MSCA – مرشح دكتوراه (DC2) – زمالة دكتوراه في علم جينوم تخمير الأغذية النباتية.

العنوان: DC2، زمالة دكتوراه في علم جينوم تخمير الأغذية النباتية.
الملف الشخصي للباحث: مرشح الدكتوراه.
مجال البحث: علم الأحياء الدقيقة الغذائي، التخمير، علم الجينوم.
نوع العقد: مؤقت.
الحالة الوظيفية: دوام كامل.
المدة: 36 شهرا.
الموعد النهائي لتقديم الطلبات: 15/05/2024 الساعة 23:59 – أوروبا/بروكسل.
التاريخ المتوقع لبدء الوظيفة: سبتمبر 2024.
كيفية التقديم: أرسل نموذج الطلب الخاص بك من خلال موقع FAIROMics الإلكتروني.

يرجى ملاحظة أن منصب الدكتوراه هذا سيؤدي إلى منح  دبلوم مزدوج  من  جامعة Wageningen والأبحاث  في هولندا والجامعة  الوطنية وجامعة كابوديستريا في أثينا في اليونان. 

وصف المشروع:

ستجمع مبادرة FAIROMics، وهي برنامج بحثي متعدد التخصصات، الجامعات ومراكز الأبحاث والشركات الخاصة لتمكين FAIRification لبيانات omics وقابلية التشغيل البيني لقواعد البيانات وتطوير الرسوم البيانية المعرفية لاتخاذ القرارات المستندة إلى البيانات لتصميم مجتمعات ميكروبية بشكل عقلاني لنقل الخصائص المرغوبة إلى النباتات الأطعمة المخمرة القائمة على أساس العلم المفتوح ولوائحه. يهدف برنامج FAIROMics التدريبي إلى تطوير مهارات المرشحين للدكتوراه في التفاعل بين الذكاء الاصطناعي وعلوم الحياة والعلوم الإنسانية والاجتماعية.

السياق العلمي:

زادت شعبية بدائل الألبان واللحوم النباتية في السنوات الأخيرة لأسباب مختلفة، بما في ذلك الاستدامة والفوائد الصحية، فضلاً عن اتجاهات نمط الحياة والقيود الغذائية. ومع ذلك، يمكن أن تكون المنتجات الغذائية النباتية غير متوازنة من الناحية التغذوية، وقد تحد نكهتها من قبول المستهلكين لها. لقد تم استخدام الكائنات الحية الدقيقة في صنع المنتجات الغذائية منذ آلاف السنين. ومع ذلك، فإن تنوع المجتمعات الميكروبية التي تقود عمليات التخمر النباتي، بالإضافة إلى سماتها الجينية والمظهرية الرئيسية والتآزر المحتمل بين أفراد المجتمع، لا يزال سيئًا. توجد العديد من البيانات، لكنها منتشرة في مؤلفات مختلفة (علمية ورمادية)، أو في أفضل الأحوال، في قواعد بيانات مختلفة. ومع ذلك، فهي ليست دائمًا قابلة لإعادة الاستخدام نظرًا لصعوبة العثور عليها والوصول إليها ولأن قواعد البيانات غير قابلة للتشغيل البيني بشكل منهجي.

أهداف:

نحن نبحث عن مرشح دكتوراه (DC) للانضمام إلى مشروعنا في مواقع متعددة في أوروبا مع درجة الماجستير في  علم الأحياء الدقيقة للأغذية / علم الأحياء الدقيقة الجزيئي / الكيمياء التحليلية / التكنولوجيا الحيوية / الكيمياء الحيوية / المعلوماتية الحيوية  الذي يهتم  بمفاهيم جديدة لتطوير مصنع مبتكر آمن. الأطعمة المخمرة القائمة على استخراج الجينوم للبكتيريا البادئة.

الهدف الرئيسي من هذا المشروع البحثي هو تصميم مزارع بكتيرية مختلطة بطريقة عقلانية لتخمير المكونات القائمة على البروتين النباتي لتحقيق نتائج مرغوبة. وسيعتمد ذلك على التنبؤات المستمدة من مجموعات البيانات المتاحة عن سلالات بكتيريا حمض اللاكتيك الفردية (مع الجينومات المتسلسلة المتاحة) ونتائج التخمير المواتية عند النمو على ركائز نباتية مختلفة. سيتم تحديد قدرات الضغط ذات الصلة بالحفاظ على المنتجات النباتية وسلامتها. أداء الثقافات المختلطة لتخمير المكونات القائمة على البروتين النباتي فيما يتعلق بتكوين مركبات نكهة مفضلة، وإزالة الملوثات الكيميائية غير المرغوب فيها (مثل النكهات غير المرغوب فيها، والسموم الفطرية)، وتكوين الأحماض وتأثير الحفاظ عليها (قمع نمو المفسدات ومسببات الأمراض) سوف يتحقق منه. إن ربط الخصائص الوظيفية للسلالات والصفات الجينومية بنتائج التخمير سوف يدعم تصميم الأطعمة المخمرة الجديدة.

