Docteur en philosophie en écologie marine – Identification des holobiontes macrophytes par métabarcoding ADN environnemental : importance dans la biosurveillance et la gestion des écosystèmes (HOLOMACRO)- Sète , France

Référence : PV-2024-1430/2
Département/Bureau :
Durée en mois :36
Date de début :
Date limite de dépôt des candidatures :15/04/2024

Domaines généraux de responsabilité

Le Laboratoire des ressources environnementales de Sète (LERLR) et le Laboratoire d’adaptation et d’adaptabilité des animaux et des systèmes (L3AS) de l’Ifremer font partie de l’Unité Mixte de Recherche MARine Biodiversité, Exploitation et Conservation (MARBEC) (https://umr-marbec.fr/fr /), dont les tutelles sont l’Institut national de recherche pour le développement durable (IRD), l’Ifremer, l’Université de Montpellier et le Centre national de la recherche scientifique (CNRS). MARBEC est l’un des plus grands laboratoires travaillant sur la biodiversité marine et ses usages en France avec environ 230 agents, dont 80 chercheurs, maîtres de conférences et professeurs. L’unité est implantée à Sète, Montpellier et Palavas-les-Flots, ainsi que dans l’Océan Indien, en Asie, en Afrique et en Amérique du Sud. MARBEC étudie la biodiversité marine des écosystèmes lagonaires, côtiers et offshore, principalement méditerranéens et tropicaux. Parmi les nombreux projets de recherche en cours, MARBEC mène notamment des projets de recherche sur la répartition des habitats et leurs rôles fonctionnels face aux changements globaux à l’aide d’outils innovants complémentaires.

Résumé

Les lagons méditerranéens sont désormais soumis à de multiples pressions anthropiques locales et globales. Cela se traduit par une modification de la structure de l’écosystème, de son fonctionnement et des services fournis. Comprendre la réponse future des communautés biologiques lagonaires est donc d’un intérêt majeur pour définir des actions de conservation efficaces pour préserver ou restaurer ces écosystèmes. Le métabarcoding est aujourd’hui utilisé comme outil intégratif pour caractériser la biodiversité à partir de l’ADN environnemental (eDNA). Cet outil, couramment utilisé en milieu marin, n’a pas encore été développé pour les macrophytes alors qu’ils jouent un rôle essentiel dans la formation des habitats pour de nombreuses espèces. Ce projet de thèse vise à développer des méthodes basées sur l’eDNA pour évaluer la diversité des macrophytes et leur microbiome, indicateur potentiel de l’état de santé de l’hôte. Plus spécifiquement, le projet se concentrera sur (i) l’évaluation de l’efficacité des outils moléculaires pour identifier les macrophytes, (ii) la caractérisation du microbiome associé à l’état de santé des macrophytes, et (iii) l’optimisation de la stratégie d’échantillonnage in situ et des outils de capture d’ADNe pour les holobiontes macrophytes. en milieu marin. Basé sur des approches expérimentales et in situ , le développement de ces méthodes pourra permettre d’anticiper les changements de régime de ces écosystèmes et contribuer à la mise en œuvre de mesures de gestion préventive.

Mots clés

Holobionte macrophyte, ADN environnemental, métabarcoding, bioinformatique, biosurveillance, lagons méditerranéens

Connaissances, compétences et caractéristiques requises

• Master en recherche.
• Vous disposerez d’une solide expérience en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR, Sanger et séquençage à haut débit) et en analyse de données (bioinformatique, R).
• Vous serez au courant des précautions de laboratoire.
• De bonnes connaissances en phylogénie et/ou en écologie marine/aquatique seraient un avantage.
• Très motivé par le projet de recherche de thèse, rigoureux, dévoué et autonome.
• Maîtrise de l’anglais.
• Capacité et attrait pour la lecture, l’analyse et la synthèse de publications et de résultats scientifiques, la rédaction et les présentations orales.
• Capacité à discuter et interagir avec des collaborateurs internes ou externes à l’Ifremer et au MARBEC.

Conditions de travail spécifiques

Modalités d’exercices :

• À temps plein
• Embarquement pour la journée
• Possibilité de travailler en dehors des jours ouvrables en fonction des missions de prélèvement
• Travaux de laboratoire
• Analyses de données

La thèse est une véritable opportunité de travailler sur les thématiques scientifiques et technologiques prioritaires de l’Ifremer. Elle donne droit à un salaire mensuel brut de 2300 euros brut pour une durée de 3 ans , non cumulable avec d’autres bourses. 

Comment postuler pour ce poste

Votre dossier de candidature doit comprendre :

• un curriculum vitae 
• une lettre de motivation
• une lettre de référence
• un relevé de notes académique (Bachelor + Master 1 et premier semestre Master 2)

Votre candidature doit être compilée en 2  fichiers PDF  , jusqu’à 3 Mo pour chaque fichier.

La date limite de candidature est le 15 avril 2024. Néanmoins, nous vous invitons vivement à nous faire part au plus tôt de votre intention de postuler, en contactant les trois encadrants de matière : Angélique Gobet ( angelique.gobet@ifremer.fr ), Vincent Ouisse ( vincent.ouisse@ifremer.fr ) et Yannick Gueguen ( yannick.gueguen@ifremer.fr ).

En parallèle, merci de déposer votre candidature à l’école doctorale : ED 584 GAIA (Univ. Montpellier)

Les contrats des doctorants débuteront à compter du 1er octobre 2024, sous réserve du dépôt des documents administratifs autorisant l’Ifremer à recruter le doctorant (attestation de fin de Master 2 ou diplôme d’ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors UE).

L’Institut et le service de recrutement

Pionnier des sciences océaniques, la recherche de pointe de l’IFREMER s’inscrit dans le développement durable et la science ouverte. Notre vision est de faire progresser la science, l’expertise et l’innovation pour :

– Protéger et restaurer l’océan

– Utiliser durablement les ressources marines au profit de la société

– Créer et partager des données, des informations et des connaissances sur les océans.

Avec plus de 1 500 personnels répartis le long des côtes françaises sur plus de 20 sites, l’Institut explore les 3 grands océans : les océans Indien, Atlantique et Pacifique. Leader dans les sciences océaniques, l’IFREMER gère la flotte océanographique française et ses scientifiques dévoués créent des technologies révolutionnaires pour repousser les limites de l’exploration et de la connaissance des océans, des abysses à l’interface atmosphère-océan.

Bien implantés dans la communauté scientifique internationale, nos scientifiques, ingénieurs et techniciens ont à cœur de faire progresser les connaissances sur les dernières frontières inexplorées de notre planète. Ils fournissent la science dont nous avons besoin pour une prise de décision éclairée et des politiques publiques et transfèrent ces connaissances et technologies aux entreprises pour répondre aux besoins publics et privés. Notre mission consiste également à renforcer la sensibilisation du public à l’importance de comprendre l’océan et ses ressources, et à responsabiliser les générations futures de dirigeants par le biais de campagnes nationales d’éducation et de sensibilisation.

Créé en 1984, l’IFREMER est un établissement public français et son budget avoisine les 240 millions d’euros. Il opère sous la tutelle conjointe du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, du ministère de la Mer, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.

Comment postuler pour ce poste

Date limite de candidature : 15/04/2024

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