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Salaire pour ce poste:
Compétitif avec avantages sociaux, sous réserve de compétences et d’expérience
Boursier de formation postdoctorale – Laboratoire Bauer
Date et heure de clôture:
14 mai 2021 à 23 h 59 Se
rapporte à:
David LV Bauer, chef de groupe Conditions du
contrat:
Ceci est un temps plein , poste à durée déterminée (4 ans, extensible jusqu’à 6 ans sous réserve de financement) sur les conditions d’emploi de Crick.
Résumé
Le groupe de recherche: RNA Virus Replication Laboratory
Site Web: https://www.crick.ac.uk/research/labs/david-lv-bauer
Les virus sont des parasites infectieux qui peuvent provoquer des maladies. Les virus ne peuvent pas se développer seuls – ils doivent infecter une cellule «hôte» afin de se reproduire, et provoquent souvent des maladies au cours du processus. Toutes les formes de vie, des bactéries et champignons aux plantes et aux animaux, sont infectées par au moins un type de virus. Le laboratoire de réplication des virus à ARN , dirigé par David LV Bauer, étudie le grand groupe de virus qui stockent leur génome sous forme d’ ARN , au lieu d’ ADN . Ils provoquent un large éventail de maladies chez l’homme, du rhume à des maladies plus graves telles que la gastro-entérite, la grippe, la maladie à virus Ebola, la rougeole et le COVID -19.
L’utilisation de l’ ARN (au lieu de l’ ADN) par ces virus leur confère des propriétés uniques car l’ ARN – contrairement à l’ ADN – peut adopter des formes spécifiques qui permettent au génome lui-même d’exercer directement des fonctions structurelles et enzymatiques, même s’il ne s’agit pas d’une protéine ou d’une enzyme au sens conventionnel. Tous les virus à ARN exploitent cette propriété unique de l’ ARN d’une manière ou d’une autre, et les hôtes ont évolué de manière similaire pour détecter des caractéristiques uniques de l’ ARN viral pour répondre à une infection virale.
Nos recherches portent globalement sur trois domaines (1) comment les virus à ARN se répliquent et provoquent des maladies; (2) comment ils interagissent avec leurs hôtes et le rôle de l’ ARNdans ce processus; et (3) comment nous pouvons appliquer ces informations pour prédire, prévenir et traiter l’ infection par le virus à ARN et la maladie qui en résulte.
Pour travailler dans ces domaines, notre laboratoire emprunte des outils à la biochimie, à la biologie moléculaire, à la virologie, à la génomique et à la bioinformatique. Nous utilisons une large gamme de systèmes modèles (des animaux et des échantillons cliniques, aux cellules cultivées et aux protéines in vitro purifiées) et profitons des installations BSL -3 et ABSL -3 considérables de Crick , de l’imagerie in vivo et de leur intégration avec notre Plateformes scientifiques et technologiques sur site (séquençage avancé, bioinformatique et biostatistique, protéomique, criblage à haut débit, etc.).
Au sein du Crick, nous collaborons avec RNAbiochimistes, biologistes cellulaires, immunologistes et virologues – y compris ceux du WIC , l’un des six centres collaborateurs de l’ OMS pour la grippe. Nous avons une gamme similaire de collaborateurs en dehors du Crick, ainsi que deux collaborations industrielles actives, habilement soutenues par l’équipe de traduction de Crick. Nos intérêts se concentrent sur divers virus: les projets actifs comprennent les virus à ARN double brin, à brin négatif et à brin positif , avec un accent sur ceux tels que les virus de la grippe A et les coronavirus qui sont responsables de maladies humaines. Notre laboratoire fait également partie du consortium national Genotype-to-Phenotype (G2P-UK) qui évalue les variantes émergentes du SRAS -CoV-2
Nous sommes un groupe diversifié de scientifiques, issus d’un large éventail de formations – scientifiques et autres – et nous croyons tous fermement que notre meilleur travail vient de travailler ensemble dans une atmosphère amusante, positive, motivante et excitante.
Résumé du projet
La structure de l’ ARN joue un rôle clé dans la réplication du virus à travers divers virus à ARN . Les coronavirus, par exemple, utilisent des structures ARN pour réguler leur propre réplication génomique, ainsi que pour interagir avec les ribosomes hôtes. Les coronavirus utilisent également des structures ARN pour guider l’ ARNla recombinaison, qui est nécessaire à la synthèse d’ARNm sous-génomique pour exprimer les gènes accessoires et structurels (c’est-à-dire Spike, Envelope, Membrane, Nucléocapside) – et sous-tend le processus de transfert et d’évolution horizontaux des gènes du coronavirus. Malgré leurs différences, les virus grippaux utilisent des structures ARN pour effectuer des processus similaires, y compris l’épissage de contrôle des gènes viraux, et la conduite du réassortiment de leurs huit segments génomiques (Dadonaite, Gilbertson et al., Nat Microbiol, 2019) – le processus qui donne naissance à de nouvelles souches pandémiques.
