Frais de location d'un appartement entièrement meublé pour le candidat et sa famille.
  • Assistance logistique et administrative par un membre de l'équipe opérationnelle LE STUDIUM avant et pendant la bourse (visa, logement, banque, assurance, scolarité…).
  • Invitations régulières à des réunions scientifiques
    • Le poste devrait être pourvu au plus tard en septembre 2024.

PROCESSUS DE DEMANDE

Candidature en ligne via la plateforme LE STUDIUM : Rubrique Postuler https://www.lestudium-ias.com/recruitment 

La date limite de candidature est le 31 mars 2024.

La candidature doit être composée de trois éléments (en anglais).

  • Un formulaire de candidature LE STUDIUM en ligne complété avec les informations personnelles et le détail des antécédents ;
  • Un curriculum vitae de cinq pages maximum comprenant des informations ne figurant pas dans la candidature en ligne ;
  • Une lettre de motivation

Téléchargez des documents sous forme de fichiers PDF.

LE STUDIUM Val de LoireInstitut d'Etudes Avancées 1, rue Dupanloup- 45000 Orléans, France

Tél. 33 (0)2 38 21 14 82 – e-mail :  aurelien.montagu@lestudium-ias.fr

Características del Puesto

Categoría de PuestoEnseignement et recherche scientifique

(Ouvert aux chercheurs internationaux expérimentés) Projet de recherche : JUNON : des jumeaux numériques au service des ressources naturelles Domaines de recherche :  Informatique, IA, données,...View more

Le visa de travail d'employeur accrédité en Nouvelle-Zélande est un visa de travail temporaire d'une durée maximale de 5 ans . Ce visa vous permet de travailler en Nouvelle-Zélande pour un employeur accrédité. Vous devez recevoir une offre d'emploi. Un employeur accrédité est autorisé par Immigration New Zealand à embaucher des travailleurs qualifiés avec le visa de travail d'employeur accrédité (AEWV). Il s’agit du principal visa de travail temporaire conçu pour permettre aux employeurs d’embaucher plus facilement des employés étrangers.

Avec ce visa, vous pouvez également étudier en Nouvelle-Zélande jusqu'à 3 mois sur 12 mois. Vous devez être payé 29,66 NZD de l'heure. De plus, si vous venez en Nouvelle-Zélande avec l'AEWV, votre employeur vous apportera une aide à l'installation. Conformément au droit du travail néo-zélandais et à d'autres engagements , votre employeur doit payer tous les coûts et frais en Nouvelle-Zélande et à l'étranger pour votre recrutement. Plus d’informations sur le processus de visa de travail pour employeur accrédité en Nouvelle-Zélande sont données ci-dessous.

Informations sur les statistiques de l’AEWV

Au 15 mars 2024, Immigration New Zealand (INZ) avait approuvé 113 497 demandes AEWV et il y avait 33 596 employeurs accrédités. ( Source ).

Conditions d'éligibilité au visa de travail d'employeur accrédité

  • Être nommé par un employeur accrédité
  • Vous devez être de bonne moralité.
  • Vous devez être en bonne santé.
  • Vous devez remplir les conditions du visa AEWV fixées pour votre pays.
  • Vous devez avoir une offre d'emploi d'un employeur accrédité .
  • Vous devez avoir les qualifications pour faire le travail.

Liste des employeurs accrédités

Un employeur accrédité approuvé par Immigration New Zealand pour employer des travailleurs de l'extérieur de la Nouvelle-Zélande avec le visa de travail d'employeur accrédité (AEWV). Seuls les employeurs accrédités peuvent soutenir un AEWV.

Depuis ce site , vous pouvez consulter la liste des employeurs accrédités.

Autres visas qui vous obligent à travailler pour un employeur accrédité

Documents requis

  • Passeport
  • Une photo
  • Certificat de police
  • Une offre d'emploi d'un employeur accrédité pour au moins 30 heures de travail par semaine.
  • Preuve que vous répondez aux exigences du poste
  • Inscription professionnelle.
  • Dans votre demande de visa, vous devez inclure :
    • une copie du contrat de travail et de la description de poste
    • une copie signée de l'offre d'emploi.

Exigences de l'emploi

Pour demander un visa de travail d'employeur accrédité, vous devez prouver vos compétences, vos qualifications et votre motivation.

