Poste doctoral de 3 ans en bioinformatique : Prédiction d’opérons bactériens dédiés à la dégradation des glycanes chez les Gammaprotéobactéries marines pour la découverte de nouvelles familles CAZyme (Financé par A*Midex)

PROFIL CHERCHEUR :  PhD/ R1 : Chercheur premier cycle                  
DOMAINE(S) ET DISCIPLINES DE RECHERCHE1 : Bioinformatique
DESCRIPTION DE L’EMPLOI / DE L’OFFRE :

Institut/Groupe d’accueil
Le candidat rejoindra le  groupe Glycogénomique , créé par Bernard Henrissat en 1998 et dirigé par Nicolas Terrapon depuis 2019. Le groupe rassemble des bioinformaticiens et des biologistes en laboratoire humide pour maintenir et développer la  base de données Carbohydrate Active EnZymes , alias CAZy [1] . CAZy est la classification de référence mondiale des enzymes impliquées dans l’assemblage et la dégradation des glycanes, grâce à la haute spécificité de ces enzymes mais également à notre implication dans la conservation humaine des données de séquence et de la littérature. La dégradation des glycanes est au cœur de la nutrition humaine et animale, du remodelage des parois fongiques/algues/cellules végétales, de la réutilisation de la biomasse, des interactions hôte-pathogène, etc. À l’ère du séquençage à haut débit, CAZy est ainsi une ressource essentielle pour la fonction fonctionnelle. lisibilité des génomes et métagénomes dans leur utilisation de diverses sources d’énergie. De telles analyses ont alimenté la classification CAZy qui exploite désormais cette grande quantité de données par des approches génomiques comparatives pour participer activement à la découverte de nouvelles enzymes.

[1] Drula E, Garron ML, Dogan S, Lombard V, Henrissat B, Terrapon N. La base de données des enzymes glucidiques actives : fonctions et littérature . Acides nucléiques Res. 7 janvier 2022;50(D1):D571-D577.  PMCID : PMC8728194

Contexte de travail
Un poste de doctorat en bioinformatique est ouvert dans le cadre du projet GOALS, pour Gammaproteobacteria Opérons for polysaccharide utilisation: from Algae to a Larger Scope (récemment financé par Aix-Marseille Université à hauteur de 330k€ sur 2023-2027). L’objectif final de ce projet est de caractériser des protéines de fonction inconnue  pour devenir les membres fondateurs de nouvelles familles d’enzymes à glucides actifs (CAZyme) . Notre objectif est de booster la découverte des familles CAZyme en exploitant des opérons bactériens dédiés à la dégradation des glycanes. Ces opérons, appelés Polysaccharide Utilization Loci (PUL) dans le phylum Bacteroidetes, ont attiré l’attention de la communauté au cours de la dernière décennie, nous conduisant à créer un algorithme de prédiction PUL et une base de données associée ( PULDB ) [2-3], un spin- hors de la base de données/site Web CAZy.

Récemment, plusieurs publications ont rapporté que certaines gammaprotéobactéries, notamment de l’ordre des Altéromonadales (très répandues dans les écosystèmes marins), présentent également des arsenaux d’enzymes opéraniques pour la dégradation des polysaccharides. Il est donc temps de dévoiler la capacité des gammaprotéobactéries marines à utiliser des opérons pour l’utilisation des polysaccharides. Dans le projet GOALS, nous  souhaitons dans un premier temps développer un algorithme de prédiction PUL spécifique aux Gammaprotéobactéries marines, car celles-ci ne présentent pas les mêmes caractéristiques que chez Bacteroidota. Nous souhaitons ensuite mettre en œuvre une stratégie bioinformatique pour identifier des familles de protéines de fonction inconnue et prioriser les meilleurs candidats , car cette analyse devrait aboutir à la commande de gènes synthétiques pour de futures études en laboratoire humide. 

[2] Terrapon, N., Lombard, V., Gilbert, HJ et Henrissat, B.. Prédiction automatique des locus d’utilisation des polysaccharides chez les espèces de Bacteroidetes à partir du microbiote intestinal humain . Bioinformatique 2015, 31(5):647-55.  PMID : 25355788

[3] Terrapon N, Lombard V, Drula É, Lapébie P, Al-Masaudi S, Gilbert HJ, Henrissat B. PULDB : la base de données élargie des locus d’utilisation des polysaccharides . Acides nucléiques Res. 2018, 4;46(D1):D677-D683.  ID PMC : PMC5753385

CE QUE NOUS PROPOSONS :
Le salaire (après déduction des impôts) passera de 1690€ à 1850€, suite à l’augmentation continue des salaires des doctorants par Aix-Marseille Université. 

La base de données CAZy/bioinformatique est une plaque tournante de la communauté depuis des décennies, donc rejoindre notre groupe serait l’opportunité d’être introduit dans un large réseau de collaborateurs, depuis ceux impliqués dans le projet, la collaboration avec la Station Biologique de Roscoff, jusqu’à dans le monde entier lors de conférences dédiées telles que la  conférence biennale Gordon Research et  le Carbohydrate Bioengineering Meeting .

Informations complémentaires : Le Centre Euraxess d’Aix-Marseille Université informe les professeurs, chercheurs, postdoctorants et doctorants étrangers invités sur les démarches administratives à entreprendre avant leur arrivée à AMU et les différentes formalités pratiques à accomplir une fois en France : visas et conditions d’entrée. , assurances, aide à la recherche d’un logement, accompagnement à l’ouverture d’un compte bancaire, etc. Plus d’informations sur  le portail AMU EURAXESS

TYPE DE CONTRAT :  TEMPORAIRE / STATUT DE L’EMPLOI :  TEMPS PLEIN / HEURES PAR SEMAINE :  35
EMPLOI NON FINANCÉ PAR UN PROGRAMME-CADRE DE RECHERCHE DE L’UE 
DATE LIMITE DE CANDIDATURE :  31/07/2024 
DATE DE DÉBUT PRÉVUE : 1/09/2024
DURÉE PRÉVUE : 36 mois

LIEU(S) DE TRAVAIL : Le laboratoire Architecture et Fonctions des Molécules Biologiques ( Laboratoire AFMB ) à Marseille (France) est situé sur le  campus de Luminy, dans le Parc National des Calanques . Elle est affiliée aux instituts d’Aix-Marseille Université ,  du CNRS et  de l’INRAE .

QUALIFICATIONS, NIVEAU DE FORMATION REQUIS, COMPÉTENCES PROFESSIONNELLES, EXIGENCES DE RECHERCHE 
Le candidat doit être titulaire d’un Master en bioinformatique, avec une expérience démontrée dans l’analyse de régions génomiques et de séquences protéiques, et donc une bonne connaissance des formats de fichiers et des outils associés. Le candidat doit démontrer de solides compétences en programmation, notamment en script (Python, R), en Web (PHP, Javascript) et en développement de logiciels (GIT, science reproductible).

SOFT SKILLS :  Autonomie, Organisation, Communication en anglais.

DOCUMENTS DE DEMANDE DE DEMANDE, PROCESSUS DE SÉLECTION : 
Curriculum et lettre de motivation.

OÙ POSTULER :  nicolas.terrapon@univ-amu.fr