Mutations somatiques et fibrogenèse pulmonaire dans un modèle de rayonnement ionisant (SomaFibRad)

La fibrose pulmonaire (FP) est une maladie pulmonaire chronique dans laquelle le tissu pulmonaire se cicatrise au fil du temps en réponse à des microblessures conduisant à un remodelage pulmonaire progressif, à des changements importants dans l’architecture pulmonaire et à la destruction des échanges gazeux alvéolaires. Cette condition conduit finalement à une insuffisance respiratoire progressive créant une condition hypoxique et finalement à la mort dans les 2 à 5 ans suivant le diagnostic chez un patient atteint de fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) , l’une des maladies les plus fréquentes chez les FP. Alors que la fibrose pulmonaire peut être idiopathique ou déclenchée par divers facteurs, comme les maladies auto-immunes, l’exposition à des toxines environnementales, la guerre chimique ou les radiations,  l’ interaction entre l’instabilité du génome, les mutations somatiques et leur impact sur l’intégrité du tissu pulmonaire et la progression de la fibrose reste un domaine de recherche sous-exploré . L’originalité du projet proposé réside dans l’utilisation combinée d’un modèle ex vivo  original , l’application de technologies de pointe pour évaluer l’effet des radiations sur la signature transcriptomique cellulaire mais aussi la validation de cette signature mutationnelle dans une cohorte réelle en collaboration avec des experts de renommée internationale dans le domaine de la fibrose pulmonaire, de la transcriptomique et de la génétique. En intégrant l’analyse génomique et l’analyse transcriptomique, nous visons à établir le lien entre l’hypoxie, le vieillissement et les mutations somatiques induites par les radiations et le développement de la fibrose pulmonaire. Cette approche intégrée fournira une compréhension globale des altérations génomiques associées à la fibrose induite par les radiations, facilitant l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques et de stratégies de traitement personnalisées pour les patients touchés par cette pathologie.

La personne recrutée effectuera sa thèse au sein de l’unité ISTCT ( www.istct.cyceron.fr ) sous la direction du Dr Aurelien Justet, professeur associé au département de pneumologie du CHU de Caen et professeur adjoint au département de pneumologie et de soins intensifs de l’université de Yale et du Pr Emmanuel Bergot, (chef du département de pneumologie du CHU de Caen). L’ISTCT concentre ses recherches sur l’hypoxie et la physiopathologie tumorale associée. L’équipe a de fortes interactions avec la plateforme d’imagerie CYCERON (hébergeant des irradiateurs à rayons X) et maîtrise des technologies telles que la biologie cellulaire et moléculaire, la physiologie, l’hypoxie et l’imagerie et l’irradiation in vivo intégrées qui sont bien adaptées à ce projet. Toutes les expériences omiques seront menées à proximité de notre laboratoire, dans la plateforme OMIC (InnovaSeq, Université de Caen/CHU Caen). 

Le succès de ce projet repose sur une collaboration internationale active impliquant plusieurs partenaires en France et aux États-Unis, dont Naftali Kaminski, leader reconnu et pionnier dans la mise en œuvre de technologies de profilage « omiques » à haut débit et d’approches de biologie des systèmes pour mieux comprendre la fibrose pulmonaire.

Des déplacements aux États-Unis seront nécessaires. Des horaires décalés et des week-ends seront nécessaires de temps à autre, en fonction des contraintes expérimentales.