  • Copies originales ou certifiées conformes de vos qualifications
  • Preuve que la New Zealand Qualifications Authority (NZQA) reconnaît votre qualification
  • Expérience professionnelle antérieure si :
    • Le travail que tu as fait
    • Les dates auxquelles vous avez travaillé
    • Combien d'heures avez-vous travaillé par semaine
    • Coordonnées de votre/vos employeur(s)
    • Dans quelle mesure votre expérience professionnelle est-elle pertinente par rapport à l'offre d'emploi que vous avez en Nouvelle-Zélande ?

Créez un CV à la néo-zélandaise

Les employeurs néo-zélandais n’aiment pas les histoires. Développez un CV pour les employeurs néo-zélandais qui souhaitent lire. En Nouvelle-Zélande, la plupart des employeurs apprécient les curriculum vitae (CV) courts et faciles à lire .

Frais de visa

Les frais de demande pour un visa de travail d'employeur accrédité s'élèvent à 750 NZD .

Durée du séjour

  • Jusqu'à 5 ans

Temps de traitement

80% des demandes sont traitées dans un délai de 7 semaines.

Comment faire une demande de visa de travail pour employeur accrédité en Nouvelle-Zélande ?

  1. Recevoir une offre d'emploi : Vous devez recevoir une offre d'emploi de votre employeur accrédité. Et votre employeur vous enverra des documents.
  2. Remplissez le formulaire de demande de visa en ligne : Après avoir reçu les documents, vous recevrez un e-mail d'Immigration New Zealand (INZ). L'e-mail contiendra le lien vers la demande de visa en ligne.
  3. Frais de visa : payez les frais requis pour un travail auprès d'un employeur accrédité lorsque vous remplissez la demande en ligne.
  4. Déposer la demande de visa

Vous pouvez demander le visa de travail d'employeur accrédité en ligne sur le site Web de l'immigration néo-zélandaise . J'espère que cela clarifie le visa de travail d'employeur accrédité en Nouvelle-Zélande.

Características del Puesto

Categoría de PuestoLa main d'oeuvre

Le visa de travail d’employeur accrédité en Nouvelle-Zélande est un visa de travail temporaire d’une durée maximale de 5 ans . Ce visa vous permet de travailler en Nouvelle-Zélande ...View more

The University of Nevada, Reno (UNR) appreciates your interest in employment at our growing institution. We want your application process to go smoothly and quickly. Final applications must be submitted prior to the close of the recruitment.

If you need assistance or have questions regarding the application process, please contact our recruitment helpline at (775) 784-1495 or jobs@unr.edu. For UNR Med professional job postings, please contact the Office of Professional Recruitment at (775) 784-6778.

Job Description

The Department of Economics at the University of Nevada, Reno invites applications for a two-year Postdoctoral Scientist position in the area of natural resource economics. The successful candidate will take part in an interdisciplinary research project centered on divergence and/or convergence of human perceived and instrumented climate change induced impacts. The candidate will contribute to a multi-state research project funded by National Science Foundation RII Track-2 award Where We Live: Local and Place Based Adaptation to Climate Change in Underserved Rural Communities and collaborate with experts in social and environmental sciences. The ideal candidate would have experience in working with large-scale geospatial data and econometric modeling. Familiarity with hydrometeorological fields and processes is a plus. We are particularly interested in candidates with experience working on problems unique to irrigated agricultural water users and other stakeholders in rural, water scarce regions of the western United States.

The work will include three components: 1) Literature search and synthesis to describe existing knowledge and identification of knowledge gaps regarding climate change impacts and adaptation in arid rural water scarce regions. 2) Economic modeling and econometric analysis using existing large gridded geospatial data sets to address the identified knowledge gaps such as developing a socioecological systems framework for modeling irrigated agricultural users and other stakeholders' decisions to adapt to increasingly variable water supply. 3) Co-production of new knowledge, in partnership with an interdisciplinary science team and rural community stakeholders, designed specifically to assess and address the gap between perceived and instrumented climate change induced impacts on water supply.

The position is available immediately.

Required Qualifications

  • Ph.D. in Natural Resource, Agricultural, or Applied Economics, or a closely related field within Economics.
  • Strong quantitative skills including economic modeling and state of the art econometric methods.
  • Demonstrated ability to produce academic research papers and presentations; Strong written and oral communication skills.
  • Completion of a doctoral degree in the appropriate discipline is required.
  • The doctoral degree must have been completed within the five years immediately preceding the first date of appointment as a postdoctoral fellow at the University.
  • The individual cannot have held previous positions in the professional ranks.

