MSCA – Doctorant (DC2) – Bourse de doctorat en génomique de la fermentation alimentaire à base de plantes

Titre : DC2, bourse de doctorat en génomique de la fermentation alimentaire à base de plantes.
Profil chercheur : Doctorant.
Domaine de recherche : Microbiologie alimentaire, Fermentation, Génomique.
Type de contrat : Temporaire.
Statut d’emploi : Temps plein.
Durée : 36 mois.
Date limite de candidature : 15/05/2024 23:59 – Europe/Bruxelles.
Date de début de poste envisagée : septembre 2024.
Comment postuler : soumettez votre formulaire de candidature via le site FAIRomics.

Veuillez noter que ce poste de doctorat mènera à l’obtention d’un  double diplôme  de  l’Université et de la recherche de Wageningen  aux Pays-Bas et de l’  Université nationale et capodistrienne d’Athènes en Grèce. 

Description du projet:

L’initiative FAIROmics, un programme de recherche interdisciplinaire, rassemblera des universités, des centres de recherche et des entreprises privées pour permettre la FAIRification de l’interopérabilité des données et des bases de données omiques et développer des graphiques de connaissances pour une prise de décision basée sur les données afin de concevoir rationnellement des communautés microbiennes pour conférer les caractéristiques souhaitables aux plantes. à base d’aliments fermentés dans le contexte de la science ouverte et de sa réglementation. Le programme de formation FAIROmics vise à développer les compétences des doctorants à l’interface entre l’intelligence artificielle, les sciences de la vie, les sciences humaines et sociales.

Contexte scientifique :

Les alternatives végétales aux produits laitiers et à la viande ont gagné en popularité ces dernières années pour diverses raisons, notamment la durabilité et les bienfaits pour la santé, ainsi que les tendances de style de vie et les restrictions alimentaires. Cependant, les produits alimentaires à base de plantes peuvent être déséquilibrés sur le plan nutritionnel et leurs profils aromatiques peuvent limiter leur acceptation par les consommateurs. Les micro-organismes sont utilisés dans la fabrication de produits alimentaires depuis des millénaires. Cependant, la diversité des communautés microbiennes à l’origine des fermentations végétales, ainsi que leurs principales caractéristiques génétiques et phénotypiques ainsi que les synergies potentielles entre les membres de la communauté, restent mal caractérisées. De nombreuses données existent, mais elles sont réparties dans différentes littératures (scientifiques et grises) ou, dans le meilleur des cas, dans différentes bases de données. Cependant, elles ne sont pas toujours réutilisables car difficiles à trouver et à accéder et parce que les bases de données ne sont pas systématiquement interopérables.

Objectifs:

Nous recherchons un candidat au doctorat (DC) pour rejoindre notre projet sur plusieurs sites en Europe avec une maîtrise en  microbiologie alimentaire/microbiologie moléculaire/chimie analytique/biotechnologie/biochimie/bioinformatique  qui s’intéresse à  de nouveaux concepts pour développer des plantes innovantes et sûres. à base d’aliments fermentés basés sur l’extraction du génome de bactéries starter.

L’objectif principal de ce projet de recherche est de concevoir de manière rationnelle des cultures bactériennes mixtes pour fermenter des ingrédients à base de protéines végétales avec des résultats souhaitables. Cela sera basé sur des prédictions dérivées des ensembles de données disponibles sur des souches individuelles de bactéries lactiques (LAB) (avec des génomes séquencés disponibles) et des résultats de fermentation favorables lors de la croissance sur différents substrats végétaux. Les capacités de contrainte pertinentes pour la conservation et la sécurité des produits à base de plantes seront déterminées. La performance des cultures mixtes pour fermenter des ingrédients à base de protéines végétales en ce qui concerne la formation de composés aromatiques favorables, l’élimination des contaminants chimiques indésirables (par exemple les mauvais arômes, les mycotoxines) et la formation d’acides et l’effet de conservation (supprimant la croissance des spoilers et des agents pathogènes) sera vérifié. L’association des propriétés fonctionnelles des souches et des traits génomiques avec les résultats de la fermentation soutiendra la conception de nouveaux aliments fermentés.

Le projet devrait générer un modèle permettant de prédire les résultats de différentes fermentations à base de protéines végétales utilisant des cultures mixtes de bactéries lactiques en ce qui concerne la formation d’arômes, l’élimination des composés indésirables et la capacité de conservation. Cela permet d’orienter les résultats de fermentation pertinents en fonction des fonctions génétiques clés et de la capacité fermentaire des souches LAB sur différents substrats végétaux.

Localisation et détachements prévus :

Université Nationale et Kapodistrienne d’Athènes , 8 mois : analyses métabolomique des métabolites dans les matrices végétales lors de la fermentation.
Université de Reading , 3 mois : évaluation physiologique de l’expression des gènes clés chez certaines bactéries lactiques.

