Poste de doctorant chez MoKi Analytics pour l’imagerie moléculaire du microbiome dans différentes maladies non transmissibles provoquées par l’inflammation

Nous recherchons un chercheur à un stade précoce (ESR) spécialisé dans l’utilisation de la technique d’imagerie moléculaire par hybridation in situ par fluorescence (FISH) pour élucider le rôle du microbiome dans différentes maladies non transmissibles induites par l’inflammation. Ce projet ESR fait partie du consortium GROWTH, un réseau de formation innovant Marie-Sklodowska Curie (European Industrial Doctorates).

À propos de MoKi Analytics

MoKi Analytics GmbH est une entreprise jeune et innovante, née de la Charité – Hôpital universitaire de Berlin en 2017. Nous proposons des produits haut de gamme et des services d’experts pour la détection de micro-organismes dans des échantillons cliniques. Nous nous concentrons sur des méthodes d’imagerie innovantes à l’interface de la biologie moléculaire, de l’histologie et de la pathologie. Parmi d’autres services dédiés à la recherche de pointe sur le microbiome, MoKi Analytics propose une combinaison unique de la technique microscopique d’hybridation in situ par fluorescence (FISH) avec le séquençage de nouvelle génération (NGS). Les locaux de MoKi Analytics sont affiliés étroitement à l’hôpital universitaire de la Charité (Berlin), mettant l’accent sur l’atmosphère ouverte et collaborative de notre entreprise. L’équipe MoKi Analytics est composée de scientifiques et techniciens médicaux et biologiques.

À PROPOS DE LA CROISSANCE

Le consortium GROWTH, financé par la Commission européenne (2019-2023), est constitué pour former une nouvelle génération de chercheurs travaillant sur de nouvelles perspectives pathologiques, des diagnostics de biomarqueurs et des interventions nutritionnelles personnalisées pour l’insuffisance intestinale chez les nouveau-nés et les prématurés. Des partenaires académiques et industriels, couvrant diverses disciplines allant de la recherche fondamentale à la pédiatrie clinique et à la chimie analytique en passant par les applications organoïdes et intestinales, se sont associés au sein de l’UE:

– DSCN Research BV (Pays-Bas)

– Hôpital universitaire de Bonn (Allemagne)

– Imperial College London (Royaume-Uni)

– Academic Medical Center (Pays-Bas)

– Cherry Biotech (France)

– VU Medical Center (Pays-Bas)

– MoKi Analytics (Allemagne)

GROWTH est un programme européen de doctorat industriel qui exige que les doctorants passent au moins 50% de leur temps (18 mois) dans le secteur non universitaire.

URL du site Web de CROISSANCE: http://www.growth-horizon2020.eu/

À propos du projet ESR

Le doctorant sera inscrit à la Charité – University Hospital Graduate School et supervisé par un superviseur académique et non académique, exposant également le candidat au secteur académique et non académique. Le superviseur académique sera PD Dr. Annette Moter.

L’ESR réalisera des études microscopiques moléculaires pour comprendre le rôle des communautés microbiennes et mycobiotiques dans un contexte spatial. FISH en combinaison avec une amplification d’ARNr 16S et une analyse de séquence (Sanger et NGS) sera utilisé pour analyser les communautés microbiennes dans des échantillons in vitro, des échantillons de modèles in vivo et des échantillons cliniques ex vivo en mettant l’accent sur le tractus gastro-intestinal. Les données préliminaires suggèrent: 1) les anastomoses intestinales sont associées à des communautés microbiennes spécifiques, 2) la visualisation du microbiote et du mycobiota pourrait jouer un rôle clé dans l’interprétation des résultats du NGS. Par conséquent, l’imagerie par FISH en combinaison avec le séquençage doit être établie pour le tractus gastro-intestinal.

COLLABORATEURS DE CE PROJET ESR:

– Academic Medical Center (Amsterdam, Pays-Bas)

– Hôpital universitaire de Bonn (Bonn, Allemagne)

Détachements

Pendant les 36 mois du projet ESR, le candidat aura l’occasion de passer:

– 7 mois à l’hôpital universitaire de Bonn (Bonn, Allemagne) pour générer des données sur le micro- et le mycobiota par microscopie et séquençage NGS dans le tissu anastomotique humain et souris à différents stades de guérison. – 11 mois à l’Academic Medical Center (AMC, Amsterdam, Pays-Bas) pour acquérir des compétences et utiliser des pipelines analytiques de bioinformatique et de calcul de données 16S et ITS ainsi que des analyses de corrélation de tous les résultats générés pendant le projet.