Preferred Qualifications

Experience collaborating in interdisciplinary settings; Demonstrated ability to work with large geospatial datasets; Interest or familiarity with Agent Based Modeling; Experience and/or interest engaging community-based research partners.

Compensation Grade Postdoctoral Scholar

($70,000)

To view the salary schedule for this position, please visit: Salary Schedules. Salary is competitive and commensurate with related education and experience.

Perks of Working at UNR!

  • Health insurance options including dental and vision - Health Insurance
  • Generous annual and sick leave, life insurance – Faculty Benefits
  • E. L. Wiegand Fitness Center offers annual or semester memberships and spouse/domestic partner membership options.  E.L. Wiegand Fitness Center
  • Reno is proud to be a University town! Many local businesses offer discounts to WolfCard holders
  • Mountain EAP supports employees (and eligible dependents) through life's difficult moments. Mountain EAP is located in Reno and specializes in counseling and advising services for personal or interpersonal issues.
  • Several Diversity Committees and Affinity Groups focusing on campus-wide diversity initiatives to ensure we are working to create a diverse and welcoming campus climate. Diversity Groups
  • Faculty Senate is the principal representing body for faculty. Its membership includes representatives from each academic and administrative major unit of the University. Faculty Senate
  • No state income tax!

Faculty Dual Career Assistance Program

The University of Nevada, Reno recognizes the importance of addressing dual-career couples’ professional needs. We offer a dual career assistance program to newly hired faculty spouses/partners that provides resources and assists them to identify career opportunities in Northern Nevada. Dual Career Assistance Program

Department Information

The University of Nevada, Reno is a leading research university, which has grown substantially over the past decade thanks to our commitment to building an inclusive, diverse, and collaborative research environment. The mission of the Economics Unit is to provide high quality education through degree programs at the undergraduate and graduate levels, undertake cutting-edge economics research, and assist public and private decision makers in practical ways. Consistent with our university's land-grant mission, we serve as a resource to the community through applied scholarship, outreach programs, and economic development. Within the Department of Economics, the Economics, Society and Natural Resources (ESNR) research unit specializes in bringing an economic focus to research and applied problems related to natural resource management, environmental policy, and ecosystem change. ESNR specializes in integrated approaches to environmental problems, combining economics and other social sciences with biological and physical sciences to advance the state of knowledge about natural resource management, environmental policy, and economics.

Exempt

Yes

Full-Time Equivalent

100.0%

Required Attachment(s)

Please note, once you submit your application the only attachment/s viewable to you will be the attachment/s to the resume/CV section of the application. Any additional required attachment/s to the cover letter, references, additional documents sections of the application, will not be viewable to you after you submit your application. All uploaded attachment/s will be on the application for the committee to review. To request updates to attachments, prior to the committee review of applications, please contact the candidate helpdesk at jobs@unr.edu

Attach the following attachments to your application

1) Resume/CV

2) Cover letter emphasizing research background and interests

3) Writing sample

3) Contact Information for Three Professional References

This posting is open until filled

Qualified individuals are encouraged to apply immediately. Recruitment will close without notice when a sufficient number of applications are received or a hiring decision has been made.

Posting Close Date

Note to Applicant

A background check will be conducted on the candidate(s) selected for hire.

HR will attempt to verify academic credentials upon receipt of hiring documents. If the academic credentials cannot be verified, HR will notify the faculty member that an official transcript of their highest degree must be submitted within thirty days of the faculty member’s first day of employment.

References will be contacted at the appropriate phase of the recruitment process.

Applicants hired on a federal contract may be subject to E-Verify.

As part of the hiring process, applicants for positions in the Nevada System of Higher Education may be required to demonstrate the ability to perform job-related tasks.

For positions that require driving, evidence of a valid driver's license will be required at the time of employment and as a condition of continued employment.

Schedules are subject to change based on organizational needs.

The University of Nevada, Reno is committed to providing a place of work and learning free of discrimination on the basis of a person’s age (40 or older), disability, whether actual or perceived by others (including service-connected disabilities), gender (including pregnancy related conditions), military status or military obligations, sexual orientation, gender identity or expression, genetic information, national origin, race (including hair texture and protected hairstyles such as natural hairstyles, afros, bantu knots, curls, braids, locks and twists), color, or religion (protected classes).