من المتوقع أن ينتج المشروع نموذجًا للتنبؤ بنتائج عمليات التخمر المختلفة المعتمدة على البروتين النباتي باستخدام مزارع مختلطة من بكتيريا حمض اللاكتيك فيما يتعلق بتكوين النكهة وإزالة المركبات غير المرغوب فيها وقدرة الحفظ. وهذا يسمح بتوجيه نتائج التخمير ذات الصلة بناءً على وظائف الجينات الرئيسية والقدرة التخميرية لسلالات LAB على ركائز نباتية مختلفة.

الموقع والإعارات المخطط لها:

جامعة أثينا الوطنية وكابوديستريا ، 8 أشهر: تحليلات التمثيل الغذائي للأيضات في المصفوفات النباتية عند التخمير.
جامعة ريدينغ ، 3 أشهر: التقييم الفسيولوجي للتعبير الجيني الرئيسي في بكتيريا حمض اللاكتيك المختارة.

التسجيل لدرجة الدكتوراه:

المنظمة المانحة للدرجة الأولى: جامعة فاجينينجن، فاجينينجن، هولندا،  https://www.wur.nl/en/wageningen-university.htm

المنظمة المانحة للدرجة الثانية: جامعة كابوديستريا الوطنية في أثينا، اليونان،  https://en.uoa.gr/

فريق المشرفين :

يتكون فريق المشرفين في NIZO من الدكتور مارجون ويلز بينيك ، والدكتور هيرويج باشمان ، والدكتور إريك هيستر . يتم الإشراف على جامعة فاجينينجن والأبحاث من قبل البروفيسور مارسيل زويترينج. يتم توفير الإشراف في NKUA من قبل الأستاذ المساعد ماريلينا داسيناكي والأستاذ المشارك فاسيليس فالدراميديس. في UREAD، سيكون البروفيسور المشارك كيمون أندرياس كاراتزاس هو المشرف.

تتوفر في  نيزو معرفة شاملة عن خصائص التخمير لسلالات البادئ عند زراعتها على منتجات الألبان والركائز النباتية فيما يتعلق بتطوير النكهة والتحكم في سلامة الأغذية وجودتها. المشرف الرئيسي هو العالم الرئيسي  الدكتور مارجون ويلز بينيك . لديها خلفية في علم الأحياء الدقيقة الغذائي (بما في ذلك الخبرة في علم الجينوم الوظيفي) وهي عالمة زائرة في جامعة فاجينينجن. وبدأت العديد من مشاريع الاتحاد مع العديد من أصحاب المصلحة الأكاديميين والصناعيين، بما في ذلك مشروع حديث حول “الملوثات الميكروبية في مكونات البروتين النباتي”. منذ عام 2002، أشرفت على 8 طلاب دكتوراه؛ 2 جارية، و6 حصلوا على شهاداتهم. وقد نشرت أكثر من 70 مقالة بحثية وقدمت براءتي اختراع. يمكنها نقل المعرفة الأساسية إلى المزيد من الأبحاث التطبيقية. المشرفون المشاركون في NIZO هم  الدكتور هيرويج باخمان  (ذو خبرة واسعة في مجال التخمير ومنتجات الألبان وتكنولوجيا منتجات الألبان البديلة) والدكتور  إريك هيستر  (خبير كبير في المعلوماتية الحيوية/عالم البيانات).

 سيتم الإشراف في  جامعة Wageningen University and Research (WUR) من قبل البروفيسور  الدكتور MH Zwietering  الذي هو رئيس مجموعة علم الأحياء الدقيقة للأغذية (FHM) ولديه خلفية في النمذجة. وتقوم مجموعته بالتحقيق في جوانب سلامة الأغذية وفساد الأغذية والتخمير.

