Post-doctorat en modélisation de la dynamique de population du maigre

L’Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l’Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. L’institut est placé sous la tutelle du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la mer et du ministre chargé de l’environnement.

L’unité mixte de recherche (UMR) Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD) regroupe des chercheurs, ingénieurs et techniciens de l’Ifremer, de l’Inrae et de l’Institut Agro Rennes-Angers avec des laboratoires à Brest, Lorient, Nantes et Rennes. Les activités de DECOD portent sur l’analyse des processus écologiques et évolutifs à l’œuvre dans les milieux aquatiques et leurs interfaces, de la source à l’océan, sur l’évaluation de l’état des écosystèmes et sur la construction de scénarios pour ces écosystèmes. Pour répondre à ces questions, le Laboratoire Ecologie et Modèle (EMH) acquiert des connaissances sur les écosystèmes marins et les activités anthropiques et met en œuvre des modèles et des approches quantitatives sur la base de données empiriques, dans un contexte d’approche écosystémique des pêches.

Dans le cadre du projet ACOST (Amélioration de la COnnaissance sur des STocks du golfe de Gascogne : Lieu jaune, Maigre, Merlan et Rouget-barbet), ce post doctorat développera un modèle de dynamique de populations pour le maigre en utilisant diverses données.

Missions principales
 

Estimer l’abondance du maigre du golfe de Gascogne par modélisation de données biologiques, halieutiques et génétiques.

Activités principales
 

• Réaliser une étude de simulation en vue de l’utilisation de données génétiques (approche close-kin mark-recapture) pour le maigre du golfe de Gascogne (R packages CKMRpop et CKMRsim)
• Préparation des données de génotypage (SNP) sur la base de critères de qualité
• Identification des individus apparentés (R packages kinference et/ou Colony)
• Développement d’un modèle de dynamique de population en utilisation toutes les données disponible (R package TMB)
• Contribution au reporting du projet ACOST, rédaction de publication(s) et présentation des résultats

Champs relationnel

• En interne : unité HALGO, UMR DECOD
• En externe : partenaires projet ACOST

Formation initiale et expériences professionnelles attendues.

• Doctorat en halieutique, écologie quantitative ou statistique appliquée
  • soutenu au cours des trois dernières années

Compétences mises en œuvre

Compétences techniques / métiers

Savoirs, savoirs faire

• Modélisation statistique appliquée à l’écologie
• Dynamiques de population
• Anglais courant
• Capacités rédactionnelles (articles, rapports)
• Programmation (e.g. R)

Qualités personnelles

Savoir-être

• Autonomie, rigueur, curiosité
• Capacité à travailler en équipe

Conditions de travail

• Temps complet.