About Us

The University of Nevada, Reno is a leading American public research university committed to the promise of a future powered by knowledge. Founded in 1874 as Nevada’s original land-grant university, the University serves 21,000 undergraduate and graduate students from all 50 states and 63 countries.

Classified by the Carnegie® Classification of Institutions of Higher Education as an R1 (“Very High Research”) university, it is also recognized in the Carnegie® Community Engagement classification. The University is also ranked by U.S. News & World Report among the “Best National Universities” and “Best National Public Universities.” It also ranks in the top tier of the WSJ/Times Higher Education World University Rankings and the New York Times’ “Top Colleges for Economic Diversity.”

Since 2009, nearly $1 billion has been has invested in advanced labs, facilities, and residence halls on the main campus. The University is home to Nevada’s first medical school – the University of Nevada, Reno School of Medicine – and it delivers on its original land-grant mission with outreach across the state through the University of Nevada, Reno Extension, Nevada Agricultural Experiment Station, Nevada Bureau of Mines and Geology, Nevada Small Business Development Center, the Nevada Seismological Laboratory, and Wolf Pack Athletics.

The main campus is in Reno, Nevada, a burgeoning global technology hub with a vibrant midtown and downtown. Found where the high desert of the Great Basin meets the High Sierra and Lake Tahoe, the beautiful, 290-acre main campus is also a Nevada State Arboretum. In recent years, the University has expanded to include two additional locations: the Redfield Campus in south Reno and the Wayne L. Prim campus in Incline Village, which is the home of the University of Nevada, Reno at Lake Tahoe.

 As part of the Nevada System of Higher Education – comprised of two research universities, one state college, four community colleges and an environmental research institute –  the University is committed to developing strong partnerships with each of these institutions for the benefit of all Nevadans.

Through its commitment to high-impact education, world-improving research and creative activity, and outreach that’s transforming Nevada’s communities and businesses, the University continues its nearly 150-year tradition of benefitting our state, nation and world.

The University recognizes that diversity promotes excellence in education and research. The inclusive and engaged community on campus recognizes the added value that students, faculty, and staff from different backgrounds bring to the educational experience.

Today, the University delivers on its original land-grant mission of access to education and knowledge by investing in the academics, facilities, support, engagement and vibrant campus life that promote our diverse students’ cognitive growth and academic achievement – all while remaining one of the best values in American higher education.

For more information, please visit the University’s website.

Características del Puesto

Categoría de PuestoPostdoctoral

The University of Nevada, Reno (UNR) appreciates your interest in employment at our growing institution. We want your application process to go smoothly and quickly. Final applications must be submitt...View more

Job Title:  Post-Doctoral Researcher-Biochemistry (Full-time) Kinetoplastid Job Classification: Post-Doctoral Researcher Posting close date:  4/11/2024 Start date of this position:  5/1/2024 Required Degree: PhD in the field of Biochemistry, Molecular Biology, or adjacent field.  The required degree must be completed by the start date. Experience:   Applicants with experience in flow cytometry, cell sorting, eukaryotic parasite metabolism, and high-throughput small molecule screening are preferred. A PhD in the field of Biochemistry, Molecular Biology, or adjacent field. Duties/Expectations: Oversee and perform experiments on the metabolic regulation and function of Kinetoplastid eukaryotic parasites using genetically-encoded fluorescent protein biosensors and both acquire and prepare data for publication. The postdoctoral researcher will also help manage and train graduate and undergraduate research assistants. Information required at the time of application - Please list the individual contact information for each of your three recommenders on the faculty application. At some point during the selection process, they may be contacted to submit their letters of reference electronically Mission Alignment Statement: BYU is committed to hiring faculty members who enthusiastically embrace and energetically advance its unique mission. To this end, please include a one-page mission alignment statement as part of your application that addresses how you might, as a BYU faculty member: (1) live a life of loyalty to Jesus Christ and His restored Church and align yourself with doctrines and teachings declared by living prophets, seers, and revelators; (2) demonstrate intentionality in building faith in Jesus Christ and testimony of His restored gospel among students and others in the BYU community; and (3) teach your subject matter with the Spirit of God and strive to keep it ¿bathed in the light and color of the restored gospel¿ (Spencer W. Kimball). Applicants who are not members of The Church of Jesus Christ of Latter-day Saints include a one-page mission alignment statement that describes understanding of and commitment to the Mission of Brigham Young University and the AIMS of a BYU Education (https://aims.byu.edu/). Document(s) required at the time of application - Please attach your Mission Alignment Statement, updated Curriculum Vitae, and cover letter to the faculty application. #LI-DNI Equal Opportunity Employer: m/f/Vets/Disability Brigham Young University is an equal opportunity employer.  All faculty are required to abide by the university's Honor Code and Dress & Grooming Standards. Preference is given to qualified candidates who are members in good standing of the affiliated church, The Church of Jesus Christ of Latter-day Saints. Successful candidates are expected to support and contribute to the academic and religious missions of the university within the context of the principles and doctrine of the affiliated church. All new employees who are members of The Church of Jesus Christ of Latter-day Saints will be required to hold and be worthy to hold a current temple recommend.

