Poste de doctorat de trois ans dans le développement d’un logiciel expert interactif stratifiant le risque de diagnostic du cancer du poumon dans le cadre du dépistage du cancer du poumon basé sur des approches de modélisation mathématique et d’apprentissage automatique (financé par A*Midex)

PROFIL CHERCHEUR :  PhD/ R1 : Chercheur premier cycle             

DOMAINE(S) DE RECHERCHE1 : Mathématiques / Informatique / Ingénierie

PRINCIPAL SOUS-DOMAINE OU DISCIPLINES DE RECHERCHE1 : Sciences médicales, Sciences de l’information, Sciences psychologiques

DESCRIPTION DU TRAVAIL/OFFRE 

L’équipe COMPO

L’ambition de l’équipe-projet commune COMPO Inria-Inserm est de développer de nouveaux modèles mathématiques intégrant les données disponibles en oncologie clinique (issues des essais cliniques et des soins de routine), afin de fournir des outils d’aide à la décision aux oncologues médicaux, aux chirurgiens thoraciques et à l’oncologie préventive. personnel. Les principaux objectifs sont : 1) développer une médecine personnalisée et 2) optimiser la conception du calendrier des essais cliniques combinatoires. Pour y parvenir, l’équipe rassemble de manière unique des mathématiciens, des pharmacologues, des oncologues médicaux et des chirurgiens. Il est intégré au Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (Inserm U1068, CNRS UMR7258, Aix-Marseille Université UM105, Institut Paoli-Calmettes) et implanté sur le campus Sciences de la Santé La Timone des Hôpitaux Universitaires de Marseille (AP-HM), à proximité du centre d’essais cliniques de phase précoce labellisé INCa (CLIP2). Cette équipe-projet commune, fondée sur une solide expertise en modélisation mathématique, pharmacométrie et oncologie expérimentale et clinique, s’engage à développer de nouvelles méthodologies combinant modélisation mécaniste et statistique qui seront finalement appliquées au chevet du patient.

Le thème de thèse et les ensembles de données

L’objectif du doctorat sera de développer et de valider des modèles prédictifs et mécanistes cliniquement utilisables du développement et de la récidive du cancer du poumon dans le cadre du dépistage du cancer du poumon, du diagnostic à un stade précoce et du traitement conceptualisé dans l’interception du cancer du poumon. Ce projet s’appuie sur des bases de données déjà existantes et des projets prospectifs en cours intégrant un phénotypage longitudinal clinique, d’imagerie et biologique de grande dimension. Les projets PREVALUNG, PREVALUNG ETOILE et PREVALUNG BIOCEPTION sont 3 projets imbriqués respectivement financés par l’Institut National contre le cancer (INCa), la Fondation d’excellence d’Aix-Marseille Université (A*midex) et la commission européenne (PREVAUNG EU, Programme Horizon Europe). Les études PREVALUNG recrutent 2 750 participants avec 3 cycles de dépistage du cancer du poumon, y compris un phénotypage multimonal initial et longitudinal.

Une validation plus approfondie sera possible en exploitant une étude prospective basée sur une population réelle rapportant des données régionales sur le dépistage du cancer du poumon, le diagnostic précoce et les traitements multimodaux, nommée DATALUNG PACA. 

Mentorat direct

Le doctorant sera encadré par un data scientist/mathématicien senior (Pr D Barbolosi) et par un chirurgien thoracique (Pr D Boulate, PI des études PREVALUNG et DATALUNG PACA).

Les principales activités seront :

Revue de la littérature
Benchmark des méthodes existantes
Développement de nouveaux algorithmes ML
Application aux données et questions biologiques et cliniques
Modélisation ML de données d’imagerie longitudinale
Rédaction de publications scientifiques

Les activités supplémentaires seront :

Intégration continue / déploiement continu du code
Visualisation des données
Reporting statistique aux partenaires
Plus d’infos sur : Site internet :   https://team.inria.fr/compo/

TYPE DE CONTRAT :  TEMPORAIRE / STATUT D’EMPLOI :  TEMPS PLEIN

DATE LIMITE DE CANDIDATURE :  20/06/2024 08h00

DATE DE DEBUT ENVISAGEE :  01/10/2024

DURÉE ENVISAGÉE : 36 mois

EMPLOI NON FINANCÉ PAR UN PROGRAMME-CADRE DE RECHERCHE DE L’UE

LIEU(S) DE TRAVAIL : 

• Oncologie computationnelle (COMPO) Inria – Inserm – Faculté de Pharmacie, Aix-Marseille Université – Campus Timone – 27, boulevard Jean Moulin, 13005 Marseille
• Service de chirurgie thoracique – Hôpital Nord – Chemin des Bourrely, 13015 Marseille

CE QUE NOUS OFFRONS:

Un contrat doctoral de trois ans avec le salaire suivant : 
Salaire brut par mois : 2 100 € en 2024 
Salaire brut par mois : 2 200 € en 2025
Salaire brut par mois : 2 300 € en 2026 et au-delà 

Informations complémentaires : Le Centre Euraxess d’Aix-Marseille Université informe les professeurs, chercheurs, postdoctorants et doctorants étrangers invités sur les démarches administratives à entreprendre avant leur arrivée à AMU et les différentes formalités pratiques à accomplir une fois en France : visas et conditions d’entrée. , assurances, aide à la recherche d’un logement, accompagnement à l’ouverture d’un compte bancaire, etc. Plus d’informations sur  le portail AMU EURAXESS

QUALIFICATIONS, DOMAINES DE RECHERCHE REQUIS, NIVEAU D’ÉDUCATION REQUIS, COMPÉTENCES PROFESSIONNELLES, AUTRES EXIGENCES DE RECHERCHE 

Excellentes compétences en programmation (R/python)
Familiarité avec l’analyse de données du monde réel
Excellente formation en statistiques
Excellente formation en statistique/apprentissage automatique
Une expérience en vision par ordinateur est un plus
Forte motivation pour les applications médicales et sociétales des méthodes informatiques
Connaissance de la biologie et/ou de la médecine est un plus
Capacité à travailler à la fois de manière indépendante et en équipe, bonnes compétences relationnelles
Parlant français ou anglais
Compétences rédactionnelles académiques intermédiaires
Compétences intermédiaires en matière de présentation orale

Compétences générales :  Autonomie, Travail en équipe, Pensée analytique et critique, Écoute et observation, Empathie, Flexibilité et adaptabilité, Linguistique, communicative et plurilingue, Coopération, Résolution de conflits. Langues requises : français et anglais.

DOCUMENTS DE DEMANDE DEMANDÉS, CRITÈRES D’ÉLIGIBILITÉ, PROCESSUS DE SÉLECTION

CV et lettre de motivation
Le candidat sera sélectionné sur la base de son CV, de sa lettre de motivation et d’entretiens oraux par les mentors et un jury de l’Institut Laennec.

COMMENT POSTULER : david.boulate@ap-hm.fr ;  Dominique.barbolosi@univ-amu.fr ;  sebastien.benzekry@inria.fr