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- DOMAINE(S) DE RECHERCHE1
Épithélium mucociliaire, cils, polarité cellulaire et tissulaire, imagerie en temps réel, traitement d’images, ondes métachronales, schémas d’écoulement, mouvement collectif, matière active, simulations Lattice Boltzmann
- DESCRIPTION DE L’EMPLOI
Le but de ce projet de thèse est de générer un cadre expérimental et théorique pour étudier in vivo l’écoulement des fluides cils. Le projet associe la biologie, la physique et la simulation numérique de la mécanique des fluides pour comprendre comment les écoulements alimentés par le battement des cils s’organisent pour nettoyer la surface de l’embryon d’amphibien Xenopus. Ce modèle animal a généré des connaissances approfondies sur les paramètres fondamentaux de la biologie de l’épithélium cilié, tels que la détermination des cellules ciliées, la synthèse des cils et les battements polarisés. Le doctorant adaptera la microscopie à feuille de lumière pour imager les cils battants dans toutes les cellules de l’embryon mature, afin de dériver une carte globale de localisation et d’orientation des cellules ciliées (équipes 1 et 2). Un accent particulier sera mis sur les régions à topologie complexe (tête, arcs branchiaux, cavité anale), qui s’écartent de l’organisation 2D typique et plus simple étudiée jusqu’à présent. Ces paramètres expérimentaux seront utilisés pour alimenter la simulation basée sur Lattice Boltzmann, dans le but de générer des paradigmes numériques pour expliquer l’émergence des ondes de battements ciliaires métachrones et des modèles d’écoulements spatiaux (Équipe 3). Ce travail permettra de comprendre comment l’organisation de l’épithélium cilié est modulée pour remplir son rôle physiologique dans un organisme 3D complexe.
- QUALIFICATIONS/COMPÉTENCES/EXIGENCES EN MATIÈRE D’ÉDUCATION ET DE RECHERCHE
Le doctorant sélectionné doit avoir un vif intérêt pour les approches interdisciplinaires et quantitatives pour étudier les problèmes biologiques. Le candidat sélectionné devra être capable d’adapter la microscopie à feuille de lumière (systèmes commerciaux ou personnalisés) aux contraintes de l’embryon de Xenopus. Le candidat idéal devra donc avoir un goût prononcé pour l’imagerie et l’ingénierie, ainsi que pour le traitement d’images. Les candidats ayant un fort intérêt pour la modélisation seront considérés favorablement.
- DATE LIMITE D’INSCRIPTION
16 février 2022
- DATE DE DÉBUT
Octobre 2022
- LIEU DE TRAVAIL
Aix Marseille Université au Campus de Luminy – Marseille
- DOCUMENTS DE DEMANDE DE CANDIDATURE
La demande doit inclure :
- CV
- lettre de motivation
Un email sera automatiquement envoyé à vos deux références afin qu’elles téléchargent directement leur lettre de recommandation. Nous vous invitons à les contacter pour vous assurer qu’ils ont bien reçu le courriel.
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