Poste de recherche postdoctorale sur les réseaux de régulation (épi)génétique contrôlant la plasticité cellulaire et les réponses animales aux changements environnementaux

L’unité de recherche PEGASE (INRAE-Institut Agro), en étroite collaboration avec l’unité de recherche IGDR (CNRS-Université de Rennes), propose un stage postdoctoral passionnant à Rennes, en France, pour étudier les réseaux de régulation (épi)génétique contrôlant la plasticité cellulaire et les réponses animales aux changements environnementaux. Le candidat retenu dirigera des projets dans le cadre de projets locaux à Rennes sur la plasticité cellulaire et phénotypique et du consortium GEroNIMO, financé par le programme européen Horizon 2020 ( https://www.geronimo-h2020.eu/ ). GEroNIMO, qui fait partie de l’effort EuroFAANG ( https://eurofaang.eu/ ), travaille sur le poulet et le porc, les sources de protéines animales les plus utilisées dans le monde, pour fournir aux éleveurs de nouvelles connaissances et de nouveaux outils pour promouvoir des méthodes de sélection innovantes basées sur le génome et l’épigénome qui doivent évoluer vers un modèle plus durable. Rejoignez notre équipe qui s’intéresse aux questions scientifiques liées à la régulation de l’expression des gènes et à son implication dans les variations complexes de caractères (notamment celles liées au métabolisme lipidique) et dans l’adaptation des poules pondeuses aux variations environnementales. De belles opportunités de publication ! ( https://www.researchgate.net/profile/Sandrine-Lagarrigue ).

Le
projet post-doctoral consistera à étudier les réseaux de régulation des gènes hépatiques qui contrôlent la plasticité cellulaire et les réponses animales aux changements environnementaux. Ces changements environnementaux se concentrent sur trois domaines principaux : (i) la longévité fonctionnelle (étude des âges avancés), (ii) les systèmes d’hébergement (cage vs. au sol), et iii) l’alimentation (avec vs. sans coproduits). Ces différentes conditions ont été définies en fonction des nouveaux enjeux de la filière poules pondeuses du fait des contraintes sociétales (abandon des cages) et du changement climatique conduisant à réduire la quantité de ressources utilisées pour produire la même quantité d’œufs (allongement de la carrière de ponte, changement de régime alimentaire). Une originalité du projet est l’intégration de multiples données « omiques » (ARNm & lncRNA, miRNA, circRNA et méthylome) issues du foie, tissu clé de l’homéostasie énergétique, de 200 à 500 poules pondeuses bien équilibrées sur les modalités des différents facteurs étudiés. 
La première partie du projet se concentrera sur le décodage de différents types de réseaux de régulation impliquant des ARN non codants (miRNA et lncRNA), qui sont des composants essentiels de la plasticité tissulaire et phénotypique. L’objectif est de comprendre les réseaux de régulation de base tels que « lncRNA-mRNA » et « miRNAmRNA »,
ainsi que des réseaux plus complexes basés sur des mécanismes d’éponge comme « lncRNA/circRNA-miRNAmRNA », pour déchiffrer leurs rôles dans les réponses phénotypiques des animaux aux environnements changeants. De plus, des analyses d’épigénome seront réalisées en collaboration avec nos collègues de l’INRAE ​​à Toulouse.
Dans la deuxième partie , le chercheur postdoctoral utilisera les données hépatiques « single nuclei RNA-Seq » et les approches de déconvolution du signal pour réexploiter les données hépatiques RNA-seq. Cela permettra d’accéder à un nouveau phénotype, les proportions cellulaires du foie, y compris les populations immunitaires. Cet aspect de l’étude permettra d’analyser l’impact des trois facteurs d’intérêt sur la fonction immunitaire, améliorant ainsi la compréhension des réponses phénotypiques des oiseaux à ces facteurs.

Environnement de travail : collaboration étroite avec l’équipe « Génétique & Génomique Aviaire » de l’UMR PEGASE (INRAE-Institut Agro) et l’équipe « Expression Génique & Oncologie » (GEO) de l’UMR IGDR (CNRS-Université de Rennes). Vous travaillerez également avec des partenaires à Paris, Toulouse et à l’étranger, tous impliqués dans le projet GEroNIMO.
Responsabilités du poste :
1- Diriger l’analyse de l’impact des changements environnementaux sur les transcriptomes hépatiques afin d’identifier les réseaux de régulation affectant les réponses phénotypiques. Une telle analyse sera réalisée sur trois changements environnementaux : l’âge lié à la longévité fonctionnelle (70 vs. 90 semaines), les systèmes d’élevage précoces (cage vs. sol) et les aliments (témoin vs. sous-optimaux).
2- Diriger les analyses des approches de « séquençage d’ARN à noyau unique » du foie et de déconvolution du signal pour déterminer, à partir du séquençage d’ARN en vrac, les proportions cellulaires incluant les populations de cellules immunitaires utilisées comme nouveaux phénotypes dans 1 et 2.
3- Participer à la gestion et à la soumission des données (principes FAIR).