Université de Bordeaux – Doctorat en immunologie

Vous souhaitez vous impliquer dans un projet européen de santé ? Vous recherchez un doctorat financé ?

Rejoignez le laboratoire ImmunoConcept – de l’Université de Bordeaux !

Le chargé de projet européen est responsable de la coordination administrative et financière et de la gestion du projet de recherche HORUS (Casting Light on HOst-cytomegaloviRUs interaction in Solid organ transplantation).

HORUS est financé par la Commission Européenne (Programme Horizon Europe – pôle santé, destination « lutter contre la maladie » et est coordonné par l’Université de Bordeaux (Laboratoire Immunoconcept ; IMMUNOLOGIE du CONCEPT et EXPÉRIENCES à la TRADUCTION). Le chef de projet est placé sous l’autorité hiérarchique. de la chef de projet scientifique, (Hannah Kaminski) avec un lien fonctionnel fort avec les services administratifs et financiers du laboratoire et les services centraux de l’Université de Bordeaux.

Le projet HORUS vise à améliorer notre compréhension de la relation « hôte-virus » entre le cytomégalovirus (CMV) et les receveurs de greffe d’organe solide pour découvrir des signatures intégrant des caractéristiques virales, cliniques et immunologiques associées au contrôle du CMV. L’objectif ultime est de diminuer l’incidence du CMV, de mieux gérer les infections difficiles à traiter, d’éviter le recours à des traitements antiviraux inutiles et de découvrir de nouvelles molécules capables de cibler spécifiquement la réponse immunitaire du CMV sans augmenter le risque de rejet aigu. Ce projet répondra à trois questions non résolues :

1. Comment identifier les interactions hôte-virus qui ont un impact sur l’incidence de l’infection à CMV après une transplantation d’organe solide ?
2. Comment identifier l’interaction hôte-virus associée à un contrôle efficace de l’infection à CMV ?
3. Comment améliorer la prévention et la gestion de l’infection à CMV à l’aide de schémas thérapeutiques immunomodulateurs qui renforcent la réponse immunitaire au CMV ?

Dans ce cadre, nous recherchons un doctorant en immunologie.

Activités principales :

Le projet de doctorat sera un projet de 3 ans basé sur :

• l’analyse par cytométrie en flux des échantillons de patients recrutés dans la cohorte HORUS pour contribuer à l’identification des signatures associées au contrôle du CMV
• étude in vitro et potentiellement, étude in vivo avec un modèle de souris, analysant la réponse des lymphocytes T γδ au CMV à la fois chez des patients présentant une immunité préformée (appelés patients CMV positifs) et chez des patients naïfs (appelés patients CMV négatifs)

1. Évaluation de la fonction des lymphocytes T γδ des patients R+

Nous postulons que les cellules immunitaires des patients CMV positifs qui développent une réactivation du CMV auront un profil plus dysfonctionnel que les patients R+ sans infection à CMV (Kaminski H, JASN 2021). Les cellules T gd dysfonctionnelles et non dysfonctionnelles seront analysées de la même manière après activation avec des cellules infectées par le CMV. La caractérisation fonctionnelle complète des lymphocytes T activés sera réalisée en utilisant la détection intracytoplasmique de l’IFNg, du TNFa, du MIP1b, de l’IL-2 et de l’expression à la surface cellulaire de CD107 et CD40L après stimulation par cytométrie en flux. 

Nous déterminerons quels récepteurs inhibiteurs ou voies métaboliques sont impliqués dans le dysfonctionnement à l’aide d’anticorps bloquants ex vivo, d’inhibiteurs pharmacologiques et de l’inactivation du gène CRISPR-Cas9.

Enfin, nous déchiffrerons le transcriptome complet des cellules T γδ dysfonctionnelles versus fonctionnelles après tri cellulaire par cytométrie et RNASeq en masse.

1. Évaluation des lymphocytes T γδ naïfs répondant au CMV

Les données préliminaires de notre équipe suggèrent l’existence d’un répertoire naturel de cellules T γδ naïves innées répondant au CMV chez les individus sains présentant une sérologie CMV négative (individus CMV négatifs), qui présentent le risque le plus élevé de maladie à CMV après la transplantation. Ces cellules et leur réponse au CMV n’ont pas été étudiées auparavant, bien que la présence de lymphocytes T sensibles au CMV chez des individus CMV négatifs puisse avoir un impact significatif sur la réponse ultérieure et le contrôle de l’infection à CMV après la transplantation.

Les lymphocytes T γδ répondant au CMV seront caractérisés plus en détail au niveau transcriptionnel (RNASeq), phénotypique (récepteurs de type NK, molécules de point de contrôle, cytotoxicité par cytométrie en flux) et fonctionnel (production de cytokines et de chimiokines). Étant donné que les lymphocytes T γδ présentent des propriétés adaptatives et un phénotype effecteur/mémoire lorsqu’ils sont étudiés chez des individus positifs au CMV, nos co-cultures in vitro nous aideront à comprendre la transition d’un répertoire inné polyclonal à un répertoire mono/oligoclonal adaptatif de γδ sensible au CMV. Cellules T.

Parallèlement, une analyse ex vivo des lymphocytes T γδ chez des patients CMV négatifs de la cohorte de patients inclus dans HORUS, souffrant d’une infection à CMV après la transplantation, sera menée à différents moments avant et pendant l’infection, en mettant l’accent sur les aspects transcriptionnels. Les voies candidates impliquées dans l’activation seront bloquées à l’aide d’anticorps ou d’inhibiteurs spécifiques, en mettant l’accent sur celles ciblées par l’immunosuppression actuelle (signalisation TCR, voie mTOR, signalisation des récepteurs de cytokines) afin de comparer la capacité des lymphocytes T naïfs à répondre dans le contexte de l’immunosuppression par rapport aux αβ conventionnels. Cellules T.

Une fois les molécules ou voies impliquées dans les premiers stades de l’activation des lymphocytes T γδ validées in vitro, nous les validerons in vivo en utilisant des souris déficientes pour ces molécules/voies. Des lymphocytes T γδ naïfs provenant de souris knock-out et de souris de type sauvage seront transférés de manière adoptive dans des souris CD3KO pour évaluer leur capacité à protéger les souris CD3KO de la mortalité induite par le CMV.

Un tel vous :

• Développer et utiliser des techniques innovantes nécessaires à la caractérisation de la réponse immunitaire chez l’homme
• Participer à la rédaction d’articles et de critiques originaux produits dans le cadre du projet
• Présenter les résultats lors des réunions d’équipe
• Travail de bibliographie

Les + de ce poste :

• Vous bénéficierez de formations proposées par l’Université (nouvelles techniques, utilisation de logiciels, etc.)
• Vous pourrez développer et mettre à jour vos connaissances sur le projet grâce à une bibliographie régulière
• Vous portez l’art au développement, à l’expérimentation et à la mise en œuvre de techniques innovantes d’analyse fonctionnelle et moléculaire des cellules immunitaires chez l’homme (basées sur la cytométrie en flux, la mesure de l’expression des gènes par PCR, le marquage des tissus, les expériences sur la souris, les techniques biochimiques telles que l’immunoprécipitation Westernblot, ELISA). )
• Rencontre régulière avec le directeur de thèse