Inscription au doctorat :

Organisme délivrant le 1er diplôme : Université de Wageningen, Wageningen, Pays-Bas,  https://www.wur.nl/en/wageningen-university.htm

Organisme délivrant le 2e degré : Université nationale et capodistrienne d’Athènes, Grèce,  https://en.uoa.gr/

Équipe de superviseurs :

L’équipe de supervision du NIZO est composée du Dr Marjon Wells-Bennik , du Dr Herwig Bachmann et du Dr Eric Hester . La supervision de l’Université et de la Recherche de Wageningen est assurée par le professeur Marcel Zwietering. La supervision à la NKUA est assurée par la professeure adjointe Marilena Dasenaki et le professeur agrégé Vasilis Valdramidis. À l’UREAD, le professeur agrégé Kimon-Andreas Karatzas sera le superviseur.

Au sein de  NIZO , des connaissances complètes sont disponibles sur les caractéristiques de fermentation des souches de culture starter lorsqu’elles sont cultivées sur des substrats laitiers et végétaux en relation avec le développement de la saveur et le contrôle de la sécurité et de la qualité des aliments. Le superviseur principal est le scientifique principal,  le Dr Marjon Wells-Bennik . Elle possède une formation en microbiologie alimentaire (y compris une expertise en génomique fonctionnelle) et est scientifique invitée à l’Université de Wageningen. Elle a initié divers projets de consortium avec de multiples acteurs académiques et industriels, dont un récent projet sur les « Contaminants microbiens dans les ingrédients protéiques d’origine végétale ». Depuis 2002, elle a encadré 8 doctorants ; 2 sont en cours et 6 ont obtenu leur diplôme. Elle a publié plus de 70 articles de recherche et déposé deux brevets. Elle peut transférer des connaissances fondamentales vers une recherche plus appliquée. Les co-superviseurs de NIZO sont  le Dr Herwig Bachmann  (expertise approfondie en matière de fermentation, de produits laitiers et de technologies alternatives aux produits laitiers) et  le Dr Eric Hester  (bioinformaticien principal/scientifique des données).

À  l’Université et recherche de Wageningen (WUR),  la supervision sera assurée par le professeur  Dr. MH Zwietering  , chef du groupe de microbiologie alimentaire (FHM) et possédant une formation en modélisation. Son groupe étudie les aspects de la sécurité alimentaire, de la détérioration et de la fermentation des aliments.

À l’  Université Kapodistrian d’Athènes (Département de chimie) , la supervision est assurée par le professeur agrégé Dr Vasilis Valdramidis  et la professeure adjointe Dr Marilena Dasenaki. Le Dr Valdramidis est titulaire d’un doctorat. diplôme en génie chimique de l’Université catholique de Louvain, Belgique et diplôme primaire en agriculture (sciences et technologies alimentaires) de l’Université Aristote de Thessalonique (Grèce). Il a publié une centaine de manuscrits dans des revues à comité de lecture et des chapitres de livres. Il a encadré huit chercheurs postdoctoraux et plus de 10 doctorats (en tant que directeur principal ou co-directeur). Les recherches du Dr Dasenaki se concentrent sur l’étude de la métabolomique alimentaire à l’aide de techniques de spectrométrie de masse de pointe et d’outils chimiométriques avancés, et elle a publié plus de 45 articles évalués par des pairs et quatre chapitres de livres.

À l’  Université de Reading (UREAD) , la supervision est assurée par le professeur agrégé  Dr Kimon AG Karatzas . Il dirige le groupe de microbiologie alimentaire du Département des sciences de l’alimentation et de la nutrition de l’Université de Reading. Ses productions scientifiques comprennent plus de 55 articles dans des revues à fort impact, un brevet international et divers chapitres de livres. Actuellement, son groupe comprend 6 doctorants, et auparavant, il a supervisé avec succès 9 doctorants en tant que chercheur principal et 12 en tant que co-chercheur principal et neuf chercheurs postdoctoraux et scientifiques invités. Il possède une longue expérience en physiologie microbienne du stress et en biologie moléculaire et plus de 22 ans d’expérience dans les fermentations alimentaires.

L’étudiant bénéficiera des connaissances acquises dans le domaine de ce projet et sera encadré par du personnel expérimenté dans le domaine de la microbiologie alimentaire, de la fermentation et de la bioinformatique au NIZO et au WUR. De plus, l’étudiant bénéficiera grandement des capacités d’analyse chimique et de modélisation prédictive de NKUA et de l’accès à l’expertise en biologie moléculaire de l’UREAD. De plus, une collaboration sera mise en place sur l’exploration de données sémantiques au début du projet et sur l’utilisation de l’intelligence artificielle pour former et améliorer les modèles permettant de prédire rationnellement les résultats favorables de la fermentation.

