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PROFIL/TYPE DE POSTE
Contrat : Poste temporaire post-doctoral (18 mois) à partir du 1er avril 2022
Employer : Aix-Marseille Université
Salaire brut : selon le parcours professionnel : la première année allant de 2466 à 2891 €/mois et la deuxième année (6 derniers mois) entre 2772 à 3197 €/mois
DOMAINE(S) DE RECHERCHE
Océanographie, Plancton, Analyse de séries temporelles, Analyse d’images, Ecologie, Microscopie.
JOB LOCATION
Centre Européen de Recherche et d’Enseignement en Géosciences de l’Environnement, Europole de l’Arbois, Aix en Provence, France ; with frequent visits in Mediterreanean Insitute of Oceanography, Marseille, France
PI du projet RapMed
T. de Garidel, CEREGE, [garidel@cerege.fr]
Les principales tâches du post-doctorant seront d’étudier les changements récents dans la taille du microplancton et la structure des communautés de la mer Méditerranée occidentale à l’aide d’un workflow innovant, basé sur des analyses d’images automatisées du plancton.
Ce post-doctorat fait partie du projet RapMed qui vise à l’étude des changements dynamiques des communautés planctoniques sous des perturbations environnementales. Ce projet est financé par l’ Institut méditerranéen pour la transition environnementale (A*Midex), une initiative interdisciplinaire visant à relever les défis du lien climatique en cours.
Le projet RapMed vise à étudier les effets des changements environnementaux récents au cours des deux dernières décennies sur les communautés planctoniques de la région sentinelle du golfe du Lion. Le projet explorera la dynamique des communautés planctoniques à un spectre de taille hautement résolu, sur la base de l’application et de la normalisation de méthodes de traitement d’images à haut débit. Le programme RapMed met en place une chaîne de traitement innovante basée (nommée Particle Trieur) sur des approches d’apprentissage automatique (réseaux de neurones convolutifs). Il fournit des modèles cohérents de taille planctonique et de structures de communautés taxonomiques dans des séries chronologiques, ce qui devrait augmenter notre compréhension de la variabilité des communautés planctoniques et de leur résilience aux changements environnementaux.
L’associé de recherche post-doctoral se concentrera sur les techniques d’imagerie microscopique disponibles au CEREGE et/ou au MIO (principalement la microscopie automatisée, MiSo). Le PDRA étudiera une série temporelle de pièges à sédiments au large de Marseille (piège de Planier) en collaboration avec le CEFREM, et documentera les changements passés des taxons biominéralisants au cours des deux dernières décennies. Le PDRA assemblera son propre ensemble de données, construira et optimisera un module de reconnaissance automatique dédié aux organismes biominéralisants en microscopie, cette série temporelle de pièges à sédiments ; et comparer ceux rassemblés par le consortium, afin d’avoir une vision globale des changements récents dans les communautés planctoniques.
L’analyse dynamique des communautés planctoniques et des liens avec les variables environnementales s’appuiera sur l’analyse des données des séries chronologiques à long terme des services nationaux d’observation ( SNO SOMLIT et MOOSE ) au large de Marseille, des enregistrements discontinus tels que SPECIMED et CALHIMED, et les séries chronologiques CytoSense du littoral. . Le PDRA effectuera les analyses statistiques nécessaires à l’interprétation des jeux de données.
La personne recrutée bénéficiera de l’expertise des équipes impliquées dans le projet RapMed incluant des compétences statistiques pour l’analyse dynamique des communautés planctoniques et le lien avec les variables environnementales (équipe MIO), le pattern mining et la classification des réseaux de neurones (équipes MIO, CEREGE et LAM, Queensland Univ. Technology) pour l’identification des communautés planctoniques à partir de bases de données d’images ou d’autres dispositifs de mesure (cytométrie en flux non imageuse, couleur de l’océan) et la construction de descripteurs (équipes MIO et CEREGE, spectres de taille, biovolume, …). Enfin, le post-doctorant interagira avec un autre chercheur post-doctorant associé du projet, en charge de mettre en place le workflow d’analyse d’images dérivé de l’outil existant ( logiciel ParticleTrieur / Miso GitHub)) qui a été conçu à l’origine pour la reconnaissance d’images du microplancton fossile (Marchant et al, 2020).
@ https://medjouel.com/
QUALIFICATIONS / COMPÉTENCES / EXIGENCES EN MATIÈRE D’ÉDUCATION ET DE RECHERCHE / FONCTIONS
- Anglais courant
- Connaissance du plancton et de préférence des groupements biominéralisants
- Connaissances en sciences marines ou en écologie
- Expérience en microscopie
- Excellentes aptitudes de communication
- Bonnes compétences en programmation en R ou Python
- Notions sur le machine learning en général et plus particulièrement dans les réseaux de neurones
DATE LIMITE DE CANDIDATURE (le cas échéant)
21 janvier 2022
Date de début au 1er avril 2022
DOCUMENTS DE DEMANDE DEMANDÉS
CV
Contact de 2 arbitres
Déclaration de recherche (moins de 2 pages)
CONTACT POUR POSTULER (EMAIL OU SITE WEB )
Site du projet : https://rapmed.osupytheas.fr