Características del Puesto

Categoría de PuestoPostdoctoral

Job Title:  Post-Doctoral Researcher-Biochemistry (Full-time) Kinetoplastid Job Classification: Post-Doctoral Researcher Posting close date:  4/11/2024 Start date of this position:  5/1/2024 Requ...View more

Athens - Grèce
MSCA - Doctorant (DC3) - Bourse de doctorat en production de données multi-omiques lors de la fermentation des olives.
  • Biologie
  • Biochimie
  • biotechnologie
Données omiques, Chimie alimentaire, Chimie analytique, Biotechnologie, Microbiologie alimentaire

Description du sujet

Titre : DC3, bourse de doctorat en production de données Multi-omics lors de la fermentation des olives. Profil chercheur : Doctorant. Type de contrat : Temporaire. Statut d'emploi : Temps plein. Durée : 36 mois. Date limite de candidature : 15/05/2024 23:59 - Europe/Bruxelles. Date de début de poste envisagée : octobre 2024. Comment postuler : soumettez votre formulaire de candidature via le site FAIRomics. Veuillez noter que ce poste de doctorat conduira à l'obtention d'un  double diplôme  après l'achèvement d'un séjour dans chacune de ces organisations : l'  Université nationale et capodistrienne d'Athènes (NKUA), Grèce et l'  Université de Wageningen (WU), Pays-Bas. Description du projet: L'initiative FAIROmics, un programme de recherche interdisciplinaire, rassemblera des universités, des centres de recherche et des entreprises privées pour permettre la FAIRification de l'interopérabilité des données et des bases de données omiques et développer des graphiques de connaissances pour une prise de décision basée sur les données afin de concevoir rationnellement des communautés microbiennes pour conférer les caractéristiques souhaitables aux plantes. à base d'aliments fermentés dans le contexte de la science ouverte et de sa réglementation. Le programme de formation FAIROmics vise à développer les compétences des doctorants à l'interface entre l'intelligence artificielle, les sciences de la vie, les sciences humaines et sociales. Contexte scientifique : Les alternatives végétales aux produits laitiers et à la viande ont gagné en popularité ces dernières années pour diverses raisons, notamment la durabilité et les bienfaits pour la santé, ainsi que les tendances de style de vie et les restrictions alimentaires. Cependant, les produits alimentaires à base de plantes peuvent être déséquilibrés sur le plan nutritionnel et leurs profils aromatiques peuvent limiter leur acceptation par les consommateurs. Les micro-organismes sont utilisés dans la fabrication de produits alimentaires depuis des millénaires. Cependant, la diversité des communautés microbiennes à l’origine des fermentations végétales, ainsi que leurs principales caractéristiques génétiques et phénotypiques ainsi que les synergies potentielles entre les membres de la communauté, restent mal caractérisées. De nombreuses données existent, mais elles sont réparties dans différentes littératures (scientifiques et grises) ou, dans le meilleur des cas, dans différentes bases de données. Cependant, elles ne sont pas toujours réutilisables car difficiles à trouver et à accéder et parce que les bases de données ne sont pas systématiquement interopérables. Objectifs: Nous recherchons un doctorant (DC) pour rejoindre notre projet sur plusieurs sites dans l'UE avec une maîtrise dans une discipline pertinente (chimie alimentaire, chimie analytique, biotechnologie, microbiologie alimentaire) intéressé par la production de données multi-omiques et la composition complète. compréhension pendant la fermentation des olives. Les principaux objectifs de ce projet de recherche sont d'étudier les communautés microbiennes et de concevoir une production alimentaire à base de plantes, d'explorer les aliments fermentés et de produire des données multi-omiques lors de la fermentation des olives. La métagénomique