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L’Université de la Colombie-Britannique
Classification du poste : Associé de recherche – Laboratoire Wasserman
Groupe d’employés : Faculté (Association non facultaire)
Faculté : Médecine
Département : Génétique médicale
Division : Centre de médecine moléculaire et thérapeutique
État du poste : Temps plein; Subvention financée
Le UBC Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, basé au BC Children’s Hospital Research Institute, abrite une communauté de scientifiques hautement collaboratifs, liés par un engagement commun à utiliser des méthodes moléculaires de pointe pour faire avancer le développement de thérapies contre les maladies humaines. Avec une solide histoire en recherche en neurogénétique et métabolisme, le CMMT offre l’un des meilleurs environnements de recherche au Canada pour la recherche biomédicale interdisciplinaire.
Le laboratoire Wasserman crée et applique des méthodes bioinformatiques pour l’étude du génome humain. Les projets de recherche couvrent le développement de méthodes et d’algorithmes d’apprentissage automatique pour la détection de caractéristiques dans les données génomiques, l’application de méthodes bioinformatiques dans des projets appliqués tels que l’identification de variantes de séquences génétiques provoquant des maladies rares ou la conception de vecteurs de thérapie génique. Les membres du laboratoire possèdent une expertise couvrant des disciplines allant des mathématiques à l’informatique et de la génétique humaine à la biochimie. Le succès du laboratoire dépend fortement des interactions de collaboration, à la fois en interne entre les membres et en externe avec les partenaires de recherche.
RÉGULATION GÉNIQUE
À l’aide de données génomiques modernes telles que ATAC-seq, scRNA-seq ou ChIP-seq, la recherche en laboratoire aborde la question centrale de savoir comment les centaines de types phénotypiquement divers de cellules dans le corps humain peuvent être générées à partir du même ADN sous-jacent séquence. Les travaux actuels du laboratoire comprennent des études sur l’inactivation de l’X, la différenciation des cellules bêta du pancréas, la conception de promoteurs de thérapie génique et la détection d’altérations génétiques dans les sites de liaison des facteurs de transcription.
Le chercheur associé aura plus de 3 ans d’expérience en bioinformatique, idéalement avec une expérience pertinente à l’analyse et au stockage de données confidentielles liées à la génétique. Le candidat idéal aura une expérience dans la mise en œuvre de bases de données (SQL ou MongoDB) et le codage de logiciels en C ++, Java ou Python. On s’attend à ce que cette personne ait démontré des compétences en leadership et en formation, ainsi que la capacité de travailler avec des personnes de perspectives diverses
Le candidat doit avoir démontré son expérience dans la publication des résultats de recherche dans des revues scientifiques, le développement de demandes de financement ( par exemple pour des bourses), la présentation de ses résultats de recherche lors de conférences scientifiques et le travail en équipes scientifiques collaboratives.
PRINCIPALES RESPONSABILITÉS
- Superviser les activités quotidiennes des stagiaires et diriger une partie de l’effort d’un programmeur scientifique
- Superviser le développement de logiciels nécessitant une programmation en Java, C ++ ou Python
- Appliquer un logiciel pour l’analyse des données de transcription monocellulaire et ARN-seq
- Organiser, reformater et analyser les données de régulation des gènes
- Développer des méthodes d’apprentissage automatique pour l’analyse des séquences cis-régulatrices
- Gestion des données et suivi des données NGS
- Contribuer aux rapports trimestriels et annuels liés aux projets de recherche
- Travailler avec l’IP pour s’assurer que tous les jalons scientifiques sont atteints
- Se tenir au courant des progrès scientifiques (par exemple , revue de la littérature pertinente, réunions scientifiques, twitter)
- Présenter les résultats lors de réunions scientifiques locales, nationales et internationales où l’impression peut avoir une influence directe sur le futur financement scientifique
- Rédiger des manuscrits décrivant les résultats
- Aider à l’élaboration de demandes de subventions et de bourses liées à la recherche
- Assurer la supervision et le mentorat des stagiaires en bioinformatique
- Effectuer d’autres tâches connexes.
QUALIFICATIONS
Formation et expérience:
- doctorat diplôme dans une discipline des sciences de la vie ou des sciences quantitatives avec plus de 5 ans d’expérience postdoctorale
- Un minimum de 3+ années d’expérience en bioinformatique avec un accent sur le traitement et l’analyse des données de séquence du génome.
Compétences et aptitudes:
- Connaissance de la bioinformatique, en mettant l’accent sur l’analyse de la séquence du génome et l’annotation des gènes
- Connaissance des outils scientifiques, des technologies et des ressources en ligne pour la prédiction de la relation gène-maladie
- Compétences en programmation Python, Java ou C ++
- Expérience avec l’environnement Linux, les clusters d’ordinateurs, les systèmes de base de données SQL ou MongoDB
- Expérience avec l’apprentissage automatique, comme l’analyse de régression logistique, l’apprentissage profond (en particulier en utilisant les réseaux de neurones à convolution) ou les classificateurs de forrest aléatoires
- Analyse de motifs dans des séquences de biopolymères, comme la prédiction de sites de liaison de facteurs de transcription à l’aide de matrices de poids de position ou de modèles de Markov cachés
- Analyse des données de génomique unicellulaire
- Analyse des données d’épigénétique, d’immunoprécipitation transcriptomique et de chromatine.
- Utilisation d’outils de gestion de projet pour l’interaction scientifique, tels que des wikis ou des référentiels de documents partagés ( g. Git)
- Volonté et enthousiasme pour diriger et travailler en tant que membre d’une équipe
- Créativité, initiative et bon jugement pour le multitâche dans un environnement axé sur les délais
- Compétences efficaces en communication orale et écrite, analytique et interpersonnelle
- Excellentes compétences organisationnelles et capacité à acquérir rapidement de nouvelles compétences
- Enthousiasme pour la recherche hautement interdisciplinaire et dévouement pour explorer les techniques émergentes
- Précision et attention aux détails
COMMENT FAIRE UNE DEMANDE
Veuillez envoyer votre lettre de motivation et votre curriculum vitae à wyeth@cmmt.ubc.ca . En raison du nombre de curriculum vitae que nous recevons, nous ne sommes pas en mesure de confirmer la réception des soumissions par téléphone, ni de fournir le statut des concours, sauf à ceux qui sont sélectionnés pour une entrevue.
L’équité et la diversité sont essentielles à l’excellence académique. Une communauté ouverte et diversifiée favorise l’inclusion de voix sous-représentées ou découragées. Nous encourageons les candidatures de membres de groupes qui ont été marginalisés pour tous les motifs énumérés dans le BC Human Rights Code, y compris le sexe, l’orientation sexuelle, l’identité ou l’expression de genre, la racialisation, le handicap, les convictions politiques, la religion, l’état matrimonial ou familial, l’âge et / ou le statut de Première Nation, de Métis, d’Inuit ou d’Autochtone. Tous les candidats qualifiés sont encouragés à postuler; cependant, les Canadiens et les résidents permanents du Canada auront la priorité.
