Contrat doctoral H/F : Analyse du signal contenu dans les structures 3D des protéines par persistance topologique

Le doctorant retenu travaillera au sein de l’Institut Camille Jordan (UMR5208), laboratoire de mathématiques dirigé par Véronique MAUME-DESCHAMPS (270 personnels), et du laboratoire LBBE (UMR5558), spécialisé en biométrie et biologie évolutive, dirigé par Fabrice VAVRE (216 personnel). Les 2 laboratoires sont situés à Villeurbanne sur le campus La Doua de l’Université Claude Bernard Lyon 1. Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet ANR THERMADAPT et sera encadrée par Philippe MALBOS, responsable scientifique du projet, et Céline Brochier-Armanet du LBBE. .

Sujet de thèse : Analyse du signal contenu dans les structures 3D des protéines par persistance topologique
Cette thèse se situe à l’interface entre la biologie évolutive et la topologie algorithmique. Il vise à optimiser et étendre les méthodes d’analyse de données topologiques, telles que l’homologie persistante, pour étudier les informations contenues dans les structures 3D des protéines. Cette thèse abordera le problème de la construction du complexe simplicial d’une structure protéique 3D à l’aide d’un filtrage topologique prenant en compte les propriétés physico-chimiques des acides aminés et des structures secondaires. Il appliquera également à ce contexte des techniques d’homologie persistante multivariées et pondérées et affinera le calcul de la distance de Wasserstein avec des mesures de probabilité sur les codes-barres des structures 3D, en prenant en compte les mécanismes de substitution au sein des séquences et les modèles d’évolution des séquences protéiques.