MSCA – Doctorant (DC3) – Bourse de doctorat en production de données multi-omiques lors de la fermentation des olives

Titre : DC3, bourse de doctorat en production de données Multi-omics lors de la fermentation des olives.
Profil chercheur : Doctorant.
Type de contrat : Temporaire.
Statut d’emploi : Temps plein.
Durée : 36 mois.
Date limite de candidature : 15/05/2024 23:59 – Europe/Bruxelles.
Date de début de poste envisagée : octobre 2024.
Comment postuler : soumettez votre formulaire de candidature via le site FAIRomics.

Veuillez noter que ce poste de doctorat conduira à l’obtention d’un  double diplôme  après l’achèvement d’un séjour dans chacune de ces organisations : l’  Université nationale et capodistrienne d’Athènes (NKUA), Grèce et l’  Université de Wageningen (WU), Pays-Bas.

Description du projet:

L’initiative FAIROmics, un programme de recherche interdisciplinaire, rassemblera des universités, des centres de recherche et des entreprises privées pour permettre la FAIRification de l’interopérabilité des données et des bases de données omiques et développer des graphiques de connaissances pour une prise de décision basée sur les données afin de concevoir rationnellement des communautés microbiennes pour conférer les caractéristiques souhaitables aux plantes. à base d’aliments fermentés dans le contexte de la science ouverte et de sa réglementation. Le programme de formation FAIROmics vise à développer les compétences des doctorants à l’interface entre l’intelligence artificielle, les sciences de la vie, les sciences humaines et sociales.

Contexte scientifique :

Les alternatives végétales aux produits laitiers et à la viande ont gagné en popularité ces dernières années pour diverses raisons, notamment la durabilité et les bienfaits pour la santé, ainsi que les tendances de style de vie et les restrictions alimentaires. Cependant, les produits alimentaires à base de plantes peuvent être déséquilibrés sur le plan nutritionnel et leurs profils aromatiques peuvent limiter leur acceptation par les consommateurs. Les micro-organismes sont utilisés dans la fabrication de produits alimentaires depuis des millénaires. Cependant, la diversité des communautés microbiennes à l’origine des fermentations végétales, ainsi que leurs principales caractéristiques génétiques et phénotypiques ainsi que les synergies potentielles entre les membres de la communauté, restent mal caractérisées. De nombreuses données existent, mais elles sont réparties dans différentes littératures (scientifiques et grises) ou, dans le meilleur des cas, dans différentes bases de données. Cependant, elles ne sont pas toujours réutilisables car difficiles à trouver et à accéder et parce que les bases de données ne sont pas systématiquement interopérables.

Objectifs:

Nous recherchons un doctorant (DC) pour rejoindre notre projet sur plusieurs sites dans l’UE avec une maîtrise dans une discipline pertinente (chimie alimentaire, chimie analytique, biotechnologie, microbiologie alimentaire) intéressé par la production de données multi-omiques et la composition complète. compréhension pendant la fermentation des olives.

Les principaux objectifs de ce projet de recherche sont d’étudier les communautés microbiennes et de concevoir une production alimentaire à base de plantes, d’explorer les aliments fermentés et de produire des données multi-omiques lors de la fermentation des olives. La métagénomique et la transcriptomique couplées à des approches métabolomiques seront utilisées pour caractériser de manière exhaustive l’impact du microbiome sur la composition chimique des olives de table et d’autres substrats végétaux et définir les changements dynamiques des métabolites clés, déterminant leurs qualités nutritionnelles et sensorielles au cours du processus de fermentation. Les données métagénomiques, transcriptomiques et métabolomiques seront produites selon les principes FAIR, en utilisant des méthodologies analytiques de pointe et des techniques chimiométriques avancées.

L’analyse des données métabolomique, métagénomique et transcriptomique permettra d’identifier les communautés microbiennes, les microbes, les métabolites et les gènes fonctionnels et leur rôle dans la fermentation des olives. L’élucidation des voies métaboliques sous-jacentes à la production des composants déterminants pour la qualité et la saveur peut conduire à l’optimisation du processus de fermentation et à la surveillance efficace des changements de qualité des aliments.

Localisation et secondaires prévus :

Le doctorant sera principalement basé à NKUA à Athènes, en Grèce, pendant 27 mois . Deux détachements sont prévus :

• Un au sein de la NIZO Research Company à Ede, aux Pays-Bas pendant 3 mois pour vérifier la croissance, la production acide et la production volatile de souches de L. plantarum sur différents substrats végétaux.
• Un à l’Université de Reading, au Royaume-Uni, pendant 6 mois pour faire du séquençage par fusil de chasse et de la méta-transcriptomique.