La structure de l’ ARN joue également un rôle clé du point de vue de la réponse de l’hôte à divers virus à ARN . ARN viralcontient un certain nombre de caractéristiques uniques qui agissent comme des PAMP, y compris une teneur en CpG, des 5 ‘triphosphates et des éléments structurés étendus (c’est-à-dire à double brin) qui peuvent déclencher une réponse immunitaire innée. Dans ce contexte, la génération (et la détection) de PAMP est intrinsèquement liée à la réplication virale (te Velthuis, Long, Bauer et al., Nat Microbiol, 2018) – et la persistance des PAMP peut conduire à une signalisation immunitaire prolongée.
Ce projet de recherche vise à comprendre comment l’ ARNla structure affecte la réplication du virus, son évolution et sa relation avec la réponse immunitaire et l’hôte en général. Le candidat retenu disposera d’une latitude considérable pour développer son orientation de recherche dans le cadre du programme postdoctoral de Crick et pour utiliser pleinement les ressources uniques disponibles au Crick ( https://www.crick.ac.uk/careers-and -étude / postdocs / programme-post-doc ).
Certains des objectifs de spécifiques pourraient inclure (sans s’y limiter):
Explorer comment l’ ARN : ARN interactions forment au cours de l’ infection par le virus de la grippe à mesure qu’elle progresse, et comment il affecte le segment diguettes et emballage
interactions Délimitation avec ARN hôte qui facilitent ce processus
Explorer comment l’ ARNLes structures dirigent la recombinaison, le transfert de gène et l’évolution dans les coronavirus
Analyse comparative des facteurs virus / hôte conduisant à la recombinaison et au réassortiment à travers les virus à ARN
Détermination de l’immunogénicité des structures ARN dans les infections virales à ARN hautement pathogènes
Comparaison des PAMP, activation immunitaire innée, clairance et rôle dans la pathogenèse et la conduite d’une activation immunitaire soutenue dans les infections virales respiratoires
Collaboration avec des microscopistes (EM, fluorescence), des mathématiciens et des biologistes structuraux pour générer une vue intégrée et multi-échelles de la structure et de la fonction de l’ ARN .
Les stagiaires postdoctoraux doivent mener leurs propres projets, contribuer à d’autres projets sur une base collaborative (à la fois en laboratoire et avec des collaborateurs externes) et guider les doctorants dans leurs recherches. La capacité de travailler en équipe est essentielle, tout comme la promotion d’une atmosphère excitante et solidaire dans le laboratoire pour tous les membres du groupe.
Expérience et compétences clés
Le titulaire du poste doit incarner et démontrer nos valeurs fondamentales de Crick: audacieux, imaginatif, ouvert, dynamique et collégial, en plus de ce qui suit: Diplôme d’enseignement supérieur
essentiel
en virologie, biologie de l’ ARN , immunologie ou dans des domaines connexes
Expérience avec les techniques conventionnelles techniques de biologie moléculaire (clonage, électrophorèse sur gel, Western blot, etc.)
Motivation à effectuer des recherches scientifiques de pointe en utilisant divers outils pour comprendre les différents aspects de la fonction du virus à ARN
Forte capacité multitâche, capacité à gérer des projets très dynamiques et ouverture à l’apprentissage de nouvelles techniques
Solides compétences en organisation et en tenue de dossiers approfondie
Forte capacité de collaboration et expérience de travail d’équipe
Antécédents de rédaction d’articles comme en témoignent des publications ou des manuscrits soumis dans des revues à comité de lecture
Preuve de la présentation de données lors de réunions scientifiques
Expérience de la conception expérimentale
Capacité à travailler de manière indépendante et également capable d’interagir au sein d’un groupe
Encouragement d’une atmosphère de laboratoire positive, motivante et favorable
Souhaitable
Expérience de la recherche sur les virus à ARN
Expérience de la recherche sur la structure et la fonction de l’ ARN
Expérience du séquençage à haut débit et de l’analyse bioinformatique associée
Expérience préalable avec des modèles animaux d’infection virale ou d’immunité innée
Expérience de travail dans un laboratoire de confinement pour la culture et la caractérisation de virus
Expérience en génétique inverse de virus / sauvetage