Description des institutions d’accueil :

L’étudiant de ce projet sera nommé à  NIZO . NIZO ( https://www.nizo.com/ ) est une entreprise leader dans la recherche sous contrat pour une meilleure alimentation et une meilleure santé avec l’un des centres de R&D les plus avancés au monde. NIZO dispose d’installations et de laboratoires de recherche de pointe, d’experts hautement qualifiés et d’une expertise complète sur les bactéries, les protéines et leur transformation. NIZO se concentre sur le développement et l’application d’innovations pour l’industrie alimentaire mondiale et les marchés connexes. Cela comprend la recherche, le développement et la production de fromages, ainsi que le développement d’alternatives à base de plantes. Avec 75 ans d’expérience dans les cultures starter, la sécurité alimentaire et le contrôle qualité et avec les nouvelles technologies les plus récentes, y compris les approches génomiques, NIZO donne vie aux dernières technologies alimentaires. NIZO est continuellement à la recherche de nouvelles façons d’améliorer les produits alimentaires et, en même temps, la qualité de vie. Les établissements délivrant des diplômes à l’étudiant participant à ce projet seront l’Université nationale et capodistrienne d’Athènes (NKUA).

WUR ( https://www.wur.nl/en.htm ) est une organisation d’enseignement et de recherche de premier plan au niveau international dans le domaine des sciences de la vie, comptant plus de 10 000 étudiants (dont 25 % étrangers). WUR participe à travers le laboratoire de microbiologie alimentaire, FHM ( www.wur.nl/fhm ) et est dirigé par le professeur MH Zwietering. FHM vise à comprendre le comportement des microbes associés aux aliments pour garantir la qualité et la sécurité des aliments. Les domaines de recherche vont de l’écophysiologie à l’évaluation des risques et à la génomique des micro-organismes associés aux aliments dans les chaînes d’approvisionnement alimentaire et les aspects de la sécurité alimentaire, de la détérioration et de la fermentation des aliments sont étudiés. FHM dispose de laboratoires microbiologiques entièrement équipés pour la recherche sur la fermentation et pour la recherche sur la sécurité alimentaire.

Le Département de chimie (DoC) de la NKUA  sera impliqué dans le projet. DoC dispose d’une expertise, d’infrastructures et d’installations de pointe pour effectuer des recherches dans les domaines de la science alimentaire, de la chimie alimentaire, de la chimie environnementale et du diagnostic de l’eau. Il possède également une expertise dans la coordination et la mise en œuvre d’activités de recherche et de développement, de diffusion et d’exploitation avec des parties prenantes principalement nationales, par exemple l’Autorité alimentaire hellénique et des entreprises alimentaires privées qui exportent dans le monde entier. Les principales installations du Département de chimie de NKUA comprennent des systèmes de spectrométrie de masse haute résolution de pointe (LC-TIMS-TOF/MS, LC-QTOF/MS, GC-APCI-QTOF/MS) utilisés pour l’analyse HRMS du « empreinte digitale » moléculaire d’un produit alimentaire suite à des flux de travail avancés de criblage de cibles et de non-cibles. De plus, il existe un accès complet à l’analyse microbiologique appliquée des bactéries et des contaminants fongiques ainsi qu’aux techniques d’identification des mycotoxines.

Nous offrons:

• Un programme de formation complet, interactif et international couvrant les aspects plus larges et l’interface entre les sciences de la vie, la science des données, l’intelligence artificielle et les sciences humaines et sociales, ainsi que les compétences transférables.
• Une équipe enthousiaste de professionnels avec qui coopérer.
• Plan Personnel de Développement de Carrière (PDCP) pour préparer les jeunes chercheurs à leur future carrière
• Chaque DC suivra une formation individuelle dans des instituts individuels selon la description du PCDP.
• Une rémunération attractive et conforme au règlement du programme MSCA-DN pour les doctorants. Le salaire exact sera confirmé et sera basé sur une allocation de subsistance de 3400€/mois (facteur de correction à appliquer par pays) + allocation de mobilité de 600€/mois. Par ailleurs, les chercheurs peuvent également bénéficier d’une allocation familiale* de 660€/mois, selon leur situation familiale. Des déductions fiscales et sociales (y compris les pensions) basées sur les réglementations nationales et celles de l’entreprise s’appliqueront.

*famille = être marié/être dans une relation de statut équivalent à un mariage reconnu par la législation du pays ou de la région où il a été formalisé/avoir des enfants à charge qui sont entretenus par le chercheur.

