PhD position – Apprentissage de la représentation des données d’expression génique avec des applications en médecine de précision

Le Centre for Health Data Science de la Faculté des sciences de la santé et des sciences médicales de l’Université de Copenhague offre une bourse de doctorat en apprentissage profond des données d’expression génique. La date de début devrait être le 1er octobre 2020.

Centre for Health Science Data
Le Center for Health Data Science (HeaDS) est un centre nouvellement créé à la Faculté des sciences de la santé et des sciences médicales, qui est un centre de recherche en science des données à la Faculté et offre un soutien à d’autres groupes de recherche. Une vingtaine de chercheurs / groupes de recherche de premier plan sont membres du Centre et nous visons à créer plus de groupes au sein du Centre et à créer un environnement de recherche de classe mondiale pour la science des données de santé avec des liens étroits avec les nombreux groupes expérimentaux et cliniques de la Faculté. HeaDS est situé à l’Institut Panum. Le projet sera dans le groupe du chef de centre, le professeur Anders Krogh.

Description du poste / de l’étude

L’expression de tous les gènes dans un échantillon peut être mesurée par RNA-seq et peut donner un instantané (bruyant) de haute dimension de l’expression dans un échantillon, par exemple une biopsie tumorale. Dans de nombreuses études, seuls quelques échantillons sont disponibles pour chaque condition, limitant les analyses à des comparaisons d’un seul gène de la maladie par rapport à la normale. Dans ce projet, nous utiliserons les vastes quantités de données ARN-seq disponibles pour apprendre des représentations à basse dimension des données qui peuvent être utilisées pour améliorer les analyses dans de telles études. Nous utiliserons l’apprentissage en profondeur, par exemple les auto-encodeurs, et expérimenterons diverses manières d’inclure des informations antérieures, telles que des voies cellulaires, dans le réseau neuronal. Les méthodes seront testées et appliquées à des ensembles de données pour des maladies spécifiques en collaboration avec des groupes cliniques de la Faculté et de l’hôpital universitaire dans le but d’améliorer le diagnostic et le traitement.

Qualifications requises:

• Un master en informatique, bioinformatique, mathématiques / statistiques, physique, ingénierie ou similaire
• Expérience de programmation en Python
• Excellente maîtrise de l’anglais
• Soit une expérience avec l’analyse de l’expression des gènes ou avec un apprentissage approfondi (par exemple Pytorch)

On s’attend à ce que les candidats aient un fort intérêt pour les applications médicales de la science des données. Une expérience en bioinformatique en général, une bonne compréhension des mathématiques et une familiarité avec R seront considérées comme un atout.

Supervision
La recherche sera effectuée sous la supervision du professeur Anders Krogh.

Procédure de candidature:
postulez en cliquant sur «Postuler en ligne» ci-dessous. Veuillez noter que seules les candidatures en ligne seront acceptées.

Les candidatures – en anglais – doivent comprendre:

• Lettre d’accompagnement détaillant votre motivation et vos antécédents pour postuler. Assurez-vous d’inclure une description des raisons pour lesquelles ce projet de doctorat particulier est intéressant pour vous.
• CV
• Diplôme et relevés de notes (y compris les notes)
• Autres informations à considérer, par exemple liste des publications et / ou manuscrits (le cas échéant), revues par des pairs et autres
• Références possibles (avec coordonnées – e-mail et numéros de téléphone) et minimum deux lettres de recommandation.

La date limite de dépôt des candidatures est le 5 août 2020 à 23 h 59. Les candidatures reçues après cette date ne seront pas prises en considération.

Procédure de candidature
Après l’expiration du délai de candidature, le responsable du recrutement agréé sélectionne les candidats à l’évaluation sur avis du comité des nominations. Tous les candidats sont alors immédiatement informés si leur demande a été acceptée pour évaluation. Un comité d’experts est nommé afin d’évaluer les candidats sélectionnés pour le poste concerné. Les candidats sélectionnés sont informés de la composition du comité et chaque candidat a la possibilité de commenter la partie de l’évaluation qui le concerne lui-même. Vous pouvez en savoir plus sur le processus de recrutement sur jobportal.ku.dk.

Veuillez noter que le candidat sera contacté si le comité d’évaluation a besoin de documentation supplémentaire.

Le candidat sera évalué conformément à l’arrêté ministériel no. 242 du 13 mars 2012 sur la nomination du personnel académique dans les universités

Renseignez-vous sur le processus de recrutement.

Les principaux critères de sélection seront le potentiel de recherche du candidat et les compétences susmentionnées. Il sera demandé au candidat retenu de postuler officiellement pour son inscription en tant que doctorant à la SUND Graduate School. L’emploi en tant que boursier au doctorat sera subordonné à la réussite de l’inscription au programme de doctorat.

Conditions d’emploi:
Le poste est offert pour une période de trois ans et l’emploi est régi par le protocole sur les boursiers de recherche doctoraux signé par le ministère danois des Finances et AC (la Confédération danoise des associations professionnelles).

Questions:
Pour des informations spécifiques sur le poste, veuillez contacter le professeur Anders Krogh, anders.krogh@sund.ku.dk . Toute question concernant le processus de candidature ou toute requête administrative de quelque nature que ce soit doit être adressée à la partenaire RH Ditte Maria Bohn, dmbohn@sund.ku.dk .

 Pour plus d’informations sur le travail et la vie au Danemark: http://ism.ku.dk/ et www.workingconditions.ku.dk

La Faculté de la santé et des sciences médicales compte environ 7500 étudiants, 1500 doctorants et 3200 employés. La Faculté fait progresser le domaine des sciences de la santé grâce à ses activités principales: recherche, enseignement, partage des connaissances et communication. Avec des domaines de recherche fondamentale allant des études moléculaires aux études de la société, la Faculté contribue à un avenir sain grâce à ses diplômés, ses résultats de recherche et ses inventions bénéficiant aux patients et à la communauté. L’Université de Copenhague souhaite refléter la communauté environnante et invite tous, indépendamment de leurs antécédents personnels, à postuler pour le poste.