في  جامعة كابوديستريا في أثينا (قسم الكيمياء) ، يتم الإشراف من قبل الأستاذ المشارك الدكتور فاسيليس فالدراميديس  والأستاذ المساعد الدكتورة ماريلينا داسيناكي. الدكتور فالدراماديس حاصل على درجة الدكتوراه. حصل على درجة البكالوريوس في الهندسة الكيميائية من الجامعة الكاثوليكية في لوفين، بلجيكا، ودرجة أولى في الزراعة (علوم وتكنولوجيا الأغذية) من جامعة أرسطو في ثيسالونيكي (اليونان). نشر حوالي 100 مخطوطة في المجلات المحكمة وفصول في الكتب. أشرف على ثمانية باحثين ما بعد الدكتوراه وأكثر من 10 دكتوراه (كمشرف رئيسي أو مشارك). تركز أبحاث الدكتورة داسيناكي على دراسة التمثيل الغذائي الغذائي باستخدام تقنيات قياس الطيف الكتلي المتطورة وأدوات القياس الكيميائي المتقدمة، وقد نشرت أكثر من 45 ورقة بحثية خاضعة لاستعراض النظراء وأربعة فصول في كتاب.

في  جامعة ريدينغ (UREAD) ، يتم الإشراف من قبل الأستاذ المشارك  الدكتور كيمون إيه جي كاراتزاس . وهو يرأس مجموعة علم الأحياء الدقيقة للأغذية في قسم علوم الأغذية والتغذية بجامعة ريدينغ. تشمل مخرجاته العلمية أكثر من 55 مقالاً في مجلات عالية التأثير وبراءة اختراع دولية وفصولاً مختلفة في الكتب. تضم مجموعته حاليًا 6 طلاب دكتوراه، وقد أشرف سابقًا بنجاح على 9 طلاب دكتوراه كرئيس رئيسي و12 كباحث رئيسي مشارك وتسعة باحثين ما بعد الدكتوراه وعلماء زائرين. يتمتع بخبرة طويلة في علم وظائف الأعضاء الميكروبية للإجهاد والبيولوجيا الجزيئية وأكثر من 22 عامًا من الخبرة في مجال تخمير الطعام.

سيستفيد الطالب من المعرفة التي تم بناؤها في مجال هذا المشروع وسيشرف عليه موظفون ذوو خبرة في مجال علم الأحياء الدقيقة الغذائي والتخمير والمعلوماتية الحيوية في NIZO وWUR. بالإضافة إلى ذلك، سيستفيد الطالب بشكل كبير من قدرات النمذجة التحليلية والتنبؤية الكيميائية في NKUA والوصول إلى خبرات البيولوجيا الجزيئية في UREAD. علاوة على ذلك، سيتم التعاون في استخراج البيانات الدلالية في بداية المشروع، واستخدام الذكاء الاصطناعي لتدريب وتحسين نماذج التنبؤات العقلانية لنتائج التخمير الإيجابية.

وصف المؤسسات المضيفة:

سيتم تعيين الطالب في هذا المشروع في  NIZO . NIZO ( https://www.nizo.com/ ) هي شركة رائدة في مجال الأبحاث التعاقدية من أجل تحسين الغذاء والصحة مع أحد مراكز البحث والتطوير الأكثر تقدمًا في العالم. تمتلك نيزو مرافق ومختبرات بحثية حديثة وخبراء من ذوي المهارات العالية وخبرة شاملة في مجال البكتيريا والبروتينات والمعالجة. ينصب تركيز NIZO على تطوير وتطبيق الابتكارات لصناعة الأغذية العالمية والأسواق ذات الصلة. ويشمل ذلك أبحاث الجبن وتطويره وإنتاجه وتطوير البدائل النباتية. بفضل 75 عامًا من الخبرة في مجال الثقافات البادئة وسلامة الأغذية ومراقبة الجودة ومع التقنيات الجديدة الحديثة، بما في ذلك مناهج علم الجينوم، تقدم NIZO أحدث تقنيات الغذاء إلى الحياة. تبحث NIZO باستمرار عن طرق جديدة لتحسين المنتجات الغذائية، وفي نفس الوقت، جودة الحياة. ستكون المؤسسات المانحة للدرجات العلمية للطالب في هذا المشروع هي الجامعة الوطنية وجامعة كابوديستريا في أثينا (NKUA).

WUR ( https://www.wur.nl/en.htm ) هي منظمة تعليمية وبحثية رائدة عالميًا في علوم الحياة تضم أكثر من 10000 طالب (25٪ منهم من الخارج). تشارك WUR من خلال مختبر علم الأحياء الدقيقة الغذائي، FHM ( www.wur.nl/fhm ) ويرأسه البروفيسور MH Zwietering. تهدف FHM إلى فهم سلوك الميكروبات المرتبطة بالغذاء لضمان جودة وسلامة الغذاء. تتراوح مجالات البحث من علم وظائف الأعضاء البيئي إلى تقييم المخاطر وعلم جينوم الكائنات الحية الدقيقة المرتبطة بالغذاء في سلاسل الإمداد الغذائي وجوانب سلامة الأغذية وفساد الأغذية والتخمير. لدى FHM مختبرات ميكروبيولوجية مجهزة بالكامل لأبحاث التخمير وأبحاث سلامة الأغذية.