Inscription au doctorat :

Organisme délivrant le 1er degré : Université nationale et capodistrienne d’Athènes, https://en.uoa.gr/
Organisme délivrant le 2e degré : Université de Wageningen, https://www.wur.nl/en/wageningen-university.htm

Équipe de superviseurs :

L’équipe du superviseur sera composée du professeur adjoint Marilena Dasenaki et du professeur agrégé Vasilis Valdramidis de NKUA, du professeur agrégé Kimon-Andreas Karatzas de l’UREAD, du Dr Marjon Wells-Bennik de NIZO et du professeur Marcel Zwietering de l’Université de Wageningen. Tous possèdent une vaste expérience en chimie et microbiologie alimentaires et ont encadré de nombreux doctorants.

Le Dr Marilena Dasenaki (F) est professeur adjoint au Laboratoire de chimie alimentaire de l’Université nationale et capodistrienne d’Athènes. Son activité de recherche se concentre sur l’étude de la métabolomique alimentaire à l’aide de techniques de spectrométrie de masse de pointe et d’outils chimiométriques avancés. Dans l’ensemble, les recherches du Dr Dasenaki ont été publiées dans 45 articles évalués par des pairs et quatre chapitres de livres, attirant plus de 1 100 citations, avec un indice h de 18, et ses travaux ont été présentés lors de plusieurs conférences scientifiques internationales.

Le Dr Vasilis Valdramidis (M) est professeur associé à l’Université nationale et capodistrienne d’Athènes (Département de chimie). Il est titulaire d’un doctorat. diplôme en génie chimique de l’Université catholique de Louvain, Belgique et diplôme primaire en agriculture (sciences et technologies alimentaires) de l’Université Aristote de Thessalonique (Grèce). Il a environ 100 publications dans des revues et chapitres à comité de lecture. Il a supervisé/dirigé huit chercheurs postdoctoraux et plus de 10 doctorats (en tant que directeur principal ou co-directeur) et a agi en tant qu’examinateur externe de plusieurs thèses de doctorat à travers l’Europe.

Dr. Kimon AG Karatzas(M) est membre du corps professoral (professeur agrégé de microbiologie alimentaire) du Département des sciences de l’alimentation et de la nutrition de l’Université de Reading. Ses productions scientifiques comprennent plus de 55 articles dans des revues à fort impact (indice h de 23 basé sur SCOPUS), un brevet international et divers chapitres de livres. Il est également membre de l’ASM et du SGM ainsi que du comité de rédaction de Microbial Physiology and Metabolism, Frontiers in Microbiology et de la revue Foods. Actuellement, son groupe comprend 6 doctorants (dont 2 termineront leurs études dans quelques mois) tandis qu’il est co-encadrant de 3 autres doctorants. Dans le passé, il a supervisé avec succès 9 doctorants en tant que PI principal et douze en tant que Co-I et neuf chercheurs postdoctoraux et scientifiques invités. Il possède une longue expérience en physiologie microbienne du stress et en biologie moléculaire et plus de 22 ans d’expérience dans les fermentations alimentaires. Il a mené l’une des premières études portant sur les propriétés probiotiques des isolats issus de fermentations d’olives, ce qui est très pertinent pour ce projet. Il possède également une longue expérience dans la fermentation de produits traditionnels ; il a mené les premiers travaux d’analyse du microbiote et d’utilisation de cultures starter pour la production de lafun, un produit nigérian traditionnel fermenté à base de manioc. Il entretient également une étroite collaboration avec diverses entreprises concernées et d’autres scientifiques du domaine.

Le Dr  Marjon Wells-Bennik (F) est scientifique principale chez NIZO et possède une vaste expertise en microbiologie alimentaire, y compris la fermentation et la sécurité des alternatives laitières à base de plantes. Elle a initié divers projets de consortium avec de multiples acteurs académiques et industriels, dont un récent projet sur les « Contaminants microbiens dans les ingrédients protéiques d’origine végétale ». Depuis 2002, elle a encadré 8 doctorants ; 2 sont en cours et 6 ont obtenu leur diplôme. Elle a publié plus de 70 articles de recherche et déposé deux brevets. Elle peut transférer des connaissances fondamentales vers une recherche plus appliquée. (ETP : 0,1)

Le Dr MH Zwietering (M) est le chef du WU-FHM qui regroupe deux professeurs personnels, deux professeurs associés et un professeur assistant et environ 30 scientifiques qui visent à comprendre le comportement des microbes associés aux aliments pour garantir la qualité et la sécurité des aliments. . Les domaines de recherche vont de la génomique et de l’écophysiologie à l’évaluation des risques liés aux micro-organismes associés à l’alimentation dans les chaînes d’approvisionnement alimentaire. Les deux aspects de la sécurité alimentaire, de la détérioration des aliments et de la fermentation sont étudiés.