et la transcriptomique couplées à des approches métabolomiques seront utilisées pour caractériser de manière exhaustive l'impact du microbiome sur la composition chimique des olives de table et d'autres substrats végétaux et définir les changements dynamiques des métabolites clés, déterminant leurs qualités nutritionnelles et sensorielles au cours du processus de fermentation. Les données métagénomiques, transcriptomiques et métabolomiques seront produites selon les principes FAIR, en utilisant des méthodologies analytiques de pointe et des techniques chimiométriques avancées. L'analyse des données métabolomique, métagénomique et transcriptomique permettra d'identifier les communautés microbiennes, les microbes, les métabolites et les gènes fonctionnels et leur rôle dans la fermentation des olives. L'élucidation des voies métaboliques sous-jacentes à la production des composants déterminants pour la qualité et la saveur peut conduire à l'optimisation du processus de fermentation et à la surveillance efficace des changements de qualité des aliments. Localisation et secondaires prévus : Le doctorant sera principalement basé à NKUA à Athènes, en Grèce, pendant 27 mois . Deux détachements sont prévus :
  • Un au sein de la NIZO Research Company à Ede, aux Pays-Bas pendant 3 mois pour vérifier la croissance, la production acide et la production volatile de souches de L. plantarum sur différents substrats végétaux.
  • Un à l'Université de Reading, au Royaume-Uni, pendant 6 mois pour faire du séquençage par fusil de chasse et de la méta-transcriptomique.
Inscription au doctorat : Organisme délivrant le 1er degré : Université nationale et capodistrienne d'Athènes, https://en.uoa.gr/ Organisme délivrant le 2e degré : Université de Wageningen, https://www.wur.nl/en/wageningen-university.htm Équipe de superviseurs : L'équipe du superviseur sera composée du professeur adjoint Marilena Dasenaki et du professeur agrégé Vasilis Valdramidis de NKUA, du professeur agrégé Kimon-Andreas Karatzas de l'UREAD, du Dr Marjon Wells-Bennik de NIZO et du professeur Marcel Zwietering de l'Université de Wageningen. Tous possèdent une vaste expérience en chimie et microbiologie alimentaires et ont encadré de nombreux doctorants. Le Dr Marilena Dasenaki (F) est professeur adjoint au Laboratoire de chimie alimentaire de l'Université nationale et capodistrienne d'Athènes. Son activité de recherche se concentre sur l’étude de la métabolomique alimentaire à l’aide de techniques de spectrométrie de masse de pointe et d’outils chimiométriques avancés. Dans l'ensemble, les recherches du Dr Dasenaki ont été publiées dans 45 articles évalués par des pairs et quatre chapitres de livres, attirant plus de 1 100 citations, avec un indice h de 18, et ses travaux ont été présentés lors de plusieurs conférences scientifiques internationales. Le Dr Vasilis Valdramidis (M) est professeur associé à l'Université nationale et capodistrienne d'Athènes (Département de chimie). Il est titulaire d'un doctorat. diplôme en génie chimique de l'Université catholique de Louvain, Belgique et diplôme primaire en agriculture (sciences et technologies alimentaires) de l'Université Aristote de Thessalonique (Grèce). Il a environ 100 publications dans des revues et chapitres à comité de lecture. Il a supervisé/dirigé huit chercheurs postdoctoraux et plus de 10 doctorats (en tant que directeur principal ou co-directeur) et a agi en tant qu'examinateur externe de plusieurs thèses de doctorat à travers l'Europe. Dr. Kimon AG Karatzas(M) est membre du corps professoral (professeur agrégé de microbiologie alimentaire) du Département des sciences de l'alimentation et de la nutrition de l'Université de Reading. Ses productions scientifiques comprennent plus de 55 articles dans des revues à fort impact (indice h de 23 basé sur SCOPUS), un brevet international et divers