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Nous recherchons un développeur de logiciels hautement qualifié pour tirer parti des récents succès dans le développement d’une plate-forme de modèles de cancer dans le cadre du projet PDX Finder financé par les NIH (voir Conte et al., 2019 ). L’ équipe PDX Finder harmonise, analyse et aide à diffuser les riches données Omic et phénotypiques des modèles de cancer Xenograft ( PDX ) dérivés du patient pour faire avancer la recherche sur le cancer en adhérant aux principes de données Findable, Accessible, Interoperable, Reusable ( FAIR ). PDX
les modèles sont conçus pour propager des cancers humains et sont de plus en plus utilisés dans la recherche clinique pour tester de nouveaux régimes chimiothérapeutiques et étudier les mécanismes de résistance aux médicaments. Le PDX Finder intègre des données liées à PDX provenant de sources multiples et exploite les ressources d’ EMBL -EBI qui stockent des données génomiques et transcriptomiques.
Vous aurez une occasion passionnante de concevoir et de développer de nouvelles interfaces pour explorer l’un des problèmes fondamentaux de la biologie – comment nos gènes contribuent-ils au cancer?
Ton rôle
Vous ferez partie d’une équipe multidisciplinaire pour ingérer, stocker, présenter et interroger des données annotées sémantiquement. Ce projet présente un défi intéressant pour la présentation de données biologiques complexes aux utilisateurs de manière intuitive et visuellement attrayante.
Vous développerez une interface Web, intégrant une gamme de nouvelles fonctionnalités de recherche et d’interrogation axées sur le cancer et les données Omics associées. On s’attend à ce que vous soyez impliqué dans la sollicitation des commentaires des utilisateurs et vous devrez être réactif à l’évolution des exigences.
Vous travaillerez au sein de Mouse Informatics chez EMBL – EBI aux côtés de développeurs, de bioinformaticiens et d’ontologues qui composent l’équipe plus large des échantillons, phénotypes et ontologies ( SPOT). Dans le cadre de votre travail quotidien, vous collaborerez avec l’équipe, qui possède une gamme d’expertises en sémantique, analyse de données, analyse d’images et affichage d’images 3D. Vous interagirez également avec d’autres groupes de l’ EMBL – EBI et des collaborateurs externes, au Royaume-Uni et à l’étranger, pour améliorer nos sites Web.
Tu as
- BSc / MSc en informatique, en génie logiciel ou en bioinformatique ou dans un domaine pertinent, ou expérience équivalente.
- Expérience avérée du développement d’applications HTML5, CSS , JavaScript, Java et Web à l’aide de Spring Boot
- Expérience dans le développement ou la maintenance d’applications Web avec des frameworks Javascript modernes, c’est-à-dire un framework angulaire
- Expérience de la conception et du développement d’interfaces utilisateur
- Expérience des pratiques d’ingénierie logicielle complète et du cycle de développement, y compris la conception, la mise en œuvre, les tests, le contrôle de version et le déploiement
- Expérience ou volonté d’apprendre Apache Spark
- Développement et interaction avec les API RESTful et les API Graph QL
- Expérience ou volonté d’apprendre la conteneurisation (Docker) et l’orchestration de conteneurs (Kubernetes)
- Excellentes compétences en communication pour une collaboration efficace au sein de l’équipe et avec nos partenaires dans d’autres pays et institutions
- Capacité à travailler de manière autonome tout en interagissant dans un environnement d’équipe
Vous pourriez aussi avoir
- Expérience de travail dans un environnement de développement agile
- Expérience en harmonisation des données
- Expérience de Solr, Lucene ou ElasticSearch
- Expérience avec Python
- Connaissance des bases de données SQL
- Expérience avec les technologies Web sémantiques telles que OWL , RDF ou SPARQL
- Expérience de l’utilisation d’ontologies et de l’harmonisation des données
- Expérience en gestion de données et en bioinformatique
Pourquoi nous rejoindre
EMBL – EBI est un leader mondial de la bioinformatique. s partie du Laboratoire européen de biologie moléculaire ( EMBL ), nous sommes une organisation intergouvernementale à but non lucratif financée par plus de 27 États membres et deux États membres associés. Nous encourageons le développement personnel et professionnel et nous nous engageons à faire en sorte que nos employés se sentent valorisés, soutenus et habilités à réaliser leur potentiel au travail.
Entouré par la campagne pittoresque du sud du Cambridgeshire, notre campus offre aux employés une atmosphère détendue où la recherche de découvertes scientifiques et un travail significatif sous-tendent chaque rôle. De plus, nos employés ont accès à un large éventail d’ avantages, notamment:
- 30 jours de congé annuel par an plus 8 jours fériés
- Modalités de travail flexibles
- Régime de retraite unique avec 17% de contribution de l’employeur
- Revue salariale annuelle
- Assurance médicale privée pour vous et votre famille immédiate (y compris toutes les ordonnances et une généreuse couverture dentaire et optique)
- Assurance décès, dépendance, accident du travail et chômage
- Package de réinstallation comprenant une subvention d’installation (si nécessaire)
- Bibliothèque sur place et salle de sport et cafétéria subventionnées sur place
- Code vestimentaire décontracté
- Navette gratuite vers et depuis le campus
- Activités de clubs sportifs et sociaux étendues (organisées sur le campus et à distance)
- Prestations familiales : crèche sur place, congé maladie pour enfant, congé parental généreux, clubs de vacances sur le campus et allocations familiales et familiales mensuelles
- Avantages pour les non-résidents du Royaume-Uni: exemption de visa, bourse d’études pour l’enseignement privé, aide financière pour retourner dans votre pays d’origine tous les deux ans et allocation mensuelle de non-résident
Que voulez-vous savoir d’autre
Pour postuler, veuillez soumettre une lettre de motivation et un CV via notre système en ligne. L’EMBL est un employeur inclusif et égalitaire. Les candidatures de toutes nationalités sont encouragées et cela s’est poursuivi après le Brexit. Pour plus d’informations, veuillez consulter notre site Web. Les informations sur les visas seront discutées plus en profondeur avec les candidats sélectionnés pour un entretien.
Cette position est limitée à la durée du projet spécifiée avec possibilité de prolongation si un nouveau financement est convenu. Il s’agit d’un poste à temps plein mais un travail flexible peut être possible.
Les candidatures fermeront à 23h00 GMT à la date indiquée ci-dessus.
