Poste postdoctoral en génomique bactérienne et évolution – France

Un poste postdoctoral de 2 ans (renouvelable jusqu’à deux années supplémentaires) est disponible dans l’unité « Bactéries Pathogènes Entériques » de l’Institut Pasteur de Paris.

Nous recherchons un chercheur postdoctoral enthousiaste, talentueux et motivé possédant une solide expérience dans l’analyse des génomes bactériens et de grands ensembles de données génomiques afin de mieux comprendre la structure de la population des isolats historiques de Salmonella enterica, Typhi et Paratyphi C, collectés dans le monde entier entre les années 1950 et 1980. Ces bactéries pathogènes sont respectivement les agents responsables de la fièvre typhoïde et de la fièvre paratyphoïde C.

Le candidat retenu travaillera sous la direction du Pr François-Xavier Weill ( https://research.pasteur.fr/fr/member/francois-xavier-weill/ ). L’Enteric Bacterial Pathogens est un laboratoire ayant à la fois des activités de Recherche et de Santé Publique (surveillance en laboratoire national des infections à Salmonella, E. coli productrices de Shigatoxines, Shigella et Vibrio). Nous utilisons des données de séquençage du génome entier pour étudier les structures de la population et l’évolution des bactéries pathogènes entériques épidémiques, émergentes et/ou résistantes aux antimicrobiens (par exemple, Njamkepo et al. Nat Microbiol 2016 ; Weill et al. Science 2017 ; Tran-Dien et al. Lancet Inf Dis 2018 ; Weill et al. Nature 2019 ; Mashe et al. N Engl J Med 2020 ; Oprea et al. Nat Commun 2020 ; Yassine et al. Nat Commun 2022 ; Lefèvre et al. Nat Commun 2023).

This work would involve genomic analyses from several hundred genomes using Illumina (isolates) and MinION (plasmids) sequences and statistical comparison between this genome typing and the 60-y old phage typing scheme. Some basic microbiological laboratory work (bacterial culture, DNA extraction, antimicrobial susceptibility testing,…) might also be required depending on the candidate background. The successful candidate will also be responsible for presenting and publishing the study results.

Le candidat qualifié doit être titulaire d’un doctorat. en bioinformatique, microbiologie, informatique ou dans un domaine connexe avec une expérience et un fort intérêt pour l’évolution microbienne. Le candidat idéal aura déjà une certaine expérience de travail avec de grands ensembles de données génomiques, une expérience des techniques de microbiologie de base et des compétences en communication orale et écrite, comme le démontrent des publications en tant que premier auteur dans des revues à comité de lecture de langue anglaise et des présentations orales lors de réunions internationales. Une expertise préalable en programmation ou en scripting est un plus.

Personne de contact : François-Xavier Weill, fxweill@pasteur.fr