Poste de doctorat de trois ans en modélisation de la capacité homéostatique humaine : analyse multivariée des tests d’effort cardiorespiratoire et métabolique pour l’évaluation de la santé (financé par Amidex)

PROFIL CHERCHEUR :  PhD/ R1 : Chercheur premier cycle                  
DOMAINE(S) DE RECHERCHE1 : Informatique PRINCIPAL
SOUS-DOMAINE OU DISCIPLINES DE RECHERCHE1 : Médecine

DESCRIPTION DE L’EMPLOI/OFFRE 
Contexte et positionnement
L’homéostasie est le processus par lequel les organismes vivants maintiennent un équilibre interne stable nécessaire à leur survie et à leur fonctionnement optimal. Ce processus implique généralement des mécanismes de rétroaction qui détectent les écarts par rapport à un état cible et activent des réponses pour corriger ces écarts et ramener le système à un niveau stable. Les capacités d’homéostasie d’un individu sont utilisées pour soutenir la prise de décision médicale, telle que la stratification du risque périopératoire des patients lors d’une chirurgie du cancer du poumon.

Les capacités homéostatiques d’un individu peuvent être évaluées au moyen d’épreuves d’effort, qui constituent la méthode clinique traditionnelle pour évaluer l’état de santé des patients et la dynamique systémique globale. Une série de tests est conçue pour mesurer les caractéristiques représentatives des capacités homéostatiques de l’individu, une mesure importante étant la consommation maximale d’oxygène (VO2max). Ces mesures sont obtenues grâce à des tests fonctionnels de routine et à des séances d’exercices maximaux, visant à mettre l’organisme tout entier au défi d’évaluer les réponses physiologiques adaptatives. Lorsque la performance physique ou la capacité aérobie maximale est limitée pour un patient donné, le médecin doit identifier la fonction physiologique défaillante et fournir un mécanisme cohérent de défaillance du système analysant les données surveillées. Cependant, les médecins analysent toujours les données physiologiques collectées selon une approche univariée telle qu’elle s’est développée historiquement. Actuellement, dans la communauté des chercheurs, le corps humain est considéré comme un système physiologique complexe et dynamique. Récemment, le cadre de la physiologie des réseaux a été proposé, donnant un rôle central à l’homéostasie.

Pour élargir les connaissances théoriques et combler le fossé entre la recherche actuelle et la pratique médicale, le Laboratoire d’Epreuves à l’Effort des Hôpitaux Universitaires de Marseille a construit sa propre base de données d’activité composée de 2500 épreuves d’effort.

Objectifs
Cette thèse vise à exploiter cet ensemble de données afin de fournir un cadre global de compréhension et d’interprétation des données multivariées générées lors des épreuves d’effort maximal afin d’améliorer le phénotypage de l’homéostasie des patients grâce à leurs capacités homéostatiques. 

Nous visons à développer une approche médicale et statistiquement cohérente pour identifier et quantifier les déterminants de la performance globale ainsi que la performance aérobie à partir de variables surveillées. Cela fournirait aux médecins des outils analytiques améliorés pour obtenir un phénotypage d’exercice des patients plus pertinent et plus précis. 

Le projet de thèse vise à aller plus loin et à fournir aux médecins un indicateur quantitatif d’aide à la décision. Il sera développé en se concentrant sur les interactions dynamiques entre les variables enregistrées. Ici, nous envisageons notamment d’adapter le cadre des réseaux physiologiques au cas mésoscopique et macroscopique des tests d’effort. Cela fournirait au médecin des informations cruciales sur les capacités homéostatiques des patients. 

Environnement de travail
Le candidat recruté travaillera au LIS-lab et au C2VN, à Marseille. Ils auront accès au cluster informatique du LIS Lab.

En plus de l’équipe encadrante, le doctorant travaillera en étroite collaboration avec un jeune médecin hospitalier.

L’offre complète est disponible ici : 

https://www.lis-lab.fr/wp-content/uploads/2024/03/Sujet_these_homeostasie-2.pdf

TYPE DE CONTRAT :  TEMPORAIRE / STATUT DE L’EMPLOI :  TEMPS PLEIN / HEURES PAR SEMAINE   35  DATE
LIMITE DE CANDIDATURE :  01/09/2024 
DATE DE DEBUT ENVISAGEE : Septembre 2024
DURÉE ENVISAGÉE : 36 mois
EMPLOI NON FINANCÉ PAR UN PROGRAMME-CADRE DE RECHERCHE DE L’UE

LIEU(S) DE TRAVAIL : Laboratoire d’Informatique et des Systèmes, LIS Lab,  Aix Marseille Université, Campus de Saint Jérôme, Bat. Polytech, 52 Av. Escadrille Normandie Niemen 13013  Marseille, France /  Centre de Recherche en Cardiovasculaire et Nutrition, Laboratoire C2VN , Aix-Marseille Université – Campus Santé Timone – Faculté de Médecine, 27 Bd Jean Moulin, 13005  Marseille, France

CE QUE NOUS PROPOSONS : 
Un contrat doctoral de trois ans avec le salaire suivant : 

2024 : 2 100 € par mois HT 

2025 : 2 200 € par mois HT

À partir de 2026 : 2 300 € par mois HT 

Informations complémentaires : Le Centre Euraxess d’Aix-Marseille Université informe les professeurs, chercheurs, postdoctorants et doctorants étrangers invités sur les démarches administratives à accomplir avant leur arrivée à AMU et les différentes formalités pratiques à accomplir une fois en France : visas et conditions d’entrée. , assurances, aide à la recherche d’un logement, accompagnement à l’ouverture d’un compte bancaire, etc. Plus d’informations sur  le portail AMU EURAXESS

QUALIFICATIONS, DOMAINES DE RECHERCHE REQUIS, NIVEAU D’ÉDUCATION REQUIS, COMPÉTENCES PROFESSIONNELLES, AUTRES EXIGENCES DE RECHERCHE (années d’expérience en recherche  (max. 3000 caractères) 
Nous recherchons un candidat titulaire d’un diplôme de niveau Master dans l’un des domaines suivants :

• Théorie des systèmes et du contrôle
• Traitement du signal/image/graphique
• L’informatique
• Apprentissage automatique/Intelligence artificielle

De bonnes compétences en codage sont également requises, de préférence en Python

Le candidat doit avoir à la fois un attrait pour travailler sur des problèmes médicaux précis et efficaces et une solide formation théorique.

Soft skills : Autonomie, Travail d’équipe, Esprit critique, notamment dans l’interprétation des résultats

DOCUMENTS DE DEMANDE DEMANDÉS, CRITÈRES D’ÉLIGIBILITÉ, PROCESSUS DE SÉLECTION

• CV
• Lettre de motivation
• Relevé de notes du Master 

COMMENT POSTULER :  merci d’adresser les documents demandés à : paul.chauchat@lis-lab.fr