 وسيشارك قسم الكيمياء (DoC) في NKUA في المشروع. تتمتع DoC بالخبرة والبنية التحتية الحديثة والمرافق المتاحة لإجراء البحوث في مجالات علوم الأغذية وكيمياء الأغذية والكيمياء البيئية وتشخيص المياه. كما أنها تتمتع بخبرة في تنسيق وتنفيذ أنشطة البحث والتطوير، وأنشطة النشر والاستغلال مع أصحاب المصلحة الوطنيين بشكل رئيسي، مثل هيئة الأغذية اليونانية، وشركات الأغذية الخاصة التي تصدر إلى جميع أنحاء العالم. تشمل المرافق الرئيسية لقسم الكيمياء في NKUA أنظمة قياس الطيف الكتلي المتطورة عالية الدقة (LC-TIMS-TOF/MS، LC-QTOF/MS، GC-APCI-QTOF/MS) المستخدمة لتحليل نظام إدارة الموارد البشرية لـ “البصمة” الجزيئية للمواد الغذائية بعد سير عمل الفحص المتقدم المستهدف وغير المستهدف. بالإضافة إلى ذلك، هناك إمكانية الوصول الكامل إلى التحليل الميكروبيولوجي التطبيقي للبكتيريا والملوثات الفطرية وكذلك تقنيات تحديد السموم الفطرية.

نحن نقدم:

• برنامج تدريبي شامل وتفاعلي ودولي يغطي الجوانب الأوسع والتفاعل بين علوم الحياة وعلوم البيانات والذكاء الاصطناعي والعلوم الإنسانية والاجتماعية، بالإضافة إلى المهارات القابلة للنقل.
• فريق متحمس من المهنيين للتعاون مع.
• خطة التطوير الوظيفي الشخصي (PDCP) لإعداد الباحثين الشباب لمهنهم المستقبلية
• سيخضع كل DC لتدريب فردي في المعاهد الفردية وفقًا لوصف PCDP.
• حزمة تعويضات جذابة وفقًا للوائح برنامج MSCA-DN لمرشحي الدكتوراه. سيتم تأكيد الراتب الدقيق وسيعتمد على بدل معيشة قدره 3400 يورو شهريًا (عامل التصحيح الذي سيتم تطبيقه لكل بلد) + بدل تنقل قدره 600 يورو شهريًا. بالإضافة إلى ذلك، قد يكون الباحثون مؤهلين أيضًا للحصول على بدل عائلي* قدره 660 يورو شهريًا، اعتمادًا على وضع الأسرة. سيتم تطبيق خصومات المساهمة الضريبية والاجتماعية (بما في ذلك المعاشات التقاعدية) بناءً على اللوائح الوطنية ولوائح الشركة. 

*الأسرة = أن تكون متزوجة/أن تكون على علاقة ذات وضع مساوٍ للزواج المعترف به بموجب تشريعات البلد أو المنطقة التي تم فيها إضفاء الطابع الرسمي/لديها أطفال معالون يعيلهم الباحث.

وصف المؤسسات المضيفة:

سيتم تعيين الطالب في هذا المشروع في  NIZO . NIZO ( https://www.nizo.com/ ) هي شركة رائدة في مجال الأبحاث التعاقدية من أجل تحسين الغذاء والصحة مع أحد مراكز البحث والتطوير الأكثر تقدمًا في العالم. تمتلك نيزو مرافق ومختبرات بحثية حديثة وخبراء من ذوي المهارات العالية وخبرة شاملة في مجال البكتيريا والبروتينات والمعالجة. ينصب تركيز NIZO على تطوير وتطبيق الابتكارات لصناعة الأغذية العالمية والأسواق ذات الصلة. ويشمل ذلك أبحاث الجبن وتطويره وإنتاجه وتطوير البدائل النباتية. بفضل 75 عامًا من الخبرة في مجال الثقافات البادئة وسلامة الأغذية ومراقبة الجودة ومع التقنيات الجديدة الحديثة، بما في ذلك مناهج علم الجينوم، تقدم NIZO أحدث تقنيات الغذاء إلى الحياة. تبحث NIZO باستمرار عن طرق جديدة لتحسين المنتجات الغذائية، وفي نفس الوقت، جودة الحياة. ستكون المؤسسات المانحة للدرجات العلمية للطالب في هذا المشروع هي الجامعة الوطنية وجامعة كابوديستريا في أثينا (NKUA).

