Contrat doctoral H/F : Analyse du signal contenu dans les structures 3D des protéines par persistance topologique

France
Posted 10 Monaten ago

Informations sur l’emploi

Organisation/Entreprise
CNRS
Département
Institut Camille Jordan
Domaine de recherche
La physique
Profil de chercheur
Chercheur de première étape (R1)
Pays
France
Date limite d’inscription
Type de contrat
Temporaire
Statut du travail
À temps plein
Heures par semaine
35
Date de début de l’offre
Le poste est-il financé par le programme-cadre de recherche de l’UE ?
Non financé par un programme de l’UE
L’emploi est-il lié au poste du personnel au sein d’une infrastructure de recherche ?
Non

Description de l’offre

Le doctorant retenu travaillera au sein de l’Institut Camille Jordan (UMR5208), laboratoire de mathématiques dirigé par Véronique MAUME-DESCHAMPS (270 personnels), et du laboratoire LBBE (UMR5558), spécialisé en biométrie et biologie évolutive, dirigé par Fabrice VAVRE (216 personnel). Les 2 laboratoires sont situés à Villeurbanne sur le campus La Doua de l’Université Claude Bernard Lyon 1. Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet ANR THERMADAPT et sera encadrée par Philippe MALBOS, responsable scientifique du projet, et Céline Brochier-Armanet du LBBE. .

Sujet de thèse : Analyse du signal contenu dans les structures 3D des protéines par persistance topologique
Cette thèse se situe à l’interface entre la biologie évolutive et la topologie algorithmique. Il vise à optimiser et étendre les méthodes d’analyse de données topologiques, telles que l’homologie persistante, pour étudier les informations contenues dans les structures 3D des protéines. Cette thèse abordera le problème de la construction du complexe simplicial d’une structure protéique 3D à l’aide d’un filtrage topologique prenant en compte les propriétés physico-chimiques des acides aminés et des structures secondaires. Il appliquera également à ce contexte des techniques d’homologie persistante multivariées et pondérées et affinera le calcul de la distance de Wasserstein avec des mesures de probabilité sur les codes-barres des structures 3D, en prenant en compte les mécanismes de substitution au sein des séquences et les modèles d’évolution des séquences protéiques.

Exigences

Domaine de recherche
La physique
niveau d’éducation
Doctorat ou équivalent
Langues
FRANÇAIS
Niveau
Basique
Domaine de recherche
La physique
Années d’expérience en recherche
Aucun

Informations Complémentaires

Site Web pour plus de détails sur le travail

Lieu(x) de travail

Nombre d’offres disponibles
1
Entreprise/Institut
Institut Camille Jordan
Pays
France
Ville
VILLEURBANNE

Contact

Ville
VILLEURBANNE
Site web

Job Features

Job CategoryDoctorat

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