chapitres de livres. Il est également membre de l'ASM et du SGM ainsi que du comité de rédaction de Microbial Physiology and Metabolism, Frontiers in Microbiology et de la revue Foods. Actuellement, son groupe comprend 6 doctorants (dont 2 termineront leurs études dans quelques mois) tandis qu'il est co-encadrant de 3 autres doctorants. Dans le passé, il a supervisé avec succès 9 doctorants en tant que PI principal et douze en tant que Co-I et neuf chercheurs postdoctoraux et scientifiques invités. Il possède une longue expérience en physiologie microbienne du stress et en biologie moléculaire et plus de 22 ans d'expérience dans les fermentations alimentaires. Il a mené l'une des premières études portant sur les propriétés probiotiques des isolats issus de fermentations d'olives, ce qui est très pertinent pour ce projet. Il possède également une longue expérience dans la fermentation de produits traditionnels ; il a mené les premiers travaux d'analyse du microbiote et d'utilisation de cultures starter pour la production de lafun, un produit nigérian traditionnel fermenté à base de manioc. Il entretient également une étroite collaboration avec diverses entreprises concernées et d’autres scientifiques du domaine. Le Dr  Marjon Wells-Bennik (F) est scientifique principale chez NIZO et possède une vaste expertise en microbiologie alimentaire, y compris la fermentation et la sécurité des alternatives laitières à base de plantes. Elle a initié divers projets de consortium avec de multiples acteurs académiques et industriels, dont un récent projet sur les « Contaminants microbiens dans les ingrédients protéiques d'origine végétale ». Depuis 2002, elle a encadré 8 doctorants ; 2 sont en cours et 6 ont obtenu leur diplôme. Elle a publié plus de 70 articles de recherche et déposé deux brevets. Elle peut transférer des connaissances fondamentales vers une recherche plus appliquée. (ETP : 0,1) Le Dr MH Zwietering (M) est le chef du WU-FHM qui regroupe deux professeurs personnels, deux professeurs associés et un professeur assistant et environ 30 scientifiques qui visent à comprendre le comportement des microbes associés aux aliments pour garantir la qualité et la sécurité des aliments. . Les domaines de recherche vont de la génomique et de l'écophysiologie à l'évaluation des risques liés aux micro-organismes associés à l'alimentation dans les chaînes d'approvisionnement alimentaire. Les deux aspects de la sécurité alimentaire, de la détérioration des aliments et de la fermentation sont étudiés. Nous offrons:
  • Un programme de formation complet, interactif et international couvrant les aspects plus larges et l'interface entre les sciences de la vie, la science des données, l'intelligence artificielle et les sciences humaines et sociales, ainsi que les compétences transférables.
  • Une équipe enthousiaste de professionnels avec qui coopérer.
  • Plan Personnel de Développement de Carrière (PDCP) pour préparer les jeunes chercheurs à leur future carrière
  • Chaque DC suivra une formation individuelle dans des instituts individuels selon la description du PCDP.
  • Une rémunération attractive et conforme au règlement du programme MSCA-DN pour les doctorants. Le salaire exact sera confirmé et sera basé sur une allocation de subsistance de 3400€/mois (facteur de correction à appliquer par pays) + allocation de mobilité de 600€/mois. Par ailleurs, les chercheurs peuvent également bénéficier d'une allocation familiale* de 660€/mois, selon leur situation familiale. Des déductions fiscales et sociales (y compris les pensions) basées sur les réglementations nationales et celles de l'entreprise s'appliqueront. 
*famille = être marié/être dans une relation de statut équivalent à un mariage reconnu par la législation du pays ou de la région où il a été formalisé/avoir des enfants à charge qui sont entretenus par le chercheur.

