Die Steinmetz-Gruppe am EMBL Heidelberg sucht einen ehrgeizigen Computational Fellow

Die Steinmetz-Gruppe am EMBL Heidelberg sucht einen ehrgeizigen Computational Fellow (Postdoc oder Forschungswissenschaftler, je nach Erfahrungsniveau), der an der Entwicklung neuartiger Computerwerkzeuge interessiert ist, um aufregende groß angelegte Sequenzierungsdatensätze verschiedener zellulärer Modalitäten und biologischer Anwendungen zu erforschen. Wir bieten einzigartige Möglichkeiten, eigene Ideen zu entwickeln, indem wir eine Vielzahl von Datentypen verwenden, die täglich in unserem Labor generiert werden. Unser Interesse konzentriert sich, ist aber nicht beschränkt auf die folgenden Bereiche:

• Integration von Daten aus verschiedenen Einzelzellmodalitäten (Genome, Transkriptome, Phänotypen), um die genetischen Grundlagen komplexer Krankheiten zu verstehen

• Erforschung der Long-Read-Sequenzierung von Genomen und Transkriptomen synthetischer Organismen und Entwicklung von Rechenwerkzeugen zum Verständnis der Struktur und Entwicklung von Genomen

• Entwicklung neuartiger Werkzeuge zur Analyse von Long-Read- und Short-Read-Sequenzdaten mit Isoform-Spezifität komplexer In-vitro- und In-vivo-Krankheitsmodellsysteme

• Analyse von Daten aus groß angelegten Perturb-seq/ TAP -seq- Datensätzen durch die Entwicklung neuartiger Rechenwerkzeuge für kausale Inferenzen und durch die Nutzung der Leistungsfähigkeit von KI/ML

Unser Labor arbeitet mit Modellorganismen und -systemen, darunter Hefe, menschliche Zellen, komplexe 3D-Zellkulturmodelle und Tiermodelle. Wir arbeiten auch mit synthetischen Organismen, wie dem weltweit ersten vollsynthetischen Eukaryoten, Saccharomyces cerevisiae 2.0, der über ein in sein Genom eingebautes genomweites Rekombinationssystem auf Abruf verfügt, um Prinzipien des Genomdesigns in einem evolutionären Kontext zu entdecken. Unser Labor hat sowohl Nasslabor- als auch Computerwissenschaftler und arbeitet in langjährigen Kooperationen mit führenden Computerlabors wie Wolfgang Huber und Oliver Stegle.

Deine Rolle

• Leiten Sie die Computerarbeit in einem Team mit einem oder mehreren erfahrenen experimentellen Postdocs oder Doktoranden

• Enge Zusammenarbeit mit experimentellen Wissenschaftlern

• Verarbeitung und Analyse von Daten aus Hochdurchsatz-Sequenzierungsexperimenten

• Entwicklung, Veröffentlichung und Wartung von Bioinformatik-Software

• Halten Sie sich über die neuesten Methoden der Omics-Datengenerierung, -integration und -analyse auf dem Laufenden. • Entwickeln Sie Rechenwerkzeuge für neuartige experimentelle Techniken und Technologien mit akademischen und industriellen Partnern

• Laufende Arbeiten und Erkenntnisse intern und auf Konferenzen präsentieren

Du hast

Der/die erfolgreiche(n) Kandidat(en) ist/sind hochmotiviert, kreativ und in der Lage, ein wissenschaftliches Projekt in allen Phasen zu leiten, vom experimentellen Design bis zur Erstellung des Manuskripts. Wir suchen gezielt nach unabhängigen Denkern, die in der Lage sind, ein Projekt zu gestalten, indem sie ihre eigenen Ideen entwickeln. Anforderungen:

• Promotion in Informatik, Statistik und/oder Mathematik

• Berufserfahrung in Genetik, synthetischer Biologie oder einem verwandten Gebiet ist zwingend erforderlich.

• Beherrschung von Skriptsprachen, zB R oder Python

• Erfahrung mit Workflow-Management-Systemen (z. B. Snakemake) und High-Performance-Computing-Cluster-Umgebungen (z. B. SLURM )

• Vorkenntnisse in der Analyse von Daten aus Long-Read-Sequenzierungstechnologien sind erwünscht, aber nicht erforderlich

• Hervorragende Kommunikationsfähigkeiten in Englisch

Wenn das nach Ihnen klingt, dann wenden Sie sich bitte per E-Mail ( larsms@embl.de ) an Lars Steinmetz mit Ihrem Lebenslauf und einer kurzen Vorstellung Ihrer Person, Ihrer Forschungsinteressen und Ihrer Motivation, sich unserem Labor anzuschließen.

Warum sich uns anschließen

Das EMBL ist ein integrativer Arbeitgeber mit Chancengleichheit, der attraktive Bedingungen und Leistungen bietet, die einer internationalen Forschungsorganisation mit einem sehr kollegialen und familienfreundlichen Arbeitsumfeld entsprechen. Das Vergütungspaket umfasst ein konkurrenzfähiges Gehalt, ein umfassendes Altersversorgungssystem, medizinische, schulische und andere Sozialleistungen sowie die Verfügbarkeit einer hervorragenden Kinderbetreuungseinrichtung auf dem Campus.

Was Sie sonst noch wissen müssen

Wir sind Europas Flaggschiff-Forschungslabor für Biowissenschaften – eine zwischenstaatliche Organisation, die wissenschaftliche Forschung in Disziplinen wie Molekularbiologie, Physik, Chemie und Informatik durchführt. Wir sind ein internationales, innovatives und interdisziplinäres Labor mit rund 1900 Mitarbeitern aus vielen Nationen, das an sechs Standorten in Heidelberg (Hauptsitz), Barcelona, ​​Hinxton bei Cambridge, Hamburg, Grenoble und Rom tätig ist. Unsere Mission ist es, wichtige Dienstleistungen bei der Ausbildung von Wissenschaftlern, Studenten und Besuchern auf allen Ebenen anzubieten; neue Instrumente und Methoden in den Biowissenschaften zu entwickeln und sich aktiv an Technologietransferaktivitäten zu beteiligen sowie die europäische Biowissenschaftsforschung zu integrieren. Bitte beachten Sie, dass Termine mit befristeten Verträgen je nach den Umständen zum Zeitpunkt der Überprüfung verlängert werden können.