Nous offrons:

• Un programme de formation complet, interactif et international couvrant les aspects plus larges et l’interface entre les sciences de la vie, la science des données, l’intelligence artificielle et les sciences humaines et sociales, ainsi que les compétences transférables.
• Une équipe enthousiaste de professionnels avec qui coopérer.
• Plan Personnel de Développement de Carrière (PDCP) pour préparer les jeunes chercheurs à leur future carrière
• Chaque DC suivra une formation individuelle dans des instituts individuels selon la description du PCDP.
• Une rémunération attractive et conforme au règlement du programme MSCA-DN pour les doctorants. Le salaire exact sera confirmé et sera basé sur une allocation de subsistance de 3400€/mois (facteur de correction à appliquer par pays) + allocation de mobilité de 600€/mois. Par ailleurs, les chercheurs peuvent également bénéficier d’une allocation familiale* de 660€/mois, selon leur situation familiale. Des déductions fiscales et sociales (y compris les pensions) basées sur les réglementations nationales et celles de l’entreprise s’appliqueront. 

*famille = être marié/être dans une relation de statut équivalent à un mariage reconnu par la législation du pays ou de la région où il a été formalisé/avoir des enfants à charge qui sont entretenus par le chercheur.

Descriptions des établissements d’accueil :

L’ Université nationale et capodistrienne d’Athènes ( NKUA), officiellement fondée le 14 avril 1837, est la première université non seulement de Grèce mais aussi de la péninsule balkanique et de la région de la Méditerranée orientale. Les principales sources de financement de NKUA sont des fonds européens, internationaux et nationaux, comme par exemple l’accord de partenariat (AP) pour le cadre de développement 2014-2020 (Fonds structurel et d’investissement européen ESIF), Horizon 2020, ainsi que des partenariats avec des organismes publics. et les organismes du secteur privé, la fourniture de services aux personnes morales et aux personnes physiques, les subventions et les dons. Le Département de chimie (DoC) sera impliqué dans le projet. DoC dispose d’une expertise, d’infrastructures et d’installations de pointe pour effectuer des recherches dans les domaines de la science alimentaire, de la chimie alimentaire, de la chimie environnementale et du diagnostic de l’eau. Il possède également une expertise dans la coordination et la mise en œuvre d’activités de recherche et de développement, de diffusion et d’exploitation avec des parties prenantes principalement nationales, par exemple l’Autorité alimentaire hellénique et des entreprises alimentaires privées qui exportent dans le monde entier. Les principales installations du Département de chimie de NKUA comprennent des systèmes de spectrométrie de masse de pointe à haute résolution (LC-TIMS-TOF/MS, LC-QTOF/MS, GC-APCI-QTOF/MS) utilisés pour l’analyse HRMS de l’empreinte moléculaire d’un produit alimentaire suite à des flux de travail avancés de criblage de cibles et de non-cibles. De plus, il existe un accès complet à l’analyse microbiologique appliquée des bactéries et des contaminants fongiques ainsi qu’aux techniques d’identification des mycotoxines.

L’Université de Wageningen  est une organisation d’enseignement et de recherche de premier plan au niveau international dans le domaine des sciences de la vie, avec plus de 10 000 étudiants (dont 25 % étrangers). WU participe par l’intermédiaire du Laboratoire de microbiologie alimentaire, FHM (www.wur.nl/fhm). WU-FHM est dirigé par le professeur MH Zwietering et regroupe deux professeurs personnels, deux professeurs associés et un professeur assistant ainsi qu’environ 30 scientifiques qui visent à comprendre le comportement des microbes associés aux aliments afin de garantir la qualité et la sécurité des aliments. Les domaines de recherche vont de la génomique et de l’écophysiologie à l’évaluation des risques liés aux micro-organismes associés à l’alimentation dans les chaînes d’approvisionnement alimentaire. Les deux aspects de la sécurité alimentaire, de la détérioration des aliments et de la fermentation sont étudiés. L’Université de Wageningen dispose de laboratoires microbiologiques entièrement équipés pour la recherche sur la fermentation et pour la recherche sur la sécurité alimentaire (MLII).

Compétences/qualifications requises :

• Master en Chimie Alimentaire, Chimie Analytique, Biotechnologie, Microbiologie Alimentaire.
• Solide expérience en techniques analytiques avancées (spectrométrie de masse, RMN) et en approches omiques.
• Expérience antérieure en programmation d’analyse de données et compétences statistiques.
• Joueur d’équipe et ayant une attitude collaborative.
• Des connaissances en bioinformatique seront considérées comme un atout.
• Compétences en réseautage et en communication dans un environnement multiculturel et multidisciplinaire.
• Volonté de voyager à l’étranger à des fins de recherche, de formation et de diffusion.

Critère d’éligibilité:

• N’importe quelle nationalité
• Candidat au doctorat (DC) :  Le candidat ne doit pas avoir obtenu de doctorat.
• Règle de mobilité :  Le DC ne doit pas avoir résidé ou exercé une activité principale (travail, études, etc.) dans le pays de son organisation d’accueil pendant plus de 12 mois* au cours des trois années précédant immédiatement la date de sélection dans le même organisme de nomination. organisation internationale.

* EXCLUS : les courts séjours tels que les vacances, les services nationaux obligatoires tels que le service militaire obligatoire et les procédures d’obtention du statut de réfugié au titre de la Convention générale.

• Langue :  les candidats doivent démontrer des capacités de lecture, d’écriture et d’expression orale courantes en anglais (B2).