Post-Doc en biologie quantitative (Zampieri Lab) – Bâle , Suisse

Le groupe Zampieri offre une opportunité de recherche postdoctorale dans le contexte de la pharmacologie des systèmes, de la biologie computationnelle et de la régulation métabolique. Ces postes seront basés au Département de biomédecine ( https://biomedizin.unibas.ch/en/ ) à Bâle, l’un des principaux sites mondiaux pour les sciences de la vie, qui abrite plusieurs entreprises et institutions. 

La mission du groupe est de comprendre les mécanismes fondamentaux régulant l’adaptation métabolique à court et à long terme aux perturbations génétiques et chimiques afin de trouver de nouvelles stratégies thérapeutiques non conventionnelles, allant des médicaments antibactériens aux médicaments anticancéreux. À cette fin, nous développons de nouvelles façons de combiner les technologies de pointe en métabolomique avec la modélisation mathématique.

Projet
Étudier comment la sensibilité bactérienne aux antibiotiques dépend des états métaboliques et physiologiques des bactéries. Nous recherchons un chercheur post-doctoral très motivé pour étudier comment la sensibilité bactérienne aux antibiotiques dépend des états métaboliques et physiologiques des bactéries (60 % en laboratoire humide et 40 % informatique).

Le candidat aura l’opportunité d’exploiter certaines des méthodes expérimentales et informatiques de pointe, notamment la modélisation cinétique et basée sur les contraintes, l’analyse statistique de grands ensembles de données, la métabolomique à haut débit, la microscopie accélérée, pour étudier comment interférer pharmacologiquement avec mécanismes fondamentaux dans la régulation du métabolisme bactérien. Les ressources disponibles dans le département comprennent une installation pour souris, des installations FACS, informatiques et de microscopie haut de gamme, le centre de formation en sciences de la vie (pour l’expression génique et le profilage du protéome) et bien plus encore.

Vos principales tâches seront :

• Appliquer et développer des approches statistiques et basées sur des modèles pour analyser et interpréter de grands recueils de profils métaboliques des effets de petites molécules sur les bactéries.
• Adaptation des protocoles expérimentaux existants et développement améliorés pour l’analyse métabolomique à haut débit des bactéries perturbées par les médicaments dans différentes conditions de croissance.
• Découvrez le potentiel caché de molécules apparemment inactives pour entraver l’infection bactérienne 
• Déterminer les mécanismes sous-jacents qui lient l’efficacité antibactérienne à l’état métabolique ou physiologique des bactéries.
• Tester leur pertinence dans des conditions environnementales similaires à celles de l’hôte
• Support et préparation de rapports scientifiques et d’articles de revues

Le candidat doit avoir une solide expérience et un intérêt pour les disciplines quantitatives, d’excellentes compétences en matière de travail d’équipe et de communication en anglais. Le candidat aura l’opportunité de développer le projet suivant avec une grande liberté académique et un fort soutien de la part des membres seniors du laboratoire, et en même temps de jouer un rôle actif dans l’élaboration et la création d’un environnement de recherche et de travail inspirant. 

Essentiel:

• Doctorat en (bio)physique, (bio)ingénierie, sciences biologiques, microbiologie, biochimie, biologie des systèmes, biologie moléculaire, bioinformatique/biologie computationnelle ou dans des domaines connexes.
• Expérience dans la conception et la réalisation d’expériences avec des cultures microbiennes en laboratoire 
• Expérience avec le langage de programmation (par exemple Matlab, R ou Python)
• Motivation à travailler dans un environnement de recherche international

Hautement désirable:

•  Expérience pratique des principales méthodes biochimiques et biologiques moléculaires
• Expérience et/ou motivation pour apprendre les approches de biologie des systèmes et les méthodologies à haut débit.
•  Bonnes compétences en communication
•  Intérêt pour la modélisation mathématique des réseaux métaboliques et de régulation/signalisation

Conformément à nos valeurs et à celles d’Unibas ( https://www.unibas.ch/en/Research/Values-Ethics.html ), nous nous engageons à maintenir et à promouvoir une culture inclusive, à garantir l’égalité des chances et à valoriser la diversité et le respect dans notre environnement de travail et d’apprentissage.

• Vous aurez accès à des équipements de recherche de pointe en métabolomique, biologie cellulaire, microscopie time-lapse. 
• Vous travaillerez au sein d’une équipe dynamique et hautement interdisciplinaire comprenant des informaticiens, des expérimentateurs et des cliniciens.
• Vous serez impliqué dans des collaborations interdisciplinaires et bénéficierez d’opportunités de formation pour développer et développer davantage vos intérêts scientifiques.
• Accès à un large consortium d’experts dans différentes disciplines, telles que la chimie, l’ingénierie, les cliniques, la biologie computationnelle et la biologie (micro-/cellulaire/immunitaire-) ( https://www.nccr-antiresist.ch/en/about-us /structure-organisationnelle/chercheurs-principaux ). 
• Possibilité de travailler en contact étroit avec d’autres groupes de recherche fondamentale et clinique du Département de biomédecine et du Biozentrum de Bâle
•  Soutien de membres d’équipe hautement compétents et expérimentés et potentiel pour diriger des projets avec un haut degré de liberté académique

Candidature / Contact

Veuillez envoyer votre candidature via le portail de recrutement de l’Université de Bâle (bouton ci-dessous)  https://www.unibas.ch/fr/Working-at-the-University-of-Basel/Current-Vacancies.html , par soumettre les documents demandés suivants :

A) une lettre de motivation
B) un curriculum vitae complet
C) au moins deux lettres de référence

Références clés :
Ortmayr, K., de la Cruz Moreno, R. & Zampieri, M. Élargir la recherche de petits- molécules antibactériennes par profilage multidimensionnel. Nat Chem Biol 18 , 584-595 (2022)
Anglada-Girotto, M., Handschin, G., Ortmayr, K. et al. Combinaison de CRISPRi et de la métabolomique pour l’annotation fonctionnelle de bibliothèques de composés. Nat Chem Biol 18 , 482-491 (2022)
Zampieri, M., Hörl, M., Hotz, F. et al. Mécanismes de régulation sous-tendant la coordination du catabolisme des acides aminés et du glucose chez Escherichia coli. Nat Commun 10, 3354 (2019)
Øyås O., Borrell S., Trauner A., ​​et al. L’intégration basée sur un modèle de la génomique et de la métabolomique révèle la fonctionnalité SNP chez Mycobacterium tuberculosis. PNAS 117 (2020) 
Campos A. et Zampieri M. Exploration basée sur la métabolomique de l’espace des médicaments chimiques pour prédire les thérapies antimicrobiennes combinées. Cellule moléculaire 74, 1291-1303 (2020)