Prise de fonction :

01/10/2024

Nature du financement

Financement de l'Union européenne

Précisions sur le financement

Horizon Europe - Action Marie Skłodowska-Curie (MSCA) - Doctorat conjoint.

Présentation établissement et labo d'accueil

UNIVERSITÉ NATIONALE ET CAPODISTRIENNE D'ATHÈNES.
Descriptions des établissements d'accueil : L' Université nationale et capodistrienne d'Athènes ( NKUA), officiellement fondée le 14 avril 1837, est la première université non seulement de Grèce mais aussi de la péninsule balkanique et de la région de la Méditerranée orientale. Les principales sources de financement de NKUA sont des fonds européens, internationaux et nationaux, comme par exemple l'accord de partenariat (AP) pour le cadre de développement 2014-2020 (Fonds structurel et d'investissement européen ESIF), Horizon 2020, ainsi que des partenariats avec des organismes publics. et les organismes du secteur privé, la fourniture de services aux personnes morales et aux personnes physiques, les subventions et les dons. Le Département de chimie (DoC) sera impliqué dans le projet. DoC dispose d'une expertise, d'infrastructures et d'installations de pointe pour effectuer des recherches dans les domaines de la science alimentaire, de la chimie alimentaire, de la chimie environnementale et du diagnostic de l'eau. Il possède également une expertise dans la coordination et la mise en œuvre d'activités de recherche et de développement, de diffusion et d'exploitation avec des parties prenantes principalement nationales, par exemple l'Autorité alimentaire hellénique et des entreprises alimentaires privées qui exportent dans le monde entier. Les principales installations du Département de chimie de NKUA comprennent des systèmes de spectrométrie de masse de pointe à haute résolution (LC-TIMS-TOF/MS, LC-QTOF/MS, GC-APCI-QTOF/MS) utilisés pour l'analyse HRMS de l'empreinte moléculaire d'un produit alimentaire suite à des flux de travail avancés de criblage de cibles et de non-cibles. De plus, il existe un accès complet à l’analyse microbiologique appliquée des bactéries et des contaminants fongiques ainsi qu’aux techniques d’identification des mycotoxines. L'Université de Wageningen  est une organisation d'enseignement et de recherche de premier plan au niveau international dans le domaine des sciences de la vie, avec plus de 10 000 étudiants (dont 25 % étrangers). WU participe par l'intermédiaire du Laboratoire de microbiologie alimentaire, FHM (www.wur.nl/fhm). WU-FHM est dirigé par le professeur MH Zwietering et regroupe deux professeurs personnels, deux professeurs associés et un professeur assistant ainsi qu'environ 30 scientifiques qui visent à comprendre le comportement des microbes associés aux aliments afin de garantir la qualité et la sécurité des aliments. Les domaines de recherche vont de la génomique et de l'écophysiologie à l'évaluation des risques liés aux micro-organismes associés à l'alimentation dans les chaînes d'approvisionnement alimentaire. Les deux aspects de la sécurité alimentaire, de la détérioration des aliments et de la fermentation sont étudiés. L'Université de Wageningen dispose de laboratoires microbiologiques entièrement équipés pour la recherche sur la fermentation et pour la recherche sur la sécurité alimentaire (MLII).

Site Web :

Intitulé du doctorat

Bourse de doctorat en production de données multi-omiques pendant la fermentation des olives.

Pays d'obtention du doctorat

Grèce

Etablissement délivrant le doctorat

Université nationale et capodistrienne d'Athènes.

Thèse en cotutelle

Oui

Pays d'obtention du doctorat en cotutelle

Pays-Bas

Etablissement délivrant le doctorat en cotutelle

Université de Wageningen

Profil du candidat

Compétences/qualifications requises :
  • Master en Chimie Alimentaire, Chimie Analytique, Biotechnologie, Microbiologie Alimentaire.
  • Solide expérience en techniques analytiques avancées (spectrométrie de masse, RMN) et en approches omiques.
  • Expérience antérieure en programmation d’analyse de données et compétences statistiques.
  • Joueur d'équipe et ayant une attitude collaborative.
  • Des connaissances en bioinformatique seront considérées comme un atout.
  • Compétences en réseautage et en communication dans un environnement multiculturel et multidisciplinaire.
  • Volonté de voyager à l'étranger à des fins de recherche, de formation et de diffusion.
Critère d'éligibilité:
  • N'importe quelle nationalité
  • Candidat au doctorat (DC) :  Le candidat ne doit pas avoir obtenu de doctorat.
  • Règle de mobilité :  Le DC ne doit pas avoir résidé ou exercé une activité principale (travail, études, etc.) dans le pays de son organisation d'accueil pendant plus de 12 mois* au cours des trois années précédant immédiatement la date de sélection dans le même organisme de nomination. organisation internationale.
* EXCLUS : les courts séjours tels que les vacances, les services nationaux obligatoires tels que le service militaire obligatoire et les procédures d'obtention du statut de réfugié au titre de la Convention générale.
  • Langue :  les candidats doivent démontrer des capacités de lecture, d'écriture et d'expression orale courantes en anglais (B2).
15/05/2024

Características del Puesto

Categoría de PuestoDoctorat

Lieu de travail Athens – Grèce Intitulé du sujet MSCA – Doctorant (DC3) – Bourse de doctorat en production de données multi-omiques lors de la fermentation des olives. Champs scie...View more