WUR ( https://www.wur.nl/en.htm ) هي منظمة تعليمية وبحثية رائدة عالميًا في علوم الحياة تضم أكثر من 10000 طالب (25٪ منهم من الخارج). تشارك WUR من خلال مختبر علم الأحياء الدقيقة الغذائي، FHM ( www.wur.nl/fhm ) ويرأسه البروفيسور MH Zwietering. تهدف FHM إلى فهم سلوك الميكروبات المرتبطة بالغذاء لضمان جودة وسلامة الغذاء. تتراوح مجالات البحث من علم وظائف الأعضاء البيئي إلى تقييم المخاطر وعلم جينوم الكائنات الحية الدقيقة المرتبطة بالغذاء في سلاسل الإمداد الغذائي وجوانب سلامة الأغذية وفساد الأغذية والتخمير. لدى FHM مختبرات ميكروبيولوجية مجهزة بالكامل لأبحاث التخمير وأبحاث سلامة الأغذية.

 وسيشارك قسم الكيمياء (DoC) في NKUA في المشروع. تتمتع DoC بالخبرة والبنية التحتية الحديثة والمرافق المتاحة لإجراء البحوث في مجالات علوم الأغذية وكيمياء الأغذية والكيمياء البيئية وتشخيص المياه. كما أنها تتمتع بخبرة في تنسيق وتنفيذ أنشطة البحث والتطوير، وأنشطة النشر والاستغلال مع أصحاب المصلحة الوطنيين بشكل رئيسي، مثل هيئة الأغذية اليونانية، وشركات الأغذية الخاصة التي تصدر إلى جميع أنحاء العالم. تشمل المرافق الرئيسية لقسم الكيمياء في NKUA أنظمة قياس الطيف الكتلي المتطورة عالية الدقة (LC-TIMS-TOF/MS، LC-QTOF/MS، GC-APCI-QTOF/MS) المستخدمة لتحليل نظام إدارة الموارد البشرية لـ “البصمة” الجزيئية للمواد الغذائية بعد سير عمل الفحص المتقدم المستهدف وغير المستهدف. بالإضافة إلى ذلك، هناك إمكانية الوصول الكامل إلى التحليل الميكروبيولوجي التطبيقي للبكتيريا والملوثات الفطرية وكذلك تقنيات تحديد السموم الفطرية.

المهارات / المؤهلات المطلوبة:

• درجة الماجستير في علم الأحياء الدقيقة الغذائي / علم الأحياء الدقيقة الجزيئي / الكيمياء التحليلية / التكنولوجيا الحيوية / الكيمياء الحيوية / المعلوماتية الحيوية مع تقارب واضح لعلم الأحياء الدقيقة وعلوم البيانات.
• المعرفة والخبرة في العمل في مختبر ميكروبيولوجي أو كيميائي حيوي.
• التقارب مع تحليل البيانات المعقدة وتفسيرها.
• يفضل التقارب مع تحليلات البيانات القائمة على الجينوم.
• مهارات التخطيط والتحليل ممتازة.
• فتح أسلوب التواصل التعاوني مع الاهتمام بالفريق.
• مهارات الكتابة والعرض ممتازة.
• تعتمد على الجودة.
• موقف استباقي مع شعور قوي بالمسؤولية.
• التواصل بطلاقة تحدثا وكتابة باللغة الإنجليزية.

معايير الأهلية :

• أي جنسية
• مرشح الدكتوراه (DC):  يجب ألا يكون المتقدم قد حصل على درجة الدكتوراه.
• قاعدة التنقل:  يجب ألا يكون DC قد أقام أو نفذ نشاطًا رئيسيًا (العمل والدراسات وما إلى ذلك) في بلد المنظمة المضيفة لأكثر من 12 شهرًا* في السنوات الثلاث السابقة مباشرة لتاريخ الاختيار في نفس التعيين منظمة عالمية.

* مستبعد: الإقامات القصيرة مثل العطلات، والخدمات الوطنية الإجبارية مثل الخدمة العسكرية الإلزامية وإجراءات الحصول على صفة اللاجئ بموجب الاتفاقية العامة.

• اللغة:  يجب على المتقدمين إثبات مهارات القراءة والكتابة والتحدث بطلاقة في اللغة الإنجليزية (B2).