Description des institutions d’accueil :

L’étudiant de ce projet sera nommé à  NIZO . NIZO ( https://www.nizo.com/ ) est une entreprise leader dans la recherche sous contrat pour une meilleure alimentation et une meilleure santé avec l’un des centres de R&D les plus avancés au monde. NIZO dispose d’installations et de laboratoires de recherche de pointe, d’experts hautement qualifiés et d’une expertise complète sur les bactéries, les protéines et leur transformation. NIZO se concentre sur le développement et l’application d’innovations pour l’industrie alimentaire mondiale et les marchés connexes. Cela comprend la recherche, le développement et la production de fromages, ainsi que le développement d’alternatives à base de plantes. Avec 75 ans d’expérience dans les cultures starter, la sécurité alimentaire et le contrôle qualité et avec les nouvelles technologies les plus récentes, y compris les approches génomiques, NIZO donne vie aux dernières technologies alimentaires. NIZO est continuellement à la recherche de nouvelles façons d’améliorer les produits alimentaires et, en même temps, la qualité de vie. Les établissements délivrant des diplômes à l’étudiant participant à ce projet seront l’Université nationale et capodistrienne d’Athènes (NKUA).

WUR ( https://www.wur.nl/en.htm ) est une organisation d’enseignement et de recherche de premier plan au niveau international dans le domaine des sciences de la vie, comptant plus de 10 000 étudiants (dont 25 % étrangers). WUR participe à travers le laboratoire de microbiologie alimentaire, FHM ( www.wur.nl/fhm ) et est dirigé par le professeur MH Zwietering. FHM vise à comprendre le comportement des microbes associés aux aliments pour garantir la qualité et la sécurité des aliments. Les domaines de recherche vont de l’écophysiologie à l’évaluation des risques et à la génomique des micro-organismes associés aux aliments dans les chaînes d’approvisionnement alimentaire et les aspects de la sécurité alimentaire, de la détérioration et de la fermentation des aliments sont étudiés. FHM dispose de laboratoires microbiologiques entièrement équipés pour la recherche sur la fermentation et pour la recherche sur la sécurité alimentaire.

Le Département de chimie (DoC) de la NKUA  sera impliqué dans le projet. DoC dispose d’une expertise, d’infrastructures et d’installations de pointe pour effectuer des recherches dans les domaines de la science alimentaire, de la chimie alimentaire, de la chimie environnementale et du diagnostic de l’eau. Il possède également une expertise dans la coordination et la mise en œuvre d’activités de recherche et de développement, de diffusion et d’exploitation avec des parties prenantes principalement nationales, par exemple l’Autorité alimentaire hellénique et des entreprises alimentaires privées qui exportent dans le monde entier. Les principales installations du Département de chimie de NKUA comprennent des systèmes de spectrométrie de masse haute résolution de pointe (LC-TIMS-TOF/MS, LC-QTOF/MS, GC-APCI-QTOF/MS) utilisés pour l’analyse HRMS du « empreinte digitale » moléculaire d’un produit alimentaire suite à des flux de travail avancés de criblage de cibles et de non-cibles. De plus, il existe un accès complet à l’analyse microbiologique appliquée des bactéries et des contaminants fongiques ainsi qu’aux techniques d’identification des mycotoxines.

Compétences/qualifications requises :

• Master en microbiologie alimentaire / microbiologie moléculaire / chimie analytique / biotechnologie / biochimie / bioinformatique avec une affinité démontrable pour la microbiologie et la science des données.
• Connaissance et expérience de travail dans un laboratoire microbiologique ou biochimique.
• Affinité avec l’analyse et l’interprétation de données complexes.
• L’affinité avec les analyses de données basées sur le génome est favorisée.
• Excellentes compétences en planification et en analyse.
• Style de communication collaboratif ouvert avec une attention portée à l’équipe.
• Excellentes compétences en rédaction et en présentation.
• Axé sur la qualité.
• Attitude proactive avec un fort sens des responsabilités.
• Communication parlée et écrite courante en anglais.

Critères d’éligibilité :

• N’importe quelle nationalité
• Candidat au doctorat (DC) :  Le candidat ne doit pas avoir obtenu de doctorat.
• Règle de mobilité :  Le DC ne doit pas avoir résidé ou exercé une activité principale (travail, études, etc.) dans le pays de son organisation d’accueil pendant plus de 12 mois* au cours des trois années précédant immédiatement la date de sélection dans le même organisme de nomination. organisation internationale.

* EXCLUS : les courts séjours tels que les vacances, les services nationaux obligatoires tels que le service militaire obligatoire et les procédures d’obtention du statut de réfugié au titre de la Convention générale.

• Langue :  les candidats doivent démontrer des capacités de lecture, d’écriture et d’expression orale courantes en anglais (B2).